More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_4688 on replicon NC_010678
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010678  Rpic_4688  diguanylate cyclase  100 
 
 		 338 aa  671    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.358326  normal  0.104473 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3611  diguanylate cyclase  100 
 
 		 338 aa  671    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00398  hypothetical protein  74.09 
 
 		 347 aa  455  1e-127  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.30336  normal  0.618685 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2035  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.04 
 
 		 790 aa  142  6e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0244946 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5831  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.19 
 
 		 777 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.36212 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0636  diguanylate cyclase  45.51 
 
 		 559 aa  139  8.999999999999999e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.445559  normal  0.916917 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2310  diguanylate cyclase  42.7 
 
 		 555 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000248825 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2700  diguanylate cyclase  39.41 
 
 		 555 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3576  diguanylate cyclase  39.79 
 
 		 484 aa  132  6e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.3 
 
 		 531 aa  131  2.0000000000000002e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3646  diguanylate cyclase  39.47 
 
 		 357 aa  129  7.000000000000001e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2567  diguanylate cyclase  45.24 
 
 		 397 aa  129  9.000000000000001e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2432  hypothetical protein  41.57 
 
 		 551 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3700  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.41 
 
 		 780 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.973532 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  43.79 
 
 		 464 aa  126  4.0000000000000003e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1719  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.43 
 
 		 563 aa  126  4.0000000000000003e-28  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.84 
 
 		 730 aa  126  5e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1787  diguanylate cyclase  50.92 
 
 		 272 aa  126  6e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0160657 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26970  hypothetical protein  47.75 
 
 		 525 aa  126  6e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2036  diguanylate cyclase  40.61 
 
 		 381 aa  126  6e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0190259 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2758  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.3 
 
 		 698 aa  125  7e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  39.76 
 
 		 307 aa  125  7e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4589  diguanylate cyclase  38.1 
 
 		 409 aa  125  1e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.365756  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1125  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.69 
 
 		 769 aa  124  2e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.586946  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5832  diguanylate cyclase  40.1 
 
 		 381 aa  124  2e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.361903 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1497  putative GAF sensor protein  43.03 
 
 		 689 aa  124  3e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0995  diguanylate cyclase with GAF sensor  45.06 
 
 		 792 aa  123  4e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.37011  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2594  diguanylate cyclase  39.89 
 
 		 582 aa  123  4e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3704  diguanylate cyclase  40.46 
 
 		 460 aa  123  5e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2218  GGDEF  39.88 
 
 		 448 aa  123  5e-27  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3108  diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 411 aa  123  5e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2835  response regulator receiver domain-containing protein  39.56 
 
 		 346 aa  123  5e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.157532  normal  0.231861 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3988  two component response regulator  38.95 
 
 		 296 aa  122  6e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1057  GGDEF domain-containing protein  38.46 
 
 		 264 aa  122  7e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0538  diguanylate cyclase  36.41 
 
 		 381 aa  122  8e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1197  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.96 
 
 		 457 aa  122  8e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2144  diguanylate cyclase  42.26 
 
 		 263 aa  122  9.999999999999999e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1022  GGDEF domain-containing protein  39.47 
 
 		 264 aa  121  9.999999999999999e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.219718  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0680  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 466 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2284  hypothetical protein  44 
 
 		 525 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0619167  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1783  diguanylate cyclase  38.46 
 
 		 253 aa  120  3e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.203678  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3381  diguanylate cyclase  40 
 
 		 622 aa  120  3e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3816  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.21 
 
 		 797 aa  120  3e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.250791  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1583  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.38 
 
 		 444 aa  120  3e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.185074  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3973  hypothetical protein  41.86 
 
 		 355 aa  120  3.9999999999999996e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0517181  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1119  diguanylate cyclase  43.75 
 
 		 325 aa  120  3.9999999999999996e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.282481  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  38.99 
 
 		 492 aa  119  4.9999999999999996e-26  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3791  diguanylate cyclase  43.95 
 
 		 572 aa  119  7e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.81 
 
 		 505 aa  119  7.999999999999999e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  37.97 
 
 		 571 aa  119  9e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1851  diguanylate cyclase  35.95 
 
 		 620 aa  119  9e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1387  cyclic nucleotide-binding protein  41.76 
 
