More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_1039 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_1039  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  100 
 
 		 393 aa  815    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0950507  normal  0.205042 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3688  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  50.13 
 
 		 543 aa  355  5.999999999999999e-97  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0723  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.75 
 
 		 540 aa  287  2e-76  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0841  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.26 
 
 		 715 aa  280  2e-74  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.101081  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4377  GGDEF  43.44 
 
 		 551 aa  272  6e-72  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4837  response regulator  42.41 
 
 		 551 aa  268  1e-70  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.978785  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64050  putative two-component response regulator  42.28 
 
 		 542 aa  268  2e-70  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0623  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.55 
 
 		 556 aa  265  1e-69  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.322116  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5563  putative two-component response regulator  42.06 
 
 		 542 aa  265  1e-69  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.591571  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0563  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.63 
 
 		 451 aa  263  4e-69  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0608  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.63 
 
 		 452 aa  262  6.999999999999999e-69  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0597995 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1484  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.28 
 
 		 555 aa  261  2e-68  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0158649 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0602  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.63 
 
 		 451 aa  261  2e-68  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3442  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.63 
 
 		 539 aa  260  3e-68  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.677434  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4602  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.38 
 
 		 459 aa  256  6e-67  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.195913 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4315  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.56 
 
 		 554 aa  253  4.0000000000000004e-66  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.554314 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1830  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.95 
 
 		 941 aa  236  6e-61  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.15 
 
 		 550 aa  218  1e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1150  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.75 
 
 		 547 aa  214  9.999999999999999e-55  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3670  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 561 aa  202  9.999999999999999e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2212  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.24 
 
 		 543 aa  196  7e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2127  response regulator  31.64 
 
 		 544 aa  194  2e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2087  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.24 
 
 		 544 aa  194  2e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1887  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.24 
 
 		 544 aa  194  2e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.374169 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2104  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.68 
 
 		 546 aa  187  2e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0835719  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2118  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.02 
 
 		 546 aa  187  4e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2358  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.4 
 
 		 546 aa  186  9e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3473  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.76 
 
 		 351 aa  185  1.0000000000000001e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2241  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.74 
 
 		 546 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.195601  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3557  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.43 
 
 		 322 aa  182  9.000000000000001e-45  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.457648  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3625  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.55 
 
 		 322 aa  181  1e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.84 
 
 		 676 aa  176  9e-43  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.990746 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3505  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.96 
 
 		 665 aa  174  3.9999999999999995e-42  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1554  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.98 
 
 		 419 aa  173  5.999999999999999e-42  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3851  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.73 
 
 		 634 aa  167  2.9999999999999998e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0571122  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2951  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.45 
 
 		 306 aa  167  4e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2752  multi-component transcriptional regulator, winged helix family  30.33 
 
 		 799 aa  164  3e-39  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.8 
 
 		 308 aa  163  4.0000000000000004e-39  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0748  response regulator receiver protein  32.19 
 
 		 312 aa  164  4.0000000000000004e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.8 
 
 		 308 aa  163  4.0000000000000004e-39  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1332  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.44 
 
 		 306 aa  163  6e-39  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0600  response regulator receiver protein  32.57 
 
 		 301 aa  161  2e-38  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.89 
 
 		 309 aa  160  4e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.22 
 
 		 314 aa  159  7e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3614  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 310 aa  158  1e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1577  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.49 
 
 		 314 aa  158  2e-37  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0365  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.81 
 
 		 308 aa  157  3e-37  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  33.99 
 
 		 308 aa  156  6e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2955  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.71 
 
 		 308 aa  156  8e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.87 
 
 		 317 aa  155  1e-36  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0157  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.71 
 
 		 917 aa  155  1e-36  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.33 
 
 		 322 aa  154  2e-36  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1684  GGDEF domain-containing protein  30.51 
 
 		 323 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2693  diguanylate cyclase  33.56 
 
 		 302 aa  152  7e-36  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2859  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.62 
 
 		 532 aa  152  1e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.757844  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0828  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.52 
 
 		 324 aa  150  3e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2067  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.48 
 
 		 317 aa  150  4e-35  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2041  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.48 
 
 		 317 aa  150  4e-35  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1006  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.92 
 
 		 312 aa  149  6e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4015  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.97 
 
 		 315 aa  149  7e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1382  response regulator receiver protein  32.06 
 
 		 302 aa  149  1.0000000000000001e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4336  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.15 
 
 		 310 aa  149  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2089  diguanylate cyclase  32.41 
 
 		 306 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02505  putative response regulator  31.53 
 
 		 306 aa  149  1.0000000000000001e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0963  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.44 
 
 		 300 aa  148  2.0000000000000003e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5066  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.38 
 
 		 338 aa  147  2.0000000000000003e-34  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1436  two-component response regulator  32.7 
 
 		 327 aa  147  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.462819  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4132  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.49 
 
 		 310 aa  146  7.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2309  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.08 
 
 		 434 aa  145  9e-34  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.484645  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2397  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.56 
 
 		 434 aa  145  1e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.593336  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  31.02 
 
 		 457 aa  145  1e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1643  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  31.75 
 
 		 316 aa  144  2e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0133  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.21 
 
 		 461 aa  145  2e-33  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3123  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.85 
 
 		 312 aa  144  3e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4204  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.49 
 
 		 310 aa  144  3e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0115  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.88 
 
 		 304 aa  144  3e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.113218  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2812  diguanylate cyclase  29.45 
 
 		 315 aa  144  3e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2421  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.14 
 
 		 684 aa  143  4e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000243595 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  32.63 
 
 		 461 aa  143  5e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3210  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.71 
 
 		 337 aa  143  5e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.32327  normal  0.712325 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3005  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.29 
 
 		 303 aa  143  5e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000288968 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1513  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.36 
 
 		 301 aa  143  6e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0153071 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.15 
 
 		 301 aa  143  6e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1556  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.74 
 
 		 300 aa  142  7e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16500  two-component response regulator  31.96 
 
 		 347 aa  142  7e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.67066  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3583  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.11 
 
 		 322 aa  142  8e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000864033 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2383  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.39 
 
 		 434 aa  142  9e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00665942 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2313  response regulator  33.45 
 
 		 301 aa  142  9.999999999999999e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.483613  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1341  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32 
 
 		 319 aa  142  9.999999999999999e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0135  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.64 
 
 		 306 aa  142  9.999999999999999e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.248217 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29300  Response regulator  32.99 
 
 		 310 aa  141  1.9999999999999998e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0610  response regulator PleD  32.67 
 
 		 461 aa  140  4.999999999999999e-32  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.961713  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3669  diguanylate cyclase  32.43 
 
 		 300 aa  140  4.999999999999999e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0119902  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0109  diguanylate cyclase  42.39 
 
 		 461 aa  139  7.999999999999999e-32  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2740  diguanylate cyclase  40.93 
 
 		 555 aa  139  8.999999999999999e-32  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0847  two component diguanylate cyclase  34.06 
 
 		 327 aa  139  1e-31  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0984  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.64 
 
 		 353 aa  138  2e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.194443 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2407  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.66 
 
 		 443 aa  138  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0296488 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1561  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.88 
 
 		 455 aa  138  2e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000734361  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1058  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.03 
 
 		 333 aa  137  2e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0856452  normal  0.699737 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>