More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0540 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_0540  diguanylate cyclase  100 
 
 		 489 aa  998    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0757  diguanylate cyclase  88.96 
 
 		 489 aa  871    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.371772  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4283  diguanylate cyclase  37.55 
 
 		 480 aa  290  3e-77  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4604  diguanylate cyclase  35.52 
 
 		 489 aa  278  2e-73  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3222  diguanylate cyclase  31.12 
 
 		 469 aa  177  3e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0257406  normal  0.307548 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1902  diguanylate cyclase  29.92 
 
 		 469 aa  168  2e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000136063  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1181  diguanylate cyclase  29.54 
 
 		 482 aa  166  1.0000000000000001e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3566  diguanylate cyclase  30.88 
 
 		 460 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000340192  normal  0.133927 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2518  diguanylate cyclase  28.24 
 
 		 500 aa  153  5.9999999999999996e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.784165 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3932  GGDEF domain-containing protein  33.44 
 
 		 402 aa  151  2e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0460046  normal  0.0449819 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2009  diguanylate cyclase  27.69 
 
 		 482 aa  151  2e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0406773 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3093  diguanylate cyclase  37.79 
 
 		 387 aa  138  2e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2135  diguanylate cyclase (GGDEF) domain protein  27.6 
 
 		 472 aa  138  2e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.329432  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1722  diguanylate cyclase  27.06 
 
 		 472 aa  139  2e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.396894  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1650  diguanylate cyclase  27.44 
 
 		 472 aa  137  5e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3693  response regulator receiver domain-containing protein  41.57 
 
 		 476 aa  132  1.0000000000000001e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.963643  normal  0.0549661 
 
 
-
 
NC_002978  WD0221  response regulator PleD  40.96 
 
 		 460 aa  132  2.0000000000000002e-29  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5913  diguanylate cyclase  38.82 
 
 		 364 aa  132  2.0000000000000002e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2740  diguanylate cyclase  41.38 
 
 		 555 aa  131  3e-29  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0457  diguanylate cyclase  43.03 
 
 		 472 aa  130  4.0000000000000003e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.100839  normal  0.562676 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01479  predicted diguanylate cyclase  30.37 
 
 		 315 aa  129  9.000000000000001e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01490  hypothetical protein  30.37 
 
 		 315 aa  129  9.000000000000001e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2124  diguanylate cyclase  29.91 
 
 		 315 aa  129  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0045948  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2136  diguanylate cyclase  30.37 
 
 		 315 aa  129  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1328  diguanylate cyclase  40.62 
 
 		 564 aa  129  1.0000000000000001e-28  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0263917  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  37.21 
 
 		 493 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.77 
 
 		 407 aa  127  3e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1336  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 495 aa  127  6e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.474489  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4730  diguanylate cyclase  41.52 
 
 		 572 aa  126  7e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  37.21 
 
 		 493 aa  126  9e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0817  diguanylate cyclase  40.94 
 
 		 1826 aa  125  2e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4400  diguanylate cyclase  36.41 
 
 		 493 aa  125  2e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2077  diguanylate cyclase  41.21 
 
 		 382 aa  125  2e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.793636  normal  0.406002 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3092  diguanylate cyclase  34.4 
 
 		 389 aa  124  5e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  40.61 
 
 		 457 aa  123  6e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0773  response regulator PleD  42.33 
 
 		 458 aa  123  6e-27  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  40.8 
 
 		 638 aa  123  7e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0953  diguanylate cyclase  36.79 
 
 		 494 aa  123  7e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0304  response regulator PleD  40.59 
 
 		 458 aa  122  9.999999999999999e-27  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0864091  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1315  diguanylate cyclase  38.86 
 
 		 608 aa  122  9.999999999999999e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.243862  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0019  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40 
 
 		 668 aa  122  1.9999999999999998e-26  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1719  diguanylate cyclase with GAF sensor  34.78 
 
 		 563 aa  122  1.9999999999999998e-26  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 487 aa  121  3e-26  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.64 
 
 		 772 aa  121  3e-26  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.62 
 
 		 901 aa  121  3e-26  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4493  diguanylate cyclase  39.5 
 
 		 332 aa  121  3e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01448  predicted diguanylate cyclase  34.98 
 
 		 347 aa  120  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01461  hypothetical protein  34.98 
 
 		 347 aa  120  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1156  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.72 
 
 		 859 aa  120  3.9999999999999996e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0136706  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  34.62 
 
