More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_3514 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_3514  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  100 
 
 		 427 aa  882    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3346  response regulator/GGDEF domain-containing protein  61.95 
 
 		 417 aa  535  1e-151  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0081  response regulator/GGDEF domain-containing protein  43.1 
 
 		 419 aa  353  4e-96  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0659  diguanylate cyclase  37.25 
 
 		 417 aa  276  5e-73  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0149639  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1723  diguanylate cyclase  36.88 
 
 		 420 aa  275  1.0000000000000001e-72  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.428268  hitchhiker  0.00000158997 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2855  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.65 
 
 		 415 aa  265  1e-69  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.220747  hitchhiker  0.000676798 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1684  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.71 
 
 		 400 aa  254  2.0000000000000002e-66  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.16221  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1511  response regulator receiver protein  34.77 
 
 		 416 aa  246  4.9999999999999997e-64  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0478  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.31 
 
 		 422 aa  246  6e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.60604  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00199  response regulator/GGDEF domain protein  35.84 
 
 		 426 aa  244  3e-63  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2466  diguanylate cyclase  33.66 
 
 		 406 aa  242  7.999999999999999e-63  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0503371  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1780  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 414 aa  242  1e-62  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4080  diguanylate cyclase  34.92 
 
 		 418 aa  239  5.999999999999999e-62  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0621  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.12 
 
 		 415 aa  238  2e-61  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.649156 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0581  response regulator  33.73 
 
 		 417 aa  233  5e-60  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000040809  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2233  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.98 
 
 		 428 aa  233  6e-60  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03265  hypothetical protein  35.73 
 
 		 403 aa  231  2e-59  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03374  Response regulator containing a CheY-like receiver domain and a GGDEF domain  35.59 
 
 		 419 aa  229  1e-58  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.67607  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00466  Putative two-component system regulatory protein with GGDEF domain  33.01 
 
 		 414 aa  223  7e-57  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.6149  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0085  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.54 
 
 		 453 aa  221  1.9999999999999999e-56  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2518  GGDEF domain-containing protein  32.45 
 
 		 407 aa  220  5e-56  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1193  diguanylate cyclase  30.7 
 
 		 415 aa  219  6e-56  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0462  3-deoxy-d-manno-octulosonic-acid transferase  30.58 
 
 		 422 aa  215  9.999999999999999e-55  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2407  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.54 
 
 		 443 aa  214  2.9999999999999995e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0296488 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2323  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.38 
 
 		 445 aa  212  9e-54  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.123075  unclonable  0.0000172862 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1984  threonine dehydratase  30.79 
 
 		 418 aa  211  2e-53  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.241676  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1933  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.64 
 
 		 411 aa  202  6e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.380329  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1334  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.33 
 
 		 447 aa  202  7e-51  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2153  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.54 
 
 		 443 aa  194  4e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.257798  normal  0.276429 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1131  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  35.25 
 
 		 500 aa  160  4e-38  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0746  response regulator/GGDEF domain-containing protein  25.49 
 
 		 414 aa  159  9e-38  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0447686  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0671  response regulator/GGDEF domain-containing protein  25.49 
 
 		 414 aa  159  9e-38  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1356  response regulator/GGDEF domain-containing protein  27.43 
 
 		 414 aa  157  2e-37  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0178  response regulator receiver domain-containing protein  32.58 
 
 		 272 aa  157  3e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0579  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  35.51 
 
 		 487 aa  156  6e-37  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.721447  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3271  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.65 
 
 		 1691 aa  154  4e-36  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2154  response regulator receiver protein  35.6 
 
 		 268 aa  153  7e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.193377  normal  0.527206 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0652  two component response regulator  26.14 
 
 		 414 aa  152  1e-35  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.267728  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2852  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 268 aa  151  2e-35  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2408  response regulator receiver protein  35.2 
 
 		 276 aa  149  9e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.10805 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1937  response regulator receiver protein  34.26 
 
 		 269 aa  145  1e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0180  response regulator receiver domain-containing protein  31.78 
 
 		 273 aa  142  9e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2726  two component response regulator  37.88 
 
 		 277 aa  140  3.9999999999999997e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.54081  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1795  response regulator receiver protein  34.15 
 
