More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_5581 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007348  Reut_B4864  GGDEF  74.66 
 
 		 532 aa  804    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5581  diguanylate cyclase (GGDEF) domain-containing protein  100 
 
 		 548 aa  1112    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  27.94 
 
 		 531 aa  174  5e-42  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1677  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  24.21 
 
 		 512 aa  160  6e-38  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00717505  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0507  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  27.68 
 
 		 557 aa  151  3e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1511  diguanylate cyclase  39.68 
 
 		 416 aa  144  3e-33  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00199134  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2884  diguanylate cyclase  23.86 
 
 		 534 aa  141  3.9999999999999997e-32  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.138594  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4178  response regulator receiver protein  27.39 
 
 		 1477 aa  140  7.999999999999999e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.450705 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3172  diguanylate cyclase  43.43 
 
 		 518 aa  139  1e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.211888 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3770  PAS:GGDEF  37.68 
 
 		 328 aa  138  2e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0223226 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3068  diguanylate cyclase  38.89 
 
 		 516 aa  137  4e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.608977 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1716  diguanylate cyclase  41.01 
 
 		 349 aa  135  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00839353 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0371  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.67 
 
 		 890 aa  135  1.9999999999999998e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0362  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.06 
 
 		 890 aa  135  3e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.190279  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0204  diguanylate cyclase  39.9 
 
 		 453 aa  134  3e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.209858  normal  0.343798 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4681  GGDEF domain-containing protein  37.36 
 
 		 1034 aa  134  3.9999999999999996e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2534  diguanylate cyclase with GAF sensor  42.94 
 
 		 421 aa  134  5e-30  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.657544  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0610  two component response regulator  33.44 
 
 		 649 aa  133  7.999999999999999e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3783  sensory transduction system, regulatory protein  38.83 
 
 		 546 aa  133  1.0000000000000001e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5389  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.06 
 
 		 372 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0799  diguanylate cyclase  37.7 
 
 		 538 aa  133  1.0000000000000001e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0186826  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3165  diguanylate cyclase  40.99 
 
 		 579 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.624427  hitchhiker  0.00241131 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1066  diguanylate cyclase  40.76 
 
 		 504 aa  130  5.0000000000000004e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1356  diguanylate cyclase  40.99 
 
 		 584 aa  130  6e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.786537  unclonable  0.00000000000388708 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3022  diguanylate cyclase  40.99 
 
 		 579 aa  130  8.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.238574  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4046  diguanylate cyclase  40.91 
 
 		 370 aa  130  9.000000000000001e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.822209  normal  0.170449 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3334  GGDEF family protein  40.85 
 
 		 574 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2096  diguanylate cyclase with GAF sensor  43.98 
 
 		 664 aa  129  1.0000000000000001e-28  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.76184 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1805  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  37.97 
 
 		 960 aa  129  1.0000000000000001e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1211  diguanylate cyclase  40.85 
 
 		 578 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1282  diguanylate cyclase  40.85 
 
 		 578 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2380  diguanylate cyclase  40.21 
 
 		 410 aa  128  2.0000000000000002e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3528  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.75 
 
 		 310 aa  128  3e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1212  diguanylate cyclase  41.32 
 
 		 578 aa  128  3e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3005  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.56 
 
 		 303 aa  128  3e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000288968 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3800  diguanylate cyclase  39.44 
 
 		 553 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3007  diguanylate cyclase  40.37 
 
 		 579 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0766  ammonium transporter  37.19 
 
 		 644 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.543841  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  39.38 
 
 		 464 aa  127  5e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3835  diguanylate cyclase  33.03 
 
 		 316 aa  127  5e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1665  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.12 
 
 		 313 aa  127  6e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004464  sensory box/GGDEF family protein  32.67 
 
 		 582 aa  127  6e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.845527  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3647  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.32 
 
 		 359 aa  127  7e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.745021  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0432  response regulator receiver protein  40.78 
 
 		 303 aa  127  7e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0116  diguanylate cyclase  39.43 
 
 		 398 aa  127  7e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.864855  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0847  two component diguanylate cyclase  39.02 
 
 		 327 aa  127  8.000000000000001e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2397  diguanylate cyclase  40.61 
 
 		 510 aa  126  9e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3572  diguanylate cyclase  35.12 
 
 		 902 aa  126  9e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0019  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.86 
 
 		 341 aa  126  9e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0416556  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.14 
 
 		 313 aa  126  1e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0095  putative sensory transduction system, regulatory protein  40.91 
 
