More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_7053 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_7053  diguanylate cyclase  100 
 
 		 399 aa  775    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1161  diguanylate cyclase  46.34 
 
 		 440 aa  150  3e-35  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0876222  normal  0.647833 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28880  diguanylate cyclase (GGDEF) domain-containing protein  40.25 
 
 		 409 aa  147  4.0000000000000006e-34  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.46801 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2218  GGDEF  38.55 
 
 		 448 aa  146  8.000000000000001e-34  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1328  diguanylate cyclase  43.87 
 
 		 437 aa  142  8e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.561523  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3428  diguanylate cyclase  33.65 
 
 		 425 aa  141  1.9999999999999998e-32  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.261309 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1491  diguanylate cyclase  48.15 
 
 		 562 aa  141  1.9999999999999998e-32  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.430715  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7359  putative diguanylate cyclase  33.58 
 
 		 432 aa  134  3e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39460  guanylyl cyclase  42.54 
 
 		 415 aa  128  2.0000000000000002e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1107  two component signal transduction response regulator  45.03 
 
 		 323 aa  127  3e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.26 
 
 		 407 aa  125  1e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1536  diguanylate cyclase  31.36 
 
 		 278 aa  122  8e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.370191  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3210  GGDEF domain-containing protein  46.39 
 
 		 624 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3476  diguanylate cyclase  38.27 
 
 		 298 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00597173 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2425  diguanylate cyclase  42.05 
 
 		 353 aa  120  3.9999999999999996e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3310  diguanylate cyclase  44.51 
 
 		 396 aa  120  3.9999999999999996e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4321  diguanylate cyclase  44.02 
 
 		 534 aa  120  3.9999999999999996e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2477  hypothetical protein  39.16 
 
 		 273 aa  119  7e-26  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1906  response regulator receiver domain-containing protein  40.44 
 
 		 603 aa  119  7.999999999999999e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2262  diguanylate cyclase  38.74 
 
 		 430 aa  119  9e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0392628  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.59 
 
 		 550 aa  119  9e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1257  diguanylate cyclase  41.92 
 
 		 487 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0097  GGDEF domain-containing protein  41.92 
 
 		 487 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0115  diguanylate cyclase  41.92 
 
 		 487 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.418458  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1387  cyclic nucleotide-binding protein  36.16 
 
 		 320 aa  118  9.999999999999999e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243824  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1077  GGDEF domain-containing protein  41.92 
 
 		 528 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.918636  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1535  diguanylate cyclase  41.92 
 
 		 487 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0410  diguanylate cyclase  40.98 
 
 		 516 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3185  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.68 
 
 		 482 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2473  diguanylate cyclase  45.14 
 
 		 415 aa  119  9.999999999999999e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.172353  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2825  GGDEF domain-containing protein  41.92 
 
 		 487 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.819973  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2195  diguanylate cyclase  44.57 
 
 		 415 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2678  diguanylate cyclase  41.92 
 
 		 487 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2333  hypothetical protein  38.55 
 
 		 565 aa  118  1.9999999999999998e-25  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  43.37 
 
 		 459 aa  117  3e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1471  diguanylate cyclase  37.38 
 
 		 439 aa  117  3e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2158  diguanylate cyclase  43.35 
 
 		 417 aa  117  3e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.3144  normal  0.735889 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2092  response regulator receiver protein  32.87 
 
 		 459 aa  117  3e-25  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000936351  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0299  hypothetical protein  39.77 
 
 		 609 aa  117  3.9999999999999997e-25  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4297  diguanylate cyclase  41.46 
 
 		 522 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0491288  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01741  Putative CHASE3/GGDEF domain-containing signal protein  43.79 
 
 		 563 aa  116  5e-25  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0283  hypothetical protein  39.77 
 
 		 709 aa  116  5e-25  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0509  diguanylate cyclase  43.11 
 
 		 498 aa  116  6.9999999999999995e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00480754 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  41.42 
 
 		 631 aa  116  7.999999999999999e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4293  GGDEF domain-containing protein  36.98 
 
 		 334 aa  116  7.999999999999999e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0725016  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  42.26 
 
 		 464 aa  116  7.999999999999999e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0401  GGDEF domain-containing protein  41.9 
 
 		 507 aa  116  7.999999999999999e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4730  diguanylate cyclase  43.33 
 
 		 572 aa  116  7.999999999999999e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3549  diguanylate cyclase  40.91 
 
 		 408 aa  115  8.999999999999998e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.348554 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26970  hypothetical protein  40.69 
 
