More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Namu_0117 on replicon NC_013235
Organism: Nakamurella multipartita DSM 44233



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013235  Namu_0117  diguanylate cyclase  100 
 
 		 443 aa  885    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3428  diguanylate cyclase  34.03 
 
 		 425 aa  168  2e-40  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.261309 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2218  GGDEF  32.31 
 
 		 448 aa  137  5e-31  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7359  putative diguanylate cyclase  35.12 
 
 		 432 aa  132  2.0000000000000002e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1491  diguanylate cyclase  41.84 
 
 		 562 aa  129  7.000000000000001e-29  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.430715  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1161  diguanylate cyclase  31.94 
 
 		 440 aa  129  1.0000000000000001e-28  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0876222  normal  0.647833 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1328  diguanylate cyclase  33.51 
 
 		 437 aa  127  5e-28  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.561523  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4395  diguanylate cyclase  45.51 
 
 		 498 aa  126  8.000000000000001e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0832  diguanylate cyclase  44.91 
 
 		 496 aa  124  5e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0821  diguanylate cyclase  44.72 
 
 		 496 aa  123  7e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.605291  normal  0.227561 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0798  GGDEF domain-containing protein  43.48 
 
 		 496 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.412232  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2553  diguanylate cyclase  34.13 
 
 		 484 aa  120  3.9999999999999996e-26  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.928097  normal  0.61 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2721  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.44 
 
 		 686 aa  120  3.9999999999999996e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.53529  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1387  cyclic nucleotide-binding protein  37.29 
 
 		 320 aa  117  3e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243824  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2207  diguanylate cyclase  39.77 
 
 		 735 aa  117  3.9999999999999997e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1476  diguanylate cyclase  35.83 
 
 		 414 aa  116  6.9999999999999995e-25  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.64785  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1471  diguanylate cyclase  36.65 
 
 		 439 aa  116  6.9999999999999995e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0504  GGDEF domain-containing protein  31.78 
 
 		 385 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.910184  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0453  GGDEF domain-containing protein  38.29 
 
 		 641 aa  114  4.0000000000000004e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0429  diguanylate cyclase  30.74 
 
 		 469 aa  113  6e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.469713 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4207  GGDEF domain-containing protein  39.89 
 
 		 625 aa  113  8.000000000000001e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2380  diguanylate cyclase  39.89 
 
 		 410 aa  113  8.000000000000001e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3115  diguanylate cyclase  38.92 
 
 		 354 aa  112  1.0000000000000001e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.276087 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12380  diguanylate cyclase  38.55 
 
 		 499 aa  112  1.0000000000000001e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00534046  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3733  diguanylate cyclase  39.89 
 
 		 625 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3559  diguanylate cyclase  39.89 
 
 		 625 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0397  diguanylate cyclase  39.89 
 
 		 625 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3646  diguanylate cyclase  40 
 
 		 357 aa  112  2.0000000000000002e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.3 
 
 		 407 aa  111  2.0000000000000002e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0265  diguanylate cyclase  33.81 
 
 		 456 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4104  diguanylate cyclase  39.44 
 
 		 610 aa  111  3e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.147884 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0498  diguanylate cyclase  38.64 
 
 		 624 aa  110  3e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1391  diguanylate cyclase  36.32 
 
 		 353 aa  110  6e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.723857  hitchhiker  0.0000000000000157902 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  37.35 
 
 		 227 aa  110  6e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.36 
 
 		 531 aa  110  7.000000000000001e-23  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0921  diguanylate cyclase  38.82 
 
 		 418 aa  109  9.000000000000001e-23  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2422  diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 532 aa  109  9.000000000000001e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.257185  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0690  diguanylate cyclase  38.46 
 
 		 471 aa  108  1e-22  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0546  diguanylate cyclase  39.33 
 
 		 499 aa  108  1e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  35.81 
 
 		 532 aa  109  1e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0895  GAF domain/GGDEF domain-containing protein  38.64 
 
 		 688 aa  108  2e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0310961  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2668  diguanylate cyclase  39.66 
 
 		 390 aa  108  2e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1197  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.49 
 
 		 457 aa  108  2e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3763  GGDEF  33.16 
 
 		 358 aa  108  2e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.199974 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1051  diguanylate cyclase  37.06 
 
 		 424 aa  108  2e-22  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1199  diguanylate cyclase  32.54 
 
 		 258 aa  108  2e-22  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000341711  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3232  hypothetical protein  33.71 
 
 		 498 aa  108  2e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0640076  normal  0.305585 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3576  diguanylate cyclase  38.18 
 
