More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_1662 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_1662  GGDEF domain-containing protein  100 
 
 		 533 aa  1097    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2953  diguanylate cyclase  28.46 
 
 		 526 aa  215  9.999999999999999e-55  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.216564  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2912  diguanylate cyclase  29.5 
 
 		 540 aa  207  4e-52  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2608  GGDEF domain-containing protein  31.33 
 
 		 524 aa  206  1e-51  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0201696  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3141  diguanylate cyclase  28.84 
 
 		 542 aa  201  1.9999999999999998e-50  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.673343  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3724  diguanylate cyclase  29.72 
 
 		 526 aa  201  3e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.892379  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3501  diguanylate cyclase  27.68 
 
 		 526 aa  191  2e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.493056  normal  0.115232 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1874  GGDEF family protein  28.81 
 
 		 505 aa  181  2.9999999999999997e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3981  diguanylate cyclase  25.66 
 
 		 520 aa  160  4e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0799  diguanylate cyclase  41.54 
 
 		 538 aa  154  4e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0186826  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3770  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.86 
 
 		 660 aa  148  2.0000000000000003e-34  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1516  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.44 
 
 		 352 aa  149  2.0000000000000003e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0065858  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3819  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.43 
 
 		 660 aa  147  3e-34  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0019  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.39 
 
 		 341 aa  147  3e-34  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0416556  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2955  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.07 
 
 		 308 aa  146  1e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1805  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  38.43 
 
 		 960 aa  145  1e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4149  diguanylate cyclase  33.68 
 
 		 591 aa  145  2e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0015025  normal  0.169582 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2495  diguanylate cyclase  41.11 
 
 		 422 aa  145  2e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1787  hypothetical protein  43.35 
 
 		 381 aa  144  3e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1713  diguanylate cyclase  43.35 
 
 		 462 aa  144  4e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1738  diguanylate cyclase  43.35 
 
 		 462 aa  144  5e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2380  diguanylate cyclase  34.65 
 
 		 410 aa  143  8e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5066  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.79 
 
 		 338 aa  142  1.9999999999999998e-32  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0371  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.53 
 
 		 890 aa  142  1.9999999999999998e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0218  diguanylate cyclase  43.29 
 
 		 304 aa  141  1.9999999999999998e-32  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2534  diguanylate cyclase with GAF sensor  42.31 
 
 		 421 aa  142  1.9999999999999998e-32  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.657544  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0362  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.95 
 
 		 890 aa  141  3e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.190279  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40 
 
 		 843 aa  141  3e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20820  putative two-component response regulator  42.2 
 
 		 389 aa  141  3e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0766  ammonium transporter  42.11 
 
 		 644 aa  141  3.9999999999999997e-32  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.543841  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1192  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.55 
 
 		 316 aa  140  3.9999999999999997e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1391  diguanylate cyclase  43.6 
 
 		 353 aa  140  4.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.723857  hitchhiker  0.0000000000000157902 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0984  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.51 
 
 		 353 aa  140  4.999999999999999e-32  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.194443 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2222  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.78 
 
 		 732 aa  140  7e-32  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.513474  normal  0.0596169 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2160  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.78 
 
 		 732 aa  140  7.999999999999999e-32  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2499  GGDEF domain-containing protein  43.6 
 
 		 367 aa  139  1e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1030  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.89 
 
 		 330 aa  138  3.0000000000000003e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.33399 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1341  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.98 
 
 		 319 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3172  diguanylate cyclase  41.08 
 
 		 518 aa  138  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.211888 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3673  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  42.78 
 
 		 1262 aa  138  3.0000000000000003e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1622  response regulator receiver protein  40 
 
 		 641 aa  138  3.0000000000000003e-31  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.923164  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.53 
 
 		 313 aa  137  5e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0095  putative sensory transduction system, regulatory protein  40.11 
 
 		 536 aa  137  6.0000000000000005e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.348008  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0116  diguanylate cyclase  44.83 
 
 		 398 aa  137  6.0000000000000005e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.864855  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004464  sensory box/GGDEF family protein  42.17 
 
 		 582 aa  136  8e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.845527  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2357  diguanylate cyclase  39.06 
 
 		 252 aa  136  8e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3967  putative response regulator of a two-component system  35.84 
 
 		 335 aa  136  8e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000645274  normal  0.0110626 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3528  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.81 
 
 		 310 aa  136  8e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3032  diguanylate cyclase  44.05 
 
