More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_1795 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_1795  response regulator receiver protein  100 
 
 		 274 aa  562  1.0000000000000001e-159  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00918371  hitchhiker  0.000651153 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2408  response regulator receiver protein  70.26 
 
 		 276 aa  410  1e-113  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.10805 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2726  two component response regulator  69.29 
 
 		 277 aa  404  1e-111  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.54081  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2154  response regulator receiver protein  69.73 
 
 		 268 aa  394  1e-109  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.193377  normal  0.527206 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2407  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.64 
 
 		 443 aa  215  5.9999999999999996e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0296488 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2153  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.25 
 
 		 443 aa  194  1e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.257798  normal  0.276429 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0085  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.76 
 
 		 453 aa  189  2.9999999999999997e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1131  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  38.55 
 
 		 500 aa  188  9e-47  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0581  response regulator  35.69 
 
 		 417 aa  179  5.999999999999999e-44  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000040809  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03374  Response regulator containing a CheY-like receiver domain and a GGDEF domain  36.05 
 
 		 419 aa  178  8e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.67607  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1723  diguanylate cyclase  37.01 
 
 		 420 aa  177  2e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.428268  hitchhiker  0.00000158997 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0621  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.29 
 
 		 415 aa  177  2e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.649156 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2855  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.01 
 
 		 415 aa  176  4e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.220747  hitchhiker  0.000676798 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1684  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.69 
 
 		 400 aa  172  5e-42  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.16221  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0579  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  43.07 
 
 		 487 aa  171  1e-41  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.721447  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1193  diguanylate cyclase  34.25 
 
 		 415 aa  169  5e-41  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03265  hypothetical protein  37.14 
 
 		 403 aa  167  1e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2852  response regulator receiver protein  36.99 
 
 		 268 aa  167  1e-40  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0659  diguanylate cyclase  33.47 
 
 		 417 aa  167  2e-40  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0149639  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0081  response regulator/GGDEF domain-containing protein  34.24 
 
 		 419 aa  166  5e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0178  response regulator receiver domain-containing protein  35.34 
 
 		 272 aa  165  5.9999999999999996e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1511  response regulator receiver protein  35.83 
 
 		 416 aa  165  9e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1937  response regulator receiver protein  37.45 
 
 		 269 aa  164  1.0000000000000001e-39  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0180  response regulator receiver domain-containing protein  37.07 
 
 		 273 aa  164  2.0000000000000002e-39  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1933  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.69 
 
 		 411 aa  162  4.0000000000000004e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.380329  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1780  diguanylate cyclase  34.77 
 
 		 414 aa  161  8.000000000000001e-39  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2466  diguanylate cyclase  38.64 
 
 		 406 aa  160  2e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0503371  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00466  Putative two-component system regulatory protein with GGDEF domain  34.52 
 
 		 414 aa  156  4e-37  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.6149  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2233  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.34 
 
 		 428 aa  155  5.0000000000000005e-37  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0825  response regulator receiver modulated serine phosphatase  34.55 
 
 		 526 aa  155  6e-37  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.126425  normal  0.339318 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3346  response regulator/GGDEF domain-containing protein  37.38 
 
 		 417 aa  148  8e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2518  GGDEF domain-containing protein  32.55 
 
 		 407 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0462  3-deoxy-d-manno-octulosonic-acid transferase  31.75 
 
 		 422 aa  146  4.0000000000000006e-34  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3271  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.6 
 
 		 1691 aa  146  4.0000000000000006e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2323  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.11 
 
 		 445 aa  145  5e-34  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.123075  unclonable  0.0000172862 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0478  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.23 
 
 		 422 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.60604  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1984  threonine dehydratase  29.76 
 
 		 418 aa  141  9.999999999999999e-33  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.241676  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1334  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.68 
 
 		 447 aa  139  3e-32  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3514  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.15 
 
 		 427 aa  132  3.9999999999999996e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4080  diguanylate cyclase  34.63 
 
 		 418 aa  132  3.9999999999999996e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0652  two component response regulator  31.05 
 
 		 414 aa  129  5.0000000000000004e-29  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.267728  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00199  response regulator/GGDEF domain protein  31.46 
 
 		 426 aa  128  1.0000000000000001e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0746  response regulator/GGDEF domain-containing protein  27.09 
 
 		 414 aa  117  1.9999999999999998e-25  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0447686  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0671  response regulator/GGDEF domain-containing protein  27.09 
 
 		 414 aa  117  1.9999999999999998e-25  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1356  response regulator/GGDEF domain-containing protein  26.69 
 
 		 414 aa  117  3e-25  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1163  sensor histidine kinase/response regulator  32.85 
 
 		 896 aa  83.2  0.000000000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3210  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.43 
 
 		 337 aa  80.5  0.00000000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.32327  normal  0.712325 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0580  response regulator receiver protein  38.98 
 
 		 123 aa  80.1  0.00000000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0917  sensor histidine kinase  33.09 
 
 		 896 aa  79.3  0.00000000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1869  DNA-binding response regulator  36.8 
 
 		 232 aa  79.7  0.00000000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1527  response regulator receiver protein, CheY  39.45 
 
