More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_2518 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_2518  GGDEF domain-containing protein  100 
 
 		 407 aa  833    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2466  diguanylate cyclase  63.95 
 
 		 406 aa  533  1e-150  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0503371  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1723  diguanylate cyclase  60.58 
 
 		 420 aa  512  1e-144  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.428268  hitchhiker  0.00000158997 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2855  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  60.19 
 
 		 415 aa  509  1e-143  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.220747  hitchhiker  0.000676798 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1684  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  59.75 
 
 		 400 aa  473  1e-132  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.16221  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1511  response regulator receiver protein  55.66 
 
 		 416 aa  453  1.0000000000000001e-126  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1933  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.27 
 
 		 411 aa  308  1.0000000000000001e-82  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.380329  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0659  diguanylate cyclase  37.38 
 
 		 417 aa  288  9e-77  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0149639  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0478  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.79 
 
 		 422 aa  287  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.60604  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1780  diguanylate cyclase  37.8 
 
 		 414 aa  286  4e-76  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03374  Response regulator containing a CheY-like receiver domain and a GGDEF domain  40.05 
 
 		 419 aa  281  1e-74  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.67607  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0621  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.86 
 
 		 415 aa  274  2.0000000000000002e-72  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.649156 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0081  response regulator/GGDEF domain-containing protein  37.38 
 
 		 419 aa  273  3e-72  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2323  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.56 
 
 		 445 aa  273  3e-72  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.123075  unclonable  0.0000172862 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0462  3-deoxy-d-manno-octulosonic-acid transferase  37.29 
 
 		 422 aa  265  8.999999999999999e-70  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03265  hypothetical protein  38.08 
 
 		 403 aa  263  3e-69  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0085  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.83 
 
 		 453 aa  262  6.999999999999999e-69  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1984  threonine dehydratase  38.13 
 
 		 418 aa  262  1e-68  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.241676  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1193  diguanylate cyclase  34.55 
 
 		 415 aa  258  2e-67  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00466  Putative two-component system regulatory protein with GGDEF domain  35.52 
 
 		 414 aa  255  1.0000000000000001e-66  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.6149  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4080  diguanylate cyclase  35.28 
 
 		 418 aa  248  1e-64  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2407  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.34 
 
 		 443 aa  247  3e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0296488 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00199  response regulator/GGDEF domain protein  34.69 
 
 		 426 aa  240  2.9999999999999997e-62  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0581  response regulator  34.22 
 
 		 417 aa  240  2.9999999999999997e-62  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000040809  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2153  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.34 
 
 		 443 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.257798  normal  0.276429 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3346  response regulator/GGDEF domain-containing protein  33.65 
 
 		 417 aa  234  3e-60  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1334  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.47 
 
 		 447 aa  231  1e-59  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3514  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.45 
 
 		 427 aa  220  3.9999999999999997e-56  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2233  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.98 
 
 		 428 aa  218  1e-55  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0652  two component response regulator  31.55 
 
 		 414 aa  193  6e-48  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.267728  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0579  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  42.62 
 
 		 487 aa  191  2.9999999999999997e-47  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.721447  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0746  response regulator/GGDEF domain-containing protein  29.64 
 
 		 414 aa  185  1.0000000000000001e-45  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0447686  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0671  response regulator/GGDEF domain-containing protein  29.64 
 
 		 414 aa  185  1.0000000000000001e-45  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1356  response regulator/GGDEF domain-containing protein  29.64 
 
 		 414 aa  183  5.0000000000000004e-45  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0178  response regulator receiver domain-containing protein  42 
 
 		 272 aa  182  1e-44  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1131  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  36.51 
 
 		 500 aa  175  1.9999999999999998e-42  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0180  response regulator receiver domain-containing protein  36.43 
 
 		 273 aa  166  9e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3271  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.82 
 
 		 1691 aa  164  3e-39  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2852  response regulator receiver protein  38.87 
 
 		 268 aa  163  5.0000000000000005e-39  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1937  response regulator receiver protein  40.08 
 
 		 269 aa  162  9e-39  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2154  response regulator receiver protein  34.98 
 
 		 268 aa  154  2e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.193377  normal  0.527206 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2408  response regulator receiver protein  34.98 
 
