More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewana3_2212 on replicon NC_008577
Organism: Shewanella sp. ANA-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_2127  response regulator  90.77 
 
 		 544 aa  1004    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2212  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  100 
 
 		 543 aa  1121    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2118  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  86.64 
 
 		 546 aa  955    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2104  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  87.43 
 
 		 546 aa  973    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0835719  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2241  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  87.57 
 
 		 546 aa  968    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.195601  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2087  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  95.94 
 
 		 544 aa  1039    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1887  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  95.94 
 
 		 544 aa  1039    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.374169 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2358  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  87.62 
 
 		 546 aa  974    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0841  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.52 
 
 		 715 aa  308  2.0000000000000002e-82  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.101081  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1830  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.83 
 
 		 941 aa  276  5e-73  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4315  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.23 
 
 		 554 aa  265  1e-69  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.554314 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1484  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.96 
 
 		 555 aa  262  8.999999999999999e-69  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0158649 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0623  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.63 
 
 		 556 aa  258  1e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.322116  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4377  GGDEF  31.19 
 
 		 551 aa  255  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4837  response regulator  30.81 
 
 		 551 aa  254  3e-66  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.978785  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0723  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.31 
 
 		 540 aa  252  9.000000000000001e-66  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5563  putative two-component response regulator  30.48 
 
 		 542 aa  252  1e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.591571  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64050  putative two-component response regulator  30.3 
 
 		 542 aa  249  1e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0608  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.33 
 
 		 452 aa  248  1e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0597995 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0563  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.76 
 
 		 451 aa  243  7e-63  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0602  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.12 
 
 		 451 aa  243  9e-63  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3442  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.78 
 
 		 539 aa  242  1e-62  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.677434  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4602  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.91 
 
 		 459 aa  240  5.999999999999999e-62  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.195913 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.53 
 
 		 550 aa  211  2e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1150  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.04 
 
 		 547 aa  201  3.9999999999999996e-50  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1039  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.24 
 
 		 393 aa  196  1e-48  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0950507  normal  0.205042 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3505  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.16 
 
 		 665 aa  188  2e-46  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2752  multi-component transcriptional regulator, winged helix family  28.71 
 
 		 799 aa  184  3e-45  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3670  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  27.98 
 
 		 561 aa  181  2e-44  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3688  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.89 
 
 		 543 aa  174  2.9999999999999996e-42  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.25 
 
 		 676 aa  173  7.999999999999999e-42  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.990746 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2859  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  26.15 
 
 		 532 aa  161  3e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.757844  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1780  diguanylate cyclase  31.03 
 
 		 414 aa  159  2e-37  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0600  response regulator receiver protein  36.24 
 
 		 301 aa  159  2e-37  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.2 
 
 		 308 aa  157  4e-37  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.2 
 
 		 308 aa  157  4e-37  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1554  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.28 
 
 		 419 aa  155  1e-36  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2326  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.21 
 
 		 536 aa  153  8e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2323  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.17 
 
 		 445 aa  150  8e-35  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.123075  unclonable  0.0000172862 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3614  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.57 
 
 		 310 aa  144  4e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  26.73 
 
 		 454 aa  143  8e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2407  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.58 
 
 		 443 aa  141  3e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0296488 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1665  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.11 
 
 		 313 aa  140  6e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2693  diguanylate cyclase  31.51 
 
 		 302 aa  139  8.999999999999999e-32  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1984  threonine dehydratase  26.56 
 
 		 418 aa  139  1e-31  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.241676  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3557  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31 
 
 		 322 aa  139  1e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.457648  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0581  response regulator  28.44 
 
 		 417 aa  138  2e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000040809  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3625  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.69 
 
 		 322 aa  138  3.0000000000000003e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2383  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.12 
 
 		 434 aa  138  3.0000000000000003e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00665942 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0065  response regulator receiver protein  31.29 
 
 		 305 aa  137  4e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0157  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.97 
 
