More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_4315 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_4315  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  100 
 
 		 554 aa  1108    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.554314 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0841  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.98 
 
 		 715 aa  355  7.999999999999999e-97  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.101081  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0623  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.86 
 
 		 556 aa  335  2e-90  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.322116  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0723  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.63 
 
 		 540 aa  334  3e-90  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4837  response regulator  42.89 
 
 		 551 aa  330  4e-89  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.978785  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4602  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.43 
 
 		 459 aa  330  5.0000000000000004e-89  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.195913 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1484  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.35 
 
 		 555 aa  330  5.0000000000000004e-89  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0158649 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1830  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.04 
 
 		 941 aa  328  1.0000000000000001e-88  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4377  GGDEF  42.62 
 
 		 551 aa  328  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64050  putative two-component response regulator  44.3 
 
 		 542 aa  323  6e-87  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5563  putative two-component response regulator  43.04 
 
 		 542 aa  316  5e-85  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.591571  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3442  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.85 
 
 		 539 aa  315  1.9999999999999998e-84  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.677434  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3670  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.07 
 
 		 561 aa  311  2e-83  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0608  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.68 
 
 		 452 aa  309  6.999999999999999e-83  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0597995 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0563  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.93 
 
 		 451 aa  304  3.0000000000000004e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0602  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.17 
 
 		 451 aa  303  4.0000000000000003e-81  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2859  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.94 
 
 		 532 aa  295  2e-78  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.757844  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2212  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.23 
 
 		 543 aa  268  2e-70  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.67 
 
 		 550 aa  261  2e-68  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2118  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.48 
 
 		 546 aa  260  6e-68  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2358  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.88 
 
 		 546 aa  258  1e-67  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2104  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.3 
 
 		 546 aa  258  2e-67  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0835719  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2241  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.48 
 
 		 546 aa  257  4e-67  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.195601  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1039  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.56 
 
 		 393 aa  253  6e-66  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0950507  normal  0.205042 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2087  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.68 
 
 		 544 aa  253  9.000000000000001e-66  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1887  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.68 
 
 		 544 aa  253  9.000000000000001e-66  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.374169 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2127  response regulator  31.5 
 
 		 544 aa  252  1e-65  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1150  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.21 
 
 		 547 aa  226  8e-58  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.55 
 
 		 676 aa  212  2e-53  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.990746 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3688  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.8 
 
 		 543 aa  207  4e-52  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2752  multi-component transcriptional regulator, winged helix family  28.95 
 
 		 799 aa  203  6e-51  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3505  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.45 
 
 		 665 aa  187  3e-46  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1554  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.93 
 
 		 419 aa  174  3.9999999999999995e-42  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2951  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.99 
 
 		 306 aa  159  1e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0115  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.48 
 
 		 304 aa  155  1e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.113218  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1332  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33 
 
 		 306 aa  155  2e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.89 
 
 		 308 aa  152  1e-35  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.76 
 
 		 314 aa  152  1e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  29.91 
 
 		 461 aa  152  1e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.89 
 
 		 308 aa  152  1e-35  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1006  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.56 
 
 		 312 aa  151  3e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.41 
 
 		 454 aa  151  3e-35  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0228  multi-sensor signal transduction histidine kinase  43.98 
 
 		 541 aa  150  6e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.59 
 
 		 317 aa  147  5e-34  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0221  response regulator PleD  27 
 
 		 460 aa  147  7.0000000000000006e-34  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1864  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.13 
 
 		 457 aa  145  1e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.831894  normal  0.121309 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0600  response regulator receiver protein  34.67 
 
 		 301 aa  144  4e-33  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  30.34 
 
 		 455 aa  144  5e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.56 
 
 		 309 aa  143  6e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2049  diguanylate cyclase  46.99 
 
 		 357 aa  143  8e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  34.31 
 
 		 308 aa  142  1.9999999999999998e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7417  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.26 
 
 		 457 aa  142  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.196799  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  29.23 
 
 		 457 aa  140  4.999999999999999e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2041  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.43 
 
