More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gmet_0773 on replicon NC_007517
Organism: Geobacter metallireducens GS-15



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007517  Gmet_0773  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  100 
 
 		 318 aa  639    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0808  GGDEF domain-containing protein  68.59 
 
 		 320 aa  426  1e-118  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.792512  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1387  cyclic nucleotide-binding protein  36.86 
 
 		 320 aa  196  3e-49  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243824  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0845  diguanylate cyclase  40.39 
 
 		 318 aa  196  5.000000000000001e-49  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3563  cyclic nucleotide-binding protein  33.44 
 
 		 312 aa  149  7e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.187188  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.97 
 
 		 454 aa  124  2e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4395  diguanylate cyclase  41.86 
 
 		 498 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2535  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 1099 aa  124  2e-27  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.12937  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0798  GGDEF domain-containing protein  43.56 
 
 		 496 aa  123  4e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.412232  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0821  diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 496 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.605291  normal  0.227561 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2497  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.86 
 
 		 355 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000595067  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.33 
 
 		 772 aa  119  6e-26  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3973  hypothetical protein  33.06 
 
 		 355 aa  119  6e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0517181  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  37.5 
 
 		 457 aa  119  6e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1199  diguanylate cyclase  36.9 
 
 		 258 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000341711  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1125  GGDEF  41.24 
 
 		 509 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.394023  normal  0.376452 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1298  diguanylate cyclase with GAF sensor  40 
 
 		 353 aa  118  1.9999999999999998e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000090214  hitchhiker  0.00354722 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  37.95 
 
 		 355 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  35.75 
 
 		 418 aa  117  3e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0467  diguanylate cyclase  38.32 
 
 		 641 aa  117  3e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3704  diguanylate cyclase  41.07 
 
 		 460 aa  117  3e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1536  diguanylate cyclase  35.16 
 
 		 278 aa  116  5e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.370191  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0832  diguanylate cyclase  40.35 
 
 		 496 aa  116  6e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01741  Putative CHASE3/GGDEF domain-containing signal protein  41.57 
 
 		 563 aa  114  2.0000000000000002e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4748  diguanylate cyclase  40.54 
 
 		 377 aa  114  2.0000000000000002e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0680  diguanylate cyclase  40.48 
 
 		 466 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  37.89 
 
 		 466 aa  114  3e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1305  GGDEF domain protein  41.8 
 
 		 502 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.620212  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1753  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  39.51 
 
 		 1073 aa  113  4.0000000000000004e-24  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2425  diguanylate cyclase  38.55 
 
 		 353 aa  113  5e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2276  diguanylate cyclase  41.32 
 
 		 257 aa  113  6e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.40422  normal  0.360858 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1598  diguanylate cyclase  41.32 
 
 		 257 aa  113  6e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0034  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.78 
 
 		 728 aa  112  8.000000000000001e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1741  diguanylate cyclase  38.75 
 
 		 374 aa  112  9e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.564976  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1257  TPR repeat-containing diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase  35.71 
 
 		 1203 aa  111  1.0000000000000001e-23  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  35.5 
 
 		 307 aa  111  1.0000000000000001e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0085  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40 
 
 		 301 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0610  response regulator PleD  38.89 
 
 		 461 aa  110  2.0000000000000002e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.961713  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1156  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.7 
 
 		 469 aa  110  2.0000000000000002e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.48 
 
 		 843 aa  111  2.0000000000000002e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 309 aa  111  2.0000000000000002e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0185  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.92 
 
 		 1125 aa  111  2.0000000000000002e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.161564 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0575  response regulator PleD  38.89 
 
 		 456 aa  111  2.0000000000000002e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1614  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.07 
 
 		 531 aa  110  2.0000000000000002e-23  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.423577 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  41.36 
 
 		 548 aa  110  3e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3770  PAS:GGDEF  38.24 
 
 		 328 aa  110  3e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0223226 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1107  two component signal transduction response regulator  32.26 
 
 		 323 aa  110  3e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2322  diguanylate cyclase  35.54 
 
 		 354 aa  110  3e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1658  diguanylate cyclase  35.37 
 
 		 354 aa  110  5e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.287196  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0498  diguanylate cyclase  36.13 
 
 		 624 aa  110  5e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1497  response regulator PleD  38.65 
 