 		 274 aa  132  7.999999999999999e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00918371  hitchhiker  0.000651153 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0825  response regulator receiver modulated serine phosphatase  31.45 
 
 		 526 aa  132  1.0000000000000001e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.126425  normal  0.339318 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1332  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.49 
 
 		 306 aa  126  8.000000000000001e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1372  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  26.44 
 
 		 436 aa  122  1.9999999999999998e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.738866  normal  0.941955 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2951  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.16 
 
 		 306 aa  121  1.9999999999999998e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0600  response regulator receiver protein  30.17 
 
 		 301 aa  118  3e-25  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1507  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.15 
 
 		 308 aa  116  7.999999999999999e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.914031 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.57 
 
 		 309 aa  114  3e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.24 
 
 		 314 aa  113  8.000000000000001e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2313  response regulator  27.12 
 
 		 301 aa  112  9e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.483613  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1933  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.9 
 
 		 298 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.964426  normal  0.0629546 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0157  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  26.74 
 
 		 917 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  27.91 
 
 		 308 aa  112  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  27.91 
 
 		 308 aa  112  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0115  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.02 
 
 		 304 aa  110  3e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.113218  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  27.57 
 
 		 322 aa  110  3e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1341  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.04 
 
 		 319 aa  109  8.000000000000001e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1978  diguanylate cyclase  27.59 
 
 		 298 aa  108  1e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.148602  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2032  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  27.57 
 
 		 310 aa  109  1e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0719  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  27.55 
 
 		 307 aa  108  1e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1006  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.06 
 
 		 312 aa  108  2e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4204  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.86 
 
 		 310 aa  108  2e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  28.81 
 
 		 308 aa  107  3e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1846  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.43 
 
 		 314 aa  107  3e-22  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4132  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.86 
 
 		 310 aa  108  3e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5043  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.72 
 
 		 300 aa  107  4e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00853617 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  26.95 
 
 		 454 aa  107  4e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3625  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  27.92 
 
 		 322 aa  107  6e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3557  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  27.92 
 
 		 322 aa  107  6e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.457648  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1192  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.67 
 
 		 316 aa  107  6e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1577  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  26.38 
 
 		 314 aa  106  7e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3614  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  25.99 
 
 		 310 aa  105  1e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4336  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.52 
 
 		 310 aa  105  2e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3473  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  27.62 
 
 		 351 aa  105  2e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3470  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.15 
 
 		 353 aa  104  3e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.843913  normal  0.949354 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4311  diguanylate cyclase  29.15 
 
 		 354 aa  104  3e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.750548  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1382  response regulator receiver protein  28.52 
 
 		 302 aa  104  3e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4055  diguanylate cyclase  29.15 
 
 		 354 aa  104  3e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.33875  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5350  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.37 
 
 		 300 aa  103  4e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.315516  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0365  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  27.21 
 
 		 308 aa  103  5e-21  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2255  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  27.59 
 
 		 298 aa  103  5e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1561  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  27.59 
 
 		 455 aa  103  5e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000734361  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0755  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.03 
 
 		 298 aa  103  6e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.893944 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0065  response regulator receiver protein  28.67 
 
 		 305 aa  103  7e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2693  diguanylate cyclase  25.52 
 
 		 302 aa  103  8e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0667  response regulator receiver domain-containing protein  27.06 
 
 		 1526 aa  103  8e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0280955  hitchhiker  0.000000898802 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5389  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  27.51 
 
 		 372 aa  102  1e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2421  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  26.49 
 
 		 684 aa  102  1e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000243595 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0841  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.24 
 
 		 715 aa  102  1e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.101081  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.11 
 
 		 334 aa  102  1e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0119  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  26.25 
 
 		 324 aa  102  1e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.969085  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4124  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.43 
 
 		 334 aa  102  2e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.113929  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4535  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.35 
 
 		 345 aa  101  2e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0387275  normal  0.636684 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1099  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.34 
 
 		 334 aa  101  3e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3967  putative response regulator of a two-component system  28.83 
 
 		 335 aa  101  3e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000645274  normal  0.0110626 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2018  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.62 
 
 		 355 aa  100  5e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.414914  normal  0.602726 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2715  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.25 
 
 		 314 aa  100  5e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>