More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_1723 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_1723  response regulator receiver domain-containing protein  100 
 
 		 325 aa  671    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1739  GGDEF domain protein  44.2 
 
 		 308 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4084  diguanylate cyclase  42.28 
 
 		 308 aa  233  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.647137 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3653  GGDEF  42.75 
 
 		 308 aa  232  8.000000000000001e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.203802  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1842  diguanylate cyclase  43.8 
 
 		 308 aa  220  3e-56  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.721538  normal  0.677546 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0689  putative diguanylate cyclase  41.73 
 
 		 306 aa  216  4e-55  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1952  hypothetical protein  40.94 
 
 		 306 aa  207  2e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.00612967  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23130  sensory box GGDEF domain-containing protein  42.4 
 
 		 307 aa  204  2e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.561543  decreased coverage  0.0000866239 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1163  diguanylate cyclase  32.57 
 
 		 308 aa  163  4.0000000000000004e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1806  diguanylate cyclase  33.22 
 
 		 291 aa  159  5e-38  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.851232  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3752  diguanylate cyclase  33.86 
 
 		 436 aa  147  2.0000000000000003e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0498  diguanylate cyclase  46.25 
 
 		 461 aa  147  2.0000000000000003e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.916227  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.63 
 
 		 772 aa  147  2.0000000000000003e-34  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  35.56 
 
 		 355 aa  147  3e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0094  diguanylate cyclase  45.22 
 
 		 451 aa  143  4e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1355  diguanylate cyclase  40 
 
 		 487 aa  142  9.999999999999999e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.133394  normal  0.478971 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1501  diguanylate cyclase  45.91 
 
 		 360 aa  140  1.9999999999999998e-32  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.15986  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0304  diguanylate cyclase  43.79 
 
 		 464 aa  140  1.9999999999999998e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1387  cyclic nucleotide-binding protein  39.17 
 
 		 320 aa  140  3.9999999999999997e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243824  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1851  diguanylate cyclase  37.67 
 
 		 620 aa  139  6e-32  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  42.42 
 
 		 227 aa  138  1e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0530  response regulator receiver protein  43.37 
 
 		 392 aa  137  2e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.143294  normal  0.0713478 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  39.79 
 
 		 413 aa  138  2e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0655  diguanylate cyclase  44.85 
 
 		 172 aa  137  2e-31  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000725118  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 532 aa  137  2e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  43.31 
 
 		 565 aa  137  2e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2740  diguanylate cyclase  44.57 
 
 		 555 aa  137  2e-31  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2702  diguanylate cyclase  43.75 
 
 		 794 aa  137  3.0000000000000003e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0564678  normal  0.658888 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4104  diguanylate cyclase  46.25 
 
 		 610 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.147884 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1643  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  41.07 
 
 		 316 aa  136  4e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6286  GGDEF domain-containing protein  43.12 
 
 		 668 aa  136  4e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.13 
 
 		 308 aa  136  5e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.13 
 
 		 308 aa  136  5e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0392  diguanylate cyclase  43.29 
 
 		 768 aa  136  5e-31  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000907702  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2588  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.59 
 
 		 710 aa  136  6.0000000000000005e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0652312  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0747  diguanylate cyclase  41.92 
 
 		 508 aa  135  9.999999999999999e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3137  response regulator receiver protein  43.56 
 
 		 319 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72420  GGDEF domain-containing protein  43.75 
 
 		 671 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0411466  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1658  diguanylate cyclase  34.03 
 
 		 354 aa  134  1.9999999999999998e-30  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.287196  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2322  diguanylate cyclase  32.95 
 
 		 354 aa  134  1.9999999999999998e-30  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2754  diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 355 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0798314  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3973  hypothetical protein  33.97 
 
 		 355 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0517181  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  39.63 
 
 		 459 aa  133  3e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  42.59 
 
 		 461 aa  133  3e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3381  diguanylate cyclase  43.21 
 
 		 622 aa  134  3e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1319  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.72 
 
 		 610 aa  133  3.9999999999999996e-30  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.104887  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1336  diguanylate cyclase  42.41 
 
 		 495 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.474489  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0613  diguanylate cyclase  45.96 
 
 		 611 aa  133  3.9999999999999996e-30  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  41.18 
 