 		 320 aa  119  9.999999999999999e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243824  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2157  diguanylate cyclase  39.78 
 
 		 559 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.46132  hitchhiker  0.000000586134 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4255  GGDEF  36.45 
 
 		 400 aa  119  9.999999999999999e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6208  diguanylate cyclase  44.32 
 
 		 467 aa  118  9.999999999999999e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.355403  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2702  diguanylate cyclase  35.19 
 
 		 794 aa  119  9.999999999999999e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0564678  normal  0.658888 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2495  diguanylate cyclase  44.32 
 
 		 422 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1149  diguanylate cyclase  35.39 
 
 		 495 aa  118  1.9999999999999998e-25  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1908  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.26 
 
 		 519 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.11693  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2518  diguanylate cyclase  39.05 
 
 		 500 aa  117  1.9999999999999998e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.784165 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3023  diguanylate cyclase  39.77 
 
 		 362 aa  117  3e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.29 
 
 		 308 aa  117  3e-25  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1181  diguanylate cyclase  36.68 
 
 		 482 aa  117  3e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.29 
 
 		 308 aa  117  3e-25  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2608  diguanylate cyclase  42.41 
 
 		 380 aa  117  3e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3384  diguanylate cyclase  32.77 
 
 		 563 aa  117  3e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.667908 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0410  diguanylate cyclase  40.28 
 
 		 516 aa  117  3e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.14 
 
 		 322 aa  117  3.9999999999999997e-25  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  36.93 
 
 		 413 aa  116  3.9999999999999997e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2156  diguanylate cyclase  44.52 
 
 		 470 aa  117  3.9999999999999997e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.117189 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0009  diguanylate cyclase  38.1 
 
 		 312 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.214527  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0014  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.7 
 
 		 312 aa  116  5e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.927772  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1128  diguanylate cyclase  32.65 
 
 		 563 aa  116  5e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.716574  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0412  diguanylate cyclase AdrA  38.92 
 
 		 371 aa  116  6e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0453  diguanylate cyclase AdrA  38.92 
 
 		 371 aa  116  6e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0482  diguanylate cyclase AdrA  35.04 
 
 		 370 aa  116  6e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0690  diguanylate cyclase  38.22 
 
 		 471 aa  116  6e-25  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0734  GGDEF domain-containing protein  37.34 
 
 		 604 aa  116  6e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0302  diguanylate cyclase AdrA  38.92 
 
 		 366 aa  116  6e-25  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3922  GGDEF domain-containing protein  31.16 
 
 		 364 aa  116  6.9999999999999995e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6727  diguanylate cyclase  40.99 
 
 		 467 aa  116  6.9999999999999995e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0489  diguanylate cyclase  44.57 
 
 		 361 aa  115  7.999999999999999e-25  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.534535  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2518  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.98 
 
 		 751 aa  115  7.999999999999999e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00063624  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  32.93 
 
 		 487 aa  115  7.999999999999999e-25  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2422  diguanylate cyclase  44.44 
 
 		 532 aa  115  7.999999999999999e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.257185  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 355 aa  115  8.999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1695  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.38 
 
 		 594 aa  115  8.999999999999998e-25  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.357203  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5509  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.34 
 
 		 326 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.872831  normal  0.058561 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2394  GGDEF domain-containing protein  37.18 
 
 		 415 aa  115  1.0000000000000001e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.272098  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00336  hypothetical protein  38.92 
 
 		 371 aa  115  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3247  diguanylate cyclase AdrA  38.92 
 
 		 371 aa  115  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0905888 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1012  diguanylate cyclase  40.41 
 
 		 295 aa  115  1.0000000000000001e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0119  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.22 
 
 		 324 aa  115  1.0000000000000001e-24  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.969085  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0795  diguanylate cyclase  40.85 
 
 		 249 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0459  diguanylate cyclase AdrA  38.92 
 
 		 371 aa  115  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  32.56 
 
 		 659 aa  115  1.0000000000000001e-24  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  38.12 
 
 		 611 aa  115  1.0000000000000001e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2709  GGDEF domain-containing protein  39.26 
 
 		 411 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.887365  normal  0.569285 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7026  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.57 
 
 		 312 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.398098  hitchhiker  0.000000633587 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5175  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.06 
 
 		 313 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>