More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0507 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_0507  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  100 
 
 		 557 aa  1128    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3046  diguanylate cyclase  38.75 
 
 		 562 aa  315  1.9999999999999998e-84  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.641394  normal  0.406701 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4178  response regulator receiver protein  37.75 
 
 		 1477 aa  309  8e-83  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.450705 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1614  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.87 
 
 		 531 aa  219  2e-55  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.423577 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_6180  hypothetical protein  37.94 
 
 		 399 aa  215  9.999999999999999e-55  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.167509  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3277  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  34.34 
 
 		 741 aa  204  3e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.64 
 
 		 531 aa  196  1e-48  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4428  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.88 
 
 		 524 aa  183  7e-45  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.11127  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1677  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.51 
 
 		 512 aa  175  1.9999999999999998e-42  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00717505  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3750  PAS:GGDEF  43.56 
 
 		 721 aa  164  4.0000000000000004e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4864  GGDEF  28.57 
 
 		 532 aa  164  5.0000000000000005e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0034  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.35 
 
 		 728 aa  156  7e-37  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2544  diguanylate cyclase  34.53 
 
 		 398 aa  156  9e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.871243  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2740  diguanylate cyclase  47.34 
 
 		 555 aa  155  2e-36  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4221  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.61 
 
 		 543 aa  154  2.9999999999999998e-36  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.363581  normal  0.801256 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 638 aa  155  2.9999999999999998e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1315  diguanylate cyclase  45.99 
 
 		 608 aa  153  7e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.243862  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2535  diguanylate cyclase  41.59 
 
 		 1099 aa  152  2e-35  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.12937  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5581  diguanylate cyclase (GGDEF) domain-containing protein  27.68 
 
 		 548 aa  151  3e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  47.95 
 
 		 405 aa  149  1.0000000000000001e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0021  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.28 
 
 		 668 aa  147  5e-34  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2333  hypothetical protein  46.03 
 
 		 565 aa  147  5e-34  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0019  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.91 
 
 		 668 aa  147  6e-34  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3523  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  43.37 
 
 		 1079 aa  147  7.0000000000000006e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4128  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  41.92 
 
 		 663 aa  146  8.000000000000001e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2477  hypothetical protein  48 
 
 		 273 aa  146  9e-34  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  43.11 
 
 		 550 aa  145  2e-33  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0841  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.16 
 
 		 715 aa  144  4e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.101081  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1298  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.67 
 
 		 353 aa  143  7e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000090214  hitchhiker  0.00354722 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01741  Putative CHASE3/GGDEF domain-containing signal protein  46.11 
 
 		 563 aa  143  8e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1977  membrane associated GGDEF protein  37.56 
 
 		 583 aa  143  9e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  42.55 
 
 		 464 aa  142  9.999999999999999e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1689  diguanylate cyclase  45.03 
 
 		 574 aa  142  9.999999999999999e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.557347 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2008  diguanylate cyclase  45.03 
 
 		 574 aa  142  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2721  diguanylate cyclase with GAF sensor  45.65 
 
 		 686 aa  142  1.9999999999999998e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.53529  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4030  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 498 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2497  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.81 
 
 		 355 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000595067  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0895  GAF domain/GGDEF domain-containing protein  45.31 
 
 		 688 aa  141  3e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0310961  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3430  diguanylate cyclase  44.31 
 
 		 513 aa  141  3e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0822  diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 554 aa  140  6e-32  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00155452  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0283  hypothetical protein  41.67 
 
 		 709 aa  140  7e-32  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0299  hypothetical protein  42.7 
 
 		 609 aa  140  7.999999999999999e-32  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2169  diguanylate cyclase with GAF sensor  44.12 
 
 		 713 aa  140  7.999999999999999e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2048  diguanylate cyclase with GAF sensor  44.12 
 
 		 704 aa  140  8.999999999999999e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4748  diguanylate cyclase  41.46 
 
 		 377 aa  139  1e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0109  diguanylate cyclase  43.35 
 
 		 461 aa  139  2e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1161  diguanylate cyclase  46.2 
 
 		 440 aa  138  3.0000000000000003e-31  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0876222  normal  0.647833 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2218  GGDEF  44.57 
 
 		 448 aa  138  3.0000000000000003e-31  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5204  diguanylate cyclase  37.43 
 
 		 466 aa  138  3.0000000000000003e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0140022  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0680  diguanylate cyclase  41.34 
 
 		 466 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1125  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.12 
 
