More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_1491 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_1491  diguanylate cyclase  100 
 
 		 562 aa  1093    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.430715  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4184  diguanylate cyclase  43.11 
 
 		 699 aa  233  5e-60  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.693929  normal  0.765931 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1161  diguanylate cyclase  39.73 
 
 		 440 aa  222  1.9999999999999999e-56  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0876222  normal  0.647833 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7359  putative diguanylate cyclase  38.41 
 
 		 432 aa  202  9.999999999999999e-51  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2218  GGDEF  38.13 
 
 		 448 aa  201  1.9999999999999998e-50  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3428  diguanylate cyclase  35.81 
 
 		 425 aa  195  2e-48  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.261309 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1328  diguanylate cyclase  37.78 
 
 		 437 aa  182  2e-44  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.561523  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2553  diguanylate cyclase  50.48 
 
 		 484 aa  155  2e-36  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.928097  normal  0.61 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7053  diguanylate cyclase  48.15 
 
 		 399 aa  141  3e-32  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0117  diguanylate cyclase  31.14 
 
 		 443 aa  140  7e-32  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.94 
 
 		 531 aa  139  1e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2262  diguanylate cyclase  33.15 
 
 		 430 aa  139  1e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0392628  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  41.76 
 
 		 548 aa  138  3.0000000000000003e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5454  diguanylate cyclase  48.3 
 
 		 510 aa  138  3.0000000000000003e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.488047  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  45.05 
 
 		 1000 aa  137  4e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2597  diguanylate cyclase  48.88 
 
 		 506 aa  137  5e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.938839 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  48.62 
 
 		 464 aa  136  9e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2333  hypothetical protein  39.18 
 
 		 565 aa  136  9.999999999999999e-31  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1450  diguanylate cyclase  42.33 
 
 		 1774 aa  135  1.9999999999999998e-30  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2477  hypothetical protein  39.77 
 
 		 273 aa  135  1.9999999999999998e-30  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0457  diguanylate cyclase  43.6 
 
 		 472 aa  135  1.9999999999999998e-30  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.100839  normal  0.562676 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1870  GGDEF domain-containing protein  44.07 
 
 		 342 aa  135  3e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.5 
 
 		 308 aa  134  3e-30  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.5 
 
 		 308 aa  134  3e-30  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2092  response regulator receiver protein  43.71 
 
 		 459 aa  135  3e-30  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000936351  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0384  diguanylate cyclase  39.02 
 
 		 486 aa  134  3.9999999999999996e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  48.8 
 
 		 565 aa  134  3.9999999999999996e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28880  diguanylate cyclase (GGDEF) domain-containing protein  39.5 
 
 		 409 aa  134  5e-30  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.46801 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12380  diguanylate cyclase  39.2 
 
 		 499 aa  133  1.0000000000000001e-29  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00534046  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.43 
 
 		 317 aa  133  1.0000000000000001e-29  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  33.44 
 
 		 485 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  33.33 
 
 		 485 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  40.45 
 
 		 405 aa  132  2.0000000000000002e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4369  sensor diguanylate cyclase  38.41 
 
 		 569 aa  132  2.0000000000000002e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.399197 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  47.31 
 
 		 571 aa  132  2.0000000000000002e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0313  diguanylate cyclase  43.37 
 
 		 577 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1536  diguanylate cyclase  33.98 
 
 		 278 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.370191  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0452  diguanylate cyclase  37.08 
 
 		 323 aa  131  3e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0620  diguanylate cyclase  43.78 
 
 		 517 aa  131  3e-29  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089586 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3711  diguanylate cyclase  43.37 
 
 		 571 aa  131  3e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.171778 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0308  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 581 aa  131  3e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.164957 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1325  sensory box protein  39.53 
 
 		 428 aa  130  4.0000000000000003e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.294155  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5012  diguanylate cyclase  47.7 
 
 		 510 aa  130  5.0000000000000004e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26970  hypothetical protein  45.14 
 
 		 525 aa  130  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2147  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.57 
 
 		 410 aa  130  7.000000000000001e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1537  diguanylate cyclase  46.29 
 
 		 381 aa  130  7.000000000000001e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2397  diguanylate cyclase  45.56 
 
 		 510 aa  130  8.000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.92 
 
 		 322 aa  130  8.000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0268  diguanylate cyclase  32.96 
 
 		 485 aa  130  8.000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.624982  hitchhiker  0.000186113 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3172  diguanylate cyclase  46.32 
 
 		 518 aa  130  9.000000000000001e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.211888 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0429  diguanylate cyclase  43.23 
 
