More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_2989 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_2989  response regulator receiver protein  100 
 
 		 577 aa  1189    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  49.54 
 
 		 571 aa  552  1e-156  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0313  diguanylate cyclase  44.79 
 
 		 577 aa  479  1e-134  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3711  diguanylate cyclase  44.61 
 
 		 571 aa  477  1e-133  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.171778 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4369  sensor diguanylate cyclase  41.64 
 
 		 569 aa  474  1e-132  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.399197 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0308  diguanylate cyclase  44.9 
 
 		 581 aa  471  1.0000000000000001e-131  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.164957 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1328  diguanylate cyclase  35.9 
 
 		 564 aa  355  1e-96  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0263917  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1062  diguanylate cyclase  30.39 
 
 		 566 aa  149  2.0000000000000003e-34  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0191664  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2109  diguanylate cyclase  25.98 
 
 		 630 aa  144  4e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.843932  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  25.99 
 
 		 565 aa  142  1.9999999999999998e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2871  response regulator  26.02 
 
 		 564 aa  139  2e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1109  diguanylate cyclase  41.14 
 
 		 532 aa  135  9.999999999999999e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  42.01 
 
 		 405 aa  136  9.999999999999999e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0241  diguanylate cyclase  38.95 
 
 		 640 aa  135  1.9999999999999998e-30  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2318  diguanylate cyclase  33.09 
 
 		 363 aa  134  6e-30  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0845  diguanylate cyclase  28.24 
 
 		 578 aa  133  7.999999999999999e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3218  diguanylate cyclase  40.57 
 
 		 532 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1906  response regulator receiver domain-containing protein  24.9 
 
 		 603 aa  132  2.0000000000000002e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3939  response regulator receiver domain-containing protein  25.18 
 
 		 588 aa  131  3e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.238688  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1497  response regulator PleD  41.55 
 
 		 454 aa  131  3e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.122959 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  23.66 
 
 		 611 aa  131  4.0000000000000003e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  40.33 
 
 		 457 aa  130  5.0000000000000004e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  41.72 
 
 		 461 aa  130  8.000000000000001e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  40.34 
 
 		 457 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6727  diguanylate cyclase  33.46 
 
 		 467 aa  129  2.0000000000000002e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.1 
 
 		 317 aa  129  2.0000000000000002e-28  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1301  diguanylate cyclase  25.71 
 
 		 561 aa  129  2.0000000000000002e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1733  diguanylate cyclase  38.79 
 
 		 568 aa  128  3e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0602531  normal  0.409385 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1821  diguanylate cyclase  35.46 
 
 		 298 aa  128  3e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.017871  normal  0.191942 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  40.12 
 
 		 457 aa  127  4.0000000000000003e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3227  diguanylate cyclase  31.33 
 
 		 359 aa  128  4.0000000000000003e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.709302  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0379  diguanylate cyclase  33.95 
 
 		 540 aa  127  5e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1456  diguanylate cyclase  26.05 
 
 		 636 aa  127  5e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1387  cyclic nucleotide-binding protein  37.77 
 
 		 320 aa  127  6e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243824  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2725  diguanylate cyclase  33.72 
 
 		 368 aa  127  6e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.211672 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  39.55 
 
 		 464 aa  127  8.000000000000001e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2730  diguanylate cyclase  25.38 
 
 		 638 aa  127  8.000000000000001e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.814579  normal  0.595433 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0773  response regulator PleD  42.33 
 
 		 458 aa  126  9e-28  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01027  predicted diguanylate cyclase  43.11 
 
 		 452 aa  126  1e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2617  diguanylate cyclase  43.11 
 
 		 452 aa  126  1e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.885697  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1143  diguanylate cyclase  43.11 
 
 		 476 aa  126  1e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.011762  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2571  diguanylate cyclase  43.11 
 
 		 452 aa  126  1e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0240912 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0304  response regulator PleD  42.5 
 
 		 458 aa  126  1e-27  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0864091  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1081  diguanylate cyclase  34.35 
 
 		 396 aa  126  1e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01034  hypothetical protein  43.11 
 
 		 452 aa  126  1e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1267  diguanylate cyclase (GGDEF) domain protein  43.11 
 
 		 476 aa  126  1e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.413897 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1145  diguanylate cyclase  43.11 
 
 		 476 aa  126  1e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0651  diguanylate cyclase  26.96 
 
 		 627 aa  125  2e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.605256  hitchhiker  0.0000117316 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1641  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.21 
 
