More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_2726 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011989  Avi_2726  two component response regulator  100 
 
 
277 aa  568  1e-161  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.54081  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2408  response regulator receiver protein  78.99 
 
 
276 aa  459  9.999999999999999e-129  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.10805 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2154  response regulator receiver protein  79.1 
 
 
268 aa  445  1.0000000000000001e-124  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.193377  normal  0.527206 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1795  response regulator receiver protein  69.29 
 
 
274 aa  404  1e-111  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00918371  hitchhiker  0.000651153 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2407  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.08 
 
 
443 aa  212  4.9999999999999996e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0296488 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0085  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.85 
 
 
453 aa  194  2e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2153  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.83 
 
 
443 aa  191  8e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.257798  normal  0.276429 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2855  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.96 
 
 
415 aa  186  4e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.220747  hitchhiker  0.000676798 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1723  diguanylate cyclase  39.76 
 
 
420 aa  186  5e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.428268  hitchhiker  0.00000158997 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1131  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  38.46 
 
 
500 aa  184  1.0000000000000001e-45  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0581  response regulator  37.25 
 
 
417 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000040809  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0621  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.35 
 
 
415 aa  181  1e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.649156 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03374  Response regulator containing a CheY-like receiver domain and a GGDEF domain  36.65 
 
 
419 aa  180  2e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.67607  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0579  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  45.27 
 
 
487 aa  175  6e-43  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.721447  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0178  response regulator receiver domain-containing protein  37.04 
 
 
272 aa  172  5.999999999999999e-42  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1684  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.41 
 
 
400 aa  172  6.999999999999999e-42  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.16221  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03265  hypothetical protein  37.45 
 
 
403 aa  169  4e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2233  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.76 
 
 
428 aa  169  6e-41  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1511  response regulator receiver protein  37.1 
 
 
416 aa  168  1e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2852  response regulator receiver protein  33.73 
 
 
268 aa  166  2.9999999999999998e-40  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1933  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.92 
 
 
411 aa  166  5.9999999999999996e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.380329  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1937  response regulator receiver protein  37.86 
 
 
269 aa  165  8e-40  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0659  diguanylate cyclase  33.2 
 
 
417 aa  163  3e-39  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0149639  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0081  response regulator/GGDEF domain-containing protein  37.5 
 
 
419 aa  162  7e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0825  response regulator receiver modulated serine phosphatase  35.39 
 
 
526 aa  160  3e-38  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.126425  normal  0.339318 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00466  Putative two-component system regulatory protein with GGDEF domain  34.84 
 
 
414 aa  159  6e-38  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.6149  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0180  response regulator receiver domain-containing protein  35.02 
 
 
273 aa  159  6e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3346  response regulator/GGDEF domain-containing protein  41.87 
 
 
417 aa  157  2e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2466  diguanylate cyclase  33.98 
 
 
406 aa  156  3e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0503371  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1193  diguanylate cyclase  32.67 
 
 
415 aa  155  6e-37  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1780  diguanylate cyclase  33.73 
 
 
414 aa  154  2e-36  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2323  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.13 
 
 
445 aa  153  2.9999999999999998e-36  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.123075  unclonable  0.0000172862 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3271  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.19 
 
 
1691 aa  149  6e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2518  GGDEF domain-containing protein  34.84 
 
 
407 aa  147  1.0000000000000001e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0478  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.28 
 
 
422 aa  145  5e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.60604  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0462  3-deoxy-d-manno-octulosonic-acid transferase  32.4 
 
 
422 aa  142  6e-33  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1984  threonine dehydratase  31.6 
 
 
418 aa  141  9.999999999999999e-33  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.241676  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3514  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.88 
 
 
427 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1334  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.15 
 
 
447 aa  140  1.9999999999999998e-32  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4080  diguanylate cyclase  34.98 
 
 
418 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0652  two component response regulator  30.33 
 
 
414 aa  124  2e-27  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.267728  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00199  response regulator/GGDEF domain protein  33.18 
 
 
426 aa  123  4e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0746  response regulator/GGDEF domain-containing protein  27.8 
 
 
414 aa  117  1.9999999999999998e-25  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0447686  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0671  response regulator/GGDEF domain-containing protein  27.8 
 
 
414 aa  117  1.9999999999999998e-25  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1356  response regulator/GGDEF domain-containing protein  27.39 
 
 
414 aa  116  3e-25  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2193  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  29.72 
 
 
716 aa  86.7  4e-16  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.14825  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3210  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.46 
 
 
337 aa  82.4  0.000000000000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.32327  normal  0.712325 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2174  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  29.65 
 
 
474 aa  80.1  0.00000000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0165  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.8 
 
 
826 aa  79.3  0.00000000000006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1763  response regulator receiver  33.02 
 
 
121 aa  77.4  0.0000000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3412  adenylate/guanylate cyclase  33.61 
 
 
1207 aa  77.8  0.0000000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.210507 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1017  two component transcriptional regulator  32.84 
 
