More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spea_1684 on replicon NC_009901
Organism: Shewanella pealeana ATCC 700345



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009901  Spea_1684  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  100 
 
 		 400 aa  815    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.16221  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1723  diguanylate cyclase  72.64 
 
 		 420 aa  615  1e-175  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.428268  hitchhiker  0.00000158997 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2855  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  72.68 
 
 		 415 aa  612  9.999999999999999e-175  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.220747  hitchhiker  0.000676798 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1511  response regulator receiver protein  61.85 
 
 		 416 aa  512  1e-144  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2466  diguanylate cyclase  62.69 
 
 		 406 aa  509  1e-143  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0503371  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2518  GGDEF domain-containing protein  60 
 
 		 407 aa  488  1e-137  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0659  diguanylate cyclase  40.8 
 
 		 417 aa  322  5e-87  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0149639  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0621  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.79 
 
 		 415 aa  310  4e-83  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.649156 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0478  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.85 
 
 		 422 aa  306  4.0000000000000004e-82  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.60604  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1933  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.39 
 
 		 411 aa  306  5.0000000000000004e-82  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.380329  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03374  Response regulator containing a CheY-like receiver domain and a GGDEF domain  42.86 
 
 		 419 aa  304  1.0000000000000001e-81  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.67607  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0081  response regulator/GGDEF domain-containing protein  38.85 
 
 		 419 aa  297  2e-79  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0085  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.89 
 
 		 453 aa  291  1e-77  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1780  diguanylate cyclase  38.6 
 
 		 414 aa  289  5.0000000000000004e-77  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1193  diguanylate cyclase  37.75 
 
 		 415 aa  286  5e-76  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0462  3-deoxy-d-manno-octulosonic-acid transferase  38.65 
 
 		 422 aa  284  2.0000000000000002e-75  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00466  Putative two-component system regulatory protein with GGDEF domain  37.63 
 
 		 414 aa  284  2.0000000000000002e-75  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.6149  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2407  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.09 
 
 		 443 aa  283  3.0000000000000004e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0296488 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03265  hypothetical protein  39.65 
 
 		 403 aa  280  4e-74  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1984  threonine dehydratase  37.91 
 
 		 418 aa  278  2e-73  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.241676  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3346  response regulator/GGDEF domain-containing protein  37.91 
 
 		 417 aa  271  1e-71  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0581  response regulator  38.75 
 
 		 417 aa  271  2e-71  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000040809  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2153  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.34 
 
 		 443 aa  268  2e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.257798  normal  0.276429 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2323  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.68 
 
 		 445 aa  258  1e-67  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.123075  unclonable  0.0000172862 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3514  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.71 
 
 		 427 aa  258  2e-67  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4080  diguanylate cyclase  36.18 
 
 		 418 aa  251  1e-65  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00199  response regulator/GGDEF domain protein  37.18 
 
 		 426 aa  251  2e-65  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1334  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35 
 
 		 447 aa  243  3e-63  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0746  response regulator/GGDEF domain-containing protein  34.01 
 
 		 414 aa  225  9e-58  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0447686  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0671  response regulator/GGDEF domain-containing protein  34.01 
 
 		 414 aa  225  9e-58  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1356  response regulator/GGDEF domain-containing protein  33.76 
 
 		 414 aa  224  3e-57  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2233  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.33 
 
 		 428 aa  220  3e-56  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0652  two component response regulator  32.83 
 
 		 414 aa  212  9e-54  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.267728  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0579  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  41.83 
 
 		 487 aa  195  1e-48  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.721447  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0178  response regulator receiver domain-containing protein  40.96 
 
 		 272 aa  191  1e-47  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1131  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  37.88 
 
 		 500 aa  190  2.9999999999999997e-47  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2852  response regulator receiver protein  38.96 
 
 		 268 aa  184  2.0000000000000003e-45  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2726  two component response regulator  40.41 
 
 		 277 aa  184  2.0000000000000003e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.54081  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1795  response regulator receiver protein  39.69 
 
 		 274 aa  182  8.000000000000001e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00918371  hitchhiker  0.000651153 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2154  response regulator receiver protein  39.18 
 
 		 268 aa  179  4.999999999999999e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.193377  normal  0.527206 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2408  response regulator receiver protein  38.93 
 
 		 276 aa  178  1e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.10805 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1937  response regulator receiver protein  40.96 
 
 		 269 aa  177  2e-43  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0180  response regulator receiver domain-containing protein  36.96 
 
