More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spea_3193 on replicon NC_009901
Organism: Shewanella pealeana ATCC 700345



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009901  Spea_3192  diguanylate cyclase  59.17 
 
 		 627 aa  767    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3193  diguanylate cyclase  100 
 
 		 627 aa  1290    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2989  diguanylate cyclase  46.19 
 
 		 628 aa  513  1e-144  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.542118  normal  0.107456 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2977  diguanylate cyclase  44.59 
 
 		 650 aa  496  1e-139  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3522  diguanylate cyclase  43.2 
 
 		 636 aa  471  1.0000000000000001e-131  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.890826  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3191  diguanylate cyclase  40.19 
 
 		 646 aa  461  9.999999999999999e-129  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000281048  hitchhiker  0.000124168 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0773  diguanylate cyclase  40.19 
 
 		 646 aa  461  9.999999999999999e-129  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000965334  normal  0.0329561 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3859  cyclic nucleotide phosphodiesterase, putative  38.64 
 
 		 631 aa  431  1e-119  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3637  diguanylate cyclase  40.83 
 
 		 672 aa  420  1e-116  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000284771  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3569  diguanylate cyclase  40.4 
 
 		 640 aa  422  1e-116  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0747  diguanylate cyclase  39.23 
 
 		 646 aa  421  1e-116  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0221541 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0734  GGDEF domain-containing protein  40.5 
 
 		 604 aa  421  1e-116  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2623  cyclic nucleotide phosphodiesterase, putative  39.78 
 
 		 626 aa  421  1e-116  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.616722 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3760  diguanylate cyclase  40.83 
 
 		 672 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000134853  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0629  GGDEF domain-containing protein  36.7 
 
 		 626 aa  377  1e-103  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.328878  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0831  diguanylate cyclase  35.71 
 
 		 627 aa  343  5e-93  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0671  diguanylate cyclase  44.25 
 
 		 369 aa  261  2e-68  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0673  diguanylate cyclase  36.22 
 
 		 311 aa  168  2.9999999999999998e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3631  diguanylate cyclase  28.39 
 
 		 628 aa  140  4.999999999999999e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.2 
 
 		 772 aa  135  3e-30  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1433  diguanylate cyclase  41.18 
 
 		 387 aa  134  5e-30  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.58748  normal  0.153521 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  44.44 
 
 		 680 aa  132  1.0000000000000001e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.03 
 
 		 901 aa  130  5.0000000000000004e-29  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4518  diguanylate cyclase  37.14 
 
 		 345 aa  130  5.0000000000000004e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0679  TPR repeat-containing diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase  29.06 
 
 		 684 aa  130  7.000000000000001e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1450  diguanylate cyclase  37.71 
 
 		 1774 aa  129  1.0000000000000001e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1060  diguanylate cyclase  40.84 
 
 		 378 aa  129  2.0000000000000002e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0114541  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0581  GGDEF domain-containing protein  30.31 
 
 		 625 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.916714  normal  0.0449396 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.35 
 
 		 314 aa  127  5e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2637  diguanylate cyclase with extracellular sensor  35.98 
 
 		 474 aa  127  5e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0319  two component diguanylate cyclase  36.9 
 
 		 661 aa  126  1e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1319  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.67 
 
 		 610 aa  126  2e-27  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.104887  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  41.82 
 
 		 422 aa  125  2e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1337  diguanylate cyclase  43.59 
 
 		 635 aa  125  3e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.018023  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1125  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.26 
 
 		 769 aa  124  4e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.586946  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1908  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.59 
 
 		 519 aa  124  4e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.11693  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  41.36 
 
 		 492 aa  124  6e-27  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  36.48 
 
 		 775 aa  123  9e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1203  response regulator  41.92 
 
 		 634 aa  123  9.999999999999999e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2157  diguanylate cyclase  38.86 
 
 		 559 aa  123  9.999999999999999e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.46132  hitchhiker  0.000000586134 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1808  diguanylate cyclase  38.89 
 
 		 247 aa  123  9.999999999999999e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.148862  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3476  diguanylate cyclase  39 
 
 		 298 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00597173 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  37.38 
 
 		 532 aa  122  1.9999999999999998e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.89 
 
 		 550 aa  122  1.9999999999999998e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0636  diguanylate cyclase  42.42 
 
 		 559 aa  122  3e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.445559  normal  0.916917 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4132  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.86 
 
 		 310 aa  121  3e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  39.75 
 
 		 457 aa  121  3e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4336  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.86 
 
