More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_00199 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011138  MADE_00199  response regulator/GGDEF domain protein  100 
 
 
426 aa  884    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4080  diguanylate cyclase  49.76 
 
 
418 aa  413  1e-114  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0081  response regulator/GGDEF domain-containing protein  38.01 
 
 
419 aa  305  1.0000000000000001e-81  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2855  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.59 
 
 
415 aa  269  8.999999999999999e-71  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.220747  hitchhiker  0.000676798 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03265  hypothetical protein  36.43 
 
 
403 aa  268  1e-70  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1193  diguanylate cyclase  34.69 
 
 
415 aa  267  2.9999999999999995e-70  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1723  diguanylate cyclase  36.48 
 
 
420 aa  254  3e-66  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.428268  hitchhiker  0.00000158997 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0581  response regulator  36.12 
 
 
417 aa  253  6e-66  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000040809  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3346  response regulator/GGDEF domain-containing protein  35.19 
 
 
417 aa  253  6e-66  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03374  Response regulator containing a CheY-like receiver domain and a GGDEF domain  34.22 
 
 
419 aa  251  2e-65  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.67607  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0659  diguanylate cyclase  35.07 
 
 
417 aa  249  5e-65  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0149639  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00466  Putative two-component system regulatory protein with GGDEF domain  32.85 
 
 
414 aa  247  3e-64  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.6149  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1684  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.18 
 
 
400 aa  246  4.9999999999999997e-64  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.16221  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2466  diguanylate cyclase  37.19 
 
 
406 aa  246  6.999999999999999e-64  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0503371  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3514  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.84 
 
 
427 aa  244  3e-63  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1511  response regulator receiver protein  36.07 
 
 
416 aa  242  9e-63  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0462  3-deoxy-d-manno-octulosonic-acid transferase  31.81 
 
 
422 aa  241  2e-62  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1334  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.86 
 
 
447 aa  241  2.9999999999999997e-62  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2518  GGDEF domain-containing protein  34.69 
 
 
407 aa  240  2.9999999999999997e-62  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2323  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.01 
 
 
445 aa  239  6.999999999999999e-62  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.123075  unclonable  0.0000172862 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1933  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.65 
 
 
411 aa  236  8e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.380329  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2407  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.01 
 
 
443 aa  235  1.0000000000000001e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0296488 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0085  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.52 
 
 
453 aa  235  1.0000000000000001e-60  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1780  diguanylate cyclase  31.57 
 
 
414 aa  233  5e-60  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2153  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.86 
 
 
443 aa  228  2e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.257798  normal  0.276429 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1984  threonine dehydratase  34.51 
 
 
418 aa  223  7e-57  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.241676  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0621  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.65 
 
 
415 aa  218  1e-55  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.649156 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0478  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.82 
 
 
422 aa  207  3e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.60604  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2233  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.42 
 
 
428 aa  193  4e-48  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0746  response regulator/GGDEF domain-containing protein  26.14 
 
 
414 aa  153  4e-36  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0447686  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0671  response regulator/GGDEF domain-containing protein  26.14 
 
 
414 aa  153  4e-36  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0652  two component response regulator  28.1 
 
 
414 aa  152  1e-35  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.267728  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1356  response regulator/GGDEF domain-containing protein  26.14 
 
 
414 aa  151  2e-35  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1131  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  34.15 
 
 
500 aa  143  6e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0755  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.57 
 
 
298 aa  138  2e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.893944 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0178  response regulator receiver domain-containing protein  30.89 
 
 
272 aa  138  2e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2154  response regulator receiver protein  33.8 
 
 
268 aa  137  5e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.193377  normal  0.527206 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0180  response regulator receiver domain-containing protein  31.65 
 
 
273 aa  135  9.999999999999999e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1933  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.4 
 
 
298 aa  134  3e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.964426  normal  0.0629546 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0579  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  33.6 
 
 
487 aa  134  3.9999999999999996e-30  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.721447  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2408  response regulator receiver protein  33.64 
 
 
276 aa  133  5e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.10805 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0963  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.53 
 
 
300 aa  133  5e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0825  response regulator receiver modulated serine phosphatase  35.82 
 
 
526 aa  132  1.0000000000000001e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.126425  normal  0.339318 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1978  diguanylate cyclase  32.4 
 
