More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_2262 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_2262  diguanylate cyclase  100 
 
 		 430 aa  840    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0392628  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28880  diguanylate cyclase (GGDEF) domain-containing protein  35.54 
 
 		 409 aa  191  2.9999999999999997e-47  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.46801 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2218  GGDEF  36.07 
 
 		 448 aa  184  2.0000000000000003e-45  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0355  diguanylate cyclase  33.04 
 
 		 485 aa  172  9e-42  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7359  putative diguanylate cyclase  38.83 
 
 		 432 aa  171  2e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1161  diguanylate cyclase  36.74 
 
 		 440 aa  167  2.9999999999999998e-40  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0876222  normal  0.647833 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3428  diguanylate cyclase  36.46 
 
 		 425 aa  162  7e-39  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.261309 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2553  diguanylate cyclase  48.29 
 
 		 484 aa  152  2e-35  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.928097  normal  0.61 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1491  diguanylate cyclase  32.97 
 
 		 562 aa  149  9e-35  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.430715  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1328  diguanylate cyclase  47.57 
 
 		 437 aa  147  3e-34  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.561523  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0690  diguanylate cyclase  43.68 
 
 		 471 aa  137  3.0000000000000003e-31  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  40.61 
 
 		 307 aa  133  7.999999999999999e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2287  diguanylate cyclase  41.71 
 
 		 764 aa  132  9e-30  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2375  diguanylate cyclase  41.71 
 
 		 764 aa  132  9e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2607  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 316 aa  132  9e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000143356  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1576  diguanylate cyclase  41.71 
 
 		 764 aa  132  1.0000000000000001e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1202  diguanylate cyclase  40 
 
 		 356 aa  131  2.0000000000000002e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0240122  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.6 
 
 		 407 aa  130  5.0000000000000004e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5094  hypothetical protein  35.98 
 
 		 351 aa  129  9.000000000000001e-29  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5111  hypothetical protein  35.98 
 
 		 351 aa  129  9.000000000000001e-29  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2318  diguanylate cyclase  33.99 
 
 		 363 aa  129  1.0000000000000001e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1471  diguanylate cyclase  40 
 
 		 439 aa  129  1.0000000000000001e-28  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2608  diguanylate cyclase  36.21 
 
 		 380 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3072  diguanylate cyclase  39.47 
 
 		 356 aa  128  2.0000000000000002e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000986718 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3745  diguanylate cyclase  40.8 
 
 		 681 aa  128  2.0000000000000002e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0429  diguanylate cyclase  43.12 
 
 		 469 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.469713 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0019  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.8 
 
 		 668 aa  128  2.0000000000000002e-28  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1536  diguanylate cyclase  36.53 
 
 		 278 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.370191  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  34.77 
 
 		 571 aa  127  3e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0021  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.8 
 
 		 668 aa  127  3e-28  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5509  GGDEF domain protein  35.51 
 
 		 351 aa  127  3e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5267  GGDEF domain-containing protein  35.51 
 
 		 351 aa  127  5e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5664  GGDEF domain-containing protein  35.51 
 
 		 351 aa  127  5e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1811  GGDEF/HD domain-containing protein  31.71 
 
 		 563 aa  126  7e-28  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.63619  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1902  diguanylate cyclase  39.79 
 
 		 469 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000136063  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26970  hypothetical protein  42.61 
 
 		 525 aa  125  1e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0785  diguanylate cyclase with GAF sensor  45.81 
 
 		 367 aa  124  2e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5543  GGDEF domain-containing protein  38.1 
 
 		 352 aa  124  2e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6958  diguanylate cyclase  45.4 
 
 		 502 aa  125  2e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3932  GGDEF domain-containing protein  40.11 
 
 		 402 aa  124  3e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0460046  normal  0.0449819 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2284  hypothetical protein  42.77 
 
 		 525 aa  124  3e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0619167  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  39.39 
 
 		 405 aa  124  3e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4599  diguanylate cyclase  38.67 
 
 		 231 aa  124  4e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.711309  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2240  diguanylate cyclase  41.57 
 
 		 758 aa  124  4e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.365812 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4666  diguanylate cyclase  45.12 
 
 		 501 aa  124  4e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0421428  normal  0.479047 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0509  diguanylate cyclase  42.53 
 
 		 498 aa  124  4e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00480754 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1530  GGDEF/HD domain-containing protein  30.89 
 
 		 564 aa  124  4e-27  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.890216  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1181  diguanylate cyclase  40.98 
 
 		 482 aa  124  4e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3647  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.31 
 
 		 715 aa  123  7e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1298  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.56 
 
