More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dbac_2600 on replicon NC_013173
Organism: Desulfomicrobium baculatum DSM 4028



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013173  Dbac_2600  diguanylate cyclase with beta propeller sensor  100 
 
 		 977 aa  2014    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4681  GGDEF domain-containing protein  24.69 
 
 		 1034 aa  240  1e-61  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1685  GGDEF domain-containing protein  26.01 
 
 		 987 aa  236  2.0000000000000002e-60  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.00461565  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2607  GGDEF domain-containing protein  25.29 
 
 		 1054 aa  233  9e-60  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.202674  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1316  diguanylate cyclase  25.33 
 
 		 1004 aa  202  3e-50  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.730261  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02325  GGDEF domain protein  24.2 
 
 		 949 aa  192  2.9999999999999997e-47  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0921  histidine kinase  24.26 
 
 		 1105 aa  176  2.9999999999999996e-42  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.615746 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5621  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  23.38 
 
 		 1258 aa  169  2e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.879931  normal  0.634334 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6165  histidine kinase  23.04 
 
 		 1397 aa  165  4.0000000000000004e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000541195 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2733  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  23.81 
 
 		 965 aa  164  5.0000000000000005e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4824  histidine kinase  25.27 
 
 		 1024 aa  162  2e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0714049  normal  0.112759 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02778  GGDEF protein  23.37 
 
 		 946 aa  161  5e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2955  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  48.82 
 
 		 308 aa  159  3e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4104  diguanylate cyclase  38.8 
 
 		 505 aa  158  5.0000000000000005e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.340706 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3991  diguanylate cyclase  38.8 
 
 		 505 aa  158  5.0000000000000005e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.613369 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.05 
 
 		 843 aa  158  6e-37  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4124  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.59 
 
 		 334 aa  157  7e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.113929  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1738  diguanylate cyclase  45.93 
 
 		 462 aa  157  9e-37  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.99 
 
 		 334 aa  157  1e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1713  diguanylate cyclase  45.93 
 
 		 462 aa  157  1e-36  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1099  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.99 
 
 		 334 aa  157  1e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2032  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.2 
 
 		 310 aa  157  1e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1499  response regulator/GGDEF domain protein  47.65 
 
 		 334 aa  156  2e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1125  GGDEF  41.94 
 
 		 509 aa  156  2e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.394023  normal  0.376452 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4666  diguanylate cyclase  41.07 
 
 		 501 aa  156  2e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0421428  normal  0.479047 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0448  histidine kinase  23.81 
 
 		 1114 aa  155  2.9999999999999998e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.823175  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3840  diguanylate cyclase  43.72 
 
 		 556 aa  155  2.9999999999999998e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.108967  hitchhiker  0.000986648 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5189  diguanylate cyclase  40.69 
 
 		 521 aa  155  2.9999999999999998e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4565  diguanylate cyclase  40.69 
 
 		 521 aa  155  2.9999999999999998e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.267028  normal  0.0465187 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5670  diguanylate cyclase  40.69 
 
 		 521 aa  155  2.9999999999999998e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0236259 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1805  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  44.04 
 
 		 960 aa  154  5e-36  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1309  GGDEF  47.65 
 
 		 334 aa  154  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00365402 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0967  GGDEF family protein  23.22 
 
 		 976 aa  154  5.9999999999999996e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.1127  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4132  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.35 
 
 		 310 aa  154  8e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4149  diguanylate cyclase  45.35 
 
 		 591 aa  154  1e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0015025  normal  0.169582 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1598  diguanylate cyclase  39.32 
 
 		 492 aa  153  1e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0273825  normal  0.888834 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2812  diguanylate cyclase  42.62 
 
 		 315 aa  153  1e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1494  response regulator/GGDEF domain-containing protein  46.39 
 
 		 335 aa  152  2e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.799611 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0709  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.71 
 
 		 322 aa  153  2e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.169559 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1341  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.24 
 
 		 319 aa  153  2e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3528  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.44 
 
 		 310 aa  153  2e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1684  GGDEF domain-containing protein  43.11 
 
 		 323 aa  152  2e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1027  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.03 
 
 		 1276 aa  153  2e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2824  ATP-binding region ATPase domain protein  23.4 
 
 		 1374 aa  152  4e-35  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2667  diguanylate cyclase  47.09 
 
 		 522 aa  152  4e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.548675  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1561  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.62 
 
 		 455 aa  151  5e-35  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000734361  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1924  diguanylate cyclase  41.58 
 
 		 492 aa  151  6e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.268801  normal  0.495061 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1974  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.68 
 
 		 340 aa  151  6e-35  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.098619 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4321  histidine kinase  24.32 
 
