More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_2855 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_2855  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  100 
 
 		 415 aa  840    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.220747  hitchhiker  0.000676798 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1723  diguanylate cyclase  82.78 
 
 		 420 aa  699    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.428268  hitchhiker  0.00000158997 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1684  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  72.68 
 
 		 400 aa  592  1e-168  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.16221  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1511  response regulator receiver protein  64.15 
 
 		 416 aa  533  1e-150  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2466  diguanylate cyclase  63.14 
 
 		 406 aa  532  1e-150  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0503371  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2518  GGDEF domain-containing protein  60.19 
 
 		 407 aa  509  1e-143  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0081  response regulator/GGDEF domain-containing protein  42.17 
 
 		 419 aa  334  2e-90  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0659  diguanylate cyclase  39.76 
 
 		 417 aa  328  8e-89  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0149639  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03374  Response regulator containing a CheY-like receiver domain and a GGDEF domain  43.13 
 
 		 419 aa  323  3e-87  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.67607  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0478  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.8 
 
 		 422 aa  322  7e-87  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.60604  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1780  diguanylate cyclase  39.61 
 
 		 414 aa  322  9.000000000000001e-87  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1933  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.69 
 
 		 411 aa  319  6e-86  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.380329  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0085  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.8 
 
 		 453 aa  315  6e-85  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03265  hypothetical protein  44.23 
 
 		 403 aa  315  9.999999999999999e-85  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2407  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.71 
 
 		 443 aa  306  5.0000000000000004e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0296488 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0462  3-deoxy-d-manno-octulosonic-acid transferase  39.32 
 
 		 422 aa  300  3e-80  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0621  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.78 
 
 		 415 aa  297  3e-79  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.649156 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1984  threonine dehydratase  39.18 
 
 		 418 aa  294  2e-78  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.241676  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00466  Putative two-component system regulatory protein with GGDEF domain  39.13 
 
 		 414 aa  292  6e-78  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.6149  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0581  response regulator  40.1 
 
 		 417 aa  291  1e-77  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000040809  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1193  diguanylate cyclase  37.29 
 
 		 415 aa  291  2e-77  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2153  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.71 
 
 		 443 aa  288  1e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.257798  normal  0.276429 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3346  response regulator/GGDEF domain-containing protein  38.16 
 
 		 417 aa  285  1.0000000000000001e-75  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2323  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.59 
 
 		 445 aa  282  8.000000000000001e-75  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.123075  unclonable  0.0000172862 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00199  response regulator/GGDEF domain protein  38.59 
 
 		 426 aa  269  8e-71  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3514  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.65 
 
 		 427 aa  265  1e-69  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1334  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.71 
 
 		 447 aa  263  6e-69  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4080  diguanylate cyclase  36.25 
 
 		 418 aa  257  3e-67  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2233  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.08 
 
 		 428 aa  246  4.9999999999999997e-64  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0746  response regulator/GGDEF domain-containing protein  30.81 
 
 		 414 aa  214  1.9999999999999998e-54  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0447686  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0671  response regulator/GGDEF domain-containing protein  30.81 
 
 		 414 aa  214  1.9999999999999998e-54  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1356  response regulator/GGDEF domain-containing protein  30.56 
 
 		 414 aa  213  3.9999999999999995e-54  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0652  two component response regulator  32.44 
 
 		 414 aa  209  7e-53  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.267728  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1131  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  42.23 
 
 		 500 aa  199  5e-50  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0178  response regulator receiver domain-containing protein  44.18 
 
 		 272 aa  197  3e-49  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0579  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  41.02 
 
 		 487 aa  193  6e-48  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.721447  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2726  two component response regulator  40.96 
 
 		 277 aa  186  7e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.54081  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0600  response regulator receiver protein  35.57 
 
 		 301 aa  185  2.0000000000000003e-45  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2852  response regulator receiver protein  40.24 
 
 		 268 aa  181  2e-44  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2154  response regulator receiver protein  38.7 
 
 		 268 aa  181  2.9999999999999997e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.193377  normal  0.527206 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2408  response regulator receiver protein  38.74 
 
 		 276 aa  179  5.999999999999999e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.10805 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0180  response regulator receiver domain-containing protein  40.08 
 
 		 273 aa  179  7e-44  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3271  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.16 
 
 		 1691 aa  177  4e-43  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1795  response regulator receiver protein  37.01 
 
