More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_A1874 on replicon NC_009457
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009457  VC0395_A1874  GGDEF family protein  100 
 
 		 505 aa  1050    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2608  GGDEF domain-containing protein  29.06 
 
 		 524 aa  203  7e-51  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0201696  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3724  diguanylate cyclase  28.97 
 
 		 526 aa  179  1e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.892379  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3981  diguanylate cyclase  27.54 
 
 		 520 aa  176  9.999999999999999e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3501  diguanylate cyclase  28.16 
 
 		 526 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.493056  normal  0.115232 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1662  GGDEF domain-containing protein  27.98 
 
 		 533 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2953  diguanylate cyclase  28.46 
 
 		 526 aa  157  4e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.216564  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3141  diguanylate cyclase  28.02 
 
 		 542 aa  149  1.0000000000000001e-34  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.673343  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2912  diguanylate cyclase  26.87 
 
 		 540 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3840  diguanylate cyclase  39.46 
 
 		 556 aa  127  6e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.108967  hitchhiker  0.000986648 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2435  diguanylate cyclase  38.95 
 
 		 726 aa  120  6e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.718837  normal  0.768568 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2243  diguanylate cyclase  37.71 
 
 		 726 aa  119  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0252509  normal  0.0700768 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2315  diguanylate cyclase  37.71 
 
 		 726 aa  119  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000640659 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  36.21 
 
 		 308 aa  117  6.9999999999999995e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5035  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  24.65 
 
 		 820 aa  116  8.999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3800  diguanylate cyclase  40.23 
 
 		 621 aa  116  1.0000000000000001e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1738  diguanylate cyclase  33.98 
 
 		 462 aa  116  1.0000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16500  two-component response regulator  39.2 
 
 		 347 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.67066  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1516  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.61 
 
 		 352 aa  115  1.0000000000000001e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0065858  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2578  diguanylate cyclase  36.17 
 
 		 744 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3381  diguanylate cyclase  39.55 
 
 		 622 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1806  diguanylate cyclase  36.17 
 
 		 744 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000621325 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3647  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.85 
 
 		 359 aa  115  2.0000000000000002e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.745021  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.48 
 
 		 772 aa  115  2.0000000000000002e-24  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2540  diguanylate cyclase  35.64 
 
 		 744 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1713  diguanylate cyclase  33.5 
 
 		 462 aa  115  2.0000000000000002e-24  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2655  diguanylate cyclase  36.17 
 
 		 744 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.714483  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1467  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 722 aa  114  3e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1805  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  37.14 
 
 		 960 aa  114  5e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.36 
 
 		 314 aa  114  5e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29300  Response regulator  37.02 
 
 		 310 aa  114  6e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2955  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.59 
 
 		 308 aa  113  7.000000000000001e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2150  diguanylate cyclase  35.26 
 
 		 330 aa  113  7.000000000000001e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2096  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.34 
 
 		 664 aa  113  8.000000000000001e-24  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.76184 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1946  diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 368 aa  113  8.000000000000001e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0707577  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3210  GGDEF domain-containing protein  39.55 
 
 		 624 aa  113  9e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.66 
 
 		 309 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0655  diguanylate cyclase  37.14 
 
 		 172 aa  112  1.0000000000000001e-23  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000725118  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5389  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.63 
 
 		 372 aa  113  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1928  diguanylate cyclase  36.32 
 
 		 365 aa  113  1.0000000000000001e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.851461 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4680  diguanylate cyclase  36.11 
 
 		 405 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1387  cyclic nucleotide-binding protein  36.81 
 
 		 320 aa  112  1.0000000000000001e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243824  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1494  response regulator/GGDEF domain-containing protein  39.43 
 
 		 335 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.799611 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05729  putative diguanylate cyclase  33.87 
 
 		 323 aa  112  2.0000000000000002e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4825  diguanylate cyclase  36.41 
 
 		 435 aa  112  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.741722  normal  0.390136 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1099  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.86 
 
 		 334 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3671  putative signaling protein  30.04 
 
 		 480 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0799  diguanylate cyclase  39.66 
 
 		 538 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0186826  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5323  diguanylate cyclase  36.96 
 
 		 422 aa  112  2.0000000000000002e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.666672  normal  0.745062 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3967  putative response regulator of a two-component system  35.59 
 
