More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3563 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_3563  cyclic nucleotide-binding protein  100 
 
 		 312 aa  638    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.187188  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1387  cyclic nucleotide-binding protein  42.72 
 
 		 320 aa  250  2e-65  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243824  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0845  diguanylate cyclase  37.01 
 
 		 318 aa  174  1.9999999999999998e-42  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0773  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  33.44 
 
 		 318 aa  149  7e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3704  diguanylate cyclase  46.32 
 
 		 460 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0680  diguanylate cyclase  47.4 
 
 		 466 aa  147  3e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  46.34 
 
 		 307 aa  142  5e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0172  GGDEF domain-containing protein  46.01 
 
 		 328 aa  142  7e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2702  diguanylate cyclase  45.16 
 
 		 794 aa  140  3e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0564678  normal  0.658888 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1598  diguanylate cyclase  46 
 
 		 257 aa  138  1e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2276  diguanylate cyclase  46 
 
 		 257 aa  138  1e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.40422  normal  0.360858 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.1 
 
 		 843 aa  137  2e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  43.48 
 
 		 485 aa  136  5e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  40.74 
 
 		 492 aa  136  6.0000000000000005e-31  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01741  Putative CHASE3/GGDEF domain-containing signal protein  48.41 
 
 		 563 aa  135  8e-31  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.09 
 
 		 424 aa  135  9e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1125  GGDEF  43.72 
 
 		 509 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.394023  normal  0.376452 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1107  two component signal transduction response regulator  45 
 
 		 323 aa  135  9.999999999999999e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0808  GGDEF domain-containing protein  33.23 
 
 		 320 aa  133  3.9999999999999996e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.792512  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1006  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.56 
 
 		 312 aa  133  3.9999999999999996e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1282  diguanylate cyclase  45.34 
 
 		 578 aa  133  5e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1211  diguanylate cyclase  45.34 
 
 		 578 aa  132  5e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2740  diguanylate cyclase  42.72 
 
 		 555 aa  133  5e-30  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.84 
 
 		 505 aa  132  6e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0838  diguanylate cyclase  44.17 
 
 		 332 aa  132  6e-30  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.569939 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1851  diguanylate cyclase  43.23 
 
 		 620 aa  132  6e-30  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  43.48 
 
 		 418 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0119  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.12 
 
 		 324 aa  131  1.0000000000000001e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.969085  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1391  diguanylate cyclase  42.53 
 
 		 353 aa  131  1.0000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.723857  hitchhiker  0.0000000000000157902 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0798  GGDEF domain-containing protein  43.56 
 
 		 496 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.412232  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  43.03 
 
 		 493 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0085  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.59 
 
 		 301 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1536  diguanylate cyclase  41.57 
 
 		 278 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.370191  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0821  diguanylate cyclase  42.44 
 
 		 496 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.605291  normal  0.227561 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4030  diguanylate cyclase  41.88 
 
 		 498 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  43.29 
 
 		 461 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0832  diguanylate cyclase  44.65 
 
 		 496 aa  130  3e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4400  diguanylate cyclase  44.12 
 
 		 681 aa  130  3e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.118889  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1305  GGDEF domain protein  42.08 
 
 		 502 aa  130  3e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.620212  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0807  diguanylate cyclase  43.64 
 
 		 340 aa  130  3e-29  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2371  diguanylate cyclase  41.72 
 
 		 294 aa  129  4.0000000000000003e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.171648  normal  0.191081 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1332  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.25 
 
 		 306 aa  129  4.0000000000000003e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 485 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0384  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 486 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  43.27 
 
 		 680 aa  129  7.000000000000001e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0268  diguanylate cyclase  41.61 
 
 		 485 aa  129  9.000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.624982  hitchhiker  0.000186113 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3005  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.1 
 
 		 303 aa  129  9.000000000000001e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000288968 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4395  diguanylate cyclase  44.58 
 
 		 498 aa  129  9.000000000000001e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  43.03 
 
 		 493 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1194  diguanylate cyclase  42.57 
 
 		 471 aa  128  1.0000000000000001e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.361877  normal  0.129887 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0847  two component diguanylate cyclase  39.66 
 
