More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_2127 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009665  Shew185_2241  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  84.79 
 
 		 546 aa  927    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.195601  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2127  response regulator  100 
 
 		 544 aa  1128    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2212  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  90.77 
 
 		 543 aa  1023    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2358  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  85.16 
 
 		 546 aa  932    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2118  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  84.04 
 
 		 546 aa  919    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2104  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  84.97 
 
 		 546 aa  930    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0835719  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2087  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  89.52 
 
 		 544 aa  974    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1887  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  89.52 
 
 		 544 aa  974    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.374169 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0841  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.23 
 
 		 715 aa  302  8.000000000000001e-81  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.101081  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1830  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.46 
 
 		 941 aa  268  2e-70  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1484  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.97 
 
 		 555 aa  261  2e-68  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0158649 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0623  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.43 
 
 		 556 aa  257  3e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.322116  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4315  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.86 
 
 		 554 aa  257  3e-67  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.554314 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4377  GGDEF  30.7 
 
 		 551 aa  255  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4837  response regulator  30.15 
 
 		 551 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.978785  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5563  putative two-component response regulator  30.06 
 
 		 542 aa  246  6e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.591571  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0608  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 452 aa  245  9.999999999999999e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0597995 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64050  putative two-component response regulator  30.06 
 
 		 542 aa  244  3e-63  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0723  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.43 
 
 		 540 aa  243  6e-63  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3442  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.66 
 
 		 539 aa  242  1e-62  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.677434  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0563  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.85 
 
 		 451 aa  239  1e-61  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0602  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.85 
 
 		 451 aa  238  2e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4602  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.09 
 
 		 459 aa  237  3e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.195913 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.38 
 
 		 550 aa  207  4e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1150  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.65 
 
 		 547 aa  197  4.0000000000000005e-49  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1039  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.64 
 
 		 393 aa  194  4e-48  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0950507  normal  0.205042 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3505  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.36 
 
 		 665 aa  188  2e-46  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3670  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  27.41 
 
 		 561 aa  183  8.000000000000001e-45  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2752  multi-component transcriptional regulator, winged helix family  28.24 
 
 		 799 aa  180  4.999999999999999e-44  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3688  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  26.53 
 
 		 543 aa  174  2.9999999999999996e-42  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  27.57 
 
 		 676 aa  174  3.9999999999999995e-42  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.990746 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0600  response regulator receiver protein  36.91 
 
 		 301 aa  164  4.0000000000000004e-39  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2859  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  24.5 
 
 		 532 aa  163  7e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.757844  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1554  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.28 
 
 		 419 aa  155  1e-36  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1780  diguanylate cyclase  30.57 
 
 		 414 aa  155  1e-36  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2326  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.58 
 
 		 536 aa  147  4.0000000000000006e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  27.91 
 
 		 454 aa  147  5e-34  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.83 
 
 		 308 aa  145  1e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.83 
 
 		 308 aa  145  1e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2233  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.27 
 
 		 428 aa  144  3e-33  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3614  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.12 
 
 		 310 aa  144  5e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2323  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  27.25 
 
 		 445 aa  142  9.999999999999999e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.123075  unclonable  0.0000172862 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.63 
 
 		 301 aa  142  9.999999999999999e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3557  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.79 
 
 		 322 aa  137  4e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.457648  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2407  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.1 
 
 		 443 aa  137  5e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0296488 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1665  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.77 
 
 		 313 aa  137  6.0000000000000005e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2693  diguanylate cyclase  30.82 
 
 		 302 aa  137  7.000000000000001e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3625  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.46 
 
 		 322 aa  136  9.999999999999999e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.76 
 
 		 317 aa  136  9.999999999999999e-31  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0748  response regulator receiver protein  30.67 
 
 		 312 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3473  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.46 
 
 		 351 aa  134  3.9999999999999996e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1006  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.39 
 
 		 312 aa  134  3.9999999999999996e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0157  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.61 
 