 		 536 aa  126  1e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.348008  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2495  diguanylate cyclase  40.22 
 
 		 422 aa  125  2e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1099  response regulator receiver domain-containing protein  37.62 
 
 		 390 aa  125  2e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.076371  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1684  GGDEF domain-containing protein  39.38 
 
 		 323 aa  125  2e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2671  diguanylate cyclase  38.69 
 
 		 578 aa  125  2e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00272144  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0945  diguanylate cyclase  40.25 
 
 		 463 aa  125  2e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.36887  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3855  serine/threonine protein kinase  39.78 
 
 		 1726 aa  125  2e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.993945  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1561  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.72 
 
 		 455 aa  125  2e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000734361  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1420  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.68 
 
 		 314 aa  124  3e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3973  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.33 
 
 		 362 aa  124  3e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.415221  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2150  diguanylate cyclase  36.14 
 
 		 330 aa  124  3e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1758  diguanylate cyclase with Chase2 sensor  41.72 
 
 		 583 aa  125  3e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.621597 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3714  diguanylate cyclase  40.1 
 
 		 510 aa  124  4e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.28391  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3807  diguanylate cyclase  40.1 
 
 		 510 aa  124  4e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.417307 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4360  serine/threonine protein kinase  39.25 
 
 		 1636 aa  124  4e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4649  diguanylate cyclase  40.1 
 
 		 510 aa  124  4e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2955  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 308 aa  124  5e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2499  GGDEF domain-containing protein  32.78 
 
 		 367 aa  124  5e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1272  diguanylate cyclase  31.51 
 
 		 632 aa  124  5e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0623275  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2914  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.67 
 
 		 312 aa  124  6e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1974  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.48 
 
 		 340 aa  124  6e-27  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.098619 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2357  diguanylate cyclase  41.25 
 
 		 252 aa  124  6e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1949  sensory box/GGDEF family protein  38.81 
 
 		 579 aa  124  7e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.773832  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0429  diguanylate cyclase  40.21 
 
 		 469 aa  124  7e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.469713 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2052  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.07 
 
 		 481 aa  123  8e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0984  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.02 
 
 		 353 aa  123  8e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.194443 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1685  GGDEF domain-containing protein  39.44 
 
 		 987 aa  123  9e-27  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.00461565  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0709  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.68 
 
 		 322 aa  123  9e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.169559 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3141  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 542 aa  123  9e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.673343  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0257  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.38 
 
 		 310 aa  123  9.999999999999999e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.929741  normal  0.0241212 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3046  diguanylate cyclase  27.27 
 
 		 562 aa  123  9.999999999999999e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.641394  normal  0.406701 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40570  putative two-component response regulator  40.62 
 
 		 401 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.916032  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0457  diguanylate cyclase  37.06 
 
 		 349 aa  123  9.999999999999999e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0218  diguanylate cyclase  38.12 
 
 		 304 aa  122  9.999999999999999e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2076  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.07 
 
 		 481 aa  123  9.999999999999999e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00773841  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4642  serine/threonine protein kinase  38.24 
 
 		 1629 aa  123  9.999999999999999e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2322  diguanylate cyclase  40.1 
 
 		 354 aa  122  9.999999999999999e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3840  diguanylate cyclase  35 
 
 		 556 aa  122  1.9999999999999998e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.108967  hitchhiker  0.000986648 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3470  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.51 
 
 		 353 aa  122  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.843913  normal  0.949354 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3967  putative response regulator of a two-component system  37.75 
 
 		 335 aa  122  1.9999999999999998e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000645274  normal  0.0110626 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1614  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.98 
 
 		 531 aa  122  1.9999999999999998e-26  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.423577 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02019  Putative signal protein with GGDEF domain  39.78 
 
 		 494 aa  122  1.9999999999999998e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0411  PAS:GGDEF  41.03 
 
 		 317 aa  121  3e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.320308 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0638  diguanylate cyclase  27.98 
 
 		 737 aa  121  3e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0991066 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4055  diguanylate cyclase  39.51 
 
 		 354 aa  121  3e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.33875  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5250  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.34 
 
 		 360 aa  121  3e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.395511  normal  0.949965 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1298  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.76 
 
 		 353 aa  121  3e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000090214  hitchhiker  0.00354722 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3843  diguanylate cyclase  40.56 
 
 		 472 aa  121  3e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4311  diguanylate cyclase  39.51 
 
 		 354 aa  121  3e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.750548  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3496  hypothetical protein  38.16 
 
 		 497 aa  120  3.9999999999999996e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.676733  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>