More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_2449 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007498  Pcar_2449  GGDEF domain-containing protein  100 
 
 		 498 aa  1029    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3308  diguanylate cyclase  44.56 
 
 		 476 aa  439  9.999999999999999e-123  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4798  diguanylate cyclase  42.2 
 
 		 485 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00393558 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  42.53 
 
 		 485 aa  393  1e-108  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3753  diguanylate cyclase  42.53 
 
 		 485 aa  387  1e-106  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.580016  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0268  diguanylate cyclase  41.91 
 
 		 485 aa  386  1e-106  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.624982  hitchhiker  0.000186113 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  41.82 
 
 		 485 aa  384  1e-105  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0279  diguanylate cyclase  41.29 
 
 		 486 aa  380  1e-104  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00774453  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0272  diguanylate cyclase  41.29 
 
 		 486 aa  381  1e-104  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0276  diguanylate cyclase  41.29 
 
 		 486 aa  382  1e-104  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0280  diguanylate cyclase  41.08 
 
 		 486 aa  381  1e-104  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1907  diguanylate cyclase  41.04 
 
 		 487 aa  371  1e-101  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.230991 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0384  diguanylate cyclase  40.46 
 
 		 486 aa  368  1e-100  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1817  GGDEF family protein  39.88 
 
 		 512 aa  364  2e-99  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4411  diguanylate cyclase  39.92 
 
 		 485 aa  360  4e-98  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.244707 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1485  diguanylate cyclase  41.74 
 
 		 490 aa  358  9.999999999999999e-98  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1357  diguanylate cyclase  40.55 
 
 		 508 aa  355  8.999999999999999e-97  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.255633 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4124  diguanylate cyclase  40.46 
 
 		 485 aa  351  1e-95  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2979  diguanylate cyclase  40.37 
 
 		 490 aa  345  7e-94  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1290  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 491 aa  340  2e-92  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1336  diguanylate cyclase  36.91 
 
 		 495 aa  337  1.9999999999999998e-91  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.474489  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1228  diguanylate cyclase  39.5 
 
 		 490 aa  332  8e-90  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  36.91 
 
 		 493 aa  330  3e-89  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2179  diguanylate cyclase  35.89 
 
 		 477 aa  324  2e-87  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000210421  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  36.57 
 
 		 493 aa  320  3e-86  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4400  diguanylate cyclase  36.94 
 
 		 493 aa  315  9e-85  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1880  diguanylate cyclase  34.57 
 
 		 477 aa  315  1.9999999999999998e-84  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0268707  normal  0.0491745 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4245  GGDEF domain-containing protein  33.81 
 
 		 477 aa  293  6e-78  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0486  diguanylate cyclase  32.43 
 
 		 738 aa  145  2e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0596  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  26.51 
 
 		 640 aa  137  4e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.270432 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  37.61 
 
 		 492 aa  136  8e-31  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  43.17 
 
 		 227 aa  136  9e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  38.66 
 
 		 405 aa  135  1.9999999999999998e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1439  methyl-accepting chemotaxis protein  25.76 
 
 		 641 aa  134  3.9999999999999996e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.336763  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3115  diguanylate cyclase  44.32 
 
 		 354 aa  134  5e-30  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.276087 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 532 aa  132  2.0000000000000002e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0604  diguanylate cyclase  40.1 
 
 		 291 aa  131  2.0000000000000002e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.436873  normal  0.310553 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2157  diguanylate cyclase  41.07 
 
 		 372 aa  132  2.0000000000000002e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000200238  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1808  diguanylate cyclase  42.17 
 
 		 247 aa  131  3e-29  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.148862  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.15 
 
 		 407 aa  130  4.0000000000000003e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3856  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  25.9 
 
 		 640 aa  130  5.0000000000000004e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.825575 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1658  diguanylate cyclase  40.22 
 
 		 354 aa  129  1.0000000000000001e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.287196  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1293  diguanylate cyclase  42.26 
 
 		 432 aa  128  2.0000000000000002e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.32079e-19 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1916  diguanylate cyclase  29.93 
 
 		 736 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1063  diguanylate cyclase  41.82 
 
 		 366 aa  127  3e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0392  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 768 aa  127  3e-28  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000907702  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2322  diguanylate cyclase  38.71 
 