 		 484 aa  108  2e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6762  diguanylate cyclase  37.56 
 
 		 411 aa  108  2e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.322015  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2273  diguanylate cyclase  40.88 
 
 		 563 aa  107  3e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3816  diguanylate cyclase  38.41 
 
 		 526 aa  108  3e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3168  diguanylate cyclase  40.61 
 
 		 362 aa  108  3e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4589  diguanylate cyclase  42.26 
 
 		 409 aa  108  3e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.365756  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.85 
 
 		 550 aa  107  3e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  35.98 
 
 		 373 aa  107  3e-22  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3998  diguanylate cyclase  39.08 
 
 		 591 aa  107  4e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4666  diguanylate cyclase  35.92 
 
 		 501 aa  107  5e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0421428  normal  0.479047 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0533  diguanylate cyclase  39.89 
 
 		 480 aa  107  5e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  40 
 
 		 418 aa  107  6e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2154  GGDEF  34.98 
 
 		 411 aa  107  6e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3330  diguanylate cyclase  38.51 
 
 		 556 aa  107  6e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.702874 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2600  diguanylate cyclase with beta propeller sensor  36.75 
 
 		 977 aa  107  6e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0467  diguanylate cyclase  37.21 
 
 		 641 aa  107  6e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0802  diguanylate cyclase  36.09 
 
 		 321 aa  106  6e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1305  GGDEF domain protein  38.46 
 
 		 502 aa  106  7e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.620212  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3478  diguanylate cyclase  34.32 
 
 		 496 aa  106  7e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.289854  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0886  diguanylate cyclase  33.48 
 
 		 391 aa  106  7e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0459194 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1030  diguanylate cyclase  33.48 
 
 		 391 aa  106  7e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.12052 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  36.93 
 
 		 631 aa  106  7e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1369  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.46 
 
 		 302 aa  106  7e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.975059  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5012  diguanylate cyclase  41.18 
 
 		 510 aa  106  8e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28880  diguanylate cyclase (GGDEF) domain-containing protein  33.85 
 
 		 409 aa  106  8e-22  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.46801 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.96 
 
 		 901 aa  106  9e-22  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1386  diguanylate cyclase  37.06 
 
 		 433 aa  106  9e-22  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.904062  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2262  diguanylate cyclase  35.22 
 
 		 430 aa  106  9e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0392628  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0838  diguanylate cyclase  39.52 
 
 		 332 aa  106  9e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.569939 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0486  diguanylate cyclase  34.57 
 
 		 738 aa  106  9e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2607  diguanylate cyclase  34.78 
 
 		 316 aa  105  1e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000143356  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3745  diguanylate cyclase  36.7 
 
 		 681 aa  105  1e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1125  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.63 
 
 		 769 aa  105  1e-21  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.586946  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3840  diguanylate cyclase  36.05 
 
 		 556 aa  105  1e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.108967  hitchhiker  0.000986648 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1181  diguanylate cyclase  37.65 
 
 		 482 aa  105  1e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1806  diguanylate cyclase  43.08 
 
 		 473 aa  105  1e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.782438  hitchhiker  0.00449211 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3550  diguanylate cyclase  38.12 
 
 		 559 aa  105  1e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.953301  normal  0.354246 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4321  diguanylate cyclase  45.45 
 
 		 534 aa  105  1e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1426  diguanylate cyclase  38.37 
 
 		 385 aa  106  1e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 317 aa  105  1e-21  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21320  diguanylate cyclase  35.36 
 
 		 510 aa  105  1e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2290  diguanylate cyclase  36.76 
 
 		 646 aa  105  1e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.666302 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2815  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.72 
 
 		 457 aa  105  1e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.631579  normal  0.0857187 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1622  response regulator receiver protein  36.81 
 
 		 641 aa  106  1e-21  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.923164  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2820  response regulator  38.55 
 
 		 462 aa  105  2e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.229785  normal  0.330149 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0470  GGDEF  37.78 
 
 		 412 aa  105  2e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.606028 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3210  GGDEF domain-containing protein  37.21 
 
 		 624 aa  105  2e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2295  diguanylate cyclase  36.41 
 
 		 503 aa  105  2e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0817  diguanylate cyclase  36.71 
 
 		 1826 aa  105  2e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.8 
 
 		 772 aa  105  2e-21  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3563  cyclic nucleotide-binding protein  38.32 
 
 		 312 aa  105  2e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.187188  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0290  diguanylate cyclase  36.98 
 
 		 409 aa  105  2e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1663  diguanylate cyclase  36.62 
 
 		 491 aa  105  2e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>