 		 769 aa  138  3.0000000000000003e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.586946  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3066  GGDEF domain-containing protein  37.77 
 
 		 466 aa  137  4e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1222  GGDEF domain-containing protein  37.77 
 
 		 466 aa  137  4e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0645  GGDEF domain-containing protein  37.77 
 
 		 454 aa  137  4e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1551  GGDEF domain-containing protein  37.77 
 
 		 466 aa  137  4e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1449  diguanylate cyclase  37.77 
 
 		 466 aa  137  4e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1554  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.89 
 
 		 419 aa  137  4e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0508  GGDEF domain-containing protein  37.77 
 
 		 454 aa  137  4e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1418  diguanylate cyclase  37.77 
 
 		 466 aa  137  4e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1821  diguanylate cyclase  37.43 
 
 		 466 aa  137  6.0000000000000005e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1891  diguanylate cyclase  37.43 
 
 		 466 aa  137  6.0000000000000005e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.311116  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1885  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.21 
 
 		 558 aa  137  8e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1870  GGDEF domain-containing protein  39.61 
 
 		 342 aa  135  9.999999999999999e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1926  diguanylate cyclase  37.1 
 
 		 466 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.647076  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2824  GGDEF domain-containing protein  37.77 
 
 		 628 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1328  diguanylate cyclase  49.41 
 
 		 437 aa  136  9.999999999999999e-31  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.561523  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6176  diguanylate cyclase  37.1 
 
 		 466 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2637  diguanylate cyclase with extracellular sensor  45.09 
 
 		 474 aa  135  9.999999999999999e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.5 
 
 		 407 aa  135  9.999999999999999e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1903  diguanylate cyclase  37.1 
 
 		 466 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1814  diguanylate cyclase  45.18 
 
 		 267 aa  135  1.9999999999999998e-30  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1371  diguanylate cyclase  37.97 
 
 		 466 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.385487  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2290  diguanylate cyclase  42.55 
 
 		 646 aa  134  3e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.666302 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0620  diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 517 aa  134  3e-30  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089586 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4119  diguanylate cyclase  45.45 
 
 		 382 aa  134  3e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.898336 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.02 
 
 		 322 aa  134  3e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0953  diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 494 aa  134  3.9999999999999996e-30  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2110  PAS:GGDEF  41.18 
 
 		 796 aa  134  5e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.172113  normal  0.0218284 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0204  diguanylate cyclase  42.5 
 
 		 453 aa  134  6e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.209858  normal  0.343798 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0429  diguanylate cyclase  43.75 
 
 		 469 aa  133  6.999999999999999e-30  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.469713 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0655  diguanylate cyclase  43.98 
 
 		 172 aa  133  7.999999999999999e-30  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000725118  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3704  diguanylate cyclase  41.24 
 
 		 460 aa  133  9e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3428  diguanylate cyclase  44.25 
 
 		 425 aa  133  9e-30  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.261309 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2693  diguanylate cyclase  38.46 
 
 		 302 aa  133  1.0000000000000001e-29  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2420  diguanylate cyclase  44.51 
 
 		 532 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.499921  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2240  diguanylate cyclase  42.35 
 
 		 758 aa  132  1.0000000000000001e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.365812 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0304  diguanylate cyclase  38.77 
 
 		 464 aa  132  1.0000000000000001e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0606  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.97 
 
 		 785 aa  132  2.0000000000000002e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4051  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.53 
 
 		 360 aa  132  2.0000000000000002e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.255257  normal  0.825864 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2326  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.9 
 
 		 536 aa  132  2.0000000000000002e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0349  diguanylate cyclase  42.11 
 
 		 523 aa  132  2.0000000000000002e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.291431  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0638  diguanylate cyclase  30.82 
 
 		 737 aa  132  2.0000000000000002e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0991066 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6208  diguanylate cyclase  44.19 
 
 		 467 aa  132  2.0000000000000002e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.355403  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  44.12 
 
 		 492 aa  132  2.0000000000000002e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3076  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.17 
 
 		 616 aa  132  2.0000000000000002e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.315862  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3143  diguanylate cyclase  41.01 
 
 		 614 aa  132  2.0000000000000002e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.212991  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3642  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.77 
 
 		 796 aa  131  3e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.127426  normal  0.751556 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3203  diguanylate cyclase  40 
 
 		 569 aa  131  3e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0987619 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08240  GGDEF domain protein  42.25 
 
 		 448 aa  131  3e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3011  serine/threonine protein kinase  42.62 
 
 		 1637 aa  131  3e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.15444  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>