More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3360 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_3360  diguanylate cyclase  100 
 
 		 392 aa  793    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.441275  normal  0.662685 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4314  diguanylate cyclase  54.45 
 
 		 379 aa  300  3e-80  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5323  diguanylate cyclase  34.55 
 
 		 422 aa  168  2e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.666672  normal  0.745062 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4825  diguanylate cyclase  32.59 
 
 		 435 aa  150  3e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.741722  normal  0.390136 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2158  diguanylate cyclase  34.08 
 
 		 417 aa  148  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.3144  normal  0.735889 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4680  diguanylate cyclase  40.65 
 
 		 405 aa  146  6e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1004  GGDEF domain protein  30.99 
 
 		 413 aa  145  1e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.368177  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4068  diguanylate cyclase  30.59 
 
 		 390 aa  144  3e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.695681 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3774  diguanylate cyclase  30.59 
 
 		 395 aa  143  6e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.121242  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2195  diguanylate cyclase  32.7 
 
 		 415 aa  142  9.999999999999999e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2473  diguanylate cyclase  32.7 
 
 		 415 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.172353  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3800  diguanylate cyclase  41.35 
 
 		 621 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0423  diguanylate cyclase  39.3 
 
 		 621 aa  134  3e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000679734 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3903  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  39.3 
 
 		 628 aa  134  3e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0411  diguanylate cyclase  38.81 
 
 		 628 aa  134  3.9999999999999996e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4029  diguanylate cyclase  29.46 
 
 		 390 aa  133  6e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.36488  normal  0.88934 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0437  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  38.31 
 
 		 628 aa  130  3e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0211155 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3733  diguanylate cyclase  38.31 
 
 		 625 aa  130  3e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3559  diguanylate cyclase  38.31 
 
 		 625 aa  131  3e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0397  diguanylate cyclase  38.31 
 
 		 625 aa  131  3e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3783  sensory transduction system, regulatory protein  37.24 
 
 		 546 aa  129  7.000000000000001e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  38.16 
 
 		 631 aa  129  9.000000000000001e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  42.39 
 
 		 355 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2380  diguanylate cyclase  37.33 
 
 		 410 aa  128  2.0000000000000002e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0498  diguanylate cyclase  37.81 
 
 		 624 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1212  diguanylate cyclase  41.18 
 
 		 578 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0019  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.83 
 
 		 341 aa  127  3e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0416556  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4207  GGDEF domain-containing protein  41.04 
 
 		 625 aa  127  3e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.68 
 
 		 313 aa  127  3e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1545  diguanylate cyclase  36.27 
 
 		 701 aa  127  3e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.58352  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0610  two component response regulator  44.83 
 
 		 649 aa  127  3e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1658  diguanylate cyclase  40.91 
 
 		 354 aa  127  4.0000000000000003e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.287196  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0204  diguanylate cyclase  38.92 
 
 		 453 aa  127  4.0000000000000003e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.209858  normal  0.343798 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1716  diguanylate cyclase  41.21 
 
 		 349 aa  127  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00839353 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4046  diguanylate cyclase  40 
 
 		 370 aa  126  8.000000000000001e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.822209  normal  0.170449 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2322  diguanylate cyclase  42.46 
 
 		 354 aa  126  8.000000000000001e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0870  GGDEF  28.01 
 
 		 397 aa  125  9e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.534122 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1622  response regulator receiver protein  40 
 
 		 641 aa  125  1e-27  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.923164  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.14 
 
 		 843 aa  125  1e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4666  diguanylate cyclase  44.44 
 
 		 501 aa  125  1e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0421428  normal  0.479047 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3165  diguanylate cyclase  37.95 
 
 		 579 aa  125  1e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.624427  hitchhiker  0.00241131 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2495  diguanylate cyclase  36.84 
 
 		 422 aa  125  1e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1516  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.38 
 
 		 352 aa  125  1e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0065858  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1356  diguanylate cyclase  37.95 
 
 		 584 aa  125  1e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.786537  unclonable  0.00000000000388708 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4321  diguanylate cyclase  42.7 
 
 		 534 aa  125  2e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4535  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.38 
 
 		 345 aa  124  2e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0387275  normal  0.636684 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3614  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.34 
 
 		 310 aa  125  2e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2397  diguanylate cyclase  47.09 
 
 		 510 aa  125  2e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3973  hypothetical protein  41.46 
 