 		 1355 aa  151  6e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.295286 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0847  two component diguanylate cyclase  44.63 
 
 		 327 aa  151  7e-35  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4944  diguanylate cyclase  41.55 
 
 		 520 aa  151  7e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0582678 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2397  diguanylate cyclase  38.04 
 
 		 510 aa  150  8e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2832  ATP-binding region ATPase domain protein  22.85 
 
 		 1340 aa  150  8e-35  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0201204  hitchhiker  0.008817 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4336  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 310 aa  150  8e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5496  diguanylate cyclase  42.03 
 
 		 520 aa  150  9e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.414779  hitchhiker  0.000876281 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1622  response regulator receiver protein  44.85 
 
 		 641 aa  150  9e-35  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.923164  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1025  diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 492 aa  150  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2534  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.99 
 
 		 421 aa  150  1.0000000000000001e-34  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.657544  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4015  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.79 
 
 		 315 aa  150  1.0000000000000001e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6178  diguanylate cyclase  41.58 
 
 		 492 aa  150  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.837587  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1021  diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 492 aa  150  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0128107  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1901  diguanylate cyclase  41.58 
 
 		 492 aa  150  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4204  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.2 
 
 		 310 aa  149  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.73 
 
 		 313 aa  150  2.0000000000000003e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3188  diguanylate cyclase  41.2 
 
 		 529 aa  149  2.0000000000000003e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.210299 
 
 
-
 
NC_003296  RS04801  hypothetical protein  38.3 
 
 		 505 aa  149  3e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0299872 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0028  diguanylate cyclase  41.55 
 
 		 527 aa  149  3e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.789293 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0362  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.86 
 
 		 890 aa  149  3e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.190279  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3819  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.55 
 
 		 660 aa  149  3e-34  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2089  diguanylate cyclase  47.13 
 
 		 306 aa  149  3e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0019  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.01 
 
 		 341 aa  149  3e-34  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0416556  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0371  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.86 
 
 		 890 aa  148  4.0000000000000006e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3770  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.55 
 
 		 660 aa  149  4.0000000000000006e-34  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0175  diguanylate cyclase  33.72 
 
 		 516 aa  148  5e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0498  diguanylate cyclase  48.73 
 
 		 624 aa  148  5e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0807  diguanylate cyclase  46.63 
 
 		 340 aa  147  6e-34  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3967  putative response regulator of a two-component system  44.85 
 
 		 335 aa  147  6e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000645274  normal  0.0110626 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3624  diguanylate cyclase  44.91 
 
 		 341 aa  148  6e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.112804  normal  0.505096 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0275  diguanylate cyclase  44 
 
 		 630 aa  147  7.0000000000000006e-34  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0339591 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2380  diguanylate cyclase  47.88 
 
 		 410 aa  147  8.000000000000001e-34  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3843  diguanylate cyclase  45.24 
 
 		 472 aa  147  8.000000000000001e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0411  diguanylate cyclase  49.37 
 
 		 628 aa  147  9e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0748  response regulator receiver protein  46.33 
 
 		 312 aa  147  1e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0225  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.58 
 
 		 325 aa  147  1e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3172  diguanylate cyclase  44.64 
 
 		 518 aa  147  1e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.211888 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5086  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.56 
 
 		 465 aa  147  1e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4231  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.17 
 
 		 357 aa  147  1e-33  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.113145  normal  0.678212 
 
 
-
 
NC_003296  RS00826  putative transmembrane protein  39.51 
 
 		 488 aa  146  2e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.61367  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1305  GGDEF domain protein  39.42 
 
 		 502 aa  146  2e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.620212  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0792  histidine kinase  23.49 
 
 		 1378 aa  146  2e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.134077 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3566  diguanylate cyclase  44.97 
 
 		 561 aa  146  2e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0665818  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0437  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  48.73 
 
 		 628 aa  145  2e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0211155 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5454  diguanylate cyclase  36.98 
 
 		 510 aa  146  2e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.488047  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1225  diguanylate cyclase with beta propeller sensor  22.24 
 
 		 985 aa  145  3e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.90661  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0984  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.57 
 
 		 353 aa  145  3e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.194443 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1058  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.58 
 
 		 333 aa  145  4e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0856452  normal  0.699737 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01691  histidine kinase/response regulator hybrid protein  23.81 
 
 		 1185 aa  145  4e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.578363  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0423  diguanylate cyclase  48.73 
 
 		 621 aa  145  5e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000679734 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2295  diguanylate cyclase  46.67 
 
 		 503 aa  144  6e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3903  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  48.73 
 
 		 628 aa  144  6e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>