More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_0355 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_0355  diguanylate cyclase  100 
 
 		 485 aa  955    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28880  diguanylate cyclase (GGDEF) domain-containing protein  36.71 
 
 		 409 aa  199  7.999999999999999e-50  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.46801 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2262  diguanylate cyclase  33.48 
 
 		 430 aa  160  4e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0392628  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1161  diguanylate cyclase  31.14 
 
 		 440 aa  139  7.999999999999999e-32  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0876222  normal  0.647833 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7359  putative diguanylate cyclase  30.62 
 
 		 432 aa  131  2.0000000000000002e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  39.51 
 
 		 464 aa  129  8.000000000000001e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2593  diguanylate cyclase  38.25 
 
 		 569 aa  126  7e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0279465  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5111  hypothetical protein  34.91 
 
 		 351 aa  124  3e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5509  GGDEF domain protein  34.91 
 
 		 351 aa  124  4e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5267  GGDEF domain-containing protein  34.91 
 
 		 351 aa  124  5e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5094  hypothetical protein  34.91 
 
 		 351 aa  124  5e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5664  GGDEF domain-containing protein  34.91 
 
 		 351 aa  124  5e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  35.86 
 
 		 425 aa  123  7e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2218  GGDEF  28.82 
 
 		 448 aa  122  9.999999999999999e-27  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.79 
 
 		 308 aa  120  3.9999999999999996e-26  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.79 
 
 		 308 aa  120  3.9999999999999996e-26  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7053  diguanylate cyclase  31.86 
 
 		 399 aa  120  7.999999999999999e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3958  diguanylate cyclase  39.9 
 
 		 349 aa  119  7.999999999999999e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0131917  normal  0.325854 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2553  diguanylate cyclase  30.3 
 
 		 484 aa  119  9e-26  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.928097  normal  0.61 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  34.19 
 
 		 418 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1387  cyclic nucleotide-binding protein  34.72 
 
 		 320 aa  119  1.9999999999999998e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243824  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2607  diguanylate cyclase  36.65 
 
 		 316 aa  117  5e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000143356  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1328  diguanylate cyclase  31.11 
 
 		 437 aa  117  6e-25  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.561523  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.86 
 
 		 407 aa  117  6.9999999999999995e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2966  diguanylate cyclase  45.03 
 
 		 386 aa  117  6.9999999999999995e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0175816  decreased coverage  0.00586824 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3428  diguanylate cyclase  30.24 
 
 		 425 aa  116  7.999999999999999e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.261309 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2725  diguanylate cyclase  29.51 
 
 		 368 aa  116  8.999999999999998e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.211672 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0308  diguanylate cyclase  32.18 
 
 		 581 aa  116  8.999999999999998e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.164957 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0299  hypothetical protein  38.73 
 
 		 609 aa  116  1.0000000000000001e-24  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0283  hypothetical protein  38.73 
 
 		 709 aa  115  1.0000000000000001e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0313  diguanylate cyclase  27.11 
 
 		 577 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3711  diguanylate cyclase  26.99 
 
 		 571 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.171778 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3227  diguanylate cyclase  35.94 
 
 		 359 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.709302  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  35.87 
 
 		 492 aa  115  2.0000000000000002e-24  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  39.9 
 
 		 1000 aa  115  2.0000000000000002e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0265  diguanylate cyclase  30.15 
 
 		 456 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1205  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.16 
 
 		 307 aa  114  3e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.618681  normal  0.182798 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  36.19 
 
 		 571 aa  113  6e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3646  diguanylate cyclase  39.06 
 
 		 357 aa  114  6e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1719  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.34 
 
 		 563 aa  113  7.000000000000001e-24  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  37.91 
 
 		 485 aa  113  7.000000000000001e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  35.41 
 
 		 631 aa  113  7.000000000000001e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5543  GGDEF domain-containing protein  35.71 
 
 		 352 aa  113  8.000000000000001e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0304  diguanylate cyclase  36.54 
 
 		 464 aa  113  9e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0250  GGDEF domain-containing protein  39.15 
 
 		 489 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.164767  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0984  GGDEF domain-containing protein  39.15 
 
 		 489 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.184695  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.01 
 
 		 505 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0315  GGDEF domain-containing protein  39.15 
 
 		 484 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.237701  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3048  diguanylate cyclase  39.18 
 
 		 398 aa  112  1.0000000000000001e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.795755  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2703  diguanylate cyclase  30.03 
 
 		 339 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.863974  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1012  diguanylate cyclase  37.77 
 
