More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr7_3711 on replicon NC_008322
Organism: Shewanella sp. MR-7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008577  Shewana3_0308  diguanylate cyclase  90.5 
 
 
581 aa  1030    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.164957 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0313  diguanylate cyclase  99.47 
 
 
577 aa  1175    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3711  diguanylate cyclase  100 
 
 
571 aa  1180    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.171778 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4369  sensor diguanylate cyclase  56.27 
 
 
569 aa  616  1e-175  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.399197 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  46.85 
 
 
571 aa  492  9.999999999999999e-139  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2989  response regulator receiver protein  44.61 
 
 
577 aa  461  9.999999999999999e-129  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1328  diguanylate cyclase  34.81 
 
 
564 aa  331  3e-89  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0263917  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2871  response regulator  25.73 
 
 
564 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2109  diguanylate cyclase  27.16 
 
 
630 aa  154  2.9999999999999998e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.843932  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  28.26 
 
 
565 aa  150  5e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1301  diguanylate cyclase  26.54 
 
 
561 aa  140  7e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3646  diguanylate cyclase  42.94 
 
 
357 aa  140  7.999999999999999e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1136  diguanylate cyclase  45.2 
 
 
582 aa  138  3.0000000000000003e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0845  diguanylate cyclase  29.02 
 
 
578 aa  138  3.0000000000000003e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2693  diguanylate cyclase  27.67 
 
 
570 aa  137  5e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2970  diguanylate cyclase  32.99 
 
 
557 aa  137  8e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.853836 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2730  diguanylate cyclase  26.45 
 
 
638 aa  136  9.999999999999999e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.814579  normal  0.595433 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3922  GGDEF domain-containing protein  39.88 
 
 
364 aa  134  3e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  41.34 
 
 
405 aa  135  3e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0379  diguanylate cyclase  35.4 
 
 
540 aa  134  3.9999999999999996e-30  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1906  response regulator receiver domain-containing protein  28.65 
 
 
603 aa  134  3.9999999999999996e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  26.22 
 
 
611 aa  134  6e-30  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  38.59 
 
 
459 aa  134  6e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1521  diguanylate cyclase  42.37 
 
 
237 aa  133  6.999999999999999e-30  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281404  normal  0.309888 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1528  diguanylate cyclase  39.77 
 
 
1339 aa  133  9e-30  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.646539  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2954  diguanylate cyclase  25.96 
 
 
612 aa  133  1.0000000000000001e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0512853  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1808  diguanylate cyclase  34.98 
 
 
247 aa  132  2.0000000000000002e-29  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.148862  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4030  diguanylate cyclase  40.68 
 
 
498 aa  132  2.0000000000000002e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1228  diguanylate cyclase  39.18 
 
 
490 aa  132  2.0000000000000002e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1491  diguanylate cyclase  43.37 
 
 
562 aa  131  3e-29  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.430715  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  27.61 
 
 
631 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1062  diguanylate cyclase  27.6 
 
 
566 aa  131  4.0000000000000003e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0191664  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3023  diguanylate cyclase  30.23 
 
 
362 aa  131  4.0000000000000003e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3549  diguanylate cyclase  31.23 
 
 
408 aa  131  4.0000000000000003e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.348554 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.78 
 
 
454 aa  130  5.0000000000000004e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3628  diguanylate cyclase  41.86 
 
 
388 aa  130  7.000000000000001e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  41.72 
 
 
492 aa  130  8.000000000000001e-29  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0265  diguanylate cyclase  39.18 
 
 
456 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4329  diguanylate cyclase  34.27 
 
 
320 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.406414  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2544  diguanylate cyclase  43.6 
 
 
398 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.871243  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3428  diguanylate cyclase  39.59 
 
 
425 aa  129  1.0000000000000001e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.261309 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26970  hypothetical protein  43.27 
 
 
525 aa  129  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0636  diguanylate cyclase  40.12 
 
 
559 aa  129  2.0000000000000002e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.445559  normal  0.916917 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1006  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.32 
 
 
312 aa  128  2.0000000000000002e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1677  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.24 
 
 
512 aa  128  2.0000000000000002e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00717505  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1156  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.57 
 
 
469 aa  128  3e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3819  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.61 
 
 
660 aa  128  3e-28  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2383  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.45 
 
 
434 aa  128  3e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00665942 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14870  diguanylate cyclase  39.53 
 
