More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU0808 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU0808  GGDEF domain-containing protein  100 
 
 		 320 aa  641    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.792512  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0773  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  68.59 
 
 		 318 aa  426  1e-118  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0845  diguanylate cyclase  38.39 
 
 		 318 aa  178  9e-44  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1387  cyclic nucleotide-binding protein  33.55 
 
 		 320 aa  172  5.999999999999999e-42  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243824  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3563  cyclic nucleotide-binding protein  33.23 
 
 		 312 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.187188  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4395  diguanylate cyclase  44.17 
 
 		 498 aa  122  6e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1753  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  38.46 
 
 		 1073 aa  117  1.9999999999999998e-25  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  41.61 
 
 		 457 aa  116  3.9999999999999997e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1298  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.32 
 
 		 353 aa  114  3e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000090214  hitchhiker  0.00354722 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0832  diguanylate cyclase  40.99 
 
 		 496 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1536  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 278 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.370191  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2497  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.59 
 
 		 355 aa  110  3e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000595067  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0822  diguanylate cyclase  36 
 
 		 554 aa  110  3e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00155452  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01741  Putative CHASE3/GGDEF domain-containing signal protein  39.29 
 
 		 563 aa  110  3e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2290  diguanylate cyclase  42.17 
 
 		 646 aa  110  3e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.666302 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2986  diguanylate cyclase  32.88 
 
 		 352 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0275567 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1211  diguanylate cyclase  35.84 
 
 		 578 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1510  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  41.38 
 
 		 581 aa  109  6e-23  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.865852  normal  0.193576 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2754  diguanylate cyclase  35.75 
 
 		 355 aa  109  6e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0798314  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1282  diguanylate cyclase  35.26 
 
 		 578 aa  109  6e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3973  hypothetical protein  36.14 
 
 		 355 aa  109  6e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0517181  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  43.04 
 
 		 343 aa  108  8.000000000000001e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3203  diguanylate cyclase  39.76 
 
 		 569 aa  108  1e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0987619 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1355  diguanylate cyclase  36.59 
 
 		 487 aa  108  1e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.133394  normal  0.478971 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3476  diguanylate cyclase  33.91 
 
 		 298 aa  108  1e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00597173 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0402  diguanylate cyclase  39.39 
 
 		 866 aa  108  1e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.362695  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1658  diguanylate cyclase  35.98 
 
 		 354 aa  108  2e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.287196  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0821  diguanylate cyclase  39.75 
 
 		 496 aa  107  3e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.605291  normal  0.227561 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1598  diguanylate cyclase  35.18 
 
 		 257 aa  107  3e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3704  diguanylate cyclase  38.32 
 
 		 460 aa  107  3e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2276  diguanylate cyclase  35.18 
 
 		 257 aa  107  3e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.40422  normal  0.360858 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3441  hypothetical protein  37.3 
 
 		 401 aa  107  3e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0680  diguanylate cyclase  38.55 
 
 		 466 aa  107  4e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0798  GGDEF domain-containing protein  39.75 
 
 		 496 aa  107  4e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.412232  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0034  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.79 
 
 		 728 aa  107  4e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2462  GGDEF domain-containing protein  35.76 
 
 		 355 aa  106  5e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.118701  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12380  diguanylate cyclase  36.71 
 
 		 499 aa  106  5e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00534046  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2425  diguanylate cyclase  35.11 
 
 		 353 aa  105  8e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3550  diguanylate cyclase  37.43 
 
 		 559 aa  105  9e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.953301  normal  0.354246 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  38.04 
 
 		 455 aa  105  9e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2254  sensory box protein  33.5 
 
 		 422 aa  105  1e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0604  diguanylate cyclase  37.57 
 
 		 291 aa  105  1e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.436873  normal  0.310553 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1870  GGDEF domain-containing protein  36.53 
 
 		 342 aa  104  2e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1830  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.07 
 
 		 941 aa  104  2e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0085  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.89 
 
 		 301 aa  104  2e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2535  diguanylate cyclase  36.75 
 
 		 1099 aa  104  2e-21  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.12937  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0575  response regulator PleD  30.24 
 
 		 456 aa  104  2e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3308  response regulator PleD  38.65 
 
 		 457 aa  104  2e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.268667  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0619  response regulator receiver protein  36.2 
 
 		 378 aa  104  2e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.171629 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1741  diguanylate cyclase  40.37 
 
