More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_28880 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013159  Svir_28880  diguanylate cyclase (GGDEF) domain-containing protein  100 
 
 		 409 aa  814    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.46801 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0355  diguanylate cyclase  35.59 
 
 		 485 aa  201  1.9999999999999998e-50  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7359  putative diguanylate cyclase  36.76 
 
 		 432 aa  187  4e-46  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1161  diguanylate cyclase  39.64 
 
 		 440 aa  184  2.0000000000000003e-45  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0876222  normal  0.647833 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2262  diguanylate cyclase  34.89 
 
 		 430 aa  184  3e-45  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0392628  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2218  GGDEF  32.15 
 
 		 448 aa  182  8.000000000000001e-45  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3428  diguanylate cyclase  35.26 
 
 		 425 aa  167  4e-40  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.261309 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2553  diguanylate cyclase  36.41 
 
 		 484 aa  166  5.9999999999999996e-40  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.928097  normal  0.61 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1328  diguanylate cyclase  32.72 
 
 		 437 aa  157  4e-37  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.561523  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7053  diguanylate cyclase  40.25 
 
 		 399 aa  155  2e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2477  hypothetical protein  43.45 
 
 		 273 aa  148  2.0000000000000003e-34  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2333  hypothetical protein  42.35 
 
 		 565 aa  146  5e-34  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2023  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  49.12 
 
 		 632 aa  146  6e-34  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.36 
 
 		 407 aa  146  7.0000000000000006e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1149  diguanylate cyclase  40.29 
 
 		 495 aa  143  5e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0299  hypothetical protein  41.84 
 
 		 609 aa  142  7e-33  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2740  diguanylate cyclase  44 
 
 		 555 aa  143  7e-33  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0283  hypothetical protein  41.84 
 
 		 709 aa  142  8e-33  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4128  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  42.44 
 
 		 663 aa  142  9.999999999999999e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3523  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  38.19 
 
 		 1079 aa  142  9.999999999999999e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  41.92 
 
 		 492 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1315  diguanylate cyclase  41.38 
 
 		 608 aa  142  9.999999999999999e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.243862  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1387  cyclic nucleotide-binding protein  44.44 
 
 		 320 aa  142  9.999999999999999e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243824  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4930  diguanylate cyclase  47.13 
 
 		 530 aa  140  3e-32  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.22973 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  41.08 
 
 		 611 aa  140  3e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4030  diguanylate cyclase  45.14 
 
 		 498 aa  141  3e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0457  diguanylate cyclase  36.97 
 
 		 472 aa  139  7e-32  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.100839  normal  0.562676 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0620  diguanylate cyclase  43.5 
 
 		 517 aa  139  7.999999999999999e-32  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089586 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  43.86 
 
 		 638 aa  139  8.999999999999999e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0021  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.27 
 
 		 668 aa  139  1e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  42.01 
 
 		 307 aa  138  2e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3750  PAS:GGDEF  42.54 
 
 		 721 aa  138  2e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1491  diguanylate cyclase  39.5 
 
 		 562 aa  138  2e-31  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.430715  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0019  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.07 
 
 		 668 aa  138  2e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4554  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.32 
 
 		 331 aa  137  3.0000000000000003e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2189  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.12 
 
 		 415 aa  137  3.0000000000000003e-31  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2920  sensor diguanylate cyclase  47.37 
 
 		 623 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  29.97 
 
 		 571 aa  137  5e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.35 
 
 		 505 aa  135  9.999999999999999e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2535  diguanylate cyclase  40.21 
 
 		 1099 aa  135  9.999999999999999e-31  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.12937  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1305  diguanylate cyclase  43.02 
 
 		 256 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0265  diguanylate cyclase  37.56 
 
 		 456 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3348  GGDEF domain-containing protein  46.15 
 
 		 381 aa  134  3e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  40.94 
 
 		 405 aa  134  3e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3835  diguanylate cyclase  41.04 
 
 		 316 aa  134  3e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.1 
 
 		 550 aa  134  3.9999999999999996e-30  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3430  diguanylate cyclase  36.92 
 
 		 513 aa  133  5e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4106  GGDEF domain/EAL domain protein  42.47 
 
 		 756 aa  133  6e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.624649  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0410  diguanylate cyclase  41.78 
 
 		 516 aa  133  6.999999999999999e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1298  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.95 
 
 		 353 aa  133  6.999999999999999e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000090214  hitchhiker  0.00354722 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2008  diguanylate cyclase  34.85 
 