 
298 aa  132  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.148602  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2255  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.4 
 
 
298 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5350  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.75 
 
 
300 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.315516  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  31.33 
 
 
308 aa  130  6e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.93 
 
 
317 aa  130  6e-29  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.07 
 
 
314 aa  129  1.0000000000000001e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1795  response regulator receiver protein  31.46 
 
 
274 aa  128  2.0000000000000002e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00918371  hitchhiker  0.000651153 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0847  two component diguanylate cyclase  28.91 
 
 
327 aa  127  5e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0119  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37 
 
 
324 aa  127  5e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.969085  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1332  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.47 
 
 
306 aa  126  9e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3271  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.02 
 
 
1691 aa  126  9e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1846  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.34 
 
 
314 aa  124  3e-27  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2852  response regulator receiver protein  32.14 
 
 
268 aa  124  5e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2726  two component response regulator  33.18 
 
 
277 aa  123  7e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.54081  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2951  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.14 
 
 
306 aa  123  7e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3647  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.03 
 
 
359 aa  123  8e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.745021  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.82 
 
 
454 aa  122  9.999999999999999e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3614  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  27.83 
 
 
310 aa  122  1.9999999999999998e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.2 
 
 
322 aa  122  1.9999999999999998e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3546  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.17 
 
 
438 aa  122  1.9999999999999998e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0176083 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4119  diguanylate cyclase  39.08 
 
 
382 aa  121  1.9999999999999998e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.898336 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0995  diguanylate cyclase with GAF sensor  42.01 
 
 
792 aa  120  3e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.37011  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0157  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.19 
 
 
917 aa  120  3.9999999999999996e-26  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1432  response regulator PleD  34.6 
 
 
457 aa  120  4.9999999999999996e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1507  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.13 
 
 
308 aa  120  6e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.914031 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  33.46 
 
 
466 aa  120  6e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2815  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.01 
 
 
457 aa  119  9.999999999999999e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.631579  normal  0.0857187 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4930  diguanylate cyclase  39.88 
 
 
530 aa  119  9.999999999999999e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.22973 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  35 
 
 
457 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2023  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.43 
 
 
312 aa  119  9.999999999999999e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.174701  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3816  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.59 
 
 
797 aa  119  9.999999999999999e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.250791  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  32.14 
 
 
457 aa  118  1.9999999999999998e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.55 
 
 
308 aa  118  1.9999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2442  response regulator PleD  34.56 
 
 
457 aa  118  1.9999999999999998e-25  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.696702  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.55 
 
 
308 aa  118  1.9999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1341  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.1 
 
 
319 aa  117  3e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  34.22 
 
 
457 aa  117  3.9999999999999997e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0133  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.3 
 
 
461 aa  116  6.9999999999999995e-25  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16500  two-component response regulator  29.27 
 
 
347 aa  116  7.999999999999999e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.67066  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2442  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.95 
 
 
316 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.103678  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2820  response regulator  36.62 
 
 
462 aa  115  1.0000000000000001e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.229785  normal  0.330149 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3477  diguanylate cyclase  38.51 
 
 
342 aa  115  2.0000000000000002e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.377939  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3851  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.68 
 
 
634 aa  115  2.0000000000000002e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0571122  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3448  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  38.55 
 
 
608 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.838223  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3541  response regulator PleD  33.85 
 
 
457 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3308  response regulator PleD  33.08 
 
 
457 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.268667  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1436  two-component response regulator  28.92 
 
 
327 aa  114  3e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.462819  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1006  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.54 
 
 
312 aa  114  3e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  27.45 
 
 
309 aa  114  3e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1937  response regulator receiver protein  30.35 
 
 
269 aa  114  3e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5043  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.93 
 
 
300 aa  114  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00853617 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1058  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.2 
 
 
333 aa  114  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0856452  normal  0.699737 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1821  diguanylate cyclase  45.78 
 
 
298 aa  114  4.0000000000000004e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.017871  normal  0.191942 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1372  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  27.35 
 
 
436 aa  113  5e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.738866  normal  0.941955 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0065  response regulator receiver protein  31.52 
 
 
305 aa  113  7.000000000000001e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3625  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.65 
 
 
322 aa  112  1.0000000000000001e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3473  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.97 
 
 
351 aa  112  1.0000000000000001e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>