 		 327 aa  128  1.0000000000000001e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4400  diguanylate cyclase  38.6 
 
 		 493 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.87 
 
 		 772 aa  128  1.0000000000000001e-28  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0963  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.75 
 
 		 300 aa  128  2.0000000000000002e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0787  GGDEF  39.88 
 
 		 585 aa  127  2.0000000000000002e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.109099  hitchhiker  0.00379197 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1163  diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 308 aa  127  2.0000000000000002e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1497  putative GAF sensor protein  39.5 
 
 		 689 aa  127  2.0000000000000002e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4141  diguanylate cyclase  45.91 
 
 		 312 aa  127  2.0000000000000002e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00274749 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1121  diguanylate cyclase  33.73 
 
 		 305 aa  127  2.0000000000000002e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.323017 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0828  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.71 
 
 		 324 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4124  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 485 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0530  response regulator receiver protein  45.83 
 
 		 392 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.143294  normal  0.0713478 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2420  diguanylate cyclase  42.47 
 
 		 532 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.499921  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2951  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.62 
 
 		 306 aa  127  2.0000000000000002e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1741  diguanylate cyclase  42.24 
 
 		 374 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.564976  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  42.35 
 
 		 571 aa  127  3e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0690  diguanylate cyclase  43.11 
 
 		 471 aa  127  3e-28  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0411  PAS:GGDEF  40.93 
 
 		 317 aa  127  3e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.320308 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  45.71 
 
 		 464 aa  127  3e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3753  diguanylate cyclase  41.61 
 
 		 485 aa  127  3e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.580016  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2535  diguanylate cyclase  43.75 
 
 		 1099 aa  127  3e-28  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.12937  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4041  diguanylate cyclase  39.55 
 
 		 282 aa  127  3e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0649407 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0429  diguanylate cyclase  39.15 
 
 		 469 aa  127  3e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.469713 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26970  hypothetical protein  48.43 
 
 		 525 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2284  hypothetical protein  48.43 
 
 		 525 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0619167  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2477  hypothetical protein  42.95 
 
 		 273 aa  126  4.0000000000000003e-28  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2222  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.9 
 
 		 732 aa  127  4.0000000000000003e-28  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.513474  normal  0.0596169 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.05 
 
 		 407 aa  126  4.0000000000000003e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1842  diguanylate cyclase  44.17 
 
 		 308 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.721538  normal  0.677546 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4666  diguanylate cyclase  41.94 
 
 		 501 aa  126  5e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0421428  normal  0.479047 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3614  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.45 
 
 		 310 aa  126  5e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  40.96 
 
 		 227 aa  126  5e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2626  diguanylate cyclase  41.98 
 
 		 599 aa  126  5e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4084  diguanylate cyclase  43.64 
 
 		 308 aa  126  6e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.647137 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0886  diguanylate cyclase  40.31 
 
 		 542 aa  125  7e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2979  diguanylate cyclase  44.1 
 
 		 490 aa  125  8.000000000000001e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3978  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 448 aa  125  8.000000000000001e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3750  PAS:GGDEF  44.87 
 
 		 721 aa  125  8.000000000000001e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3864  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 448 aa  125  8.000000000000001e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.315138  normal  0.244588 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2182  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.67 
 
 		 305 aa  125  8.000000000000001e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.724323  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2160  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.29 
 
 		 732 aa  125  9e-28  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2955  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.02 
 
 		 308 aa  125  9e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2700  diguanylate cyclase  43.95 
 
 		 417 aa  125  9e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2092  diguanylate cyclase  41.95 
 
 		 342 aa  125  1e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0157551  normal  0.671157 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  43.4 
 
 		 459 aa  125  1e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1212  diguanylate cyclase  43.48 
 
 		 578 aa  125  1e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2333  hypothetical protein  39.13 
 
 		 565 aa  125  1e-27  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3770  PAS:GGDEF  42.17 
 
 		 328 aa  125  1e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0223226 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48220  cyclic di-GMP signal transduction protein  38.71 
 
 		 344 aa  125  1e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.590583  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2518  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.34 
 
 		 751 aa  125  1e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00063624  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>