 		 525 aa  115  8.999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3430  diguanylate cyclase  37.22 
 
 		 513 aa  115  1.0000000000000001e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  40.74 
 
 		 461 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12380  diguanylate cyclase  35.91 
 
 		 499 aa  115  1.0000000000000001e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00534046  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3631  GGDEF domain-containing protein  35.42 
 
 		 722 aa  114  2.0000000000000002e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.770761  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0926  diguanylate cyclase  36.81 
 
 		 494 aa  115  2.0000000000000002e-24  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2954  diguanylate cyclase  41.53 
 
 		 612 aa  115  2.0000000000000002e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0512853  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  42.68 
 
 		 565 aa  114  2.0000000000000002e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5084  diguanylate cyclase  41.48 
 
 		 503 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.494089  normal  0.0445442 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1420  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.57 
 
 		 314 aa  115  2.0000000000000002e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4748  diguanylate cyclase  42.26 
 
 		 377 aa  114  2.0000000000000002e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2758  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.03 
 
 		 698 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0365  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 308 aa  115  2.0000000000000002e-24  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003519  diguanylate cyclase (GGDEF domain) with PAS/PAC sensor  36.31 
 
 		 280 aa  114  3e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000133532  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0719  diguanylate cyclase  40.96 
 
 		 370 aa  114  3e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2284  hypothetical protein  40.59 
 
 		 525 aa  114  3e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0619167  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0467  diguanylate cyclase  42.07 
 
 		 641 aa  114  3e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0953  diguanylate cyclase  36.81 
 
 		 494 aa  114  4.0000000000000004e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3750  PAS:GGDEF  42.01 
 
 		 721 aa  114  4.0000000000000004e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2608  diguanylate cyclase  41.42 
 
 		 380 aa  114  4.0000000000000004e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0349  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 523 aa  114  4.0000000000000004e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.291431  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02241  hypothetical protein  36.09 
 
 		 320 aa  113  5e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0610  response regulator PleD  41.36 
 
 		 461 aa  113  5e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.961713  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0470  GGDEF  40.72 
 
 		 412 aa  113  5e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.606028 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4128  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  38.65 
 
 		 663 aa  113  5e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2680  diguanylate cyclase  42.51 
 
 		 252 aa  113  5e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  38.24 
 
 		 492 aa  113  5e-24  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1426  diguanylate cyclase  40.2 
 
 		 385 aa  113  5e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1815  diguanylate cyclase  34.85 
 
 		 379 aa  113  5e-24  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.404044 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2409  diguanylate cyclase  41.21 
 
 		 381 aa  113  5e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  35.36 
 
 		 548 aa  113  6e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4930  diguanylate cyclase  45.88 
 
 		 530 aa  113  6e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.22973 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0575  response regulator PleD  41.36 
 
 		 456 aa  113  6e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1537  diguanylate cyclase  32.69 
 
 		 381 aa  113  7.000000000000001e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3704  diguanylate cyclase  38.01 
 
 		 460 aa  113  7.000000000000001e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0308  diguanylate cyclase  33.08 
 
 		 581 aa  113  7.000000000000001e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.164957 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4666  diguanylate cyclase  41.92 
 
 		 501 aa  113  7.000000000000001e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0421428  normal  0.479047 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0148  diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase with TPR repeats  42.33 
 
 		 560 aa  113  7.000000000000001e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.189493 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2553  diguanylate cyclase  45.78 
 
 		 484 aa  113  7.000000000000001e-24  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.928097  normal  0.61 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0414  diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 346 aa  112  8.000000000000001e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1006  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.99 
 
 		 312 aa  112  1.0000000000000001e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3546  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.35 
 
 		 438 aa  112  1.0000000000000001e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0176083 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2591  GGDEF domain protein  41.05 
 
 		 528 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.200767  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1450  diguanylate cyclase  38.01 
 
 		 1774 aa  112  1.0000000000000001e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4030  diguanylate cyclase  38.15 
 
 		 498 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1315  diguanylate cyclase  41.57 
 
 		 608 aa  112  1.0000000000000001e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.243862  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0313  diguanylate cyclase  33.08 
 
 		 577 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2422  diguanylate cyclase  40.3 
 
 		 532 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.257185  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0457  diguanylate cyclase  44.3 
 
 		 472 aa  112  1.0000000000000001e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.100839  normal  0.562676 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2535  diguanylate cyclase  39.29 
 
 		 1099 aa  111  2.0000000000000002e-23  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.12937  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1908  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.68 
 
 		 519 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.11693  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>