 		 574 aa  132  7.999999999999999e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1081  diguanylate cyclase  43.08 
 
 		 396 aa  132  7.999999999999999e-30  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1689  diguanylate cyclase  34.85 
 
 		 574 aa  132  9e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.557347 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0241  diguanylate cyclase  37.36 
 
 		 640 aa  132  9e-30  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2636  diguanylate cyclase  38.62 
 
 		 220 aa  132  1.0000000000000001e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.128146  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0686  GGDEF/HAMP domain-containing protein  36.36 
 
 		 427 aa  132  1.0000000000000001e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 565 aa  132  1.0000000000000001e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3988  two component response regulator  44.05 
 
 		 296 aa  132  1.0000000000000001e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3178  diguanylate cyclase  37.77 
 
 		 452 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0366604  hitchhiker  0.0000463802 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2409  diguanylate cyclase  45.56 
 
 		 381 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00466  Putative two-component system regulatory protein with GGDEF domain  43.33 
 
 		 414 aa  131  2.0000000000000002e-29  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.6149  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1821  diguanylate cyclase  43.79 
 
 		 298 aa  132  2.0000000000000002e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.017871  normal  0.191942 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0028  diguanylate cyclase  46.24 
 
 		 527 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.789293 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3606  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.96 
 
 		 757 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  41.62 
 
 		 464 aa  131  2.0000000000000002e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0953  diguanylate cyclase  37.36 
 
 		 494 aa  131  2.0000000000000002e-29  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2375  diguanylate cyclase  36.24 
 
 		 764 aa  131  3e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1109  diguanylate cyclase  39.64 
 
 		 532 aa  130  3e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3096  diguanylate cyclase  41.71 
 
 		 452 aa  130  3e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0200719  hitchhiker  0.00269086 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  40.33 
 
 		 548 aa  130  3e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2287  diguanylate cyclase  36.24 
 
 		 764 aa  131  3e-29  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3218  diguanylate cyclase  40.83 
 
 		 532 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0697  diguanylate cyclase  36.73 
 
 		 264 aa  130  4.0000000000000003e-29  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.184616  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0518  diguanylate cyclase  46.67 
 
 		 506 aa  130  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1484  diguanylate cyclase  38.95 
 
 		 615 aa  130  4.0000000000000003e-29  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1576  diguanylate cyclase  36.45 
 
 		 764 aa  130  4.0000000000000003e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1382  response regulator receiver protein  38.5 
 
 		 302 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6208  diguanylate cyclase  44.1 
 
 		 467 aa  130  4.0000000000000003e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.355403  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  41.18 
 
 		 422 aa  130  4.0000000000000003e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3843  GGDEF  40 
 
 		 763 aa  130  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1039  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.67 
 
 		 393 aa  130  5.0000000000000004e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0950507  normal  0.205042 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0471  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.78 
 
 		 572 aa  130  5.0000000000000004e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.634401  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1272  diguanylate cyclase  39.78 
 
 		 632 aa  130  5.0000000000000004e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0623275  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01741  Putative CHASE3/GGDEF domain-containing signal protein  44.19 
 
 		 563 aa  130  5.0000000000000004e-29  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.2 
 
 		 843 aa  130  6e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1058  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.03 
 
 		 333 aa  130  6e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0856452  normal  0.699737 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2673  diguanylate cyclase  41.71 
 
 		 411 aa  130  6e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.150858 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3185  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.64 
 
 		 482 aa  129  7.000000000000001e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0817  diguanylate cyclase  38.79 
 
 		 1826 aa  129  7.000000000000001e-29  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1949  diguanylate cyclase  38.18 
 
 		 733 aa  129  7.000000000000001e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1598  diguanylate cyclase  43.37 
 
 		 492 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0273825  normal  0.888834 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1021  diguanylate cyclase  44.58 
 
 		 492 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0128107  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3745  diguanylate cyclase  37.68 
 
 		 681 aa  129  7.000000000000001e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1025  diguanylate cyclase  44.58 
 
 		 492 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0117  diguanylate cyclase  30.83 
 
 		 443 aa  129  8.000000000000001e-29  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0507  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.53 
 
 		 557 aa  129  9.000000000000001e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0719  diguanylate cyclase  41.03 
 
 		 370 aa  129  9.000000000000001e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  35.41 
 
 		 485 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1328  diguanylate cyclase  38.41 
 
 		 564 aa  129  1.0000000000000001e-28  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0263917  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2169  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.71 
 
 		 713 aa  129  1.0000000000000001e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>