More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_0734 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_0734  GGDEF domain-containing protein  100 
 
 		 604 aa  1244    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0831  diguanylate cyclase  46.91 
 
 		 627 aa  516  1.0000000000000001e-145  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0629  GGDEF domain-containing protein  41.89 
 
 		 626 aa  483  1e-135  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.328878  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2977  diguanylate cyclase  45 
 
 		 650 aa  479  1e-134  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3191  diguanylate cyclase  42.1 
 
 		 646 aa  463  1e-129  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000281048  hitchhiker  0.000124168 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0773  diguanylate cyclase  42.1 
 
 		 646 aa  463  1e-129  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000965334  normal  0.0329561 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3859  cyclic nucleotide phosphodiesterase, putative  42.01 
 
 		 631 aa  461  9.999999999999999e-129  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2989  diguanylate cyclase  41.36 
 
 		 628 aa  455  1.0000000000000001e-126  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.542118  normal  0.107456 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3569  diguanylate cyclase  42.03 
 
 		 640 aa  449  1e-125  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3637  diguanylate cyclase  41.86 
 
 		 672 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000284771  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2623  cyclic nucleotide phosphodiesterase, putative  42.21 
 
 		 626 aa  444  1e-123  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.616722 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3760  diguanylate cyclase  41.69 
 
 		 672 aa  444  1e-123  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000134853  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0747  diguanylate cyclase  40.5 
 
 		 646 aa  437  1e-121  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0221541 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3522  diguanylate cyclase  41.72 
 
 		 636 aa  419  1e-116  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.890826  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3192  diguanylate cyclase  39.06 
 
 		 627 aa  413  1e-114  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3193  diguanylate cyclase  40.5 
 
 		 627 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0671  diguanylate cyclase  41.71 
 
 		 369 aa  259  1e-67  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0673  diguanylate cyclase  44.64 
 
 		 311 aa  192  2e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1480  GGDEF family protein  29.59 
 
 		 596 aa  144  5e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0679  TPR repeat-containing diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase  38.01 
 
 		 684 aa  144  6e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4173  diguanylate cyclase  30.7 
 
 		 630 aa  141  3e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1337  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 635 aa  141  3e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.018023  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.45 
 
 		 730 aa  139  2e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1450  diguanylate cyclase  43.83 
 
 		 1774 aa  138  4e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1304  diguanylate cyclase  26.71 
 
 		 581 aa  136  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00414858  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2587  GGDEF domain-containing protein  34.56 
 
 		 621 aa  135  3e-30  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.21731  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2848  diguanylate cyclase  30.41 
 
 		 575 aa  134  5e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3549  diguanylate cyclase  41.57 
 
 		 408 aa  133  6.999999999999999e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.348554 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4245  GGDEF domain-containing protein  41.05 
 
 		 477 aa  132  1.0000000000000001e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3631  diguanylate cyclase  29.58 
 
 		 628 aa  133  1.0000000000000001e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0581  GGDEF domain-containing protein  34.4 
 
 		 625 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.916714  normal  0.0449396 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0381  hypothetical protein  35.68 
 
 		 323 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03790  sensory box GGDEF domain-containing protein  35.68 
 
 		 323 aa  131  3e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.228486 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2637  diguanylate cyclase with extracellular sensor  33.46 
 
 		 474 aa  131  4.0000000000000003e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2770  diguanylate cyclase  30.15 
 
 		 575 aa  131  4.0000000000000003e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.207836  normal  0.331023 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1006  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.11 
 
 		 312 aa  130  5.0000000000000004e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1203  response regulator  40.85 
 
 		 634 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1483  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.95 
 
 		 335 aa  129  2.0000000000000002e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.882912  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3631  GGDEF domain-containing protein  39.02 
 
 		 722 aa  129  2.0000000000000002e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.770761  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0802  diguanylate cyclase  38.71 
 
 		 321 aa  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1197  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.97 
 
 		 457 aa  128  3e-28  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1583  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.53 
 
 		 444 aa  128  3e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.185074  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0309  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.04 
 
 		 827 aa  127  4.0000000000000003e-28  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0510078  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  41.77 
 
 		 307 aa  127  5e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1085  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 357 aa  127  5e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1425  diguanylate cyclase  41.21 
 
 		 381 aa  127  6e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.33 
 
 		 772 aa  127  7e-28  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0636  diguanylate cyclase  40 
 