 		 917 aa  134  5e-30  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1382  response regulator receiver protein  29.37 
 
 		 302 aa  133  6e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0115  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.3 
 
 		 304 aa  133  9e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.113218  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2383  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.13 
 
 		 434 aa  132  1.0000000000000001e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00665942 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00466  Putative two-component system regulatory protein with GGDEF domain  29.6 
 
 		 414 aa  132  1.0000000000000001e-29  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.6149  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  26.03 
 
 		 466 aa  131  3e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0081  response regulator/GGDEF domain-containing protein  26.99 
 
 		 419 aa  131  4.0000000000000003e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2041  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.77 
 
 		 317 aa  131  4.0000000000000003e-29  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2067  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.77 
 
 		 317 aa  131  4.0000000000000003e-29  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1984  threonine dehydratase  25.36 
 
 		 418 aa  131  4.0000000000000003e-29  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.241676  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2313  response regulator  29.37 
 
 		 301 aa  130  5.0000000000000004e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.483613  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2049  diguanylate cyclase  45.96 
 
 		 357 aa  130  6e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  27.42 
 
 		 457 aa  130  6e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2192  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.71 
 
 		 303 aa  130  6e-29  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3583  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.57 
 
 		 322 aa  130  7.000000000000001e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000864033 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0065  response regulator receiver protein  30.77 
 
 		 305 aa  130  7.000000000000001e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2421  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  25.95 
 
 		 684 aa  130  8.000000000000001e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000243595 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1684  GGDEF domain-containing protein  31.02 
 
 		 323 aa  130  8.000000000000001e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1513  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.3 
 
 		 301 aa  130  9.000000000000001e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0153071 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0470  GGDEF  43.75 
 
 		 412 aa  128  3e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.606028 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0581  response regulator  28 
 
 		 417 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000040809  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0478  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.98 
 
 		 422 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.60604  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2955  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.74 
 
 		 308 aa  127  4.0000000000000003e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1203  response regulator  29.38 
 
 		 634 aa  127  5e-28  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0659  diguanylate cyclase  25 
 
 		 417 aa  127  5e-28  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0149639  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2023  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.26 
 
 		 312 aa  127  6e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.174701  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  27.18 
 
 		 455 aa  127  7e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5250  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.13 
 
 		 360 aa  126  1e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.395511  normal  0.949965 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1341  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.51 
 
 		 319 aa  125  1e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1847  diguanylate cyclase  40.62 
 
 		 470 aa  125  1e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2032  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.33 
 
 		 310 aa  125  2e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1483  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  27.05 
 
 		 335 aa  125  2e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.882912  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1334  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.65 
 
 		 447 aa  125  3e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2442  response regulator PleD  27.4 
 
 		 457 aa  125  3e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.696702  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.13 
 
 		 314 aa  124  4e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0377  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.25 
 
 		 314 aa  124  4e-27  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1723  diguanylate cyclase  27.88 
 
 		 420 aa  124  5e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.428268  hitchhiker  0.00000158997 
 
 
-
 
NC_002978  WD0221  response regulator PleD  23.79 
 
 		 460 aa  123  8e-27  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3308  response regulator PleD  25.97 
 
 		 457 aa  123  9e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.268667  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  26.52 
 
 		 457 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0135  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.62 
 
 		 306 aa  123  9.999999999999999e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.248217 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2153  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.31 
 
 		 443 aa  123  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.257798  normal  0.276429 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2588  response regulator receiver protein  40.72 
 
 		 568 aa  123  9.999999999999999e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.649054  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  25.51 
 
 		 457 aa  123  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2619  diguanylate cyclase  40.62 
 
 		 471 aa  123  9.999999999999999e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.912775  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2801  diguanylate cyclase  37.76 
 
 		 628 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.615763  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4336  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.54 
 
 		 310 aa  123  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2466  diguanylate cyclase  26.51 
 
 		 406 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0503371  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>