 		 276 aa  154  2.9999999999999998e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.10805 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0825  response regulator receiver modulated serine phosphatase  37.76 
 
 		 526 aa  151  2e-35  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.126425  normal  0.339318 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2726  two component response regulator  34.84 
 
 		 277 aa  147  3e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.54081  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1795  response regulator receiver protein  32.55 
 
 		 274 aa  147  4.0000000000000006e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00918371  hitchhiker  0.000651153 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1554  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.46 
 
 		 419 aa  145  1e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3505  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.69 
 
 		 665 aa  145  1e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2693  diguanylate cyclase  32.99 
 
 		 302 aa  144  2e-33  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0600  response regulator receiver protein  32.89 
 
 		 301 aa  143  5e-33  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.58 
 
 		 314 aa  141  1.9999999999999998e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1332  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.35 
 
 		 306 aa  140  3.9999999999999997e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0221  response regulator PleD  28.67 
 
 		 460 aa  139  6e-32  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.02 
 
 		 454 aa  138  1e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  33 
 
 		 308 aa  138  2e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2951  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.68 
 
 		 306 aa  138  2e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 309 aa  138  2e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1978  diguanylate cyclase  32.18 
 
 		 298 aa  137  4e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.148602  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1846  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.77 
 
 		 314 aa  137  5e-31  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3614  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.66 
 
 		 310 aa  136  9e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2313  response regulator  32.55 
 
 		 301 aa  135  1.9999999999999998e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.483613  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.85 
 
 		 317 aa  134  1.9999999999999998e-30  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1933  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.87 
 
 		 298 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.964426  normal  0.0629546 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  28.35 
 
 		 457 aa  134  3e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2255  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.83 
 
 		 298 aa  134  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0755  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.16 
 
 		 298 aa  129  6e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.893944 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.12 
 
 		 322 aa  129  8.000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  28.95 
 
 		 457 aa  129  1.0000000000000001e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3308  response regulator PleD  27.25 
 
 		 457 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.268667  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3541  response regulator PleD  27.47 
 
 		 457 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0304  response regulator PleD  27.19 
 
 		 458 aa  128  2.0000000000000002e-28  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0864091  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0773  response regulator PleD  27.19 
 
 		 458 aa  128  2.0000000000000002e-28  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  27.03 
 
 		 457 aa  127  4.0000000000000003e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2041  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.94 
 
 		 317 aa  127  5e-28  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2067  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.94 
 
 		 317 aa  127  5e-28  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0719  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.89 
 
 		 307 aa  125  1e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1432  response regulator PleD  27.63 
 
 		 457 aa  125  2e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2212  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  26.93 
 
 		 543 aa  124  2e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.3 
 
 		 676 aa  125  2e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.990746 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1372  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  27.63 
 
 		 436 aa  124  4e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.738866  normal  0.941955 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5043  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.94 
 
 		 300 aa  123  5e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00853617 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  29.01 
 
 		 455 aa  123  5e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5350  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.83 
 
 		 300 aa  123  6e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.315516  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2442  response regulator PleD  28.04 
 
 		 457 aa  122  9.999999999999999e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.696702  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1643  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  31.6 
 
 		 316 aa  121  1.9999999999999998e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.42 
 
 		 550 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0723  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.82 
 
 		 540 aa  120  3e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  25.66 
 
 		 466 aa  120  3e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1684  GGDEF domain-containing protein  31.63 
 
 		 323 aa  120  6e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1484  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.45 
 
 		 555 aa  120  6e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0158649 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1830  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.8 
 
 		 941 aa  119  7e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0377  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.92 
 
 		 314 aa  119  7.999999999999999e-26  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0157  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.03 
 
 		 917 aa  119  9e-26  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.04 
 
 		 301 aa  119  9.999999999999999e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2326  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30 
 
 		 536 aa  119  9.999999999999999e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3557  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.52 
 
 		 322 aa  117  1.9999999999999998e-25  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.457648  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6679  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.73 
 
 		 457 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1006  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.39 
 
 		 312 aa  118  1.9999999999999998e-25  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2815  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  25.99 
 
 		 457 aa  117  3.9999999999999997e-25  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.631579  normal  0.0857187 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3473  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.52 
 
 		 351 aa  117  3.9999999999999997e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3688  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.81 
 
 		 543 aa  117  5e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>