More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_2021 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_2021  diguanylate cyclase  100 
 
 		 381 aa  766    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1914  GGDEF domain-containing protein  65.7 
 
 		 381 aa  503  1e-141  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.743896  normal  0.638845 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3550  diguanylate cyclase  65.35 
 
 		 381 aa  494  9.999999999999999e-139  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1745  diguanylate cyclase  58.33 
 
 		 401 aa  424  1e-117  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.597218  normal  0.101344 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3010  diguanylate cyclase  57.63 
 
 		 382 aa  400  9.999999999999999e-111  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.359257 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1425  diguanylate cyclase  33.53 
 
 		 381 aa  170  4e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2835  response regulator receiver domain-containing protein  34.12 
 
 		 346 aa  170  4e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.157532  normal  0.231861 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3903  diguanylate cyclase  34.34 
 
 		 370 aa  156  5.0000000000000005e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0522591 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1123  diguanylate cyclase  32.96 
 
 		 357 aa  153  4e-36  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0998424  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  43.93 
 
 		 459 aa  150  3e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0544  diguanylate cyclase  30.98 
 
 		 414 aa  149  1.0000000000000001e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.87 
 
 		 772 aa  145  1e-33  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0698  diguanylate cyclase  34.18 
 
 		 388 aa  144  2e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.814063  hitchhiker  0.00133482 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3477  diguanylate cyclase  33.66 
 
 		 342 aa  142  7e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.377939  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0676  diguanylate cyclase  33.23 
 
 		 388 aa  142  9.999999999999999e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3264  diguanylate cyclase  35.21 
 
 		 375 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.83 
 
 		 730 aa  141  1.9999999999999998e-32  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1928  diguanylate cyclase  31.36 
 
 		 365 aa  140  3e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.851461 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  42.05 
 
 		 455 aa  140  3e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3653  GGDEF  45.57 
 
 		 308 aa  140  3e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.203802  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2157  diguanylate cyclase  33.88 
 
 		 372 aa  140  3e-32  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000200238  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0392  diguanylate cyclase  44.51 
 
 		 768 aa  140  3e-32  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000907702  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1739  GGDEF domain protein  44.3 
 
 		 308 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.61 
 
 		 901 aa  139  6e-32  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2588  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.78 
 
 		 710 aa  139  7e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0652312  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4119  diguanylate cyclase  32.85 
 
 		 382 aa  139  7.999999999999999e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.898336 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0567  diguanylate cyclase  34.64 
 
 		 377 aa  139  7.999999999999999e-32  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  46.24 
 
 		 343 aa  138  1e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  38.42 
 
 		 659 aa  139  1e-31  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4523  diguanylate cyclase with GAF sensor  43.9 
 
 		 499 aa  138  1e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.967133  normal  0.833222 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  33.77 
 
 		 487 aa  138  2e-31  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  36.69 
 
 		 422 aa  137  2e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1319  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.67 
 
 		 610 aa  137  2e-31  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.104887  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5563  putative two-component response regulator  42.68 
 
 		 542 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.591571  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64050  putative two-component response regulator  42.68 
 
 		 542 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.89 
 
 		 317 aa  137  3.0000000000000003e-31  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  42.13 
 
 		 308 aa  137  4e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.69 
 
 		 1078 aa  137  5e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0636  diguanylate cyclase  39.78 
 
 		 559 aa  136  5e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.445559  normal  0.916917 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.08 
 
 		 314 aa  135  9e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0893  diguanylate cyclase  31.25 
 
 		 424 aa  135  9.999999999999999e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.294746  normal  0.440044 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  41.46 
 
 		 307 aa  135  9.999999999999999e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4084  diguanylate cyclase  44.94 
 
 		 308 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.647137 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4666  diguanylate cyclase  42.6 
 
 		 407 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00608192  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1497  response regulator PleD  43.6 
 
 		 454 aa  134  1.9999999999999998e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.122959 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  38 
 
 		 775 aa  135  1.9999999999999998e-30  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0148  diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase with TPR repeats  45.34 
 
 		 560 aa  134  1.9999999999999998e-30  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.189493 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.77 
 
 		 308 aa  134  1.9999999999999998e-30  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.77 
 