 		 310 aa  121  3.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0783  GGDEF domain-containing protein  29.35 
 
 		 592 aa  121  3.9999999999999996e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2521  diguanylate cyclase  34.76 
 
 		 350 aa  121  3.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1536  diguanylate cyclase  35.92 
 
 		 278 aa  121  3.9999999999999996e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.370191  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4015  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.18 
 
 		 315 aa  121  4.9999999999999996e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1109  diguanylate cyclase  40.33 
 
 		 532 aa  120  4.9999999999999996e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  42.86 
 
 		 457 aa  120  4.9999999999999996e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0198  diguanylate cyclase  33.88 
 
 		 312 aa  121  4.9999999999999996e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  42.14 
 
 		 373 aa  120  6e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2815  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.37 
 
 		 457 aa  120  6e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.631579  normal  0.0857187 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  37.7 
 
 		 405 aa  120  6e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2652  diguanylate cyclase  41.94 
 
 		 559 aa  120  6e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.261673 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2023  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.21 
 
 		 632 aa  120  7.999999999999999e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3048  diguanylate cyclase  36.5 
 
 		 398 aa  120  7.999999999999999e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.795755  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  43.02 
 
 		 565 aa  120  9e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4204  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.28 
 
 		 310 aa  120  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0224  diguanylate cyclase  40 
 
 		 332 aa  119  9.999999999999999e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1128  diguanylate cyclase  39.18 
 
 		 563 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.716574  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3384  diguanylate cyclase  39.77 
 
 		 563 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.667908 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0802  diguanylate cyclase  40.96 
 
 		 321 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  41.14 
 
 		 308 aa  119  1.9999999999999998e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0088  PAS:GGDEF  38.67 
 
 		 335 aa  119  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.10869  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0300  sensory box/GGDEF family protein  39.26 
 
 		 321 aa  119  1.9999999999999998e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.759411  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4400  diguanylate cyclase  39.51 
 
 		 681 aa  119  1.9999999999999998e-25  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.118889  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.93 
 
 		 322 aa  119  1.9999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1733  diguanylate cyclase  38.17 
 
 		 464 aa  119  1.9999999999999998e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000546701  normal  0.0234559 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03790  sensory box GGDEF domain-containing protein  29.71 
 
 		 323 aa  119  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.228486 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1583  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.1 
 
 		 444 aa  119  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.185074  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0995  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.61 
 
 		 792 aa  118  3e-25  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.37011  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2636  diguanylate cyclase  37.06 
 
 		 220 aa  118  3.9999999999999997e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.128146  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  42.6 
 
 		 638 aa  118  3.9999999999999997e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0381  hypothetical protein  36.41 
 
 		 323 aa  118  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0304  sensory box/GGDEF domain protein  39.23 
 
 		 332 aa  117  5e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0309  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.6 
 
 		 827 aa  117  5e-25  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0510078  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0231  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.04 
 
 		 342 aa  117  5e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1646  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.41 
 
 		 625 aa  117  6e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4173  diguanylate cyclase  28.74 
 
 		 630 aa  117  6e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0240  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.04 
 
 		 342 aa  117  6e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0841  GGDEF family protein  36.9 
 
 		 372 aa  117  6e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000214515  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.84 
 
 		 317 aa  117  6.9999999999999995e-25  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2420  diguanylate cyclase  40.4 
 
 		 532 aa  117  6.9999999999999995e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.499921  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0911  sensory box histidine kinase  40.72 
 
 		 581 aa  117  6.9999999999999995e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.83 
 
 		 730 aa  117  6.9999999999999995e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2297  diguanylate cyclase  33.91 
 
 		 533 aa  117  7.999999999999999e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.777078  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3824  diguanylate cyclase  28.81 
 
 		 659 aa  117  7.999999999999999e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2700  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 417 aa  117  8.999999999999998e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1643  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  39.76 
 
 		 316 aa  116  1.0000000000000001e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0686  GGDEF/HAMP domain-containing protein  33.71 
 
 		 427 aa  116  1.0000000000000001e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0963  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 300 aa  116  1.0000000000000001e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3046  diguanylate cyclase  32.44 
 
 		 581 aa  116  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.860652  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3000  diguanylate cyclase  26.06 
 
 		 585 aa  116  1.0000000000000001e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4996  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.39 
 
 		 328 aa  116  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.445077  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0985  diguanylate cyclase  36.84 
 
 		 508 aa  116  1.0000000000000001e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>