 		 373 aa  121  3.9999999999999996e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3477  diguanylate cyclase  38.67 
 
 		 342 aa  120  3.9999999999999996e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.377939  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1614  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.37 
 
 		 531 aa  120  3.9999999999999996e-26  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.423577 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2157  diguanylate cyclase  34.98 
 
 		 460 aa  120  4.9999999999999996e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0941263  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2167  diguanylate cyclase  34.98 
 
 		 460 aa  120  4.9999999999999996e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0116704  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1683  diguanylate cyclase  34.98 
 
 		 460 aa  120  4.9999999999999996e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2103  diguanylate cyclase  34.98 
 
 		 460 aa  120  4.9999999999999996e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1485  diguanylate cyclase  43.45 
 
 		 490 aa  120  4.9999999999999996e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1679  diguanylate cyclase  34.98 
 
 		 460 aa  120  4.9999999999999996e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3523  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  35.48 
 
 		 1079 aa  120  4.9999999999999996e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1338  diguanylate cyclase  25.68 
 
 		 469 aa  120  4.9999999999999996e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0898942  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1575  diguanylate cyclase  34.98 
 
 		 460 aa  120  4.9999999999999996e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4245  GGDEF domain-containing protein  36 
 
 		 477 aa  120  6e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0401  GGDEF domain-containing protein  31.65 
 
 		 507 aa  120  6e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0021  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.44 
 
 		 668 aa  120  7e-26  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0785  diguanylate cyclase  39.26 
 
 		 502 aa  120  7e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  39.64 
 
 		 459 aa  120  7.999999999999999e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4119  diguanylate cyclase  38.67 
 
 		 382 aa  119  7.999999999999999e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.898336 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0926  diguanylate cyclase  36.27 
 
 		 494 aa  119  9e-26  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1319  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.08 
 
 		 610 aa  119  9.999999999999999e-26  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.104887  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01027  predicted diguanylate cyclase  36.52 
 
 		 452 aa  118  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2825  GGDEF domain-containing protein  32.01 
 
 		 487 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.819973  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2617  diguanylate cyclase  36.52 
 
 		 452 aa  118  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.885697  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2290  diguanylate cyclase  33.2 
 
 		 646 aa  118  1.9999999999999998e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.666302 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0115  diguanylate cyclase  32.01 
 
 		 487 aa  119  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.418458  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0097  GGDEF domain-containing protein  32.01 
 
 		 487 aa  119  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1267  diguanylate cyclase (GGDEF) domain protein  36.52 
 
 		 476 aa  118  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.413897 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1143  diguanylate cyclase  36.52 
 
 		 476 aa  118  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.011762  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1077  GGDEF domain-containing protein  32.01 
 
 		 528 aa  119  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.918636  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2571  diguanylate cyclase  36.52 
 
 		 452 aa  118  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0240912 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7417  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.17 
 
 		 457 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.196799  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0196  diguanylate cyclase  37.35 
 
 		 356 aa  118  1.9999999999999998e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01034  hypothetical protein  36.52 
 
 		 452 aa  118  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2678  diguanylate cyclase  32.01 
 
 		 487 aa  119  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1257  diguanylate cyclase  32.01 
 
 		 487 aa  119  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1145  diguanylate cyclase  36.52 
 
 		 476 aa  118  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3381  diguanylate cyclase  37.08 
 
 		 622 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1535  diguanylate cyclase  32.01 
 
 		 487 aa  119  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12380  diguanylate cyclase  38.07 
 
 		 499 aa  117  3e-25  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00534046  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3654  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 473 aa  117  3e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.271139  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1138  diguanylate cyclase  39.15 
 
 		 345 aa  118  3e-25  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3752  diguanylate cyclase  39.78 
 
 		 436 aa  118  3e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  42.44 
 
 		 457 aa  118  3e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1780  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 414 aa  118  3e-25  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2518  diguanylate cyclase  36.41 
 
 		 372 aa  117  3.9999999999999997e-25  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.165269  normal  0.0137006 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0379  diguanylate cyclase  38.01 
 
 		 540 aa  117  3.9999999999999997e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.35 
 
 		 550 aa  117  3.9999999999999997e-25  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1091  diguanylate cyclase  38.04 
 
 		 653 aa  117  3.9999999999999997e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00555182 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3628  diguanylate cyclase  38.65 
 
 		 388 aa  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3922  GGDEF domain-containing protein  40 
 
 		 364 aa  117  5e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2699  diguanylate cyclase  32.73 
 
 		 251 aa  117  5e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>