More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_2182 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_2182  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  100 
 
 
305 aa  632  1e-180  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.724323  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1977  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  50.16 
 
 
311 aa  297  1e-79  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000486076  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3923  sensory box protein  39.72 
 
 
297 aa  202  5e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3843  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.03 
 
 
407 aa  197  2.0000000000000003e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000804532 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0537  sensory box/GGDEF family protein  36.82 
 
 
682 aa  177  1e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0493  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.13 
 
 
431 aa  177  1e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000431095 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  37.98 
 
 
492 aa  177  2e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0476  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.26 
 
 
431 aa  177  3e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1656  sensory box/response regulator  36.1 
 
 
420 aa  176  5e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1917  response regulator receiver /GGDEF/PAS/PAC domain-containing protein  34.04 
 
 
419 aa  167  2e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0589316 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2291  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.78 
 
 
338 aa  161  1e-38  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  33.45 
 
 
548 aa  158  1e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1811  diguanylate cyclase  32.18 
 
 
1037 aa  156  4e-37  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.688838  normal  0.296213 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0452  sensory box protein  30.49 
 
 
451 aa  155  9e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1544  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.14 
 
 
739 aa  155  1e-36  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.498595 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1125  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.75 
 
 
769 aa  154  2e-36  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.586946  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2332  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.55 
 
 
324 aa  150  2e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.532356  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4787  sensory box putative digualylate cyclase  32.41 
 
 
292 aa  146  4.0000000000000006e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.243221  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.38 
 
 
531 aa  144  2e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  41.67 
 
 
307 aa  144  2e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  45.93 
 
 
459 aa  143  3e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2526  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.03 
 
 
715 aa  141  9.999999999999999e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.263284  normal  0.0502692 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.54 
 
 
407 aa  140  1.9999999999999998e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0109  diguanylate cyclase  44.19 
 
 
461 aa  141  1.9999999999999998e-32  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0498  diguanylate cyclase  45.4 
 
 
624 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3733  diguanylate cyclase  45.4 
 
 
625 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0241  diguanylate cyclase  37.97 
 
 
640 aa  139  6e-32  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4104  diguanylate cyclase  45.88 
 
 
610 aa  139  7e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.147884 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0397  diguanylate cyclase  44.83 
 
 
625 aa  139  7.999999999999999e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3559  diguanylate cyclase  44.83 
 
 
625 aa  138  8.999999999999999e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4207  GGDEF domain-containing protein  44.25 
 
 
625 aa  138  1e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4876  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.38 
 
 
730 aa  138  1e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.735464 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0319  two component diguanylate cyclase  37.38 
 
 
661 aa  138  1e-31  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0674  sensory box protein  30.36 
 
 
788 aa  137  3.0000000000000003e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.87 
 
 
772 aa  137  3.0000000000000003e-31  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5593  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.88 
 
 
448 aa  137  3.0000000000000003e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0423  diguanylate cyclase  44.83 
 
 
621 aa  136  4e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000679734 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0411  diguanylate cyclase  44.83 
 
 
628 aa  136  4e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0437  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  44.83 
 
 
628 aa  136  4e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.0211155 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  45.29 
 
 
631 aa  136  5e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3770  PAS:GGDEF  32 
 
 
328 aa  136  5e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0223226 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3903  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  44.83 
 
 
628 aa  136  5e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1834  diguanylate cyclase  43.03 
 
 
525 aa  136  6.0000000000000005e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.245567  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.34 
 
 
730 aa  135  6.0000000000000005e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0471  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.67 
 
 
572 aa  135  9e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.634401  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1027  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.65 
 
 
842 aa  134  9.999999999999999e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0664928  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  44.57 
 
 
638 aa  135  9.999999999999999e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0802  diguanylate cyclase  31.69 
 
 
321 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0504  GGDEF domain-containing protein  41.34 
 
 
385 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.910184  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2477  hypothetical protein  40.8 
 
 
273 aa  134  1.9999999999999998e-30  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1260  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.86 
 
 
423 aa  133  3e-30  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1382  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.1 
 