 		 454 aa  109  6e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.122959 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1099  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.07 
 
 		 334 aa  109  6e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  42.35 
 
 		 308 aa  109  7.000000000000001e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4666  diguanylate cyclase  42.33 
 
 		 501 aa  109  7.000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0421428  normal  0.479047 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2820  response regulator  38.18 
 
 		 462 aa  108  9.000000000000001e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.229785  normal  0.330149 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2290  diguanylate cyclase  42.42 
 
 		 646 aa  108  9.000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.666302 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3754  diguanylate cyclase  39.26 
 
 		 512 aa  108  1e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0457  diguanylate cyclase  37.27 
 
 		 472 aa  108  1e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.100839  normal  0.562676 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1499  response regulator/GGDEF domain protein  41.46 
 
 		 334 aa  108  1e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0604  diguanylate cyclase  36.99 
 
 		 291 aa  108  1e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.436873  normal  0.310553 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2370  diguanylate cyclase  37.2 
 
 		 342 aa  108  1e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.257282  normal  0.644967 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4041  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 282 aa  108  1e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0649407 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1510  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  41.38 
 
 		 581 aa  108  1e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.865852  normal  0.193576 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2986  diguanylate cyclase  31.52 
 
 		 352 aa  108  1e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0275567 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1355  diguanylate cyclase  39.26 
 
 		 487 aa  108  1e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.133394  normal  0.478971 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2626  diguanylate cyclase  43.4 
 
 		 599 aa  108  1e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2092  diguanylate cyclase  37.2 
 
 		 342 aa  108  1e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0157551  normal  0.671157 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2104  diguanylate cyclase  37.2 
 
 		 342 aa  108  2e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4084  diguanylate cyclase  39.75 
 
 		 308 aa  107  2e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.647137 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0219  diguanylate cyclase  37.72 
 
 		 303 aa  107  2e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  37.42 
 
 		 457 aa  107  2e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3476  diguanylate cyclase  34.68 
 
 		 298 aa  107  2e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00597173 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.62 
 
 		 334 aa  108  2e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4124  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.62 
 
 		 334 aa  107  2e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.113929  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2740  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 555 aa  107  2e-22  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5454  diguanylate cyclase  40.35 
 
 		 510 aa  107  3e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.488047  normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4330  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.97 
 
 		 325 aa  107  3e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3308  response regulator PleD  37.42 
 
 		 457 aa  107  3e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.268667  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0926  diguanylate cyclase  36.75 
 
 		 494 aa  107  3e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1319  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.08 
 
 		 610 aa  107  3e-22  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.104887  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1211  diguanylate cyclase  36.99 
 
 		 578 aa  107  3e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2253  diguanylate cyclase  37.2 
 
 		 342 aa  107  3e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0242555  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3203  diguanylate cyclase  40.65 
 
 		 569 aa  106  4e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0987619 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1432  response regulator PleD  36.2 
 
 		 457 aa  107  4e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3733  diguanylate cyclase  34.9 
 
 		 625 aa  106  4e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1060  diguanylate cyclase  41.72 
 
 		 378 aa  107  4e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0114541  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1450  diguanylate cyclase  40.74 
 
 		 1774 aa  106  4e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3559  diguanylate cyclase  34.9 
 
 		 625 aa  106  4e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0397  diguanylate cyclase  34.9 
 
 		 625 aa  107  4e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1282  diguanylate cyclase  36.42 
 
 		 578 aa  107  4e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2151  diguanylate cyclase  41.21 
 
 		 583 aa  106  5e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.984421  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2227  diguanylate cyclase  37.2 
 
 		 342 aa  106  5e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.72 
 
 		 314 aa  106  5e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  38.69 
 
 		 492 aa  106  5e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  37.42 
 
 		 457 aa  106  5e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1663  diguanylate cyclase  41.1 
 
 		 491 aa  106  6e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0953  diguanylate cyclase  36.75 
 
 		 494 aa  106  6e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0822  diguanylate cyclase  34.62 
 
 		 554 aa  106  6e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00155452  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0655  diguanylate cyclase  36.14 
 
 		 172 aa  106  6e-22  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000725118  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2531  diguanylate cyclase  37.11 
 
 		 347 aa  106  6e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.204125  normal  0.837026 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>