More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg_4680 on replicon NC_012848
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012848  Rleg_4680  diguanylate cyclase  100 
 
 		 405 aa  818    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5323  diguanylate cyclase  69.37 
 
 		 422 aa  558  1e-158  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.666672  normal  0.745062 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4825  diguanylate cyclase  59.44 
 
 		 435 aa  471  1e-132  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.741722  normal  0.390136 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6542  diguanylate cyclase  34.95 
 
 		 438 aa  172  9e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.283936 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  42.13 
 
 		 565 aa  147  4.0000000000000006e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3770  PAS:GGDEF  45.65 
 
 		 328 aa  147  4.0000000000000006e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0223226 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3360  diguanylate cyclase  40.65 
 
 		 392 aa  146  7.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.441275  normal  0.662685 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3783  sensory transduction system, regulatory protein  41.21 
 
 		 546 aa  145  1e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0799  diguanylate cyclase  38.61 
 
 		 538 aa  145  2e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0186826  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1805  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  43.89 
 
 		 960 aa  144  2e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5066  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.25 
 
 		 338 aa  144  3e-33  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2495  diguanylate cyclase  43.32 
 
 		 422 aa  144  4e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1391  diguanylate cyclase  45.61 
 
 		 353 aa  143  5e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.723857  hitchhiker  0.0000000000000157902 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1716  diguanylate cyclase  43.79 
 
 		 349 aa  143  5e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00839353 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3011  serine/threonine protein kinase  45.74 
 
 		 1637 aa  143  6e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.15444  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2970  diguanylate cyclase  46.67 
 
 		 557 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.853836 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0265  diguanylate cyclase  45.09 
 
 		 310 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.021653  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2380  diguanylate cyclase  33.84 
 
 		 410 aa  141  3e-32  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2158  diguanylate cyclase  41.24 
 
 		 417 aa  140  4.999999999999999e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.3144  normal  0.735889 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2740  diguanylate cyclase  42.06 
 
 		 670 aa  140  6e-32  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0314  diguanylate cyclase  35.77 
 
 		 340 aa  139  7e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.2 
 
 		 843 aa  139  7.999999999999999e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2150  diguanylate cyclase  41.76 
 
 		 330 aa  139  8.999999999999999e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4231  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.78 
 
 		 357 aa  139  8.999999999999999e-32  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.113145  normal  0.678212 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0310  diguanylate cyclase  35.4 
 
 		 340 aa  139  1e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0313  diguanylate cyclase  35.93 
 
 		 340 aa  139  1e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2195  diguanylate cyclase  29.35 
 
 		 415 aa  138  2e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0828  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  44.26 
 
 		 734 aa  138  2e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.84548  normal  0.140102 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0308  diguanylate cyclase  41.12 
 
 		 340 aa  138  2e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0414  diguanylate cyclase  41.58 
 
 		 346 aa  138  2e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  40.62 
 
 		 464 aa  137  3.0000000000000003e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0095  putative sensory transduction system, regulatory protein  41.83 
 
 		 536 aa  137  4e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.348008  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4314  diguanylate cyclase  37.02 
 
 		 379 aa  136  5e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1713  diguanylate cyclase  40 
 
 		 462 aa  137  5e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2473  diguanylate cyclase  29.35 
 
 		 415 aa  137  5e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.172353  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  44.62 
 
 		 339 aa  136  7.000000000000001e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1738  diguanylate cyclase  40 
 
 		 462 aa  135  9.999999999999999e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2404  diguanylate cyclase  46.02 
 
 		 479 aa  135  1.9999999999999998e-30  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00227226  normal  0.966476 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3819  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.13 
 
 		 660 aa  134  1.9999999999999998e-30  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3770  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.13 
 
 		 660 aa  134  1.9999999999999998e-30  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0754  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.89 
 
 		 463 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.952691  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0984  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.36 
 
 		 353 aa  134  3.9999999999999996e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.194443 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1622  response regulator receiver protein  38.61 
 
 		 641 aa  134  3.9999999999999996e-30  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.923164  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3330  diguanylate cyclase  33.89 
 
 		 556 aa  133  5e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.702874 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5086  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.59 
 
 		 465 aa  133  5e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4681  GGDEF domain-containing protein  31.58 
 
 		 1034 aa  132  6.999999999999999e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3384  diguanylate cyclase  40.59 
 
 		 481 aa  132  7.999999999999999e-30  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.32659  normal  0.816188 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1099  response regulator receiver domain-containing protein  42.94 
 
 		 390 aa  132  1.0000000000000001e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.076371  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1949  sensory box/GGDEF family protein  40.22 
 
