More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_1386 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_1386  diguanylate cyclase  100 
 
 		 433 aa  894    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.904062  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1051  diguanylate cyclase  57.58 
 
 		 424 aa  465  9.999999999999999e-131  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0921  diguanylate cyclase  51.08 
 
 		 418 aa  411  1e-113  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1243  diguanylate cyclase  48.74 
 
 		 419 aa  380  1e-104  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1318  diguanylate cyclase  47.93 
 
 		 424 aa  377  1e-103  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1339  diguanylate cyclase  45.39 
 
 		 436 aa  357  2.9999999999999997e-97  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.473224  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1078  diguanylate cyclase  45.69 
 
 		 432 aa  338  1.9999999999999998e-91  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.00831826  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2715  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.39 
 
 		 314 aa  170  5e-41  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21320  diguanylate cyclase  44.27 
 
 		 510 aa  166  5e-40  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1525  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.85 
 
 		 316 aa  165  1.0000000000000001e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.15223e-23 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0895  GAF domain/GGDEF domain-containing protein  48.19 
 
 		 688 aa  162  8.000000000000001e-39  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0310961  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2721  diguanylate cyclase with GAF sensor  48.8 
 
 		 686 aa  160  4e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.53529  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3745  diguanylate cyclase  44.69 
 
 		 681 aa  160  6e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3350  sensor histidine kinase/GGDEF domain-containing protein  47.24 
 
 		 565 aa  159  9e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0043  diguanylate cyclase  44.94 
 
 		 580 aa  152  1e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2169  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.9 
 
 		 713 aa  151  2e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2048  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.9 
 
 		 704 aa  151  2e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1530  GGDEF/HD domain-containing protein  43.35 
 
 		 564 aa  149  8e-35  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.890216  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1811  GGDEF/HD domain-containing protein  43.35 
 
 		 563 aa  149  1.0000000000000001e-34  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.63619  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0223  diguanylate cyclase  43.86 
 
 		 357 aa  148  2.0000000000000003e-34  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.133267  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1436  two-component response regulator  45.61 
 
 		 327 aa  146  6e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.462819  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1309  GGDEF  46.47 
 
 		 334 aa  145  1e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00365402 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4051  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.5 
 
 		 360 aa  144  2e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.255257  normal  0.825864 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4124  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.88 
 
 		 334 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.113929  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  34.32 
 
 		 565 aa  145  2e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1741  diguanylate cyclase  44.91 
 
 		 374 aa  144  3e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.564976  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1471  diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 439 aa  144  3e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16500  two-component response regulator  45.61 
 
 		 347 aa  144  3e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.67066  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  44.38 
 
 		 308 aa  143  5e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2318  diguanylate cyclase  43.33 
 
 		 363 aa  143  7e-33  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1099  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.29 
 
 		 334 aa  143  7e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.29 
 
 		 334 aa  142  9e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.44 
 
 		 314 aa  142  9.999999999999999e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1494  response regulator/GGDEF domain-containing protein  45.29 
 
 		 335 aa  142  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.799611 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01741  Putative CHASE3/GGDEF domain-containing signal protein  43.12 
 
 		 563 aa  142  1.9999999999999998e-32  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1499  response regulator/GGDEF domain protein  45.88 
 
 		 334 aa  140  3e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  44.89 
 
 		 343 aa  140  3e-32  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_002978  WD0221  response regulator PleD  44.38 
 
 		 460 aa  140  6e-32  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1058  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.71 
 
 		 333 aa  139  7e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0856452  normal  0.699737 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1476  diguanylate cyclase  43.45 
 
 		 414 aa  139  7e-32  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.64785  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1191  diguanylate cyclase with GAF sensor  42.35 
 
 		 841 aa  139  1e-31  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1162  GGDEF domain protein  42.35 
 
 		 836 aa  138  2e-31  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.359678  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  42.51 
 
 		 457 aa  138  2e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1332  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37 
 
 		 306 aa  138  2e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2287  diguanylate cyclase  41.38 
 
 		 764 aa  138  2e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2951  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37 
 
 		 306 aa  138  2e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2375  diguanylate cyclase  41.38 
 
 		 764 aa  138  2e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1298  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.51 
 
 		 353 aa  137  3.0000000000000003e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000090214  hitchhiker  0.00354722 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2535  diguanylate cyclase  42.6 
 
 		 1099 aa  137  3.0000000000000003e-31  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.12937  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3967  putative response regulator of a two-component system  43.27 
 
