More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1091 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007973  Rmet_1091  diguanylate cyclase  100 
 
 
653 aa  1320    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00555182 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26970  hypothetical protein  32.75 
 
 
525 aa  158  2e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2284  hypothetical protein  32.84 
 
 
525 aa  156  1e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0619167  n/a   
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2687  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.33 
 
 
792 aa  144  7e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0299536  normal  0.27507 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.93 
 
 
772 aa  143  9.999999999999999e-33  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  40.91 
 
 
1000 aa  142  1.9999999999999998e-32  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3922  GGDEF domain-containing protein  41.04 
 
 
364 aa  142  1.9999999999999998e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2451  putative diguanylate cyclase  41.01 
 
 
651 aa  142  1.9999999999999998e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.20107  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2525  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.33 
 
 
464 aa  142  3e-32  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.21158 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  40.53 
 
 
413 aa  141  3.9999999999999997e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3851  diguanylate cyclase  44.12 
 
 
380 aa  140  4.999999999999999e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.344739 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.76 
 
 
308 aa  141  4.999999999999999e-32  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.76 
 
 
308 aa  141  4.999999999999999e-32  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1191  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.17 
 
 
836 aa  140  7e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.668547  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2318  diguanylate cyclase  39.15 
 
 
363 aa  140  8.999999999999999e-32  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  47.98 
 
 
360 aa  139  1e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2077  diguanylate cyclase  46.55 
 
 
382 aa  139  1e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.793636  normal  0.406002 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.66 
 
 
317 aa  139  2e-31  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.24 
 
 
531 aa  138  3.0000000000000003e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0241  diguanylate cyclase  37.16 
 
 
640 aa  138  3.0000000000000003e-31  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.7 
 
 
730 aa  138  3.0000000000000003e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2422  diguanylate cyclase  46.11 
 
 
532 aa  138  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.257185  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  46.47 
 
 
464 aa  137  6.0000000000000005e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.39 
 
 
407 aa  137  8e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0504  GGDEF domain-containing protein  47.67 
 
 
385 aa  136  9.999999999999999e-31  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.910184  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2322  diguanylate cyclase  41.05 
 
 
354 aa  136  9.999999999999999e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3835  diguanylate cyclase  36.4 
 
 
316 aa  136  9.999999999999999e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.84 
 
 
454 aa  135  1.9999999999999998e-30  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0304  response regulator PleD  42.51 
 
 
458 aa  135  1.9999999999999998e-30  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0864091  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1658  diguanylate cyclase  42.49 
 
 
354 aa  135  1.9999999999999998e-30  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.287196  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  46.84 
 
 
455 aa  135  1.9999999999999998e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2017  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.65 
 
 
1299 aa  135  1.9999999999999998e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0450581  normal  0.783142 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0299  hypothetical protein  33.65 
 
 
609 aa  135  3e-30  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2151  diguanylate cyclase  46.51 
 
 
583 aa  135  3e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.984421  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1136  diguanylate cyclase  43.79 
 
 
582 aa  135  3e-30  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  39.43 
 
 
548 aa  134  3.9999999999999996e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03704  GGDEF domain protein  41.04 
 
 
325 aa  134  3.9999999999999996e-30  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4086  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.71 
 
 
820 aa  134  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5099  diguanylate cyclase  45.29 
 
 
653 aa  134  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.873917  normal  0.160564 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.86 
 
 
550 aa  134  3.9999999999999996e-30  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3646  diguanylate cyclase  47.59 
 
 
357 aa  134  3.9999999999999996e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  42.77 
 
 
680 aa  134  5e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0283  hypothetical protein  33.33 
 
 
709 aa  134  6e-30  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0773  response regulator PleD  43.21 
 
 
458 aa  134  6e-30  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0495  diguanylate cyclase  44.12 
 
 
574 aa  134  6.999999999999999e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.355875  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1368  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.05 
 
 
818 aa  134  6.999999999999999e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.567434  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3610  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.75 
 
 
583 aa  134  6.999999999999999e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4041  diguanylate cyclase  43.35 
 
 
282 aa  134  6.999999999999999e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0649407 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3606  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.8 
 
 
757 aa  134  6.999999999999999e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00176  diguanylate cyclase  40 
 
 
354 aa  134  7.999999999999999e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1148  diguanylate cyclase  39.26 
 