 		 274 aa  176  8e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00918371  hitchhiker  0.000651153 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1937  response regulator receiver protein  41.37 
 
 		 269 aa  172  6.999999999999999e-42  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2313  response regulator  34.22 
 
 		 301 aa  167  4e-40  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.483613  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0825  response regulator receiver modulated serine phosphatase  38.21 
 
 		 526 aa  166  1.0000000000000001e-39  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.126425  normal  0.339318 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2693  diguanylate cyclase  33.79 
 
 		 302 aa  164  2.0000000000000002e-39  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3614  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34 
 
 		 310 aa  159  8e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1846  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33 
 
 		 314 aa  158  2e-37  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.97 
 
 		 314 aa  158  2e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.75 
 
 		 309 aa  156  5.0000000000000005e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.87 
 
 		 317 aa  156  7e-37  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.06 
 
 		 676 aa  155  8e-37  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.990746 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34 
 
 		 454 aa  153  5e-36  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  33.99 
 
 		 308 aa  153  5.9999999999999996e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2023  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.22 
 
 		 312 aa  152  1e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.174701  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1332  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.45 
 
 		 306 aa  150  3e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2951  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.78 
 
 		 306 aa  149  1.0000000000000001e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3210  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.54 
 
 		 337 aa  148  2.0000000000000003e-34  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.32327  normal  0.712325 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0755  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.79 
 
 		 298 aa  147  3e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.893944 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1006  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.7 
 
 		 312 aa  146  5e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3442  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.44 
 
 		 539 aa  145  9e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.677434  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1554  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.18 
 
 		 419 aa  145  1e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3005  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.89 
 
 		 303 aa  145  2e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000288968 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1577  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.45 
 
 		 314 aa  144  3e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3505  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.81 
 
 		 665 aa  144  3e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1372  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.67 
 
 		 436 aa  143  4e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.738866  normal  0.941955 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.88 
 
 		 322 aa  144  4e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0157  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 917 aa  143  5e-33  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0119  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.67 
 
 		 324 aa  143  7e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.969085  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2309  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.9 
 
 		 434 aa  142  9.999999999999999e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.484645  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2192  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.66 
 
 		 303 aa  142  9.999999999999999e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.67 
 
 		 301 aa  142  9.999999999999999e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1561  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.22 
 
 		 455 aa  141  1.9999999999999998e-32  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000734361  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1643  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  30.87 
 
 		 316 aa  140  3e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2397  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.61 
 
 		 434 aa  140  3e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.593336  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0065  response regulator receiver protein  33.56 
 
 		 305 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3473  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.43 
 
 		 351 aa  140  4.999999999999999e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1978  diguanylate cyclase  33.22 
 
 		 298 aa  140  6e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.148602  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0304  response regulator PleD  32.14 
 
 		 458 aa  139  6e-32  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0864091  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3557  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.36 
 
 		 322 aa  139  7.999999999999999e-32  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.457648  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1684  GGDEF domain-containing protein  34.85 
 
 		 323 aa  139  1e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3625  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.94 
 
 		 322 aa  139  1e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1432  response regulator PleD  27.85 
 
 		 457 aa  138  2e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0773  response regulator PleD  31.7 
 
 		 458 aa  137  5e-31  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1497  response regulator PleD  28.38 
 
 		 454 aa  136  6.0000000000000005e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.122959 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1507  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.45 
 
 		 308 aa  136  7.000000000000001e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.914031 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2032  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.45 
 
 		 310 aa  136  7.000000000000001e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1933  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.88 
 
 		 298 aa  136  8e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.964426  normal  0.0629546 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29300  Response regulator  35.33 
 
 		 310 aa  135  9.999999999999999e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0748  response regulator receiver protein  33.88 
 
 		 312 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  28.54 
 
 		 457 aa  135  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2812  diguanylate cyclase  35.12 
 
 		 315 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2067  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.46 
 
 		 317 aa  134  3e-30  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2255  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.89 
 
 		 298 aa  134  3e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2041  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.46 
 
 		 317 aa  134  3e-30  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0218  diguanylate cyclase  31.19 
 
 		 304 aa  134  3e-30  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2442  response regulator PleD  26.97 
 
 		 457 aa  134  3e-30  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.696702  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1830  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.22 
 
 		 941 aa  134  3e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>