 		 317 aa  140  7.999999999999999e-32  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2067  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.43 
 
 		 317 aa  140  7.999999999999999e-32  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2607  diguanylate cyclase  46.54 
 
 		 316 aa  139  1e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000143356  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2693  diguanylate cyclase  33.45 
 
 		 302 aa  138  2e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2407  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.22 
 
 		 443 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0296488 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2939  GGDEF  32.67 
 
 		 318 aa  137  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.417006  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2715  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.95 
 
 		 314 aa  137  6.0000000000000005e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1525  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.35 
 
 		 316 aa  137  7.000000000000001e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.15223e-23 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2815  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.28 
 
 		 457 aa  136  8e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.631579  normal  0.0857187 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2313  response regulator  33.9 
 
 		 301 aa  136  9e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.483613  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.13 
 
 		 322 aa  135  9.999999999999999e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4015  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.36 
 
 		 315 aa  136  9.999999999999999e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.77 
 
 		 301 aa  135  1.9999999999999998e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2326  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.8 
 
 		 536 aa  135  1.9999999999999998e-30  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3614  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.85 
 
 		 310 aa  134  3e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0163  multi-component transcriptional regulator  28.65 
 
 		 725 aa  134  3.9999999999999996e-30  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.892768  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3835  diguanylate cyclase  46.63 
 
 		 316 aa  134  3.9999999999999996e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3473  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.03 
 
 		 351 aa  134  5e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2421  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.67 
 
 		 684 aa  134  6e-30  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000243595 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  26.83 
 
 		 457 aa  134  6e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2077  diguanylate cyclase  43.04 
 
 		 382 aa  133  6.999999999999999e-30  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.793636  normal  0.406002 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0610  response regulator PleD  27.89 
 
 		 461 aa  132  1.0000000000000001e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.961713  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1643  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  32.36 
 
 		 316 aa  131  2.0000000000000002e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0157  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.74 
 
 		 917 aa  132  2.0000000000000002e-29  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2941  multi-component transcriptional regulator, winged helix family  30.6 
 
 		 652 aa  132  2.0000000000000002e-29  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2153  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.48 
 
 		 443 aa  132  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.257798  normal  0.276429 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3557  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.91 
 
 		 322 aa  132  2.0000000000000002e-29  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.457648  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3625  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.01 
 
 		 322 aa  132  2.0000000000000002e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3541  response regulator PleD  27.19 
 
 		 457 aa  132  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1577  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.32 
 
 		 314 aa  131  3e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  26.27 
 
 		 466 aa  131  3e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0698  diguanylate cyclase  43.48 
 
 		 388 aa  131  3e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.814063  hitchhiker  0.00133482 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0365  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.94 
 
 		 308 aa  131  4.0000000000000003e-29  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.57 
 
 		 334 aa  131  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2699  diguanylate cyclase  47.02 
 
 		 251 aa  130  4.0000000000000003e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0676  diguanylate cyclase  43.48 
 
 		 388 aa  130  5.0000000000000004e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  26.5 
 
 		 457 aa  130  5.0000000000000004e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1684  GGDEF domain-containing protein  28.99 
 
 		 323 aa  130  6e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  28.08 
 
 		 457 aa  130  7.000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1436  two-component response regulator  32.49 
 
 		 327 aa  130  7.000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.462819  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1629  multi-component transcriptional regulator  25.52 
 
 		 613 aa  130  8.000000000000001e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.703021  normal  0.230726 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2021  diguanylate cyclase  40.43 
 
 		 381 aa  130  8.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1494  response regulator/GGDEF domain-containing protein  33.57 
 
 		 335 aa  130  9.000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.799611 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2032  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.02 
 
 		 310 aa  130  9.000000000000001e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2820  response regulator  30.12 
 
 		 462 aa  129  1.0000000000000001e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.229785  normal  0.330149 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02505  putative response regulator  29.61 
 
 		 306 aa  129  1.0000000000000001e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0575  response regulator PleD  27.44 
 
 		 456 aa  129  1.0000000000000001e-28  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>