More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1813 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_1813  diguanylate cyclase  100 
 
 		 386 aa  768    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.730077 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1787  hypothetical protein  64.4 
 
 		 381 aa  452  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20820  putative two-component response regulator  64.66 
 
 		 389 aa  447  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3441  hypothetical protein  39.58 
 
 		 401 aa  225  1e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40570  putative two-component response regulator  38.8 
 
 		 401 aa  215  9.999999999999999e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.916032  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2380  diguanylate cyclase  29.41 
 
 		 410 aa  163  4.0000000000000004e-39  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1099  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.19 
 
 		 334 aa  157  3e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.75 
 
 		 334 aa  157  3e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3647  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.79 
 
 		 359 aa  156  6e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.745021  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1494  response regulator/GGDEF domain-containing protein  46.63 
 
 		 335 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.799611 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3967  putative response regulator of a two-component system  43.23 
 
 		 335 aa  153  5.9999999999999996e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000645274  normal  0.0110626 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1499  response regulator/GGDEF domain protein  45.56 
 
 		 334 aa  151  2e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1025  diguanylate cyclase  45.7 
 
 		 492 aa  150  3e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1021  diguanylate cyclase  45.7 
 
 		 492 aa  150  3e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0128107  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1058  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.83 
 
 		 333 aa  150  4e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0856452  normal  0.699737 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1341  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.43 
 
 		 319 aa  150  4e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1309  GGDEF  45.29 
 
 		 334 aa  149  5e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00365402 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4124  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.94 
 
 		 334 aa  149  6e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.113929  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0257  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.11 
 
 		 310 aa  149  7e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.929741  normal  0.0241212 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2495  diguanylate cyclase  43.11 
 
 		 422 aa  149  1.0000000000000001e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0252  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.11 
 
 		 310 aa  147  2.0000000000000003e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.555837  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3141  diguanylate cyclase  45.03 
 
 		 542 aa  147  3e-34  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.673343  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6178  diguanylate cyclase  49.1 
 
 		 492 aa  146  5e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.837587  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1901  diguanylate cyclase  49.1 
 
 		 492 aa  146  5e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1924  diguanylate cyclase  49.1 
 
 		 492 aa  146  8.000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.268801  normal  0.495061 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1099  response regulator receiver domain-containing protein  43.71 
 
 		 390 aa  145  9e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.076371  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1598  diguanylate cyclase  47.31 
 
 		 492 aa  145  1e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0273825  normal  0.888834 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1041  diguanylate cyclase  42.5 
 
 		 791 aa  145  1e-33  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0095  putative sensory transduction system, regulatory protein  42.39 
 
 		 536 aa  144  2e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.348008  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0715  diguanylate cyclase  44.03 
 
 		 516 aa  144  2e-33  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0371  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.08 
 
 		 890 aa  144  2e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1713  diguanylate cyclase  40.22 
 
 		 462 aa  144  3e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0362  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.08 
 
 		 890 aa  144  3e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.190279  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1738  diguanylate cyclase  40.22 
 
 		 462 aa  144  4e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0754  diguanylate cyclase  42.26 
 
 		 350 aa  143  4e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16500  two-component response regulator  43.09 
 
 		 347 aa  144  4e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.67066  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3770  PAS:GGDEF  42.39 
 
 		 328 aa  143  5e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0223226 
 
 
-
 
NC_003296  RS00826  putative transmembrane protein  42.5 
 
 		 488 aa  142  7e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.61367  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0766  ammonium transporter  41.94 
 
 		 644 aa  142  8e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.543841  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0847  two component diguanylate cyclase  44.38 
 
 		 327 aa  142  9.999999999999999e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0410  diguanylate cyclase  43.5 
 
 		 516 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0945  diguanylate cyclase  42.2 
 
 		 463 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.36887  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2499  GGDEF domain-containing protein  46.34 
 
 		 367 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3005  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.06 
 
 		 303 aa  141  1.9999999999999998e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000288968 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3676  diguanylate cyclase  42.68 
 
 		 371 aa  141  1.9999999999999998e-32  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000048428  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6347  diguanylate cyclase  49.7 
 
 		 507 aa  140  3e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.197089 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1436  two-component response regulator  42.78 
 
 		 327 aa  140  3e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.462819  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1192  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.08 
 
 		 316 aa  140  3e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0798  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.93 
 
 		 622 aa  140  3e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.131749 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3188  diguanylate cyclase  44.74 
 
