43 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_6180 on replicon NC_007494
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007494  RSP_6180  hypothetical protein  100 
 
 		 399 aa  787    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.167509  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3046  diguanylate cyclase  98.23 
 
 		 562 aa  771    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.641394  normal  0.406701 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4178  response regulator receiver protein  58.84 
 
 		 1477 aa  434  1e-120  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.450705 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0507  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.94 
 
 		 557 aa  216  4e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3277  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  36.09 
 
 		 741 aa  209  5e-53  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2746  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.22 
 
 		 596 aa  94.4  3e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.313231  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1614  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.48 
 
 		 531 aa  91.7  2e-17  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.423577 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2719  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  27.43 
 
 		 586 aa  91.3  3e-17  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  decreased coverage  0.000000435656  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4039  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.45 
 
 		 1039 aa  88.6  2e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3076  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.27 
 
 		 616 aa  84.3  0.000000000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.315862  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0606  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.63 
 
 		 785 aa  82.4  0.00000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1687  signal-transducing histidine kinase  24.66 
 
 		 565 aa  81.6  0.00000000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.10306  normal  0.175724 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1083  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.97 
 
 		 887 aa  75.9  0.000000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.240403  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2402  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.78 
 
 		 617 aa  74.7  0.000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4428  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.43 
 
 		 524 aa  74.3  0.000000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.11127  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1104  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.33 
 
 		 569 aa  73.9  0.000000000005  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.53532  normal  0.324425 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2639  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.56 
 
 		 641 aa  72.8  0.000000000009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3671  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.42 
 
 		 1034 aa  72  0.00000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3664  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.35 
 
 		 708 aa  70.9  0.00000000004  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1000  histidine kinase  31.33 
 
 		 582 aa  68.9  0.0000000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.798946  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2126  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.54 
 
 		 559 aa  67.8  0.0000000003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.386093  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2838  multi-sensor hybrid histidine kinase  23.77 
 
 		 860 aa  67.4  0.0000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  26.07 
 
 		 531 aa  67  0.0000000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3285  ATP-binding region ATPase domain protein  24.18 
 
 		 588 aa  65.9  0.000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.255364 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3269  diguanylate cyclase  25.35 
 
 		 492 aa  63.5  0.000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2051  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24.91 
 
 		 748 aa  60.1  0.00000007  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.167205 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2881  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.35 
 
 		 570 aa  58.9  0.0000001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3883  multi-sensor hybrid histidine kinase  24.76 
 
 		 882 aa  59.3  0.0000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.045721 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2519  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.45 
 
 		 590 aa  57.4  0.0000005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4864  GGDEF  25.26 
 
 		 532 aa  57  0.0000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3567  putative PAS/PAC sensor protein  33.33 
 
 		 738 aa  56.6  0.0000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.339814  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0102  multi-sensor signal transduction histidine kinase  22.79 
 
 		 763 aa  54.7  0.000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1570  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.54 
 
 		 594 aa  54.7  0.000003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.138463  normal  0.212604 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5581  diguanylate cyclase (GGDEF) domain-containing protein  25.92 
 
 		 548 aa  53.9  0.000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4221  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  27.27 
 
 		 543 aa  53.5  0.000006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.363581  normal  0.801256 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1643  GAF sensor signal transduction histidine kinase  25.55 
 
 		 739 aa  50.4  0.00005  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0059  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24.9 
 
 		 729 aa  49.7  0.00009  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.318391  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0856  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.11 
 
 		 893 aa  49.3  0.0001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4249  putative PAS/PAC sensor protein  25.93 
 
 		 579 aa  48.5  0.0002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.279897 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0421  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.36 
 
 		 563 aa  45.8  0.001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.410196  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2258  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.08 
 
 		 566 aa  43.9  0.005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.866363 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2259  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.56 
 
 		 593 aa  43.9  0.005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0978  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.21 
 
 		 562 aa  43.9  0.006  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.121796  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>