 		 457 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.86 
 
 		 505 aa  133  5e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  41.07 
 
 		 631 aa  133  5e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2607  diguanylate cyclase  41.61 
 
 		 316 aa  133  5e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000143356  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1477  diguanylate cyclase  37.62 
 
 		 411 aa  132  6e-30  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124607  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1158  GGDEF family protein  31.56 
 
 		 303 aa  132  6e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2774  diguanylate cyclase  39.24 
 
 		 530 aa  132  6e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0162  diguanylate cyclase  44.3 
 
 		 614 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.155295  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3733  diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 625 aa  132  7.999999999999999e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.77 
 
 		 901 aa  132  9e-30  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0885  membrane associated GGDEF protein  35.48 
 
 		 712 aa  132  9e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.136885  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0168  GGDEF domain-containing protein  46.5 
 
 		 268 aa  131  1.0000000000000001e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1306  diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 615 aa  132  1.0000000000000001e-29  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.550913  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1194  diguanylate cyclase  36.87 
 
 		 471 aa  132  1.0000000000000001e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.361877  normal  0.129887 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3800  diguanylate cyclase  42.42 
 
 		 621 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4400  diguanylate cyclase  39.23 
 
 		 681 aa  131  1.0000000000000001e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.118889  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2637  diguanylate cyclase with extracellular sensor  38.59 
 
 		 474 aa  131  1.0000000000000001e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1719  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.21 
 
 		 563 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0467  diguanylate cyclase  46.25 
 
 		 641 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1304  diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 559 aa  130  2.0000000000000002e-29  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  39.23 
 
 		 485 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0304  response regulator PleD  41.86 
 
 		 458 aa  131  2.0000000000000002e-29  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0864091  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1715  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.03 
 
 		 791 aa  131  2.0000000000000002e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3559  diguanylate cyclase  42.33 
 
 		 625 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0397  diguanylate cyclase  42.33 
 
 		 625 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2636  diguanylate cyclase  38.71 
 
 		 220 aa  130  2.0000000000000002e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.128146  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1759  GGDEF domain-containing protein  42.07 
 
 		 355 aa  130  3e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.538539  normal  0.0215764 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3843  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.66 
 
 		 407 aa  130  3e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000804532 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1466  diguanylate cyclase  44.03 
 
 		 307 aa  130  3e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.412143  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  40 
 
 		 457 aa  130  3e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_002978  WD0221  response regulator PleD  42.94 
 
 		 460 aa  130  4.0000000000000003e-29  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1387  diguanylate cyclase  39.51 
 
 		 336 aa  130  4.0000000000000003e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.617999  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0224  diguanylate cyclase  40.69 
 
 		 332 aa  130  4.0000000000000003e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2370  diguanylate cyclase  44.17 
 
 		 342 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.257282  normal  0.644967 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  37.32 
 
 		 680 aa  130  4.0000000000000003e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2092  diguanylate cyclase  44.17 
 
 		 342 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0157551  normal  0.671157 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3210  GGDEF domain-containing protein  45 
 
 		 624 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3168  diguanylate cyclase  42.5 
 
 		 362 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4207  GGDEF domain-containing protein  41.1 
 
 		 625 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0085  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.04 
 
 		 301 aa  129  6e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1592  GGDEF domain-containing protein  31.01 
 
 		 305 aa  129  6e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2104  diguanylate cyclase  44.17 
 
 		 342 aa  129  6e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2063  diguanylate cyclase  41.46 
 
 		 338 aa  129  6e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.553076  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0268  diguanylate cyclase  40.76 
 
 		 485 aa  129  6e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.624982  hitchhiker  0.000186113 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  42.31 
 
 		 659 aa  129  7.000000000000001e-29  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.14 
 
 		 322 aa  129  9.000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2931  diguanylate cyclase  44.03 
 
 		 432 aa  129  9.000000000000001e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0498  diguanylate cyclase  42.35 
 
 		 624 aa  129  9.000000000000001e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2986  diguanylate cyclase  32.2 
 
 		 352 aa  129  9.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0275567 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.68 
 
 		 317 aa  129  9.000000000000001e-29  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.74 
 
 		 407 aa  128  1.0000000000000001e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0841  GGDEF domain-containing protein  39.63 
 
 		 489 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>