 		 354 aa  127  4.0000000000000003e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6727  diguanylate cyclase  40 
 
 		 467 aa  127  5e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.76 
 
 		 772 aa  127  5e-28  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  36.49 
 
 		 413 aa  126  9e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0620  diguanylate cyclase  41.57 
 
 		 517 aa  126  1e-27  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089586 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0885  membrane associated GGDEF protein  35.45 
 
 		 712 aa  126  1e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.136885  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3800  diguanylate cyclase  28.9 
 
 		 553 aa  125  1e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1844  diguanylate cyclase  41.62 
 
 		 456 aa  126  1e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.674113  normal  0.785076 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3878  diguanylate cyclase  26.47 
 
 		 474 aa  125  1e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.431493  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3185  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.41 
 
 		 482 aa  125  2e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  39.66 
 
 		 373 aa  125  2e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  41.18 
 
 		 753 aa  125  3e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  41.01 
 
 		 464 aa  124  3e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0216  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.04 
 
 		 328 aa  124  4e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00586587 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0259  diguanylate cyclase  40.33 
 
 		 339 aa  124  4e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1366  diguanylate cyclase  36.51 
 
 		 369 aa  124  4e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.112308 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1298  diguanylate cyclase with GAF sensor  43.64 
 
 		 353 aa  124  5e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000090214  hitchhiker  0.00354722 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2824  GGDEF domain-containing protein  41.48 
 
 		 628 aa  123  6e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3646  diguanylate cyclase  37.82 
 
 		 357 aa  123  6e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1211  diguanylate cyclase  35.12 
 
 		 578 aa  123  8e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  33.5 
 
 		 775 aa  123  9e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00176  diguanylate cyclase  40.56 
 
 		 354 aa  122  9.999999999999999e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0498  diguanylate cyclase  35.6 
 
 		 624 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3066  GGDEF domain-containing protein  41.48 
 
 		 466 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1418  diguanylate cyclase  41.48 
 
 		 466 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1953  diguanylate cyclase  42.93 
 
 		 454 aa  122  9.999999999999999e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.363504  normal  0.99023 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1551  GGDEF domain-containing protein  41.48 
 
 		 466 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0645  GGDEF domain-containing protein  41.48 
 
 		 454 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1377  diguanylate cyclase  37.37 
 
 		 368 aa  122  9.999999999999999e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0231  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.04 
 
 		 342 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1449  diguanylate cyclase  41.48 
 
 		 466 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1222  GGDEF domain-containing protein  41.48 
 
 		 466 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0508  GGDEF domain-containing protein  41.48 
 
 		 454 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1497  putative GAF sensor protein  41.82 
 
 		 689 aa  122  9.999999999999999e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1282  diguanylate cyclase  34.71 
 
 		 578 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.69 
 
 		 901 aa  121  1.9999999999999998e-26  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  38.38 
 
 		 631 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1681  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.69 
 
 		 496 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.650455  unclonable  0.00000301378 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0240  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.04 
 
 		 342 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3780  diguanylate cyclase  36.62 
 
 		 361 aa  121  1.9999999999999998e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3733  diguanylate cyclase  35.38 
 
 		 625 aa  121  3e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4207  GGDEF domain-containing protein  35.57 
 
 		 625 aa  121  3e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.44 
 
 		 843 aa  121  3e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0719  diguanylate cyclase  40.34 
 
 		 370 aa  121  3e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4996  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.36 
 
 		 328 aa  121  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.445077  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  38.1 
 
 		 425 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0636  diguanylate cyclase  38.12 
 
 		 559 aa  120  3.9999999999999996e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.445559  normal  0.916917 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1163  diguanylate cyclase  38.51 
 
 		 308 aa  121  3.9999999999999996e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3903  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  34.36 
 
 		 628 aa  121  3.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1723  response regulator receiver domain-containing protein  36.46 
 
 		 325 aa  120  3.9999999999999996e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3559  diguanylate cyclase  35.38 
 
 		 625 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0397  diguanylate cyclase  35.38 
 
 		 625 aa  121  3.9999999999999996e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  39.29 
 
 		 418 aa  120  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1212  diguanylate cyclase  32.8 
 
 		 578 aa  120  4.9999999999999996e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>