 		 917 aa  137  5e-31  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3473  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.69 
 
 		 351 aa  137  5e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.63 
 
 		 301 aa  137  7.000000000000001e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0081  response regulator/GGDEF domain-containing protein  28.1 
 
 		 419 aa  136  9.999999999999999e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.95 
 
 		 317 aa  136  9.999999999999999e-31  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0659  diguanylate cyclase  25.89 
 
 		 417 aa  135  1.9999999999999998e-30  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0149639  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  26.48 
 
 		 457 aa  134  3e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1006  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  27.74 
 
 		 312 aa  134  3.9999999999999996e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1341  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.02 
 
 		 319 aa  134  5e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1684  GGDEF domain-containing protein  30.16 
 
 		 323 aa  134  5e-30  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0115  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.43 
 
 		 304 aa  134  5e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.113218  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2067  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.44 
 
 		 317 aa  133  6e-30  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2041  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.44 
 
 		 317 aa  133  6e-30  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1203  response regulator  30.1 
 
 		 634 aa  133  9e-30  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0748  response regulator receiver protein  29.87 
 
 		 312 aa  133  1.0000000000000001e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2233  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.92 
 
 		 428 aa  132  1.0000000000000001e-29  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1483  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.57 
 
 		 335 aa  132  2.0000000000000002e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.882912  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  25.46 
 
 		 466 aa  132  2.0000000000000002e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3583  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.44 
 
 		 322 aa  131  3e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000864033 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2032  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.48 
 
 		 310 aa  130  4.0000000000000003e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2049  diguanylate cyclase  46.63 
 
 		 357 aa  131  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1382  response regulator receiver protein  30.14 
 
 		 302 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0135  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30 
 
 		 306 aa  131  4.0000000000000003e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.248217 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2466  diguanylate cyclase  27.9 
 
 		 406 aa  130  5.0000000000000004e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0503371  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3308  response regulator PleD  27.49 
 
 		 457 aa  130  7.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.268667  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4080  diguanylate cyclase  28.76 
 
 		 418 aa  129  9.000000000000001e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.84 
 
 		 313 aa  129  1.0000000000000001e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  27.03 
 
 		 322 aa  129  1.0000000000000001e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0085  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  27.84 
 
 		 453 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1513  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.21 
 
 		 301 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0153071 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2955  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.08 
 
 		 308 aa  129  1.0000000000000001e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0478  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.52 
 
 		 422 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.60604  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2313  response regulator  28.96 
 
 		 301 aa  128  2.0000000000000002e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.483613  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1723  diguanylate cyclase  28.95 
 
 		 420 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.428268  hitchhiker  0.00000158997 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2421  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  25.95 
 
 		 684 aa  128  2.0000000000000002e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000243595 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00466  Putative two-component system regulatory protein with GGDEF domain  29.62 
 
 		 414 aa  128  2.0000000000000002e-28  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.6149  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2699  diguanylate cyclase  43.75 
 
 		 251 aa  128  3e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  26.1 
 
 		 457 aa  127  5e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  25.97 
 
 		 457 aa  127  6e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2153  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.83 
 
 		 443 aa  127  7e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.257798  normal  0.276429 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.92 
 
 		 314 aa  127  7e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  25.97 
 
 		 457 aa  127  7e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0907  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  27.07 
 
 		 457 aa  126  1e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.401363  normal  0.40647 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0470  GGDEF  43.75 
 
 		 412 aa  125  2e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.606028 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5250  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.84 
 
 		 360 aa  125  2e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.395511  normal  0.949965 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2023  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.26 
 
 		 312 aa  125  2e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.174701  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0377  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.65 
 
 		 314 aa  124  3e-27  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2518  GGDEF domain-containing protein  26.93 
 
 		 407 aa  124  3e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0967  diguanylate cyclase  27.07 
 
 		 457 aa  124  4e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.555277  normal  0.0207283 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3603  GGDEF domain-containing protein  32.68 
 
 		 570 aa  124  4e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>