 		 335 aa  112  2.0000000000000002e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000645274  normal  0.0110626 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5581  diguanylate cyclase (GGDEF) domain-containing protein  36.26 
 
 		 548 aa  112  2.0000000000000002e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1716  diguanylate cyclase  37.27 
 
 		 349 aa  112  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00839353 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2052  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.05 
 
 		 481 aa  111  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3770  PAS:GGDEF  38.2 
 
 		 328 aa  111  3e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0223226 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0572  GGDEF domain-containing protein  22.88 
 
 		 777 aa  111  3e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1436  two-component response regulator  38.07 
 
 		 327 aa  111  3e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.462819  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2076  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.05 
 
 		 481 aa  111  3e-23  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00773841  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2951  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.22 
 
 		 306 aa  111  4.0000000000000004e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.43 
 
 		 334 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1513  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.48 
 
 		 301 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0153071 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3559  diguanylate cyclase  38.42 
 
 		 625 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0397  diguanylate cyclase  38.42 
 
 		 625 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2291  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.84 
 
 		 338 aa  110  4.0000000000000004e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3733  diguanylate cyclase  38.42 
 
 		 625 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1309  GGDEF  37.71 
 
 		 334 aa  110  5e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00365402 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1545  diguanylate cyclase  35.45 
 
 		 701 aa  110  5e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.58352  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1058  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.78 
 
 		 333 aa  110  6e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0856452  normal  0.699737 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3523  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  39.53 
 
 		 1079 aa  110  6e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3005  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.93 
 
 		 303 aa  110  6e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000288968 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3783  sensory transduction system, regulatory protein  37.56 
 
 		 546 aa  110  6e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2534  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.75 
 
 		 421 aa  110  7.000000000000001e-23  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.657544  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004464  sensory box/GGDEF family protein  40.74 
 
 		 582 aa  110  7.000000000000001e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.845527  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1499  response regulator/GGDEF domain protein  37.71 
 
 		 334 aa  110  8.000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3800  diguanylate cyclase  39.01 
 
 		 553 aa  110  8.000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4621  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.7 
 
 		 648 aa  110  8.000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.334588  normal  0.654105 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4046  diguanylate cyclase  37.43 
 
 		 370 aa  110  8.000000000000001e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.822209  normal  0.170449 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2600  diguanylate cyclase with beta propeller sensor  40.62 
 
 		 977 aa  109  9.000000000000001e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0498  diguanylate cyclase  37.85 
 
 		 624 aa  109  9.000000000000001e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3819  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.22 
 
 		 660 aa  109  1e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4666  diguanylate cyclase  40.74 
 
 		 501 aa  109  1e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0421428  normal  0.479047 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3460  GGDEF domain-containing protein  38.86 
 
 		 644 aa  109  1e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0284505  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2740  diguanylate cyclase  41.52 
 
 		 555 aa  109  1e-22  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3770  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.22 
 
 		 660 aa  109  1e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0831  diguanylate cyclase  41.61 
 
 		 351 aa  109  1e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  37.85 
 
 		 631 aa  108  2e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3956  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.06 
 
 		 357 aa  109  2e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.892783  normal  0.485051 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1356  diguanylate cyclase  31.05 
 
 		 584 aa  108  2e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.786537  unclonable  0.00000000000388708 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0021  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.34 
 
 		 668 aa  108  2e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00930  hypothetical protein  39.31 
 
 		 581 aa  108  2e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2179  diguanylate cyclase  38.37 
 
 		 477 aa  108  2e-22  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000210421  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1425  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  37.91 
 
 		 483 aa  108  2e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1099  response regulator receiver domain-containing protein  41.21 
 
 		 390 aa  108  2e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.076371  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3022  diguanylate cyclase  30.77 
 
 		 579 aa  108  2e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.238574  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1211  diguanylate cyclase  30.52 
 
 		 578 aa  108  2e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1282  diguanylate cyclase  30.52 
 
 		 578 aa  108  2e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1332  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.11 
 
 		 306 aa  108  2e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3449  diguanylate cyclase  35.06 
 
 		 357 aa  108  2e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.103484 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3165  diguanylate cyclase  31.3 
 
 		 579 aa  108  2e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.624427  hitchhiker  0.00241131 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1426  diguanylate cyclase  37.31 
 
 		 385 aa  108  2e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  37.08 
 
 		 565 aa  108  3e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>