 		 640 aa  125  2e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.320869  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0822  diguanylate cyclase  42.17 
 
 		 554 aa  125  2e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00155452  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1485  diguanylate cyclase  40.83 
 
 		 490 aa  125  3e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1782  diguanylate cyclase  26.58 
 
 		 629 aa  125  3e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3628  diguanylate cyclase  40.96 
 
 		 388 aa  125  3e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0529  diguanylate cyclase  26.11 
 
 		 614 aa  125  3e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2597  diguanylate cyclase  42.33 
 
 		 506 aa  125  3e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.938839 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1051  diguanylate cyclase  31.9 
 
 		 350 aa  124  3e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0154093  normal  0.979636 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00565  Signaling protein with a acyltransferase and GGDEF domains  22.84 
 
 		 628 aa  125  3e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1752  diguanylate cyclase  38.51 
 
 		 718 aa  124  4e-27  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.972307  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3559  diguanylate cyclase  26.7 
 
 		 625 aa  124  5e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0397  diguanylate cyclase  26.7 
 
 		 625 aa  124  5e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2979  diguanylate cyclase  42.26 
 
 		 490 aa  124  6e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0757  diguanylate cyclase  40.96 
 
 		 489 aa  124  6e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.371772  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2954  diguanylate cyclase  27.4 
 
 		 612 aa  124  6e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0512853  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0645  GGDEF domain-containing protein  40.91 
 
 		 454 aa  124  6e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3750  PAS:GGDEF  41.24 
 
 		 721 aa  124  6e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  39.75 
 
 		 466 aa  124  6e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2544  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 398 aa  124  6e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.871243  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0508  GGDEF domain-containing protein  40.91 
 
 		 454 aa  124  6e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2740  diguanylate cyclase  38.66 
 
 		 555 aa  124  6e-27  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1222  GGDEF domain-containing protein  40.91 
 
 		 466 aa  124  7e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3066  GGDEF domain-containing protein  40.91 
 
 		 466 aa  124  7e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1449  diguanylate cyclase  40.91 
 
 		 466 aa  124  7e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1551  GGDEF domain-containing protein  40.91 
 
 		 466 aa  124  7e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1418  diguanylate cyclase  40.91 
 
 		 466 aa  124  7e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0645  serine/threonine protein kinase  41.3 
 
 		 1644 aa  123  8e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0171562  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3816  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.35 
 
 		 797 aa  123  8e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.250791  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  41.72 
 
 		 457 aa  123  8e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  41.72 
 
 		 457 aa  123  9e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0701  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 650 aa  123  9e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.291224  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7417  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.37 
 
 		 457 aa  123  9e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.196799  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2092  response regulator receiver protein  37.63 
 
 		 459 aa  122  9.999999999999999e-27  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000936351  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2693  diguanylate cyclase  29.38 
 
 		 570 aa  122  9.999999999999999e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1484  diguanylate cyclase  37.97 
 
 		 615 aa  123  9.999999999999999e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3541  response regulator PleD  41.72 
 
 		 457 aa  123  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  40.34 
 
 		 457 aa  123  9.999999999999999e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03704  GGDEF domain protein  42.86 
 
 		 325 aa  122  1.9999999999999998e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1689  diguanylate cyclase  39.16 
 
 		 574 aa  122  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.557347 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1228  diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 490 aa  122  1.9999999999999998e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2815  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 457 aa  122  1.9999999999999998e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.631579  normal  0.0857187 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4748  diguanylate cyclase  40.68 
 
 		 377 aa  122  1.9999999999999998e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4283  diguanylate cyclase  34.86 
 
 		 480 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  40.91 
 
 		 459 aa  121  3e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2218  GGDEF  41.92 
 
 		 448 aa  121  3e-26  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1598  diguanylate cyclase  36.4 
 
 		 492 aa  121  3e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0273825  normal  0.888834 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1161  diguanylate cyclase  39.76 
 
 		 440 aa  121  3e-26  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0876222  normal  0.647833 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  39.77 
 
 		 455 aa  121  3e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2673  diguanylate cyclase  43.71 
 
 		 411 aa  122  3e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.150858 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2008  diguanylate cyclase  39.16 
 
 		 574 aa  121  3e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26970  hypothetical protein  41.18 
 
 		 525 aa  122  3e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1306  diguanylate cyclase  38.15 
 
 		 615 aa  121  3e-26  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.550913  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>