More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sputcn32_3269 on replicon NC_009438
Organism: Shewanella putrefaciens CN-32



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009438  Sputcn32_3269  diguanylate cyclase  100 
 
 
492 aa  1005    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1677  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  26.13 
 
 
512 aa  186  1.0000000000000001e-45  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00717505  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  25.83 
 
 
531 aa  142  1.9999999999999998e-32  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3567  putative PAS/PAC sensor protein  28.53 
 
 
738 aa  137  3.0000000000000003e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.339814  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3076  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.32 
 
 
616 aa  115  2.0000000000000002e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.315862  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0507  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  25.86 
 
 
557 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1614  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  23.75 
 
 
531 aa  110  6e-23  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.423577 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3285  ATP-binding region ATPase domain protein  27.3 
 
 
588 aa  108  2e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.255364 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4428  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  25.62 
 
 
524 aa  102  1e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.11127  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4249  putative PAS/PAC sensor protein  23.94 
 
 
579 aa  101  4e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.279897 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2639  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.43 
 
 
641 aa  100  4e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1083  multi-sensor hybrid histidine kinase  23.48 
 
 
887 aa  99.8  1e-19  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.240403  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2259  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.52 
 
 
593 aa  99  2e-19  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4178  response regulator receiver protein  25.35 
 
 
1477 aa  99  2e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.450705 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4221  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  26.21 
 
 
543 aa  98.2  3e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.363581  normal  0.801256 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2746  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.95 
 
 
596 aa  97.1  6e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.313231  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2402  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.33 
 
 
617 aa  96.7  1e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4039  multi-sensor hybrid histidine kinase  24.74 
 
 
1039 aa  94.7  4e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4864  GGDEF  21.46 
 
 
532 aa  90.9  5e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3046  diguanylate cyclase  25.27 
 
 
562 aa  90.1  8e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.641394  normal  0.406701 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1104  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.77 
 
 
569 aa  89.7  1e-16  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.53532  normal  0.324425 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3671  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.19 
 
 
1034 aa  87.8  4e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3023  diguanylate cyclase  28.87 
 
 
362 aa  87.4  5e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3664  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24.59 
 
 
708 aa  86.7  9e-16  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0606  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.71 
 
 
785 aa  86.7  9e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2258  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24.48 
 
 
566 aa  86.3  0.000000000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.866363 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5581  diguanylate cyclase (GGDEF) domain-containing protein  21.56 
 
 
548 aa  85.9  0.000000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3442  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.5 
 
 
646 aa  84.7  0.000000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0622548  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1212  diguanylate cyclase  34.84 
 
 
578 aa  84.7  0.000000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2884  diguanylate cyclase  22.25 
 
 
534 aa  84.3  0.000000000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.138594  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4124  diguanylate cyclase  36.11 
 
 
485 aa  84.7  0.000000000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1067  diguanylate cyclase  31.43 
 
 
490 aa  84.7  0.000000000000004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  34.84 
 
 
307 aa  84  0.000000000000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2110  PAS:GGDEF  34.53 
 
 
796 aa  83.6  0.000000000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.172113  normal  0.0218284 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2671  diguanylate cyclase  33.13 
 
 
578 aa  83.6  0.000000000000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00272144  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0427  sensory box protein  27.54 
 
 
1491 aa  83.6  0.000000000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2313  sensory box/GGDEF domain protein  35.34 
 
 
323 aa  83.2  0.000000000000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.447231  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12380  diguanylate cyclase  33.71 
 
 
499 aa  83.2  0.000000000000009  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00534046  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.25 
 
 
901 aa  83.2  0.000000000000009  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0102  multi-sensor signal transduction histidine kinase  22.7 
 
 
763 aa  82.8  0.00000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0802  diguanylate cyclase  32.58 
 
 
321 aa  82  0.00000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3165  diguanylate cyclase  32.91 
 
 
579 aa  81.3  0.00000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.624427  hitchhiker  0.00241131 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1211  diguanylate cyclase  33.13 
 
 
578 aa  81.6  0.00000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1282  diguanylate cyclase  33.13 
 
 
578 aa  81.6  0.00000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0655  diguanylate cyclase  37.19 
 
 
172 aa  81.3  0.00000000000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000725118  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1060  diguanylate cyclase  29.14 
 
 
378 aa  81.3  0.00000000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0114541  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3022  diguanylate cyclase  32.91 
 
 
579 aa  81.3  0.00000000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.238574  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2187  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  22.36 
 
 
593 aa  80.9  0.00000000000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.1316 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0486  diguanylate cyclase  34.4 
 
