More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_5350 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011894  Mnod_5350  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  100 
 
 
300 aa  602  1.0000000000000001e-171  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.315516  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5043  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  82 
 
 
300 aa  509  1e-143  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00853617 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2255  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  69.8 
 
 
298 aa  419  1e-116  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1933  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  70.67 
 
 
298 aa  416  9.999999999999999e-116  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.964426  normal  0.0629546 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1978  diguanylate cyclase  69.8 
 
 
298 aa  417  9.999999999999999e-116  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.148602  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0755  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  62.15 
 
 
298 aa  350  2e-95  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.893944 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0119  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.12 
 
 
324 aa  197  2.0000000000000003e-49  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.969085  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.22 
 
 
322 aa  145  8.000000000000001e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.99 
 
 
301 aa  143  3e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2041  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.67 
 
 
317 aa  143  3e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2067  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.67 
 
 
317 aa  143  3e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1846  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.41 
 
 
314 aa  140  3e-32  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5528  diguanylate cyclase  45.3 
 
 
184 aa  140  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.109818 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.89 
 
 
308 aa  139  7e-32  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.89 
 
 
308 aa  139  7e-32  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0600  response regulator receiver protein  33.33 
 
 
301 aa  137  2e-31  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1203  response regulator  31.51 
 
 
634 aa  135  9e-31  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.92 
 
 
317 aa  134  1.9999999999999998e-30  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3614  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.11 
 
 
310 aa  134  3e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00199  response regulator/GGDEF domain protein  32.75 
 
 
426 aa  131  1.0000000000000001e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2855  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.72 
 
 
415 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.220747  hitchhiker  0.000676798 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1193  diguanylate cyclase  29.76 
 
 
415 aa  128  1.0000000000000001e-28  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0659  diguanylate cyclase  31.53 
 
 
417 aa  127  2.0000000000000002e-28  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0149639  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  36.61 
 
 
466 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0948  diguanylate cyclase  45.61 
 
 
401 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0841  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.16 
 
 
715 aa  127  2.0000000000000002e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.101081  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.81 
 
 
454 aa  127  2.0000000000000002e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2313  response regulator  30.67 
 
 
301 aa  127  3e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.483613  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3005  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.89 
 
 
303 aa  126  4.0000000000000003e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000288968 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1511  response regulator receiver protein  32.42 
 
 
416 aa  126  6e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  33 
 
 
308 aa  125  7e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2693  diguanylate cyclase  31.76 
 
 
302 aa  125  7e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3625  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.68 
 
 
322 aa  125  7e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0081  response regulator/GGDEF domain-containing protein  31.63 
 
 
419 aa  125  8.000000000000001e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7417  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.04 
 
 
457 aa  125  8.000000000000001e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.196799  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3541  response regulator PleD  36.92 
 
 
457 aa  125  8.000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3557  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.68 
 
 
322 aa  125  9e-28  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.457648  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  35.48 
 
 
455 aa  125  1e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  39.15 
 
 
457 aa  124  1e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1643  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  33.45 
 
 
316 aa  124  2e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3851  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.03 
 
 
634 aa  124  2e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0571122  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1780  diguanylate cyclase  31.49 
 
 
414 aa  124  2e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  38.52 
 
 
457 aa  124  2e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2442  response regulator PleD  37.59 
 
 
457 aa  124  2e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.696702  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0304  response regulator PleD  34.39 
 
 
458 aa  123  3e-27  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0864091  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2466  diguanylate cyclase  31.96 
 
 
406 aa  123  3e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0503371  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0157  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33 
 
 
917 aa  123  4e-27  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2383  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.33 
 
 
434 aa  123  4e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00665942 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2518  GGDEF domain-containing protein  31.83 
 
 
407 aa  123  4e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.21 
 
 
314 aa  122  5e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  36.04 
 
 
457 aa  122  6e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.54 
 
 
676 aa  122  6e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.990746 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0773  response regulator PleD  33.33 
 
