More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_5041 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_5041  putative signaling protein  100 
 
 		 400 aa  809    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.883935  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0539  GGDEF  59.52 
 
 		 432 aa  447  1.0000000000000001e-124  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3549  diguanylate cyclase  30.17 
 
 		 408 aa  150  3e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.348554 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0680  diguanylate cyclase  35.56 
 
 		 466 aa  134  3.9999999999999996e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3704  diguanylate cyclase  35.56 
 
 		 460 aa  133  5e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  34.46 
 
 		 360 aa  130  3e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4030  diguanylate cyclase  41.62 
 
 		 498 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.13 
 
 		 407 aa  127  3e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2380  diguanylate cyclase  33.85 
 
 		 410 aa  125  1e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3178  diguanylate cyclase  41.08 
 
 		 452 aa  124  3e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0366604  hitchhiker  0.0000463802 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0930  diguanylate cyclase  26.92 
 
 		 390 aa  123  7e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0470  GGDEF  39.36 
 
 		 412 aa  122  9e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.606028 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1332  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.43 
 
 		 306 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1305  GGDEF domain protein  40.88 
 
 		 502 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.620212  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4218  diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 631 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  40.7 
 
 		 548 aa  121  1.9999999999999998e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3160  diguanylate cyclase  40.54 
 
 		 452 aa  121  3e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.413104  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2546  diguanylate cyclase  40.54 
 
 		 452 aa  121  3e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.192419  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  45.4 
 
 		 307 aa  120  3.9999999999999996e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3476  diguanylate cyclase  40.11 
 
 		 298 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00597173 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2951  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.29 
 
 		 306 aa  120  3.9999999999999996e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3624  diguanylate cyclase  38.89 
 
 		 341 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.112804  normal  0.505096 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1813  diguanylate cyclase  30.67 
 
 		 386 aa  120  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.730077 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3646  diguanylate cyclase  43.5 
 
 		 357 aa  120  4.9999999999999996e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0204  diguanylate cyclase  40.22 
 
 		 453 aa  120  4.9999999999999996e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.209858  normal  0.343798 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3673  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  40 
 
 		 1262 aa  120  6e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3816  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.05 
 
 		 797 aa  119  9e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.250791  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3096  diguanylate cyclase  40.43 
 
 		 452 aa  119  9e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0200719  hitchhiker  0.00269086 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5496  diguanylate cyclase  39.66 
 
 		 520 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.414779  hitchhiker  0.000876281 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1614  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.53 
 
 		 531 aa  119  9.999999999999999e-26  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.423577 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  41.05 
 
 		 457 aa  118  9.999999999999999e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0942  hypothetical protein  31.67 
 
 		 377 aa  118  1.9999999999999998e-25  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0912  hypothetical protein  31.67 
 
 		 377 aa  118  1.9999999999999998e-25  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00565  Signaling protein with a acyltransferase and GGDEF domains  38.24 
 
 		 628 aa  118  1.9999999999999998e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1156  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.42 
 
 		 469 aa  117  3.9999999999999997e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1536  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 278 aa  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.370191  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0095  putative sensory transduction system, regulatory protein  43.93 
 
 		 536 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.348008  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1782  diguanylate cyclase  36.31 
 
 		 629 aa  117  3.9999999999999997e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2442  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.5 
 
 		 316 aa  117  5e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.103678  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4234  diguanylate cyclase  36.02 
 
 		 539 aa  117  5e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.256126 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0175  diguanylate cyclase  37.56 
 
 		 516 aa  117  5e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.35 
 
 		 550 aa  116  6e-25  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  42.35 
 
 		 571 aa  116  6e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.62 
 
 		 578 aa  116  6.9999999999999995e-25  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3212  diguanylate cyclase  40.43 
 
 		 452 aa  116  6.9999999999999995e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0701  diguanylate cyclase  37.91 
 
 		 650 aa  116  7.999999999999999e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.291224  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4748  diguanylate cyclase  42.46 
 
 		 377 aa  115  1.0000000000000001e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS04801  hypothetical protein  39.04 
 
 		 505 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0299872 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  35.92 
 
 		 485 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1004  GGDEF domain protein  30.54 
 
 		 413 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.368177  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.66 
 
 		 843 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0847  two component diguanylate cyclase  34.96 
 