 		 353 aa  123  7e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000090214  hitchhiker  0.00354722 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0995  diguanylate cyclase with GAF sensor  43.1 
 
 		 792 aa  123  7e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.37011  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1752  diguanylate cyclase  32.35 
 
 		 718 aa  122  8e-27  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.972307  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1719  diguanylate cyclase with GAF sensor  42.42 
 
 		 563 aa  122  8e-27  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1741  diguanylate cyclase  38.67 
 
 		 374 aa  123  8e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.564976  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3704  diguanylate cyclase  40.99 
 
 		 460 aa  122  9e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21320  diguanylate cyclase  37.02 
 
 		 510 aa  122  9.999999999999999e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  39.27 
 
 		 680 aa  122  9.999999999999999e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3988  two component response regulator  42.37 
 
 		 296 aa  122  9.999999999999999e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2747  diguanylate cyclase  38 
 
 		 261 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.86983  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.74 
 
 		 730 aa  122  9.999999999999999e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0290  diguanylate cyclase  37.59 
 
 		 409 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0680  diguanylate cyclase  40.37 
 
 		 466 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3614  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.56 
 
 		 310 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6727  diguanylate cyclase  41.38 
 
 		 467 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1290  diguanylate cyclase  40.61 
 
 		 491 aa  122  1.9999999999999998e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1328  diguanylate cyclase  40.61 
 
 		 564 aa  121  1.9999999999999998e-26  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0263917  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2835  response regulator receiver domain-containing protein  39.87 
 
 		 346 aa  122  1.9999999999999998e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.157532  normal  0.231861 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14870  diguanylate cyclase  33.14 
 
 		 462 aa  120  3e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.024895  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0043  diguanylate cyclase  40.67 
 
 		 580 aa  121  3e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1476  diguanylate cyclase  41.57 
 
 		 414 aa  121  3e-26  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.64785  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0963  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.68 
 
 		 300 aa  120  3.9999999999999996e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  37.25 
 
 		 548 aa  120  3.9999999999999996e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0402  diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 866 aa  120  3.9999999999999996e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.362695  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0223  diguanylate cyclase  43.21 
 
 		 357 aa  120  3.9999999999999996e-26  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.133267  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2380  diguanylate cyclase  41.92 
 
 		 410 aa  120  3.9999999999999996e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  37.9 
 
 		 493 aa  120  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3362  diguanylate cyclase  36.24 
 
 		 380 aa  120  4.9999999999999996e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4400  diguanylate cyclase  38.65 
 
 		 493 aa  120  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0392  diguanylate cyclase  39.39 
 
 		 319 aa  120  4.9999999999999996e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0549299  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1315  diguanylate cyclase  41.8 
 
 		 608 aa  120  4.9999999999999996e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.243862  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2048  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.89 
 
 		 704 aa  120  6e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3583  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.44 
 
 		 322 aa  120  6e-26  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000864033 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3476  diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 298 aa  120  6e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00597173 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0795  diguanylate cyclase  45.28 
 
 		 249 aa  120  6e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2626  diguanylate cyclase  41.28 
 
 		 591 aa  120  6e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.138484  normal  0.0100044 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1109  diguanylate cyclase  39.33 
 
 		 532 aa  120  6e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1125  GGDEF  45.91 
 
 		 509 aa  119  7e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.394023  normal  0.376452 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0161  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.79 
 
 		 682 aa  119  7e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.957011  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4536  diguanylate cyclase  45.78 
 
 		 503 aa  120  7e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.221207  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1304  diguanylate cyclase  43.03 
 
 		 559 aa  120  7e-26  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1148  diguanylate cyclase  41.51 
 
 		 634 aa  119  7e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0203006  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.57 
 
 		 309 aa  119  7.999999999999999e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4131  diguanylate cyclase  40.37 
 
 		 369 aa  119  7.999999999999999e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.5 
 
 		 550 aa  119  7.999999999999999e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4143  putative diguanylate cyclase  44.38 
 
 		 409 aa  119  9e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000307242  normal  0.739273 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0319  diguanylate cyclase  40.34 
 
 		 732 aa  119  9.999999999999999e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7053  diguanylate cyclase  31.85 
 
 		 399 aa  119  9.999999999999999e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1811  diguanylate cyclase  40.35 
 
 		 1037 aa  119  9.999999999999999e-26  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.688838  normal  0.296213 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2954  diguanylate cyclase  42.31 
 
 		 612 aa  119  9.999999999999999e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0512853  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3566  diguanylate cyclase  38.5 
 
 		 460 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000340192  normal  0.133927 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>