More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dde_3308 on replicon NC_007519
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007519  Dde_3308  diguanylate cyclase  100 
 
 		 476 aa  963    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2449  GGDEF domain-containing protein  44.56 
 
 		 498 aa  439  9.999999999999999e-123  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1907  diguanylate cyclase  36.53 
 
 		 487 aa  326  5e-88  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.230991 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  37.97 
 
 		 485 aa  323  5e-87  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  37.32 
 
 		 485 aa  320  3.9999999999999996e-86  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0384  diguanylate cyclase  38.32 
 
 		 486 aa  319  6e-86  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0276  diguanylate cyclase  37.95 
 
 		 486 aa  319  7.999999999999999e-86  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0279  diguanylate cyclase  37.95 
 
 		 486 aa  319  7.999999999999999e-86  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00774453  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0272  diguanylate cyclase  37.95 
 
 		 486 aa  318  9e-86  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0280  diguanylate cyclase  37.74 
 
 		 486 aa  318  1e-85  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0268  diguanylate cyclase  37.34 
 
 		 485 aa  318  2e-85  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.624982  hitchhiker  0.000186113 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3753  diguanylate cyclase  37.14 
 
 		 485 aa  315  9e-85  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.580016  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4798  diguanylate cyclase  35 
 
 		 485 aa  313  3.9999999999999997e-84  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00393558 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  36.78 
 
 		 493 aa  310  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1336  diguanylate cyclase  35.36 
 
 		 495 aa  309  8e-83  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.474489  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1290  diguanylate cyclase  35 
 
 		 491 aa  306  4.0000000000000004e-82  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4400  diguanylate cyclase  37.34 
 
 		 493 aa  305  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4124  diguanylate cyclase  35.89 
 
 		 485 aa  302  1e-80  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4411  diguanylate cyclase  36.27 
 
 		 485 aa  301  1e-80  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.244707 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2179  diguanylate cyclase  33.54 
 
 		 477 aa  299  8e-80  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000210421  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  36.95 
 
 		 493 aa  298  2e-79  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1357  diguanylate cyclase  37.42 
 
 		 508 aa  296  6e-79  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.255633 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2979  diguanylate cyclase  34.45 
 
 		 490 aa  295  2e-78  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1485  diguanylate cyclase  34.24 
 
 		 490 aa  295  2e-78  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1817  GGDEF family protein  35.32 
 
 		 512 aa  293  6e-78  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1228  diguanylate cyclase  34.32 
 
 		 490 aa  286  4e-76  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1880  diguanylate cyclase  31.81 
 
 		 477 aa  283  5.000000000000001e-75  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0268707  normal  0.0491745 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4245  GGDEF domain-containing protein  30.52 
 
 		 477 aa  276  8e-73  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3856  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  27.27 
 
 		 640 aa  142  9e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.825575 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  47.46 
 
 		 464 aa  133  7.999999999999999e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0596  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  29.82 
 
 		 640 aa  129  8.000000000000001e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.270432 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2044  diguanylate cyclase  40.83 
 
 		 325 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.82426  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0716  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.33 
 
 		 801 aa  128  2.0000000000000002e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.317239  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4568  hypothetical protein  41.42 
 
 		 325 aa  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2282  diguanylate cyclase  41.42 
 
 		 325 aa  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3115  diguanylate cyclase  47.74 
 
 		 354 aa  127  3e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.276087 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1630  diguanylate cyclase with GAF sensor  46.11 
 
 		 739 aa  128  3e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.654587 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2637  diguanylate cyclase with extracellular sensor  44.26 
 
 		 474 aa  127  4.0000000000000003e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1769  diguanylate cyclase  25.51 
 
 		 464 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.128605  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1439  methyl-accepting chemotaxis protein  26.57 
 
 		 641 aa  127  5e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.336763  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  39.46 
 
 		 373 aa  127  5e-28  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0320  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  29.56 
 
 		 645 aa  127  6e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000409011 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2091  diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 325 aa  127  6e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0342  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  29.56 
 
 		 645 aa  126  8.000000000000001e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.860801  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1753  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  38.16 
 
 		 1073 aa  126  8.000000000000001e-28  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1868  diguanylate cyclase  45.39 
 
 		 301 aa  126  8.000000000000001e-28  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3576  diguanylate cyclase  37.84 
 
 		 484 aa  126  9e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6727  diguanylate cyclase  40.8 
 
 		 467 aa  125  1e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1957  methyl-accepting chemotaxis protein  26.47 
 