 
889 aa  133  3e-30  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.231857  normal  0.133175 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4904  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.97 
 
 
642 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0484368  normal  0.638753 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3381  diguanylate cyclase  43.93 
 
 
622 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26970  hypothetical protein  42.78 
 
 
525 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3362  diguanylate cyclase  39.63 
 
 
380 aa  132  5e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1107  two component signal transduction response regulator  44.57 
 
 
323 aa  132  5e-30  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2407  diguanylate cyclase  43.2 
 
 
364 aa  132  5e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1152  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.77 
 
 
1120 aa  133  5e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3319  sensory box protein  32.74 
 
 
733 aa  132  6e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0669106 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1896  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.61 
 
 
564 aa  132  6e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000133427  normal  0.619157 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0679  TPR repeat-containing diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase  41.99 
 
 
684 aa  132  6e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1205  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.32 
 
 
307 aa  132  6e-30  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.618681  normal  0.182798 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2333  hypothetical protein  42.61 
 
 
565 aa  132  6.999999999999999e-30  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3048  diguanylate cyclase  32.08 
 
 
398 aa  132  7.999999999999999e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.795755  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0231  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.21 
 
 
972 aa  131  1.0000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.63 
 
 
768 aa  132  1.0000000000000001e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2023  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.52 
 
 
632 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0375  hypothetical protein  30.51 
 
 
972 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.71 
 
 
578 aa  131  2.0000000000000002e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  36.5 
 
 
1000 aa  130  2.0000000000000002e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4369  sensor diguanylate cyclase  41.04 
 
 
569 aa  131  2.0000000000000002e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.399197 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1719  diguanylate cyclase with GAF sensor  40 
 
 
563 aa  130  2.0000000000000002e-29  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1516  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.53 
 
 
352 aa  131  2.0000000000000002e-29  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0065858  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0842  GGDEF domain-containing protein  43.9 
 
 
391 aa  130  3e-29  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.000293697  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3488  diguanylate cyclase  31.53 
 
 
302 aa  130  3e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.464189  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1136  diguanylate cyclase  42.07 
 
 
582 aa  130  3e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3750  PAS:GGDEF  44.89 
 
 
721 aa  130  3e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2425  diguanylate cyclase  43.53 
 
 
353 aa  130  3e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  40.7 
 
 
405 aa  130  3e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02019  Putative signal protein with GGDEF domain  40.76 
 
 
494 aa  130  3e-29  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.82 
 
 
550 aa  130  3e-29  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1343  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  32.88 
 
 
859 aa  129  4.0000000000000003e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0844288  hitchhiker  0.00464954 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3851  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.12 
 
 
634 aa  129  4.0000000000000003e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0571122  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0655  diguanylate cyclase  41.67 
 
 
172 aa  129  4.0000000000000003e-29  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000725118  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1150  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.83 
 
 
1466 aa  129  5.0000000000000004e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.765492  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4814  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.11 
 
 
628 aa  129  5.0000000000000004e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.230957  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0093  diguanylate cyclase  40.46 
 
 
426 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2151  diguanylate cyclase  42.94 
 
 
583 aa  129  6e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.984421  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1315  diguanylate cyclase  43.02 
 
 
608 aa  129  6e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.243862  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2284  hypothetical protein  41.71 
 
 
525 aa  129  9.000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0619167  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0619  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.51 
 
 
574 aa  128  9.000000000000001e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2092  response regulator receiver protein  32.01 
 
 
459 aa  128  1.0000000000000001e-28  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000936351  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0532  response regulator receiver /GGDEF/PAS/PAC domain-containing protein  29.9 
 
 
715 aa  128  1.0000000000000001e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.64 
 
 
308 aa  128  1.0000000000000001e-28  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  42.07 
 
 
457 aa  128  1.0000000000000001e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0164  diguanylate cyclase  32.08 
 
 
437 aa  128  1.0000000000000001e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.890841  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.64 
 
 
308 aa  128  1.0000000000000001e-28  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3085  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.44 
 
 
905 aa  127  2.0000000000000002e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1510  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  33.57 
 
 
581 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.865852  normal  0.193576 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>