 		 579 aa  131  2.0000000000000002e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.773832  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2295  diguanylate cyclase  40.1 
 
 		 503 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4321  diguanylate cyclase  42.05 
 
 		 534 aa  131  2.0000000000000002e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2518  diguanylate cyclase  42.22 
 
 		 372 aa  131  2.0000000000000002e-29  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.165269  normal  0.0137006 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2951  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.94 
 
 		 306 aa  130  3e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3172  diguanylate cyclase  42 
 
 		 518 aa  131  3e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.211888 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0365  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.41 
 
 		 308 aa  130  3e-29  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4407  GGDEF family protein  40.22 
 
 		 344 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5389  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.34 
 
 		 372 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6958  diguanylate cyclase  38.96 
 
 		 502 aa  130  4.0000000000000003e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3005  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.7 
 
 		 303 aa  130  4.0000000000000003e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000288968 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16500  two-component response regulator  39.78 
 
 		 347 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.67066  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2222  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.76 
 
 		 732 aa  130  4.0000000000000003e-29  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.513474  normal  0.0596169 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1332  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.4 
 
 		 306 aa  130  5.0000000000000004e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1420  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.95 
 
 		 314 aa  130  5.0000000000000004e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2062  diguanylate cyclase  29.77 
 
 		 620 aa  130  6e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.502085 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0794  diguanylate cyclase  38.74 
 
 		 394 aa  130  6e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0569  GGDEF domain-containing protein  39.71 
 
 		 678 aa  129  7.000000000000001e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000729555  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0204  diguanylate cyclase  41.97 
 
 		 453 aa  129  7.000000000000001e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.209858  normal  0.343798 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2160  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.76 
 
 		 732 aa  129  8.000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3248  diguanylate cyclase  34.29 
 
 		 420 aa  129  8.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1598  diguanylate cyclase  42.27 
 
 		 492 aa  129  9.000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0273825  normal  0.888834 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2591  GGDEF domain protein  40.78 
 
 		 528 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.200767  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2966  diguanylate cyclase  39.02 
 
 		 386 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0175816  decreased coverage  0.00586824 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4030  diguanylate cyclase  43.26 
 
 		 498 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3939  response regulator receiver domain-containing protein  39.11 
 
 		 588 aa  129  1.0000000000000001e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.238688  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2955  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.08 
 
 		 308 aa  129  1.0000000000000001e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3528  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.3 
 
 		 310 aa  129  1.0000000000000001e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4642  serine/threonine protein kinase  43.85 
 
 		 1629 aa  129  1.0000000000000001e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0019  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.01 
 
 		 341 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0416556  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2281  GGDEF  40.22 
 
 		 555 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000303682  normal  0.0271008 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3328  GGDEF  40.11 
 
 		 548 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00921167 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1077  GGDEF domain-containing protein  43.93 
 
 		 528 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.918636  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2678  diguanylate cyclase  43.93 
 
 		 487 aa  127  3e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2825  GGDEF domain-containing protein  43.93 
 
 		 487 aa  127  3e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.819973  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1901  diguanylate cyclase  43.33 
 
 		 492 aa  127  3e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0097  GGDEF domain-containing protein  43.93 
 
 		 487 aa  127  3e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1599  response regulator receiver protein  42.7 
 
 		 305 aa  127  3e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0650224  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2357  diguanylate cyclase  38.92 
 
 		 252 aa  127  3e-28  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1212  diguanylate cyclase  37.33 
 
 		 578 aa  127  3e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4666  diguanylate cyclase  41.59 
 
 		 501 aa  127  3e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0421428  normal  0.479047 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0115  diguanylate cyclase  43.93 
 
 		 487 aa  127  3e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.418458  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3745  diguanylate cyclase  40.8 
 
 		 681 aa  127  3e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4046  diguanylate cyclase  42.35 
 
 		 370 aa  127  3e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.822209  normal  0.170449 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6178  diguanylate cyclase  43.33 
 
 		 492 aa  127  3e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.837587  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1535  diguanylate cyclase  43.93 
 
 		 487 aa  127  3e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1257  diguanylate cyclase  43.93 
 
 		 487 aa  127  3e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0133  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.91 
 
 		 461 aa  127  4.0000000000000003e-28  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4149  diguanylate cyclase  37.04 
 
 		 591 aa  127  4.0000000000000003e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0015025  normal  0.169582 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4503  diguanylate cyclase  44.32 
 
 		 492 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3032  diguanylate cyclase  39.18 
 
 		 547 aa  127  4.0000000000000003e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2693  diguanylate cyclase  44.05 
 
 		 570 aa  127  5e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>