More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_0621 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_0621  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  100 
 
 		 415 aa  846    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.649156 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1723  diguanylate cyclase  41.55 
 
 		 420 aa  319  5e-86  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.428268  hitchhiker  0.00000158997 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03374  Response regulator containing a CheY-like receiver domain and a GGDEF domain  41.19 
 
 		 419 aa  306  5.0000000000000004e-82  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.67607  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0478  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.69 
 
 		 422 aa  297  3e-79  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.60604  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2855  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.78 
 
 		 415 aa  297  3e-79  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.220747  hitchhiker  0.000676798 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1684  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.79 
 
 		 400 aa  295  1e-78  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.16221  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2466  diguanylate cyclase  39.66 
 
 		 406 aa  294  2e-78  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0503371  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1511  response regulator receiver protein  40.24 
 
 		 416 aa  292  7e-78  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1933  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.42 
 
 		 411 aa  290  2e-77  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.380329  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0085  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.04 
 
 		 453 aa  278  1e-73  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2518  GGDEF domain-containing protein  37.86 
 
 		 407 aa  274  2.0000000000000002e-72  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1193  diguanylate cyclase  36.56 
 
 		 415 aa  274  2.0000000000000002e-72  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0581  response regulator  35.1 
 
 		 417 aa  264  3e-69  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000040809  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0081  response regulator/GGDEF domain-containing protein  34.31 
 
 		 419 aa  254  1.0000000000000001e-66  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0659  diguanylate cyclase  36.65 
 
 		 417 aa  255  1.0000000000000001e-66  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0149639  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1780  diguanylate cyclase  35.7 
 
 		 414 aa  248  1e-64  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3346  response regulator/GGDEF domain-containing protein  35.12 
 
 		 417 aa  244  3e-63  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03265  hypothetical protein  35.34 
 
 		 403 aa  242  7.999999999999999e-63  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0462  3-deoxy-d-manno-octulosonic-acid transferase  34.78 
 
 		 422 aa  242  1e-62  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2233  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.05 
 
 		 428 aa  241  2e-62  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3514  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.12 
 
 		 427 aa  238  2e-61  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1984  threonine dehydratase  34.54 
 
 		 418 aa  234  2.0000000000000002e-60  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.241676  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00466  Putative two-component system regulatory protein with GGDEF domain  33.5 
 
 		 414 aa  233  6e-60  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.6149  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4080  diguanylate cyclase  31.34 
 
 		 418 aa  228  1e-58  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1334  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.14 
 
 		 447 aa  228  2e-58  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2407  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.57 
 
 		 443 aa  228  2e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0296488 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2323  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.25 
 
 		 445 aa  224  2e-57  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.123075  unclonable  0.0000172862 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00199  response regulator/GGDEF domain protein  32.65 
 
 		 426 aa  218  1e-55  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0178  response regulator receiver domain-containing protein  42.4 
 
 		 272 aa  215  9e-55  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1937  response regulator receiver protein  44 
 
 		 269 aa  207  2e-52  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2153  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.06 
 
 		 443 aa  207  2e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.257798  normal  0.276429 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0180  response regulator receiver domain-containing protein  40.08 
 
 		 273 aa  203  6e-51  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1131  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  37.89 
 
 		 500 aa  199  7e-50  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0579  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  37.24 
 
 		 487 aa  196  7e-49  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.721447  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2852  response regulator receiver protein  37.2 
 
 		 268 aa  195  1e-48  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0746  response regulator/GGDEF domain-containing protein  31.07 
 
 		 414 aa  187  3e-46  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0447686  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0671  response regulator/GGDEF domain-containing protein  31.07 
 
 		 414 aa  187  3e-46  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1356  response regulator/GGDEF domain-containing protein  30.58 
 
 		 414 aa  183  6e-45  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0652  two component response regulator  31.08 
 
 		 414 aa  181  1e-44  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.267728  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2726  two component response regulator  37.35 
 
 		 277 aa  181  2e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.54081  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2154  response regulator receiver protein  35.46 
 
 		 268 aa  178  2e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.193377  normal  0.527206 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1795  response regulator receiver protein  35.29 
 
 		 274 aa  177  3e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00918371  hitchhiker  0.000651153 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2408  response regulator receiver protein  35.06 
 
