More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_4493 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_4493  diguanylate cyclase  100 
 
 		 332 aa  681    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3412  diguanylate cyclase  41.36 
 
 		 346 aa  248  1e-64  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0443  GGDEF domain-containing protein  41.03 
 
 		 337 aa  232  6e-60  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0613635  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0891  diguanylate cyclase  34.03 
 
 		 332 aa  189  5.999999999999999e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.492307 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3961  diguanylate cyclase  37.42 
 
 		 340 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.042208 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0892  diguanylate cyclase  34.67 
 
 		 323 aa  180  2.9999999999999997e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.501117 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3227  diguanylate cyclase  35.29 
 
 		 359 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.709302  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2703  diguanylate cyclase  36.21 
 
 		 339 aa  175  8e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.863974  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1920  diguanylate cyclase  34.19 
 
 		 346 aa  161  1e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1204  GGDEF family protein  45.4 
 
 		 195 aa  150  4e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.040239  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4043  diguanylate cyclase  33.45 
 
 		 366 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.902956  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2517  diguanylate cyclase  32.04 
 
 		 301 aa  139  4.999999999999999e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.251685  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2518  diguanylate cyclase  35.97 
 
 		 372 aa  139  7.999999999999999e-32  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.165269  normal  0.0137006 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3023  diguanylate cyclase  35.11 
 
 		 362 aa  138  1e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  32.84 
 
 		 360 aa  137  2e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3922  GGDEF domain-containing protein  44.17 
 
 		 364 aa  133  3e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0309  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.16 
 
 		 827 aa  132  6.999999999999999e-30  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0510078  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0159  diguanylate cyclase  31.27 
 
 		 368 aa  130  4.0000000000000003e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.945874  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  40.74 
 
 		 422 aa  128  2.0000000000000002e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  39.44 
 
 		 464 aa  127  3e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2721  diguanylate cyclase with GAF sensor  42.61 
 
 		 686 aa  126  5e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.53529  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1377  diguanylate cyclase  28.98 
 
 		 368 aa  125  8.000000000000001e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3430  diguanylate cyclase  37.79 
 
 		 513 aa  123  3e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.91 
 
 		 730 aa  122  6e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4084  diguanylate cyclase  40.51 
 
 		 308 aa  122  7e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.647137 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  39.18 
 
 		 307 aa  122  8e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1537  diguanylate cyclase  31.97 
 
 		 381 aa  122  9.999999999999999e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  37.93 
 
 		 373 aa  121  9.999999999999999e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0540  diguanylate cyclase  39.5 
 
 		 489 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1614  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.88 
 
 		 531 aa  121  1.9999999999999998e-26  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.423577 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1085  diguanylate cyclase  32.86 
 
 		 357 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  38.46 
 
 		 631 aa  120  3e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1952  hypothetical protein  37.97 
 
 		 306 aa  120  3e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.00612967  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23130  sensory box GGDEF domain-containing protein  37.97 
 
 		 307 aa  120  3e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.561543  decreased coverage  0.0000866239 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0115  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.57 
 
 		 304 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.113218  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3587  diguanylate cyclase  34.15 
 
 		 364 aa  120  3.9999999999999996e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.684884  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3807  diguanylate cyclase  40.34 
 
 		 510 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.417307 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4649  diguanylate cyclase  40.34 
 
 		 510 aa  119  6e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3714  diguanylate cyclase  40.34 
 
 		 510 aa  119  6e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.28391  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3835  diguanylate cyclase  39.63 
 
 		 316 aa  119  6e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0757  diguanylate cyclase  39.58 
 
 		 489 aa  119  7e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.371772  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4161  diguanylate cyclase  39.56 
 
 		 366 aa  119  7e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.61051  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  35.21 
 
 		 532 aa  119  7.999999999999999e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0349  diguanylate cyclase  32.86 
 
 		 523 aa  118  9.999999999999999e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.291431  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3330  diguanylate cyclase  41.18 
 
 		 556 aa  118  9.999999999999999e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.702874 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1477  diguanylate cyclase  36.31 
 
 		 411 aa  118  9.999999999999999e-26  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124607  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0613  diguanylate cyclase  39.29 
 
 		 611 aa  118  9.999999999999999e-26  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4776  diguanylate cyclase  38.01 
 
 		 403 aa  118  9.999999999999999e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3958  diguanylate cyclase  39.59 
 