 		 374 aa  104  2e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.564976  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1643  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  39.63 
 
 		 316 aa  103  3e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0610  response regulator PleD  30.04 
 
 		 461 aa  103  3e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.961713  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1125  GGDEF  48.65 
 
 		 509 aa  103  3e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.394023  normal  0.376452 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  34.8 
 
 		 418 aa  103  3e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3770  PAS:GGDEF  36.31 
 
 		 328 aa  103  3e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0223226 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2325  diguanylate cyclase  34.94 
 
 		 350 aa  103  3e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.74843  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14870  diguanylate cyclase  33.13 
 
 		 462 aa  104  3e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.024895  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.18 
 
 		 843 aa  103  4e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.29 
 
 		 314 aa  103  4e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  33.86 
 
 		 466 aa  103  4e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1212  diguanylate cyclase  35.84 
 
 		 578 aa  103  4e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0504  GGDEF domain-containing protein  42.17 
 
 		 385 aa  103  5e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.910184  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  40.96 
 
 		 680 aa  103  5e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3024  diguanylate cyclase  35.36 
 
 		 260 aa  103  5e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.104216  normal  0.207783 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  39.64 
 
 		 753 aa  103  5e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2322  diguanylate cyclase  34.94 
 
 		 354 aa  102  8e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2650  diguanylate cyclase  34.5 
 
 		 347 aa  102  9e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.556547 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0787  GGDEF  37.34 
 
 		 585 aa  101  1e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.109099  hitchhiker  0.00379197 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1156  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.18 
 
 		 469 aa  102  1e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3165  diguanylate cyclase  31.79 
 
 		 579 aa  102  1e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.624427  hitchhiker  0.00241131 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3087  diguanylate cyclase  38.99 
 
 		 361 aa  101  1e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1663  diguanylate cyclase  37.71 
 
 		 491 aa  102  1e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1842  diguanylate cyclase  38.65 
 
 		 308 aa  102  1e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.721538  normal  0.677546 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4400  diguanylate cyclase  36.81 
 
 		 681 aa  102  1e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.118889  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2189  diguanylate cyclase with GAF sensor  34.73 
 
 		 415 aa  102  1e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4041  diguanylate cyclase  37.74 
 
 		 282 aa  100  2e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0649407 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3334  GGDEF family protein  34.1 
 
 		 574 aa  101  2e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3022  diguanylate cyclase  31.79 
 
 		 579 aa  101  2e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.238574  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.37 
 
 		 772 aa  101  2e-20  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4666  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 501 aa  101  2e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0421428  normal  0.479047 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0807  diguanylate cyclase  37.35 
 
 		 340 aa  101  2e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2370  diguanylate cyclase  36.42 
 
 		 342 aa  101  2e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.257282  normal  0.644967 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0039  diguanylate cyclase  38.85 
 
 		 521 aa  100  2e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2092  diguanylate cyclase  36.42 
 
 		 342 aa  101  2e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0157551  normal  0.671157 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2740  diguanylate cyclase  38.79 
 
 		 555 aa  101  2e-20  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2519  diguanylate cyclase  38.85 
 
 		 522 aa  100  2e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.926429  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1927  diguanylate cyclase  35.58 
 
 		 340 aa  101  2e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0449945  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1328  diguanylate cyclase  33.91 
 
 		 648 aa  101  2e-20  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 454 aa  101  2e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2040  diguanylate cyclase  35.8 
 
 		 347 aa  100  3e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.405567  normal  0.0142229 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3654  diguanylate cyclase  37.42 
 
 		 473 aa  100  3e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.271139  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1356  diguanylate cyclase  31.79 
 
 		 584 aa  100  3e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.786537  unclonable  0.00000000000388708 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2253  diguanylate cyclase  36.42 
 
 		 342 aa  100  3e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0242555  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  35.4 
 
 		 457 aa  100  3e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2077  diguanylate cyclase  35.8 
 
 		 343 aa  100  3e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.984314  normal  0.163131 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2104  diguanylate cyclase  36.42 
 
 		 342 aa  100  3e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  36.02 
 
 		 457 aa  100  3e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1170  diguanylate cyclase  39.71 
 
 		 365 aa  100  3e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.126429  normal  0.338656 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2667  diguanylate cyclase  38.41 
 
 		 522 aa  100  3e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.548675  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1916  diguanylate cyclase  35.98 
 
 		 736 aa  100  3e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>