More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3783 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_0799  diguanylate cyclase  66.54 
 
 		 538 aa  745    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0186826  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3783  sensory transduction system, regulatory protein  100 
 
 		 546 aa  1129    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3784  putative sensory transduction system, regulatory protein  52.22 
 
 		 549 aa  551  1e-156  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0798  diguanylate cyclase  49.39 
 
 		 550 aa  507  9.999999999999999e-143  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0095  putative sensory transduction system, regulatory protein  34.94 
 
 		 536 aa  284  3.0000000000000004e-75  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.348008  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4407  GGDEF family protein  44.8 
 
 		 344 aa  184  3e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0414  diguanylate cyclase  43.61 
 
 		 346 aa  183  9.000000000000001e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0310  diguanylate cyclase  45.78 
 
 		 340 aa  180  5.999999999999999e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0314  diguanylate cyclase  45.78 
 
 		 340 aa  179  1e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0313  diguanylate cyclase  42.98 
 
 		 340 aa  178  3e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  43.9 
 
 		 565 aa  176  8e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4149  diguanylate cyclase  46.28 
 
 		 591 aa  175  1.9999999999999998e-42  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0015025  normal  0.169582 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0308  diguanylate cyclase  40.49 
 
 		 340 aa  174  2.9999999999999996e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1805  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  47.54 
 
 		 960 aa  174  2.9999999999999996e-42  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2534  diguanylate cyclase with GAF sensor  47.73 
 
 		 421 aa  172  1e-41  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.657544  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2380  diguanylate cyclase  44.55 
 
 		 410 aa  171  3e-41  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4360  serine/threonine protein kinase  43.12 
 
 		 1636 aa  171  3e-41  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2076  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.11 
 
 		 481 aa  171  3e-41  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00773841  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1516  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  50 
 
 		 352 aa  171  4e-41  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0065858  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2052  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.11 
 
 		 481 aa  170  5e-41  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1713  diguanylate cyclase  41.09 
 
 		 462 aa  168  2e-40  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0828  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  48.26 
 
 		 734 aa  168  2.9999999999999998e-40  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.84548  normal  0.140102 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1738  diguanylate cyclase  41.09 
 
 		 462 aa  168  2.9999999999999998e-40  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2495  diguanylate cyclase  42.21 
 
 		 422 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4642  serine/threonine protein kinase  44.59 
 
 		 1629 aa  166  9e-40  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3011  serine/threonine protein kinase  46.35 
 
 		 1637 aa  166  1.0000000000000001e-39  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.15444  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5389  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.29 
 
 		 372 aa  166  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7079  serine/threonine protein kinase  43.69 
 
 		 1643 aa  166  1.0000000000000001e-39  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1099  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.37 
 
 		 334 aa  166  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0984  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.11 
 
 		 353 aa  164  3e-39  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.194443 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4231  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.12 
 
 		 357 aa  164  3e-39  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.113145  normal  0.678212 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1622  response regulator receiver protein  43.56 
 
 		 641 aa  164  3e-39  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.923164  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  45.08 
 
 		 339 aa  164  5.0000000000000005e-39  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4535  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.28 
 
 		 345 aa  163  6e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0387275  normal  0.636684 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3967  putative response regulator of a two-component system  44.95 
 
 		 335 aa  163  6e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000645274  normal  0.0110626 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2096  diguanylate cyclase with GAF sensor  48.86 
 
 		 664 aa  163  7e-39  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.76184 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0365  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  49.44 
 
 		 308 aa  163  7e-39  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1494  response regulator/GGDEF domain-containing protein  46.78 
 
 		 335 aa  162  1e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.799611 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3647  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.06 
 
 		 359 aa  162  1e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.745021  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3787  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.71 
 
 		 344 aa  161  2e-38  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.919533  normal  0.90313 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3855  serine/threonine protein kinase  41.89 
 
 		 1726 aa  161  2e-38  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.993945  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1464  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.9 
 
 		 850 aa  160  4e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0597049  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1341  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.62 
 
 		 319 aa  160  4e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2499  GGDEF domain-containing protein  48.28 
 
 		 367 aa  160  5e-38  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3956  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.2 
 
 		 357 aa  160  5e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.892783  normal  0.485051 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.55 
 
 		 313 aa  160  6e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3005  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.96 
 
 		 303 aa  160  6e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000288968 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3449  diguanylate cyclase  43.2 
 
 		 357 aa  160  7e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.103484 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.78 
 