 		 529 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.210299 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2295  diguanylate cyclase  45.56 
 
 		 503 aa  140  4.999999999999999e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1516  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.73 
 
 		 352 aa  140  4.999999999999999e-32  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0065858  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2383  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.2 
 
 		 434 aa  139  7e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00665942 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1121  diguanylate cyclase  41.57 
 
 		 305 aa  139  7e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.323017 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3123  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.18 
 
 		 312 aa  139  1e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.51 
 
 		 313 aa  139  1e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0314  diguanylate cyclase  39.15 
 
 		 340 aa  138  1e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0313  diguanylate cyclase  39.15 
 
 		 340 aa  138  2e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3032  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 547 aa  138  2e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0308  diguanylate cyclase  39.15 
 
 		 340 aa  138  2e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0310  diguanylate cyclase  38.62 
 
 		 340 aa  137  2e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4395  diguanylate cyclase  45.73 
 
 		 498 aa  138  2e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5389  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.29 
 
 		 372 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1420  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.24 
 
 		 314 aa  137  3.0000000000000003e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4959  diguanylate cyclase  42.79 
 
 		 354 aa  137  3.0000000000000003e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.179086  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4297  diguanylate cyclase  47.9 
 
 		 522 aa  137  4e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0491288  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4536  diguanylate cyclase  44.64 
 
 		 503 aa  136  6.0000000000000005e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.221207  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0411  PAS:GGDEF  38.42 
 
 		 317 aa  136  7.000000000000001e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.320308 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2703  diguanylate cyclase  32.29 
 
 		 339 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.863974  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3973  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.9 
 
 		 362 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.415221  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1946  diguanylate cyclase  37.8 
 
 		 368 aa  135  9.999999999999999e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0707577  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4681  GGDEF domain-containing protein  39.78 
 
 		 1034 aa  135  1.9999999999999998e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3673  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  44.91 
 
 		 1262 aa  134  1.9999999999999998e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4825  diguanylate cyclase  34.73 
 
 		 435 aa  135  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.741722  normal  0.390136 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1716  diguanylate cyclase  44.44 
 
 		 349 aa  135  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00839353 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0365  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.83 
 
 		 308 aa  135  1.9999999999999998e-30  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1030  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.6 
 
 		 330 aa  134  3e-30  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.33399 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4965  diguanylate cyclase  42.31 
 
 		 308 aa  134  3e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00367568  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4872  diguanylate cyclase  42.31 
 
 		 308 aa  134  3e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000065621  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4907  diguanylate cyclase  42.31 
 
 		 308 aa  134  3e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0301785  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0225  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.15 
 
 		 325 aa  134  3e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1507  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.3 
 
 		 308 aa  134  3.9999999999999996e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.914031 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0528  diguanylate cyclase  46.03 
 
 		 354 aa  134  3.9999999999999996e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0243341  normal  0.0197143 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1949  sensory box/GGDEF family protein  43.48 
 
 		 579 aa  133  3.9999999999999996e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.773832  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1511  diguanylate cyclase  37.91 
 
 		 416 aa  133  3.9999999999999996e-30  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00199134  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2914  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.76 
 
 		 312 aa  133  3.9999999999999996e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3783  sensory transduction system, regulatory protein  39.78 
 
 		 546 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  42.13 
 
 		 339 aa  133  3.9999999999999996e-30  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5066  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.5 
 
 		 338 aa  133  5e-30  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2281  GGDEF  44.51 
 
 		 555 aa  133  6e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000303682  normal  0.0271008 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4030  diguanylate cyclase  40.91 
 
 		 498 aa  132  6.999999999999999e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0638  diguanylate cyclase  40.89 
 
 		 524 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0484455 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1662  GGDEF domain-containing protein  41.62 
 
 		 533 aa  132  6.999999999999999e-30  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1122  GGDEF domain-containing protein  46.99 
 
 		 506 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.014859  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4503  diguanylate cyclase  49.1 
 
 		 492 aa  132  9e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4804  diguanylate cyclase  41.83 
 
 		 304 aa  132  1.0000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0452209  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4666  diguanylate cyclase  42.01 
 
 		 501 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0421428  normal  0.479047 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0102  diguanylate cyclase  45.18 
 
 		 278 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5041  putative signaling protein  30.58 
 
 		 400 aa  132  1.0000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.883935  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0414  diguanylate cyclase  33.73 
 
 		 346 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>