 		 559 aa  127  7e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.445559  normal  0.916917 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1274  diguanylate cyclase  27.21 
 
 		 593 aa  127  7e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.24806 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2931  diguanylate cyclase  41.14 
 
 		 432 aa  127  7e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1313  diguanylate cyclase  26.41 
 
 		 581 aa  127  8.000000000000001e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.386041  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  40.49 
 
 		 422 aa  127  8.000000000000001e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3042  response regulator receiver protein  38.01 
 
 		 388 aa  126  1e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.646056  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1340  diguanylate cyclase  24.71 
 
 		 581 aa  126  1e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3046  diguanylate cyclase  26.41 
 
 		 581 aa  126  1e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.860652  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3587  diguanylate cyclase  44.3 
 
 		 364 aa  126  1e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.684884  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2887  GGDEF domain-containing protein  37.72 
 
 		 424 aa  126  1e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1289  diguanylate cyclase  35.98 
 
 		 595 aa  125  2e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.51 
 
 		 901 aa  125  2e-27  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1235  diguanylate cyclase  28.17 
 
 		 577 aa  125  2e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0319  two component diguanylate cyclase  39.63 
 
 		 661 aa  125  2e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2896  cellulose binding, type IV  44.79 
 
 		 443 aa  125  2e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00808862 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0691  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.82 
 
 		 686 aa  125  2e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.343759  normal  0.118762 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3824  diguanylate cyclase  32.46 
 
 		 659 aa  125  3e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0147  membrane associated GGDEF protein  33.8 
 
 		 487 aa  125  3e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.317347  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.22 
 
 		 301 aa  125  3e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2156  diguanylate cyclase  37.43 
 
 		 470 aa  125  3e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.117189 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0304  diguanylate cyclase  40.48 
 
 		 464 aa  125  3e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1681  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.86 
 
 		 496 aa  124  4e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.650455  unclonable  0.00000301378 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1851  diguanylate cyclase  37.72 
 
 		 620 aa  124  4e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0240  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.76 
 
 		 342 aa  124  4e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  37.43 
 
 		 373 aa  124  4e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  39.18 
 
 		 611 aa  124  4e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  40.83 
 
 		 565 aa  124  5e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3308  diguanylate cyclase  35.44 
 
 		 476 aa  124  5e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2594  diguanylate cyclase  41.42 
 
 		 582 aa  124  5e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0187  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.62 
 
 		 469 aa  124  5e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08240  GGDEF domain protein  44.38 
 
 		 448 aa  124  5e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2946  diguanylate cyclase  27.34 
 
 		 575 aa  124  6e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1702  diguanylate cyclase  36.07 
 
 		 370 aa  124  7e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2999  diguanylate cyclase  37.42 
 
 		 548 aa  124  7e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  42.07 
 
 		 680 aa  124  7e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0452  sensory box protein  38.1 
 
 		 451 aa  123  8e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3115  diguanylate cyclase  40 
 
 		 354 aa  123  8e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.276087 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2567  diguanylate cyclase  38.66 
 
 		 397 aa  123  8e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  39.13 
 
 		 492 aa  123  8e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1733  diguanylate cyclase  37.57 
 
 		 464 aa  123  9e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000546701  normal  0.0234559 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2820  response regulator  33.33 
 
 		 462 aa  123  9e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.229785  normal  0.330149 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1063  diguanylate cyclase  37.44 
 
 		 458 aa  123  9e-27  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.868006  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1895  diguanylate cyclase  41.14 
 
 		 555 aa  123  9e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1646  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.71 
 
 		 625 aa  123  9e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1319  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.87 
 
 		 610 aa  123  9e-27  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.104887  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1440  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.69 
 
 		 315 aa  122  9.999999999999999e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0301186  normal  0.059237 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1136  diguanylate cyclase  37.93 
 
 		 582 aa  122  9.999999999999999e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2390  TPR repeat-containing diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase  40.49 
 
 		 600 aa  123  9.999999999999999e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0885  membrane associated GGDEF protein  36.17 
 
 		 712 aa  122  9.999999999999999e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.136885  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0680  diguanylate cyclase  41.1 
 
 		 466 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6958  diguanylate cyclase  38.29 
 
 		 502 aa  122  1.9999999999999998e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2021  diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 381 aa  122  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1815  diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 379 aa  122  1.9999999999999998e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.404044 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>