 		 334 aa  159  8e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2032  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.37 
 
 		 310 aa  159  9e-38  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3673  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  46.59 
 
 		 1262 aa  159  1e-37  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2357  diguanylate cyclase  42.71 
 
 		 252 aa  159  1e-37  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3770  PAS:GGDEF  45.14 
 
 		 328 aa  159  2e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0223226 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2914  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.53 
 
 		 312 aa  159  2e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3170  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.94 
 
 		 344 aa  158  2e-37  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.103544 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3032  diguanylate cyclase  37.8 
 
 		 547 aa  158  3e-37  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0411  PAS:GGDEF  45.11 
 
 		 317 aa  157  4e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.320308 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2955  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.2 
 
 		 308 aa  157  4e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1974  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.9 
 
 		 340 aa  157  5.0000000000000005e-37  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.098619 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0019  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.55 
 
 		 341 aa  157  6e-37  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0416556  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4124  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.2 
 
 		 334 aa  156  8e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.113929  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16500  two-component response regulator  41.43 
 
 		 347 aa  156  9e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.67066  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0133  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.89 
 
 		 461 aa  155  1e-36  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1309  GGDEF  44.77 
 
 		 334 aa  155  2e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00365402 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4321  diguanylate cyclase  44.5 
 
 		 534 aa  155  2e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3141  diguanylate cyclase  43.32 
 
 		 542 aa  154  2.9999999999999998e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.673343  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1949  sensory box/GGDEF family protein  41.67 
 
 		 579 aa  154  2.9999999999999998e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.773832  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2062  diguanylate cyclase  42.02 
 
 		 620 aa  154  4e-36  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.502085 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6958  diguanylate cyclase  42.72 
 
 		 502 aa  154  5e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3528  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.62 
 
 		 310 aa  154  5e-36  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5086  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.24 
 
 		 465 aa  153  7e-36  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0709  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.72 
 
 		 322 aa  153  7e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.169559 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1058  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.44 
 
 		 333 aa  153  7e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0856452  normal  0.699737 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1122  GGDEF domain-containing protein  38.22 
 
 		 506 aa  153  7e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.014859  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1420  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.17 
 
 		 314 aa  153  8e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1436  two-component response regulator  40.95 
 
 		 327 aa  153  8e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.462819  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2018  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 355 aa  153  8.999999999999999e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.414914  normal  0.602726 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5323  diguanylate cyclase  41.71 
 
 		 422 aa  152  1e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.666672  normal  0.745062 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0754  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.89 
 
 		 463 aa  152  1e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.952691  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0116  diguanylate cyclase  47.09 
 
 		 398 aa  152  1e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.864855  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3328  GGDEF  41.75 
 
 		 548 aa  151  2e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00921167 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0847  two component diguanylate cyclase  43.78 
 
 		 327 aa  152  2e-35  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1121  diguanylate cyclase  45.61 
 
 		 305 aa  152  2e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.323017 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3210  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.15 
 
 		 337 aa  151  3e-35  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.32327  normal  0.712325 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4825  diguanylate cyclase  41.36 
 
 		 435 aa  151  3e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.741722  normal  0.390136 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1499  response regulator/GGDEF domain protein  43.02 
 
 		 334 aa  150  4e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6178  diguanylate cyclase  41.51 
 
 		 492 aa  151  4e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.837587  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1901  diguanylate cyclase  41.51 
 
 		 492 aa  151  4e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1924  diguanylate cyclase  41.51 
 
 		 492 aa  151  4e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.268801  normal  0.495061 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0429  diguanylate cyclase  43.72 
 
 		 469 aa  150  5e-35  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.469713 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1840  putative transmembrane transcriptional sensor regulator  38.46 
 
 		 506 aa  150  6e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0399375  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4681  GGDEF domain-containing protein  36.51 
 
 		 1034 aa  150  7e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3973  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 362 aa  150  7e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.415221  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1025  diguanylate cyclase  41.2 
 
 		 492 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.65 
 
 		 843 aa  149  1.0000000000000001e-34  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1346  GGDEF domain-containing protein  38.46 
 
 		 499 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0669442  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0250  GGDEF domain-containing protein  38.46 
 
 		 489 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.164767  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0390  GGDEF domain-containing protein  38.46 
 
 		 499 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.817676  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2222  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.09 
 
 		 732 aa  149  1.0000000000000001e-34  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.513474  normal  0.0596169 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1021  diguanylate cyclase  41.2 
 
 		 492 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0128107  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>