 
229 aa  77.4  0.0000000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.957911  normal  0.735899 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1527  response regulator receiver protein, CheY  38.53 
 
 
124 aa  77  0.0000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.439374 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0173  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.05 
 
 
1191 aa  76.6  0.0000000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2442  response regulator PleD  40.52 
 
 
457 aa  76.6  0.0000000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.696702  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1136  chemotaxis protein CheY  31.67 
 
 
130 aa  76.3  0.0000000000006  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1261  chemotaxis protein CheY  31.67 
 
 
130 aa  76.3  0.0000000000006  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0812291  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0040  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.59 
 
 
1193 aa  75.9  0.0000000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.802864 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1198  putative chemotaxis protein CheY-like protein  30.97 
 
 
139 aa  75.9  0.0000000000006  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2870  response regulator receiver protein  36.75 
 
 
418 aa  76.3  0.0000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1259  chemotaxis protein CheY  35.24 
 
 
125 aa  76.3  0.0000000000006  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.529849  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0603  chemotaxis protein CheY  31.67 
 
 
130 aa  76.3  0.0000000000006  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2937  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.59 
 
 
243 aa  75.9  0.0000000000007  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2149  response regulator receiver Signal transduction histidine kinase  34.71 
 
 
407 aa  75.5  0.0000000000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.142048 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3308  response regulator PleD  39.66 
 
 
457 aa  75.9  0.0000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.268667  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_31480  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  34.68 
 
 
239 aa  75.5  0.0000000000009  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  hitchhiker  0.00376265  normal  0.556858 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4266  sensor histidine kinase/response regulator  31.39 
 
 
896 aa  75.5  0.000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000252034 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2194  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  35.29 
 
 
452 aa  74.7  0.000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.514859 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2025  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  33.83 
 
 
452 aa  75.1  0.000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0775  response regulator receiver protein  33.02 
 
 
122 aa  74.7  0.000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0246849 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0443  lipoprotein  32.38 
 
 
121 aa  74.3  0.000000000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.81181  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  38.79 
 
 
457 aa  74.3  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3744  putative GAF sensor protein  29.82 
 
 
323 aa  74.3  0.000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0717  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.17 
 
 
242 aa  73.9  0.000000000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000387016 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_21620  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  38.02 
 
 
238 aa  73.6  0.000000000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.019443  normal  0.0473518 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  38.79 
 
 
457 aa  73.9  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4155  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  33.61 
 
 
440 aa  73.6  0.000000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.50715  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1136  GAF sensor hybrid histidine kinase  26.44 
 
 
1896 aa  73.9  0.000000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.270239  normal  0.51439 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0907  GAF sensor hybrid histidine kinase  31.39 
 
 
896 aa  73.9  0.000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1924  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.28 
 
 
225 aa  73.6  0.000000000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1432  response regulator PleD  37.93 
 
 
457 aa  73.2  0.000000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2527  Hpt sensor hybrid histidine kinase  41.12 
 
 
1090 aa  73.2  0.000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.120042  normal  0.0845157 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  38.6 
 
 
466 aa  73.2  0.000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3451  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:stage II sporulation E  39.42 
 
 
568 aa  73.2  0.000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.223622  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0662  adenylate/guanylate cyclase  29.6 
 
 
1130 aa  73.2  0.000000000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0905  CheA signal transduction histidine kinase  37.39 
 
 
2164 aa  72.8  0.000000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.384813 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1382  response regulator receiver protein  35.85 
 
 
122 aa  72.8  0.000000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.997925  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2000  response regulator receiver protein  31.09 
 
 
127 aa  72.8  0.000000000006  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0580  response regulator receiver protein  33.05 
 
 
123 aa  72.8  0.000000000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0661  adenylate/guanylate cyclase  29.13 
 
 
1133 aa  72.8  0.000000000006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2429  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  34.75 
 
 
480 aa  72.8  0.000000000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.129673 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0766  two component transcriptional regulator  38.98 
 
 
233 aa  72.8  0.000000000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.528482  normal  0.302775 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4546  two component transcriptional regulator  34.65 
 
 
229 aa  72.4  0.000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.926448 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1301  CheW-like protein  32.56 
 
 
306 aa  72.4  0.000000000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1869  DNA-binding response regulator  35.9 
 
 
232 aa  72.4  0.000000000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4692  two component transcriptional regulator  34.19 
 
 
232 aa  72.4  0.000000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4801  response regulator protein  30.95 
 
 
234 aa  72  0.000000000009  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000584394  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0917  sensor histidine kinase  29.93 
 
 
896 aa  71.6  0.00000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2765  hybrid sensory kinase in two-component regulatory system with RcsB and YojN  36.11 
 
 
949 aa  71.6  0.00000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.266073  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1155  response regulator receiver protein  33.02 
 
 
122 aa  71.6  0.00000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.22671  normal  0.144109 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>