 		 295 aa  112  1.0000000000000001e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1840  putative transmembrane transcriptional sensor regulator  39.15 
 
 		 506 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0399375  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5594  GGDEF domain protein  35.71 
 
 		 348 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1298  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.57 
 
 		 353 aa  112  2.0000000000000002e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000090214  hitchhiker  0.00354722 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0379  diguanylate cyclase  33.02 
 
 		 540 aa  112  2.0000000000000002e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0390  GGDEF domain-containing protein  39.15 
 
 		 499 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.817676  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1346  GGDEF domain-containing protein  39.15 
 
 		 499 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0669442  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  35.38 
 
 		 422 aa  112  2.0000000000000002e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1755  diguanylate cyclase  39.15 
 
 		 499 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.2 
 
 		 550 aa  111  3e-23  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2106  diguanylate cyclase  35.27 
 
 		 720 aa  111  3e-23  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003519  diguanylate cyclase (GGDEF domain) with PAS/PAC sensor  35.15 
 
 		 280 aa  111  3e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000133532  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1122  GGDEF domain-containing protein  40 
 
 		 506 aa  111  3e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.014859  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4131  diguanylate cyclase  34.41 
 
 		 369 aa  111  3e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1536  diguanylate cyclase  31.88 
 
 		 278 aa  111  3e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.370191  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2151  diguanylate cyclase  39.81 
 
 		 583 aa  110  4.0000000000000004e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.984421  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0452  diguanylate cyclase  32.94 
 
 		 323 aa  110  5e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1491  diguanylate cyclase  36.68 
 
 		 562 aa  110  5e-23  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.430715  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0694  diguanylate cyclase  34.95 
 
 		 536 aa  110  5e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  36.81 
 
 		 485 aa  110  5e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1433  diguanylate cyclase  38.67 
 
 		 387 aa  110  6e-23  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.58748  normal  0.153521 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1172  diguanylate cyclase  36.02 
 
 		 361 aa  110  7.000000000000001e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00821476  hitchhiker  0.00260233 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0620  diguanylate cyclase  37.33 
 
 		 517 aa  110  7.000000000000001e-23  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089586 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2693  diguanylate cyclase  34.17 
 
 		 302 aa  110  8.000000000000001e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3310  diguanylate cyclase  36.94 
 
 		 396 aa  110  8.000000000000001e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1782  diguanylate cyclase  34.29 
 
 		 629 aa  109  1e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4666  diguanylate cyclase  32.56 
 
 		 407 aa  109  1e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00608192  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1181  diguanylate cyclase  37.37 
 
 		 482 aa  109  1e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0498  diguanylate cyclase  34.51 
 
 		 624 aa  109  1e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0680  diguanylate cyclase  34.72 
 
 		 466 aa  109  1e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3441  hypothetical protein  38.46 
 
 		 401 aa  109  1e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1109  diguanylate cyclase  34.78 
 
 		 532 aa  109  1e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0995  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.78 
 
 		 792 aa  109  1e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.37011  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2422  diguanylate cyclase  36.15 
 
 		 532 aa  108  2e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.257185  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3400  GGDEF  37.7 
 
 		 584 aa  108  2e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.884579  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3611  diguanylate cyclase  31.11 
 
 		 338 aa  108  2e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2508  diguanylate cyclase  38.36 
 
 		 387 aa  108  2e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.844584 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4238  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.57 
 
 		 348 aa  108  2e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2896  cellulose binding, type IV  32.33 
 
 		 443 aa  108  2e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00808862 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4126  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.57 
 
 		 348 aa  108  2e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.859123  normal  0.0985842 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2546  diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 564 aa  108  2e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0032266  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4688  diguanylate cyclase  31.11 
 
 		 338 aa  108  2e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.358326  normal  0.104473 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0119  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.7 
 
 		 324 aa  108  2e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.969085  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00398  hypothetical protein  33.72 
 
 		 347 aa  108  3e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.30336  normal  0.618685 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2920  sensor diguanylate cyclase  27.41 
 
 		 623 aa  108  3e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4730  diguanylate cyclase  39.23 
 
 		 572 aa  107  3e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1091  diguanylate cyclase  37.93 
 
 		 653 aa  108  3e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00555182 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0268  diguanylate cyclase  36.81 
 
 		 485 aa  107  3e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.624982  hitchhiker  0.000186113 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3010  diguanylate cyclase  37.13 
 
 		 377 aa  108  3e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0798808  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2943  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.76 
 
 		 438 aa  108  3e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.641955  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>