 		 349 aa  118  9.999999999999999e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0131917  normal  0.325854 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  40 
 
 		 485 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4666  diguanylate cyclase  37.93 
 
 		 407 aa  118  1.9999999999999998e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00608192  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0266  GGDEF  42.14 
 
 		 690 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6727  diguanylate cyclase  38.46 
 
 		 467 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3210  GGDEF domain-containing protein  40.25 
 
 		 624 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  39.15 
 
 		 753 aa  118  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2091  diguanylate cyclase  37.23 
 
 		 325 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  43.67 
 
 		 696 aa  117  3e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1063  diguanylate cyclase  40.94 
 
 		 366 aa  117  3e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0411  diguanylate cyclase  42.14 
 
 		 628 aa  117  3e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.51 
 
 		 531 aa  117  3e-25  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0680  diguanylate cyclase  37.7 
 
 		 466 aa  117  3e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0129  GGDEF domain-containing protein  41.72 
 
 		 645 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2048  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.05 
 
 		 704 aa  117  3.9999999999999997e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2420  diguanylate cyclase  39.78 
 
 		 532 aa  116  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.499921  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2521  diguanylate cyclase  38.2 
 
 		 350 aa  116  3.9999999999999997e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0530  response regulator receiver protein  42.44 
 
 		 392 aa  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.143294  normal  0.0713478 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.94 
 
 		 550 aa  117  3.9999999999999997e-25  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1702  diguanylate cyclase  32.52 
 
 		 370 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1739  GGDEF domain protein  40.62 
 
 		 308 aa  116  5e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3903  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  42.14 
 
 		 628 aa  116  5e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.46 
 
 		 314 aa  116  5e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0423  diguanylate cyclase  42.14 
 
 		 621 aa  116  5e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000679734 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2169  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.02 
 
 		 713 aa  116  5e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4122  diguanylate cyclase  45.4 
 
 		 395 aa  116  6e-25  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.302969  normal  0.519011 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0146  diguanylate cyclase  41.1 
 
 		 645 aa  116  6e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.369767  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3693  response regulator receiver domain-containing protein  39.26 
 
 		 476 aa  116  6e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.963643  normal  0.0549661 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3733  diguanylate cyclase  40.88 
 
 		 625 aa  115  6.9999999999999995e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2397  diguanylate cyclase  39.33 
 
 		 510 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0259  diguanylate cyclase  32.49 
 
 		 339 aa  116  6.9999999999999995e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1062  diguanylate cyclase  35.53 
 
 		 566 aa  116  6.9999999999999995e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0191664  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2422  diguanylate cyclase  42.24 
 
 		 532 aa  116  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.257185  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3653  GGDEF  40.62 
 
 		 308 aa  115  7.999999999999999e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.203802  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2970  diguanylate cyclase  37.13 
 
 		 557 aa  115  7.999999999999999e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.853836 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2758  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.64 
 
 		 698 aa  115  7.999999999999999e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1450  diguanylate cyclase  43.29 
 
 		 1774 aa  115  7.999999999999999e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3704  diguanylate cyclase  37.16 
 
 		 460 aa  115  8.999999999999998e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 638 aa  115  8.999999999999998e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2702  diguanylate cyclase  40.35 
 
 		 794 aa  115  8.999999999999998e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0564678  normal  0.658888 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2290  diguanylate cyclase  40.45 
 
 		 646 aa  115  8.999999999999998e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.666302 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1908  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.83 
 
 		 519 aa  115  8.999999999999998e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.11693  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3480  diguanylate cyclase  45.4 
 
 		 395 aa  115  8.999999999999998e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.232889  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2709  GGDEF domain-containing protein  40.49 
 
 		 411 aa  115  8.999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.887365  normal  0.569285 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3476  diguanylate cyclase  41.52 
 
 		 298 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00597173 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1366  diguanylate cyclase  40.49 
 
 		 369 aa  115  1.0000000000000001e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.112308 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0507  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.33 
 
 		 557 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  37.13 
 
 		 487 aa  115  1.0000000000000001e-24  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3559  diguanylate cyclase  41.51 
 
 		 625 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0397  diguanylate cyclase  41.51 
 
 		 625 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4589  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 409 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.365756  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2077  diguanylate cyclase  38.95 
 
 		 382 aa  115  1.0000000000000001e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.793636  normal  0.406002 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>