 		 308 aa  134  1.9999999999999998e-30  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1521  diguanylate cyclase  42.41 
 
 		 237 aa  134  1.9999999999999998e-30  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281404  normal  0.309888 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1332  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.31 
 
 		 306 aa  134  3e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  46.39 
 
 		 550 aa  134  3e-30  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.77 
 
 		 578 aa  134  3.9999999999999996e-30  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3066  GGDEF domain-containing protein  41.52 
 
 		 466 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1551  GGDEF domain-containing protein  41.52 
 
 		 466 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1222  GGDEF domain-containing protein  41.52 
 
 		 466 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0613  diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 611 aa  134  3.9999999999999996e-30  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0841  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.5 
 
 		 715 aa  134  3.9999999999999996e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.101081  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1418  diguanylate cyclase  41.52 
 
 		 466 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1449  diguanylate cyclase  41.52 
 
 		 466 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  42.69 
 
 		 373 aa  133  5e-30  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0787  GGDEF  38.5 
 
 		 585 aa  133  5e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.109099  hitchhiker  0.00379197 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0645  GGDEF domain-containing protein  41.52 
 
 		 454 aa  133  5e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3087  diguanylate cyclase  40.91 
 
 		 361 aa  133  5e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  42.05 
 
 		 457 aa  133  5e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2999  diguanylate cyclase  35.58 
 
 		 548 aa  133  5e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0508  GGDEF domain-containing protein  41.52 
 
 		 454 aa  133  5e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1154  sensory box protein  33.33 
 
 		 340 aa  133  5e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1702  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 370 aa  133  5e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.82 
 
 		 322 aa  133  6e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  45.91 
 
 		 413 aa  133  6e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2626  diguanylate cyclase  41.32 
 
 		 599 aa  133  6e-30  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2092  response regulator receiver protein  40.44 
 
 		 459 aa  132  7.999999999999999e-30  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000936351  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2077  diguanylate cyclase  42.68 
 
 		 382 aa  132  7.999999999999999e-30  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.793636  normal  0.406002 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  43.43 
 
 		 457 aa  132  1.0000000000000001e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  41.86 
 
 		 461 aa  132  1.0000000000000001e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0723  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.74 
 
 		 540 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2951  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.31 
 
 		 306 aa  132  1.0000000000000001e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2425  diguanylate cyclase  45.45 
 
 		 353 aa  132  1.0000000000000001e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1851  diguanylate cyclase  41.76 
 
 		 620 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2824  GGDEF domain-containing protein  41.52 
 
 		 628 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1880  diguanylate cyclase  38.6 
 
 		 477 aa  131  2.0000000000000002e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0268707  normal  0.0491745 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0809  hypothetical protein  37.69 
 
 		 516 aa  131  2.0000000000000002e-29  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1066  diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase with TPR repeats  41.04 
 
 		 609 aa  131  2.0000000000000002e-29  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.94417  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3442  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.77 
 
 		 539 aa  131  2.0000000000000002e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.677434  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0963  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.24 
 
 		 300 aa  131  2.0000000000000002e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  43.6 
 
 		 492 aa  130  3e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2036  diguanylate cyclase  43.11 
 
 		 381 aa  130  3e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0190259 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1060  diguanylate cyclase  44.15 
 
 		 378 aa  130  3e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0114541  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40 
 
 		 309 aa  130  4.0000000000000003e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1432  response regulator PleD  42.53 
 
 		 457 aa  130  4.0000000000000003e-29  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0600  diguanylate cyclase with GAF sensor  43.35 
 
 		 669 aa  130  4.0000000000000003e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  39.23 
 
 		 565 aa  130  4.0000000000000003e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0085  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.46 
 
 		 301 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0674  diguanylate cyclase  40.56 
 
 		 355 aa  130  4.0000000000000003e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.811028 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3168  diguanylate cyclase  37.17 
 
 		 362 aa  130  5.0000000000000004e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0109  diguanylate cyclase  39.52 
 
 		 461 aa  130  5.0000000000000004e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1399  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.39 
 
 		 476 aa  130  5.0000000000000004e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1501  diguanylate cyclase  40.78 
 
 		 360 aa  130  5.0000000000000004e-29  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.15986  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4315  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.41 
 
 		 554 aa  129  6e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.554314 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>