 		 124 aa  79  0.00000000000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.439374 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1259  chemotaxis protein CheY  37.14 
 
 		 125 aa  77.4  0.0000000000002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.529849  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1739  DNA-binding response regulator  36 
 
 		 232 aa  77.4  0.0000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1689  response regulator  36 
 
 		 232 aa  77.8  0.0000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4266  sensor histidine kinase/response regulator  32.35 
 
 		 896 aa  77.4  0.0000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000252034 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1877  DNA-binding response regulator  36 
 
 		 232 aa  77.4  0.0000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0443  lipoprotein  37.14 
 
 		 121 aa  77.4  0.0000000000003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.81181  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1912  DNA-binding response regulator  36 
 
 		 232 aa  77.4  0.0000000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0928779 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1198  putative chemotaxis protein CheY-like protein  36.19 
 
 		 139 aa  77  0.0000000000003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1763  response regulator receiver  35.85 
 
 		 121 aa  77  0.0000000000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0325  GAF sensor hybrid histidine kinase  37.74 
 
 		 2037 aa  77  0.0000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3473  DNA-binding response regulator  35.2 
 
 		 232 aa  77  0.0000000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000348992 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1261  chemotaxis protein CheY  33.88 
 
 		 130 aa  76.3  0.0000000000005  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0812291  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1715  response regulator  35.2 
 
 		 232 aa  76.3  0.0000000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0124001  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1136  chemotaxis protein CheY  33.88 
 
 		 130 aa  76.3  0.0000000000005  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0603  chemotaxis protein CheY  33.88 
 
 		 130 aa  76.3  0.0000000000005  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0661  adenylate/guanylate cyclase  28.39 
 
 		 1133 aa  76.3  0.0000000000006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0907  GAF sensor hybrid histidine kinase  30.88 
 
 		 896 aa  74.7  0.000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2174  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  27.91 
 
 		 474 aa  75.1  0.000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0662  adenylate/guanylate cyclase  30.53 
 
 		 1130 aa  74.7  0.000000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2303  response regulator receiver protein  35.77 
 
 		 227 aa  74.7  0.000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1956  DNA-binding response regulator  34.4 
 
 		 232 aa  74.3  0.000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.387323  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0932  sensor histidine kinase/response regulator  30.88 
 
 		 896 aa  74.3  0.000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1017  two component transcriptional regulator  33.87 
 
 		 229 aa  74.3  0.000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.957911  normal  0.735899 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0996  sensor histidine kinase/response regulator  30.88 
 
 		 896 aa  74.3  0.000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1924  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.75 
 
 		 225 aa  74.3  0.000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0378  two component transcriptional regulator  31.3 
 
 		 234 aa  74.3  0.000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3412  adenylate/guanylate cyclase  30.53 
 
 		 1207 aa  74.7  0.000000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.210507 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1985  DNA-binding response regulator  35.2 
 
 		 232 aa  74.3  0.000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1072  sensor histidine kinase/response regulator  34.21 
 
 		 896 aa  73.9  0.000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.88167e-43 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0165  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.49 
 
 		 826 aa  74.3  0.000000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0900  sensor histidine kinase  34.21 
 
 		 896 aa  73.9  0.000000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0667  response regulator receiver domain-containing protein  28.47 
 
 		 1526 aa  73.9  0.000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0280955  hitchhiker  0.000000898802 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0797  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  32.82 
 
 		 472 aa  73.6  0.000000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.241811  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2000  response regulator receiver protein  32.77 
 
 		 127 aa  73.2  0.000000000005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1440  response regulator  30.53 
 
 		 391 aa  72.8  0.000000000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0677305  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003939  TorCAD operon transcriptional regulatory protein TorR  31.06 
 
 		 236 aa  72.4  0.000000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0753413  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2216  two component transcriptional regulator  31.9 
 
 		 224 aa  72  0.000000000009  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1615  response regulator receiver protein  36.59 
 
 		 228 aa  72  0.000000000009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000138875  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_31480  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  33.06 
 
 		 239 aa  72  0.00000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  hitchhiker  0.00376265  normal  0.556858 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1090  sensor histidine kinase/response regulator  30.15 
 
 		 896 aa  71.6  0.00000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.358618  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1813  putative hybrid two-component sensor and regulatory protein  34.75 
 
 		 2284 aa  71.6  0.00000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.409027  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3118  response regulator receiver domain-containing protein  33.33 
 
 		 563 aa  72  0.00000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5171  GAF sensor hybrid histidine kinase  25.29 
 
 		 1857 aa  71.6  0.00000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.472035  normal  0.0675906 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1245  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.4 
 
 		 256 aa  71.6  0.00000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0649443  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6397  response regulator receiver protein  35.29 
 
 		 237 aa  72  0.00000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.680662  normal  0.0804167 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0905  CheA signal transduction histidine kinase  36.52 
 
 		 2164 aa  71.6  0.00000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.384813 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3268  hybrid sensory kinase in two-component regulatory system with RcsB and YojN  35.19 
 
 		 957 aa  70.9  0.00000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00176531  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2587  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.93 
 
 		 1158 aa  70.9  0.00000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1037  sensor histidine kinase/response regulator  30.15 
 
 		 896 aa  70.9  0.00000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>