 		 355 aa  124  2e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0517181  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3007  diguanylate cyclase  37.95 
 
 		 579 aa  125  2e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  36.92 
 
 		 565 aa  124  3e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0963  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.18 
 
 		 300 aa  124  3e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0095  putative sensory transduction system, regulatory protein  39.36 
 
 		 536 aa  124  3e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.348008  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3939  response regulator receiver domain-containing protein  31.58 
 
 		 588 aa  124  3e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.238688  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4030  diguanylate cyclase  35.06 
 
 		 498 aa  124  4e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  41.14 
 
 		 339 aa  123  5e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4848  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.58 
 
 		 665 aa  123  5e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.162589 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3248  diguanylate cyclase  42.46 
 
 		 420 aa  123  5e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5454  diguanylate cyclase  46.78 
 
 		 510 aa  123  5e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.488047  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1391  diguanylate cyclase  36.45 
 
 		 353 aa  123  6e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.723857  hitchhiker  0.0000000000000157902 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3022  diguanylate cyclase  37.44 
 
 		 579 aa  123  6e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.238574  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3676  diguanylate cyclase  42.68 
 
 		 371 aa  123  6e-27  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000048428  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0453  GGDEF domain-containing protein  41.04 
 
 		 641 aa  123  6e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3704  diguanylate cyclase  45.2 
 
 		 460 aa  123  6e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  35.33 
 
 		 487 aa  122  8e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0680  diguanylate cyclase  45.2 
 
 		 466 aa  122  9e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2880  GGDEF  39.15 
 
 		 410 aa  122  9.999999999999999e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.16195  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0799  diguanylate cyclase  40.68 
 
 		 538 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0186826  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3334  GGDEF family protein  37.65 
 
 		 574 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  41.76 
 
 		 638 aa  121  1.9999999999999998e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1435  GGDEF domain-containing protein  35.41 
 
 		 733 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2955  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.7 
 
 		 308 aa  121  1.9999999999999998e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1805  diguanylate cyclase  35.47 
 
 		 725 aa  120  3e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1387  cyclic nucleotide-binding protein  40.91 
 
 		 320 aa  121  3e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243824  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1211  diguanylate cyclase  37.87 
 
 		 578 aa  120  3e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0308  diguanylate cyclase  35.6 
 
 		 340 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0821  diguanylate cyclase  44.12 
 
 		 496 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.605291  normal  0.227561 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  36.81 
 
 		 775 aa  120  3.9999999999999996e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  44.32 
 
 		 464 aa  120  3.9999999999999996e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4177  diguanylate cyclase  42.44 
 
 		 347 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3381  diguanylate cyclase  38.35 
 
 		 622 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1282  diguanylate cyclase  37.28 
 
 		 578 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1805  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  37.7 
 
 		 960 aa  120  3.9999999999999996e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3011  serine/threonine protein kinase  39.39 
 
 		 1637 aa  120  4.9999999999999996e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.15444  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2062  diguanylate cyclase  40.11 
 
 		 620 aa  120  4.9999999999999996e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.502085 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4681  GGDEF domain-containing protein  36.11 
 
 		 1034 aa  120  6e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5389  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.86 
 
 		 372 aa  120  6e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3210  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.58 
 
 		 337 aa  119  6e-26  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.32327  normal  0.712325 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7079  serine/threonine protein kinase  42.29 
 
 		 1643 aa  119  6e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3973  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.02 
 
 		 362 aa  120  6e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.415221  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29300  Response regulator  43.2 
 
 		 310 aa  120  6e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0310  diguanylate cyclase  37.7 
 
 		 340 aa  119  7e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1109  diguanylate cyclase  39.76 
 
 		 532 aa  119  7e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0798  GGDEF domain-containing protein  44.12 
 
 		 496 aa  119  7.999999999999999e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.412232  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1685  GGDEF domain-containing protein  38.99 
 
 		 987 aa  119  7.999999999999999e-26  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.00461565  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0314  diguanylate cyclase  38.22 
 
 		 340 aa  119  7.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3956  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.24 
 
 		 357 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.892783  normal  0.485051 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2420  diguanylate cyclase  42.05 
 
 		 532 aa  119  7.999999999999999e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.499921  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2721  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.67 
 
 		 686 aa  119  9e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.53529  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2096  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.34 
 
 		 664 aa  119  9.999999999999999e-26  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.76184 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>