 
738 aa  80.9  0.00000000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1753  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  36 
 
 
1073 aa  80.5  0.00000000000006  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1356  diguanylate cyclase  32.91 
 
 
584 aa  80.5  0.00000000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.786537  unclonable  0.00000000000388708 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.71 
 
 
424 aa  80.5  0.00000000000006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.25 
 
 
1078 aa  80.5  0.00000000000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3853  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.41 
 
 
1490 aa  80.5  0.00000000000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.982948  hitchhiker  0.0000000550616 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0268  diguanylate cyclase  37.27 
 
 
485 aa  80.5  0.00000000000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.624982  hitchhiker  0.000186113 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3930  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  26.41 
 
 
1497 aa  80.1  0.00000000000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3390  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  42.45 
 
 
867 aa  79.7  0.0000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.81451  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1156  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.33 
 
 
469 aa  79.7  0.0000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0280  diguanylate cyclase  31.97 
 
 
486 aa  79.7  0.0000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1851  diguanylate cyclase  33.91 
 
 
620 aa  79.7  0.0000000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  31.78 
 
 
550 aa  79.3  0.0000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  31.13 
 
 
492 aa  79.3  0.0000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0384  diguanylate cyclase  32.65 
 
 
486 aa  79.7  0.0000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5883  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.36 
 
 
516 aa  79.3  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0454667 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3007  diguanylate cyclase  32.91 
 
 
579 aa  79.7  0.0000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0272  diguanylate cyclase  31.97 
 
 
486 aa  79.7  0.0000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0276  diguanylate cyclase  31.97 
 
 
486 aa  79.7  0.0000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1319  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.58 
 
 
610 aa  79  0.0000000000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.104887  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1021  diguanylate cyclase  31.39 
 
 
300 aa  79  0.0000000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000548579  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0279  diguanylate cyclase  31.97 
 
 
486 aa  79  0.0000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00774453  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0431  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.11 
 
 
1494 aa  78.6  0.0000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0710833  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3596  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.11 
 
 
1466 aa  78.6  0.0000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.872186 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.06 
 
 
772 aa  78.6  0.0000000000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  34.55 
 
 
485 aa  78.6  0.0000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  39.8 
 
 
638 aa  78.2  0.0000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1820  diguanylate cyclase  30.47 
 
 
443 aa  78.2  0.0000000000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.81672  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4052  diguanylate cyclase  35.92 
 
 
416 aa  78.2  0.0000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.498255  normal  0.0995443 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0429  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.11 
 
 
1487 aa  78.6  0.0000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.89086 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.79 
 
 
505 aa  78.2  0.0000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1974  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.64 
 
 
642 aa  77.8  0.0000000000004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3412  hypothetical protein  32.79 
 
 
423 aa  77.8  0.0000000000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0269335  normal  0.473348 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0392  diguanylate cyclase  29.94 
 
 
768 aa  77.8  0.0000000000004  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000907702  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1990  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.44 
 
 
958 aa  77.8  0.0000000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3236  hypothetical protein  32.79 
 
 
423 aa  77.8  0.0000000000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0104131  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1905  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.44 
 
 
568 aa  77.4  0.0000000000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00246734  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1415  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.91 
 
 
1045 aa  77.4  0.0000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3417  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.57 
 
 
935 aa  77.8  0.0000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  33.33 
 
 
532 aa  77.4  0.0000000000005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2062  diguanylate cyclase  38.4 
 
 
620 aa  77.8  0.0000000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.502085 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3943  diguanylate cyclase  29.17 
 
 
495 aa  77.8  0.0000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4423  diguanylate cyclase  29.17 
 
 
516 aa  77.4  0.0000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2224  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  30.52 
 
 
500 aa  77  0.0000000000006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.0000000000178543  decreased coverage  1.10821e-21 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3883  multi-sensor hybrid histidine kinase  23.45 
 
 
882 aa  77  0.0000000000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.045721 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3563  cyclic nucleotide-binding protein  29.69 
 
 
312 aa  77  0.0000000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.187188  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2083  diguanylate cyclase  27.61 
 
 
568 aa  77  0.0000000000007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.17301  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  35.09 
 
 
485 aa  76.6  0.0000000000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3910  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  25.54 
 
 
1497 aa  76.6  0.0000000000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3854  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  25.21 
 
 
516 aa  76.6  0.0000000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.353141  normal  0.927825 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4004  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.52 
 
 
820 aa  76.6  0.0000000000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00611465  normal  0.165942 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1315  diguanylate cyclase  36.44 
 
 
608 aa  76.3  0.000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.243862  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>