 		 273 aa  169  8e-41  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3271  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.3 
 
 		 1691 aa  166  5.9999999999999996e-40  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0825  response regulator receiver modulated serine phosphatase  36.59 
 
 		 526 aa  164  2.0000000000000002e-39  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.126425  normal  0.339318 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0600  response regulator receiver protein  32.21 
 
 		 301 aa  150  3e-35  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2313  response regulator  32.62 
 
 		 301 aa  150  4e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.483613  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  33.1 
 
 		 308 aa  148  2.0000000000000003e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.91 
 
 		 314 aa  145  2e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2693  diguanylate cyclase  30.82 
 
 		 302 aa  143  5e-33  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0157  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.16 
 
 		 917 aa  142  9.999999999999999e-33  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.49 
 
 		 309 aa  141  3e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2951  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.14 
 
 		 306 aa  139  8.999999999999999e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.39 
 
 		 676 aa  139  1e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.990746 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3505  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.08 
 
 		 665 aa  139  1e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.69 
 
 		 454 aa  139  1e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1846  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.14 
 
 		 314 aa  138  2e-31  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1978  diguanylate cyclase  32.51 
 
 		 298 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.148602  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1332  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.45 
 
 		 306 aa  137  4e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3614  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.18 
 
 		 310 aa  136  8e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0221  response regulator PleD  28.96 
 
 		 460 aa  135  9.999999999999999e-31  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1933  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.74 
 
 		 298 aa  133  6.999999999999999e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.964426  normal  0.0629546 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0755  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.97 
 
 		 298 aa  132  6.999999999999999e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.893944 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2255  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.16 
 
 		 298 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.45 
 
 		 301 aa  131  2.0000000000000002e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0065  response regulator receiver protein  32.21 
 
 		 305 aa  130  6e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3210  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.21 
 
 		 337 aa  126  6e-28  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.32327  normal  0.712325 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1577  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.38 
 
 		 314 aa  126  6e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0773  response regulator PleD  32.16 
 
 		 458 aa  125  1e-27  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0304  response regulator PleD  32.16 
 
 		 458 aa  125  2e-27  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0864091  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.17 
 
 		 322 aa  124  2e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1372  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  27.27 
 
 		 436 aa  124  2e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.738866  normal  0.941955 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2041  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.88 
 
 		 317 aa  125  2e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2067  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.88 
 
 		 317 aa  125  2e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2023  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.24 
 
 		 312 aa  123  4e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.174701  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.42 
 
 		 317 aa  123  6e-27  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1484  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.93 
 
 		 555 aa  122  9e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0158649 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3005  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.41 
 
 		 303 aa  122  9.999999999999999e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000288968 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1643  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  29.87 
 
 		 316 aa  121  1.9999999999999998e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1039  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.42 
 
 		 393 aa  122  1.9999999999999998e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0950507  normal  0.205042 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1432  response regulator PleD  27.54 
 
 		 457 aa  122  1.9999999999999998e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0719  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.9 
 
 		 307 aa  120  3.9999999999999996e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  27.19 
 
 		 457 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3473  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.03 
 
 		 351 aa  119  7e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2752  multi-component transcriptional regulator, winged helix family  27.75 
 
 		 799 aa  119  9.999999999999999e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5043  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.82 
 
 		 300 aa  119  9.999999999999999e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00853617 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5350  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.06 
 
 		 300 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.315516  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3851  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.93 
 
 		 634 aa  119  9.999999999999999e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0571122  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1554  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.07 
 
 		 419 aa  118  9.999999999999999e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0963  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.62 
 
 		 300 aa  118  1.9999999999999998e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3442  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.77 
 
 		 539 aa  117  3e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.677434  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3547  diguanylate cyclase  28.37 
 
 		 314 aa  117  3e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.928319  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3790  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.34 
 
 		 300 aa  117  3e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2442  response regulator PleD  27.15 
 
 		 457 aa  117  3e-25  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.696702  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2397  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.7 
 
 		 434 aa  117  3.9999999999999997e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.593336  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1006  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  27.61 
 
 		 312 aa  117  3.9999999999999997e-25  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3123  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.27 
 
 		 312 aa  117  5e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  26.97 
 
 		 457 aa  116  6e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2309  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.7 
 
 		 434 aa  116  6e-25  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.484645  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3625  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.52 
 
 		 322 aa  115  1.0000000000000001e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>