 
634 aa  133  9e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0203006  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2699  diguanylate cyclase  45.51 
 
 
251 aa  133  9e-30  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  42.86 
 
 
466 aa  132  1.0000000000000001e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1821  diguanylate cyclase  38.92 
 
 
821 aa  133  1.0000000000000001e-29  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0308  diguanylate cyclase  43.98 
 
 
581 aa  133  1.0000000000000001e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.164957 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  43.35 
 
 
696 aa  133  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1826  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.09 
 
 
1294 aa  133  1.0000000000000001e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0144  diguanylate cyclase  45.03 
 
 
642 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6727  diguanylate cyclase  44.71 
 
 
467 aa  132  2.0000000000000002e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  40.89 
 
 
492 aa  132  2.0000000000000002e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0009  diguanylate cyclase  39.38 
 
 
312 aa  132  2.0000000000000002e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.214527  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3024  diguanylate cyclase  46.25 
 
 
260 aa  132  2.0000000000000002e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.104216  normal  0.207783 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0415  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.67 
 
 
1486 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3308  diguanylate cyclase  39.41 
 
 
603 aa  132  3e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000660005  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2785  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.67 
 
 
648 aa  131  3e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2943  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.45 
 
 
438 aa  132  3e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.641955  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  45.57 
 
 
457 aa  132  3e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7026  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.38 
 
 
312 aa  131  3e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.398098  hitchhiker  0.000000633587 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2404  diguanylate cyclase  47.31 
 
 
479 aa  132  3e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00227226  normal  0.966476 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0129  GGDEF domain-containing protein  45.03 
 
 
645 aa  131  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1036  diguanylate cyclase  42.53 
 
 
427 aa  131  4.0000000000000003e-29  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.132028  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4730  diguanylate cyclase  45.24 
 
 
572 aa  131  4.0000000000000003e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1352  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.08 
 
 
818 aa  131  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.455203  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0716  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.11 
 
 
801 aa  131  4.0000000000000003e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.317239  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1761  sensory box protein/GGDEF family protein  40.54 
 
 
973 aa  131  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.869454  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  42.25 
 
 
631 aa  131  5.0000000000000004e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  35.19 
 
 
307 aa  131  5.0000000000000004e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0146  diguanylate cyclase  45.03 
 
 
645 aa  131  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.369767  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0802  diguanylate cyclase  39.68 
 
 
321 aa  130  5.0000000000000004e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4119  diguanylate cyclase  44.67 
 
 
382 aa  130  6e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.898336 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2041  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.2 
 
 
317 aa  130  6e-29  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3988  two component response regulator  41.03 
 
 
296 aa  130  6e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4400  diguanylate cyclase  43.02 
 
 
681 aa  130  6e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.118889  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2067  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.2 
 
 
317 aa  130  6e-29  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1161  diguanylate cyclase  42.86 
 
 
440 aa  130  7.000000000000001e-29  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0876222  normal  0.647833 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1501  diguanylate cyclase  39.53 
 
 
360 aa  130  7.000000000000001e-29  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.15986  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1491  diguanylate cyclase  43.09 
 
 
562 aa  130  7.000000000000001e-29  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.430715  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1433  diguanylate cyclase  42.86 
 
 
387 aa  130  7.000000000000001e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.58748  normal  0.153521 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1305  diguanylate cyclase  42.77 
 
 
256 aa  130  8.000000000000001e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  45.2 
 
 
571 aa  130  8.000000000000001e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0803  diguanylate cyclase  37.32 
 
 
346 aa  130  8.000000000000001e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3953  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  40 
 
 
818 aa  130  9.000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.260128  decreased coverage  0.0078854 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4141  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.24 
 
 
312 aa  130  9.000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.812185  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2820  response regulator  47.06 
 
 
462 aa  130  9.000000000000001e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.229785  normal  0.330149 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0319  diguanylate cyclase  39.73 
 
 
732 aa  130  9.000000000000001e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1325  sensory box protein  28.27 
 
 
428 aa  130  1.0000000000000001e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.294155  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  44.94 
 
 
457 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2619  diguanylate cyclase  45.22 
 
 
471 aa  130  1.0000000000000001e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.912775  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  42.11 
 
 
461 aa  129  1.0000000000000001e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3541  response regulator PleD  43.67 
 
 
457 aa  130  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>