 
462 aa  127  4.0000000000000003e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.024895  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  45 
 
 
418 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3770  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.61 
 
 
660 aa  127  4.0000000000000003e-28  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1290  diguanylate cyclase  38.1 
 
 
491 aa  127  4.0000000000000003e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0802  diguanylate cyclase  42.26 
 
 
321 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0581  GGDEF domain-containing protein  38.36 
 
 
625 aa  127  5e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.916714  normal  0.0449396 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1232  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.35 
 
 
416 aa  127  5e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0453  GGDEF domain-containing protein  26.27 
 
 
641 aa  127  5e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1323  diguanylate cyclase  34.95 
 
 
350 aa  127  6e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.134516  normal  0.420197 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3137  response regulator receiver protein  34.15 
 
 
319 aa  127  6e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0437  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  29.6 
 
 
628 aa  127  6e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.0211155 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2284  hypothetical protein  42.11 
 
 
525 aa  127  7e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0619167  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0411  diguanylate cyclase  29.6 
 
 
628 aa  127  7e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3168  diguanylate cyclase  42.33 
 
 
362 aa  127  7e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2951  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.54 
 
 
306 aa  126  8.000000000000001e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2222  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.32 
 
 
732 aa  127  8.000000000000001e-28  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.513474  normal  0.0596169 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3903  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  29.31 
 
 
628 aa  127  8.000000000000001e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0620  diguanylate cyclase  42.77 
 
 
517 aa  126  9e-28  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0089586 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2160  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.32 
 
 
732 aa  126  9e-28  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1916  diguanylate cyclase  42.54 
 
 
736 aa  126  1e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0754  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.34 
 
 
463 aa  126  1e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.952691  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2977  diguanylate cyclase  42.68 
 
 
650 aa  126  1e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  41.92 
 
 
355 aa  126  1e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4518  diguanylate cyclase  40.7 
 
 
345 aa  126  1e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3381  diguanylate cyclase  26.55 
 
 
622 aa  125  2e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0841  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.59 
 
 
715 aa  125  2e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.101081  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3474  diguanylate cyclase  42.07 
 
 
393 aa  125  2e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0624369  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1806  diguanylate cyclase  38.33 
 
 
473 aa  125  2e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.782438  hitchhiker  0.00449211 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1107  two component signal transduction response regulator  39.36 
 
 
323 aa  125  2e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1197  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40 
 
 
457 aa  125  2e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.11 
 
 
314 aa  125  2e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4798  diguanylate cyclase  35.98 
 
 
485 aa  125  2e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00393558 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1293  diguanylate cyclase  38.67 
 
 
432 aa  125  2e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.32079e-19 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2754  diguanylate cyclase  40.7 
 
 
355 aa  125  2e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0798314  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1199  diguanylate cyclase  39.16 
 
 
258 aa  125  3e-27  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000341711  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  43.75 
 
 
425 aa  125  3e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1171  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.35 
 
 
416 aa  125  3e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.137039  normal  0.392599 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4104  diguanylate cyclase  39.8 
 
 
610 aa  125  3e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.147884 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0423  diguanylate cyclase  29.6 
 
 
621 aa  125  3e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000679734 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1387  cyclic nucleotide-binding protein  40.56 
 
 
320 aa  124  3e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243824  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1844  diguanylate cyclase  33.95 
 
 
456 aa  124  3e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.674113  normal  0.785076 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3210  GGDEF domain-containing protein  43.26 
 
 
624 aa  124  3e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0697  diguanylate cyclase  33.03 
 
 
482 aa  125  3e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000140018  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3325  diguanylate cyclase  33.03 
 
 
482 aa  125  3e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.662914  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1737  diguanylate cyclase  37.17 
 
 
390 aa  125  3e-27  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0222793  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3096  diguanylate cyclase  35.53 
 
 
452 aa  124  4e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0200719  hitchhiker  0.00269086 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3437  diguanylate cyclase  33.03 
 
 
483 aa  124  4e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0184931  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3733  diguanylate cyclase  28.14 
 
 
625 aa  124  4e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.69 
 
 
313 aa  124  5e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0220  diguanylate cyclase  40 
 
 
539 aa  124  5e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.454807  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3559  diguanylate cyclase  28.14 
 
 
625 aa  124  5e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0397  diguanylate cyclase  28.14 
 
 
625 aa  124  5e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>