 
458 aa  122  7e-27  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  37.36 
 
 
307 aa  121  9.999999999999999e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.56 
 
 
772 aa  121  1.9999999999999998e-26  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3308  response regulator PleD  37.98 
 
 
457 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.268667  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.01 
 
 
309 aa  121  1.9999999999999998e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2407  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.63 
 
 
443 aa  120  3e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0296488 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4080  diguanylate cyclase  30.31 
 
 
418 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1830  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.88 
 
 
941 aa  119  4.9999999999999996e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2979  diguanylate cyclase  42.44 
 
 
490 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.68 
 
 
505 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  42.69 
 
 
492 aa  119  4.9999999999999996e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0723  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.96 
 
 
540 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2459  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.72 
 
 
335 aa  119  6e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.685644  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0719  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.11 
 
 
307 aa  119  6e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0462  3-deoxy-d-manno-octulosonic-acid transferase  31.41 
 
 
422 aa  119  7.999999999999999e-26  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  36.73 
 
 
461 aa  119  7.999999999999999e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3473  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.03 
 
 
351 aa  119  9e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0115  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.54 
 
 
304 aa  118  9.999999999999999e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.113218  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1432  response regulator PleD  35.31 
 
 
457 aa  118  9.999999999999999e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1723  diguanylate cyclase  32.42 
 
 
420 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.428268  hitchhiker  0.00000158997 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2262  diguanylate cyclase  43.26 
 
 
237 aa  118  9.999999999999999e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0475991  normal  0.424115 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2023  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30 
 
 
312 aa  118  9.999999999999999e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.174701  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0133  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.92 
 
 
461 aa  118  9.999999999999999e-26  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64050  putative two-component response regulator  31.62 
 
 
542 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2287  diguanylate cyclase  43.9 
 
 
764 aa  117  1.9999999999999998e-25  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1382  response regulator receiver protein  30.64 
 
 
302 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.86 
 
 
550 aa  117  1.9999999999999998e-25  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1497  response regulator PleD  38.33 
 
 
454 aa  117  1.9999999999999998e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.122959 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0319  two component diguanylate cyclase  30.06 
 
 
661 aa  117  1.9999999999999998e-25  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2375  diguanylate cyclase  43.9 
 
 
764 aa  118  1.9999999999999998e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5563  putative two-component response regulator  31.62 
 
 
542 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.591571  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1576  diguanylate cyclase  43.9 
 
 
764 aa  117  1.9999999999999998e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2323  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.56 
 
 
445 aa  117  1.9999999999999998e-25  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.123075  unclonable  0.0000172862 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1998  diguanylate cyclase  44.05 
 
 
391 aa  117  3e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.462389  normal  0.0959773 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2240  diguanylate cyclase  42.01 
 
 
758 aa  117  3e-25  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.365812 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4837  response regulator  30.17 
 
 
551 aa  117  3e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.978785  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1485  diguanylate cyclase  42.44 
 
 
490 aa  117  3e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1984  threonine dehydratase  29.86 
 
 
418 aa  117  3e-25  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.241676  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  37.8 
 
 
457 aa  117  3e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00466  Putative two-component system regulatory protein with GGDEF domain  32.53 
 
 
414 aa  117  3e-25  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.6149  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2442  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.07 
 
 
316 aa  117  3e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.103678  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1864  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.82 
 
 
457 aa  116  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.831894  normal  0.121309 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4163  diguanylate cyclase  40.12 
 
 
385 aa  116  3.9999999999999997e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03265  hypothetical protein  30.07 
 
 
403 aa  116  5e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1372  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.11 
 
 
436 aa  116  5e-25  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.738866  normal  0.941955 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4045  diguanylate cyclase  40.12 
 
 
385 aa  116  5e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  44.05 
 
 
422 aa  116  5e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0963  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.49 
 
 
300 aa  115  6e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>