 		 327 aa  115  1.0000000000000001e-24  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1225  GGDEF domain-containing protein  39.08 
 
 		 517 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.489016  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6515  diguanylate cyclase  40.53 
 
 		 452 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.683766  normal  0.600963 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0985  diguanylate cyclase  39.34 
 
 		 508 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2521  diguanylate cyclase  41.8 
 
 		 350 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  37.37 
 
 		 461 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4944  diguanylate cyclase  39.11 
 
 		 520 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0582678 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0416  hypothetical protein  33.71 
 
 		 356 aa  114  2.0000000000000002e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3218  diguanylate cyclase  40.57 
 
 		 386 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.317388 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3753  diguanylate cyclase  36.41 
 
 		 485 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.580016  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1328  diguanylate cyclase  37.65 
 
 		 564 aa  115  2.0000000000000002e-24  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0263917  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3427  putative diguanylate cyclase (GGDEF)  31.05 
 
 		 368 aa  115  2.0000000000000002e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000401587 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.29 
 
 		 505 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  36.41 
 
 		 485 aa  114  3e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0440  hypothetical protein  33.15 
 
 		 356 aa  114  3e-24  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0241  diguanylate cyclase  34.25 
 
 		 640 aa  114  3e-24  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1598  diguanylate cyclase  39.66 
 
 		 492 aa  114  3e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0273825  normal  0.888834 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3373  diguanylate cyclase  38.07 
 
 		 505 aa  114  3e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1306  diguanylate cyclase  41.82 
 
 		 615 aa  114  4.0000000000000004e-24  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.550913  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1456  diguanylate cyclase  40.45 
 
 		 636 aa  114  4.0000000000000004e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2740  diguanylate cyclase  40.57 
 
 		 555 aa  114  4.0000000000000004e-24  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1081  diguanylate cyclase  35.78 
 
 		 396 aa  113  5e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2519  diguanylate cyclase  39.08 
 
 		 522 aa  113  5e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.926429  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1387  cyclic nucleotide-binding protein  40.12 
 
 		 320 aa  113  5e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243824  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00826  putative transmembrane protein  42.42 
 
 		 488 aa  113  6e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.61367  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3750  PAS:GGDEF  40.45 
 
 		 721 aa  113  6e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1171  diguanylate cyclase  37.57 
 
 		 674 aa  113  6e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5323  diguanylate cyclase  39.39 
 
 		 422 aa  113  7.000000000000001e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.666672  normal  0.745062 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3910  diguanylate cyclase  35.29 
 
 		 537 aa  112  8.000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.283041  normal  0.244259 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3614  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.21 
 
 		 310 aa  112  8.000000000000001e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1125  GGDEF  39.67 
 
 		 509 aa  112  9e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.394023  normal  0.376452 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4293  GGDEF domain-containing protein  37.71 
 
 		 334 aa  112  1.0000000000000001e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0725016  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  41.82 
 
 		 425 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4825  diguanylate cyclase  33.12 
 
 		 435 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.741722  normal  0.390136 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0028  diguanylate cyclase  39.11 
 
 		 527 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.789293 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3203  diguanylate cyclase  40.48 
 
 		 569 aa  112  1.0000000000000001e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0987619 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1622  response regulator receiver protein  37.21 
 
 		 641 aa  112  1.0000000000000001e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.923164  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0495  diguanylate cyclase  38.42 
 
 		 574 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.355875  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4369  sensor diguanylate cyclase  35.91 
 
 		 569 aa  111  2.0000000000000002e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.399197 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0540  diguanylate cyclase  35.33 
 
 		 489 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1667  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.8 
 
 		 866 aa  111  2.0000000000000002e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.378784  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0995  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.05 
 
 		 792 aa  112  2.0000000000000002e-23  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.37011  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2591  GGDEF domain protein  38.82 
 
 		 528 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.200767  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3563  diguanylate cyclase  39.43 
 
 		 386 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.178663  normal  0.195496 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3770  PAS:GGDEF  37.91 
 
 		 328 aa  111  2.0000000000000002e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0223226 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2249  response regulator/GGDEF domain-containing protein  26.4 
 
 		 400 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2499  GGDEF domain-containing protein  39.73 
 
 		 367 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0133  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.46 
 
 		 461 aa  111  2.0000000000000002e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2318  diguanylate cyclase  35.64 
 
 		 363 aa  111  2.0000000000000002e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>