 		 547 aa  136  9.999999999999999e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3783  sensory transduction system, regulatory protein  39.89 
 
 		 546 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0275  diguanylate cyclase  37.82 
 
 		 630 aa  136  9.999999999999999e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0339591 
 
 
-
 
NC_003296  RS00826  putative transmembrane protein  39.78 
 
 		 488 aa  135  1.9999999999999998e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.61367  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3770  PAS:GGDEF  44.19 
 
 		 328 aa  135  1.9999999999999998e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0223226 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3840  diguanylate cyclase  38.66 
 
 		 556 aa  135  1.9999999999999998e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.108967  hitchhiker  0.000986648 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5086  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.25 
 
 		 465 aa  134  3e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3048  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.43 
 
 		 683 aa  134  3.9999999999999996e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1813  diguanylate cyclase  41.62 
 
 		 386 aa  134  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.730077 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05729  putative diguanylate cyclase  33.19 
 
 		 323 aa  133  6.999999999999999e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3647  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.24 
 
 		 359 aa  133  7.999999999999999e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.745021  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0318  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.83 
 
 		 612 aa  133  9e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1309  GGDEF  33.18 
 
 		 334 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00365402 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02019  Putative signal protein with GGDEF domain  38.98 
 
 		 494 aa  132  1.0000000000000001e-29  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16500  two-component response regulator  34.82 
 
 		 347 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.67066  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3170  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.36 
 
 		 344 aa  132  2.0000000000000002e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.103544 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3381  diguanylate cyclase  41.8 
 
 		 622 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1684  GGDEF domain-containing protein  41.24 
 
 		 323 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2281  GGDEF  42.62 
 
 		 555 aa  131  3e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000303682  normal  0.0271008 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2383  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.74 
 
 		 434 aa  131  3e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00665942 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0467  diguanylate cyclase  39.36 
 
 		 641 aa  131  3e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0411  PAS:GGDEF  38.46 
 
 		 317 aa  130  4.0000000000000003e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.320308 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1436  two-component response regulator  34.38 
 
 		 327 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.462819  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5035  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  25.18 
 
 		 820 aa  131  4.0000000000000003e-29  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000121  response regulator  34.5 
 
 		 319 aa  130  5.0000000000000004e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0601608  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2150  diguanylate cyclase  39.01 
 
 		 330 aa  130  6e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1121  diguanylate cyclase  40.8 
 
 		 305 aa  130  6e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.323017 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1058  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.43 
 
 		 333 aa  130  7.000000000000001e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0856452  normal  0.699737 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1949  sensory box/GGDEF family protein  39.88 
 
 		 579 aa  130  7.000000000000001e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.773832  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0252  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.1 
 
 		 310 aa  130  8.000000000000001e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.555837  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0314  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 340 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0257  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.1 
 
 		 310 aa  129  1.0000000000000001e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.929741  normal  0.0241212 
 
 
-
 
NC_003296  RS00828  putative transmembrane protein  41.04 
 
 		 512 aa  129  2.0000000000000002e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.33694  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00930  hypothetical protein  41.36 
 
 		 581 aa  128  2.0000000000000002e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7079  serine/threonine protein kinase  43.75 
 
 		 1643 aa  128  2.0000000000000002e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1099  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.27 
 
 		 334 aa  129  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5389  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.21 
 
 		 372 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4124  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.68 
 
 		 334 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.113929  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  38.97 
 
 		 631 aa  128  3e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1457  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  43.2 
 
 		 624 aa  127  4.0000000000000003e-28  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.659998  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1758  diguanylate cyclase with Chase2 sensor  42.01 
 
 		 583 aa  127  4.0000000000000003e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.621597 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2032  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.34 
 
 		 310 aa  127  4.0000000000000003e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2812  diguanylate cyclase  42.61 
 
 		 315 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29300  Response regulator  39.23 
 
 		 310 aa  127  5e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.53 
 
 		 334 aa  127  5e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2063  diguanylate cyclase  39.78 
 
 		 338 aa  127  5e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.553076  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1431  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  43.2 
 
 		 625 aa  127  5e-28  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0954  diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 502 aa  127  5e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0641916  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4407  GGDEF family protein  41.44 
 
 		 344 aa  127  6e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1499  response regulator/GGDEF domain protein  33.93 
 
 		 334 aa  127  6e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0828  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  40 
 
 		 734 aa  127  6e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.84548  normal  0.140102 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3005  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.89 
 
 		 303 aa  127  7e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000288968 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>