 		 654 aa  125  1e-27  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0343  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  29.3 
 
 		 645 aa  126  1e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.675969  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1681  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.14 
 
 		 496 aa  125  1e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.650455  unclonable  0.00000301378 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0469  diguanylate cyclase  43.75 
 
 		 601 aa  125  2e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.912167  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0674  diguanylate cyclase  42.01 
 
 		 355 aa  125  2e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.811028 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2151  diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 583 aa  124  3e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.984421  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0259  diguanylate cyclase  36.32 
 
 		 339 aa  124  3e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1667  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.21 
 
 		 866 aa  124  3e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.378784  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  41.11 
 
 		 405 aa  124  3e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6762  diguanylate cyclase  40.1 
 
 		 411 aa  124  4e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.322015  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0734  GGDEF domain-containing protein  35.44 
 
 		 604 aa  124  4e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3878  diguanylate cyclase  28.1 
 
 		 474 aa  124  4e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.431493  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1369  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.99 
 
 		 302 aa  124  4e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.975059  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1497  putative GAF sensor protein  44.51 
 
 		 689 aa  124  5e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1679  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40 
 
 		 1050 aa  123  8e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.251418  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1953  diguanylate cyclase  38.28 
 
 		 454 aa  122  9.999999999999999e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.363504  normal  0.99023 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0450  chemotaxis sensory transducer  26.35 
 
 		 645 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.17 
 
 		 424 aa  122  9.999999999999999e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1715  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.76 
 
 		 791 aa  121  1.9999999999999998e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1257  TPR repeat-containing diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase  40.13 
 
 		 1203 aa  121  1.9999999999999998e-26  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1199  diguanylate cyclase  41.4 
 
 		 258 aa  121  1.9999999999999998e-26  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000341711  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0690  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 471 aa  121  3e-26  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3143  diguanylate cyclase  43.21 
 
 		 614 aa  121  3e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.212991  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0604  diguanylate cyclase  37.88 
 
 		 291 aa  121  3e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.436873  normal  0.310553 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6347  diguanylate cyclase  31.86 
 
 		 507 aa  120  4.9999999999999996e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.197089 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3442  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.67 
 
 		 646 aa  120  4.9999999999999996e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0622548  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2213  GGDEF domain-containing protein  42.44 
 
 		 641 aa  120  4.9999999999999996e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.658691  normal  0.864608 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0636  diguanylate cyclase  42.17 
 
 		 559 aa  120  6e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.445559  normal  0.916917 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4887  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  28.21 
 
 		 645 aa  120  6e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.658451 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0486  diguanylate cyclase  31.76 
 
 		 738 aa  120  6e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1577  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.65 
 
 		 314 aa  120  7.999999999999999e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0039  diguanylate cyclase  41.07 
 
 		 521 aa  119  9.999999999999999e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1329  diguanylate cyclase  38.81 
 
 		 565 aa  119  9.999999999999999e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0508  GGDEF domain-containing protein  39.88 
 
 		 454 aa  119  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1222  GGDEF domain-containing protein  39.88 
 
 		 466 aa  119  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0645  GGDEF domain-containing protein  39.88 
 
 		 454 aa  119  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3066  GGDEF domain-containing protein  39.88 
 
 		 466 aa  119  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1733  diguanylate cyclase  36.26 
 
 		 464 aa  119  1.9999999999999998e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000546701  normal  0.0234559 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1418  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 466 aa  119  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1551  GGDEF domain-containing protein  39.88 
 
 		 466 aa  119  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1449  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 466 aa  119  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6413  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.29 
 
 		 508 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.905746 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0392  diguanylate cyclase  39.26 
 
 		 768 aa  119  1.9999999999999998e-25  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000907702  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3563  cyclic nucleotide-binding protein  42.94 
 
 		 312 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.187188  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2966  diguanylate cyclase  40.38 
 
 		 386 aa  119  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0175816  decreased coverage  0.00586824 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1156  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.53 
 
 		 469 aa  117  3e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.96 
 
 		 322 aa  117  3e-25  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  33.02 
 
 		 565 aa  118  3e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0717  hypothetical protein  44.85 
 
 		 1245 aa  118  3e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2156  diguanylate cyclase  42.35 
 
 		 470 aa  117  3e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.117189 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0802  diguanylate cyclase  40.11 
 
 		 321 aa  118  3e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2497  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.5 
 
 		 355 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000595067  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>