 		 335 aa  137  3.0000000000000003e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000645274  normal  0.0110626 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1870  GGDEF domain-containing protein  38.41 
 
 		 342 aa  137  4e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  44.32 
 
 		 548 aa  137  4e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3770  PAS:GGDEF  45.14 
 
 		 328 aa  137  4e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0223226 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1576  diguanylate cyclase  40.8 
 
 		 764 aa  137  5e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3476  diguanylate cyclase  39.9 
 
 		 298 aa  137  5e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00597173 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0299  hypothetical protein  40.48 
 
 		 609 aa  136  6.0000000000000005e-31  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2258  diguanylate cyclase  41.98 
 
 		 353 aa  136  6.0000000000000005e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000122425  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.81 
 
 		 550 aa  136  6.0000000000000005e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0283  hypothetical protein  40.48 
 
 		 709 aa  136  7.000000000000001e-31  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1381  GGDEF domain/HD domain-containing protein  41.76 
 
 		 792 aa  136  8e-31  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.12 
 
 		 550 aa  136  8e-31  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2281  GGDEF  44.44 
 
 		 555 aa  136  9e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000303682  normal  0.0271008 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3011  serine/threonine protein kinase  40.86 
 
 		 1637 aa  135  9.999999999999999e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.15444  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2497  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.88 
 
 		 355 aa  135  9.999999999999999e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000595067  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3172  diguanylate cyclase  41.4 
 
 		 518 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.211888 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4681  GGDEF domain-containing protein  40.21 
 
 		 1034 aa  134  1.9999999999999998e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1387  cyclic nucleotide-binding protein  40.35 
 
 		 320 aa  135  1.9999999999999998e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243824  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  42.08 
 
 		 659 aa  135  1.9999999999999998e-30  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2815  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.07 
 
 		 457 aa  134  1.9999999999999998e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.631579  normal  0.0857187 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4748  diguanylate cyclase  43.43 
 
 		 377 aa  135  1.9999999999999998e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3647  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.11 
 
 		 359 aa  134  3e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.745021  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4293  GGDEF domain-containing protein  42.77 
 
 		 334 aa  133  5e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0725016  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3800  diguanylate cyclase  43.18 
 
 		 553 aa  133  5e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2544  diguanylate cyclase  39.05 
 
 		 398 aa  133  6e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.871243  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1325  sensory box protein  42.7 
 
 		 428 aa  133  6.999999999999999e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.294155  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0319  diguanylate cyclase  35.59 
 
 		 732 aa  133  6.999999999999999e-30  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0411  PAS:GGDEF  37.81 
 
 		 317 aa  132  9e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.320308 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.54 
 
 		 531 aa  132  9e-30  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  39.06 
 
 		 638 aa  132  1.0000000000000001e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1483  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.91 
 
 		 335 aa  132  1.0000000000000001e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.882912  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  41.62 
 
 		 464 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6515  diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 452 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.683766  normal  0.600963 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1834  diguanylate cyclase  38.7 
 
 		 525 aa  132  1.0000000000000001e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.245567  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0109  diguanylate cyclase  39.89 
 
 		 461 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3096  diguanylate cyclase  42.59 
 
 		 452 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0200719  hitchhiker  0.00269086 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  37.79 
 
 		 487 aa  132  1.0000000000000001e-29  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1906  response regulator receiver domain-containing protein  43.29 
 
 		 603 aa  132  1.0000000000000001e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0954  diguanylate cyclase  44.51 
 
 		 502 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0641916  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3210  GGDEF domain-containing protein  44.13 
 
 		 624 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4216  diguanylate cyclase  46.06 
 
 		 717 aa  132  2.0000000000000002e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0509  diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 498 aa  132  2.0000000000000002e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00480754 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  40 
 
 		 457 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0634  response regulator  42.94 
 
 		 470 aa  131  3e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00145352  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2189  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.61 
 
 		 415 aa  131  3e-29  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1171  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.68 
 
 		 916 aa  131  3e-29  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1202  diguanylate cyclase  41.07 
 
 		 356 aa  130  3e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0240122  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4131  diguanylate cyclase  35.36 
 
 		 369 aa  130  3e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2240  diguanylate cyclase  41.82 
 
 		 758 aa  130  3e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.365812 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3523  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  39.26 
 
 		 1079 aa  130  4.0000000000000003e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0275  diguanylate cyclase  40 
 
 		 630 aa  130  4.0000000000000003e-29  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0339591 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>