 		 469 aa  130  9.000000000000001e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.469713 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1382  response regulator receiver protein  40.66 
 
 		 302 aa  129  9.000000000000001e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1107  two component signal transduction response regulator  45.65 
 
 		 323 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3807  diguanylate cyclase  46.86 
 
 		 510 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.417307 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  35.79 
 
 		 753 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2608  diguanylate cyclase  41.36 
 
 		 380 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4649  diguanylate cyclase  46.86 
 
 		 510 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3753  diguanylate cyclase  34.07 
 
 		 485 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.580016  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1815  diguanylate cyclase  45.34 
 
 		 379 aa  129  1.0000000000000001e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.404044 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3714  diguanylate cyclase  46.86 
 
 		 510 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.28391  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0219  diguanylate cyclase  41.92 
 
 		 303 aa  129  1.0000000000000001e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2258  diguanylate cyclase  40.83 
 
 		 353 aa  129  2.0000000000000002e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000122425  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2623  cyclic nucleotide phosphodiesterase, putative  44.19 
 
 		 626 aa  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.616722 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2492  diguanylate cyclase  39.81 
 
 		 474 aa  129  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.379327 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.38 
 
 		 505 aa  128  3e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2715  diguanylate cyclase  39.81 
 
 		 508 aa  128  3e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.271597  normal  0.533444 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1150  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.44 
 
 		 547 aa  128  3e-28  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3476  diguanylate cyclase  33.96 
 
 		 298 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00597173 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0604  diguanylate cyclase  43.78 
 
 		 291 aa  127  4.0000000000000003e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.436873  normal  0.310553 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0175  diguanylate cyclase  40.59 
 
 		 516 aa  127  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1298  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.48 
 
 		 353 aa  128  4.0000000000000003e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000090214  hitchhiker  0.00354722 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3654  diguanylate cyclase  41.99 
 
 		 473 aa  127  4.0000000000000003e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.271139  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1842  diguanylate cyclase  44.38 
 
 		 308 aa  127  5e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.721538  normal  0.677546 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0319  diguanylate cyclase  41.86 
 
 		 732 aa  127  6e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4293  GGDEF domain-containing protein  38.25 
 
 		 334 aa  127  7e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0725016  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2284  hypothetical protein  44.19 
 
 		 525 aa  127  8.000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0619167  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  47.31 
 
 		 457 aa  127  8.000000000000001e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3631  GGDEF domain-containing protein  39.76 
 
 		 722 aa  126  9e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.770761  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0125  GGDEF domain-containing protein  36.42 
 
 		 371 aa  126  1e-27  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0504  GGDEF domain-containing protein  46.15 
 
 		 385 aa  126  1e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.910184  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1232  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.51 
 
 		 416 aa  126  1e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0115  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.35 
 
 		 304 aa  126  1e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.113218  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2151  diguanylate cyclase  41.33 
 
 		 583 aa  125  2e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.984421  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1806  diguanylate cyclase  38.02 
 
 		 473 aa  125  2e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.782438  hitchhiker  0.00449211 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2109  diguanylate cyclase  43.02 
 
 		 630 aa  125  2e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.843932  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3750  PAS:GGDEF  44.12 
 
 		 721 aa  125  2e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  36.42 
 
 		 487 aa  125  2e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  40.91 
 
 		 307 aa  125  2e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2702  diguanylate cyclase  38.51 
 
 		 794 aa  125  2e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0564678  normal  0.658888 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01741  Putative CHASE3/GGDEF domain-containing signal protein  45.83 
 
 		 563 aa  125  2e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.33 
 
 		 407 aa  125  2e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  43.29 
 
 		 308 aa  125  3e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2195  diguanylate cyclase  41.71 
 
 		 496 aa  124  3e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.741232  normal  0.445673 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0984  GGDEF domain-containing protein  46.37 
 
 		 489 aa  124  3e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.184695  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0109  diguanylate cyclase  39.2 
 
 		 461 aa  125  3e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1702  diguanylate cyclase  40.57 
 
 		 370 aa  124  3e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2077  diguanylate cyclase  44.38 
 
 		 382 aa  124  3e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.793636  normal  0.406002 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23130  sensory box GGDEF domain-containing protein  44.32 
 
 		 307 aa  125  3e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.561543  decreased coverage  0.0000866239 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1386  diguanylate cyclase  40.51 
 
 		 433 aa  124  4e-27  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.904062  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4518  diguanylate cyclase  43.64 
 
 		 345 aa  124  4e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>