 		 276 aa  176  5e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.10805 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3271  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.08 
 
 		 1691 aa  173  5.999999999999999e-42  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0825  response regulator receiver modulated serine phosphatase  38.58 
 
 		 526 aa  160  5e-38  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.126425  normal  0.339318 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.24 
 
 		 314 aa  119  9.999999999999999e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2397  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.57 
 
 		 434 aa  115  1.0000000000000001e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.593336  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3149  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.05 
 
 		 400 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.618172  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.67 
 
 		 309 aa  114  3e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2309  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.51 
 
 		 434 aa  114  4.0000000000000004e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.484645  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1556  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.18 
 
 		 300 aa  112  9e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1846  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.1 
 
 		 314 aa  112  2.0000000000000002e-23  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  28.48 
 
 		 308 aa  110  5e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2257  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.58 
 
 		 509 aa  110  6e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0520127 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2951  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.53 
 
 		 306 aa  109  7.000000000000001e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3473  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  27.6 
 
 		 351 aa  108  1e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1332  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.19 
 
 		 306 aa  108  1e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3625  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  26.95 
 
 		 322 aa  107  4e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3614  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  27.48 
 
 		 310 aa  107  6e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3557  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  27.04 
 
 		 322 aa  106  7e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.457648  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3505  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.56 
 
 		 665 aa  105  1e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  26.76 
 
 		 322 aa  103  8e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  27.13 
 
 		 317 aa  102  1e-20  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2313  response regulator  26.85 
 
 		 301 aa  101  3e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.483613  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0963  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  25.9 
 
 		 300 aa  100  4e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0157  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  25.32 
 
 		 917 aa  100  6e-20  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0221  response regulator PleD  22.51 
 
 		 460 aa  99  1e-19  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0365  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  26.26 
 
 		 308 aa  98.6  2e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3790  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.83 
 
 		 300 aa  98.2  2e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2192  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  27.96 
 
 		 303 aa  97.4  4e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1830  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  26.32 
 
 		 941 aa  95.9  1e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  24.67 
 
 		 308 aa  95.5  1e-18  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1554  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  27.12 
 
 		 419 aa  95.5  1e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4315  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  26.39 
 
 		 554 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.554314 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  25.66 
 
 		 454 aa  95.9  1e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  24.67 
 
 		 308 aa  95.5  1e-18  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4132  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  25 
 
 		 310 aa  95.1  2e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2023  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  27.3 
 
 		 312 aa  95.1  2e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.174701  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0600  response regulator receiver protein  25 
 
 		 301 aa  94.7  2e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0755  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  27.85 
 
 		 298 aa  94  4e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.893944 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2693  diguanylate cyclase  23.63 
 
 		 302 aa  94  5e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0719  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  26.94 
 
 		 307 aa  93.6  6e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1671  response regulator/GGDEF domain-containing protein  23.84 
 
 		 322 aa  93.2  7e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1483  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  25.3 
 
 		 335 aa  93.2  7e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.882912  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3851  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  25.65 
 
 		 634 aa  93.2  9e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0571122  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0610  response regulator PleD  24.24 
 
 		 461 aa  92.8  1e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.961713  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4204  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  25.4 
 
 		 310 aa  92.8  1e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  25.32 
 
 		 461 aa  92  2e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29300  Response regulator  28.47 
 
 		 310 aa  91.7  2e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1577  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  23.23 
 
 		 314 aa  91.3  3e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2041  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  25.83 
 
 		 317 aa  91.7  3e-17  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2067  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  25.83 
 
 		 317 aa  91.7  3e-17  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0115  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.72 
 
 		 304 aa  91.3  3e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.113218  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0709  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.76 
 
 		 322 aa  90.9  4e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.169559 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  24.57 
 
 		 457 aa  90.9  4e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1039  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  27.96 
 
 		 393 aa  90.5  5e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0950507  normal  0.205042 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4336  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  24.68 
 
 		 310 aa  90.5  5e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2812  diguanylate cyclase  27.18 
 
 		 315 aa  90.5  5e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1192  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  27.91 
 
 		 316 aa  90.1  6e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1643  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  25.66 
 
 		 316 aa  89  1e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>