More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_3774 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010172  Mext_3774  diguanylate cyclase  100 
 
 		 395 aa  795    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.121242  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4068  diguanylate cyclase  99.74 
 
 		 390 aa  784    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.695681 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4029  diguanylate cyclase  89.49 
 
 		 390 aa  703    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.36488  normal  0.88934 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2229  GGDEF domain protein  38.42 
 
 		 398 aa  253  5.000000000000001e-66  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.728282  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0870  GGDEF  34.56 
 
 		 397 aa  209  9e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.534122 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1004  GGDEF domain protein  32.98 
 
 		 413 aa  204  2e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.368177  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2380  diguanylate cyclase  31.46 
 
 		 410 aa  155  2e-36  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3360  diguanylate cyclase  30.59 
 
 		 392 aa  140  3.9999999999999997e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.441275  normal  0.662685 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2178  diguanylate cyclase  30.15 
 
 		 406 aa  136  7.000000000000001e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.988519 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2158  diguanylate cyclase  30.51 
 
 		 417 aa  132  7.999999999999999e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.3144  normal  0.735889 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4314  diguanylate cyclase  33.67 
 
 		 379 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0930  diguanylate cyclase  37.07 
 
 		 390 aa  130  5.0000000000000004e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2195  diguanylate cyclase  31.23 
 
 		 415 aa  127  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4030  diguanylate cyclase  40.98 
 
 		 498 aa  127  5e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1211  diguanylate cyclase  39.41 
 
 		 578 aa  127  5e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2473  diguanylate cyclase  30.98 
 
 		 415 aa  126  7e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.172353  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.12 
 
 		 843 aa  126  7e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1282  diguanylate cyclase  38.82 
 
 		 578 aa  126  7e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0680  diguanylate cyclase  37.96 
 
 		 466 aa  125  1e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0754  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.68 
 
 		 463 aa  125  1e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.952691  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2740  diguanylate cyclase  43.98 
 
 		 670 aa  125  1e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1212  diguanylate cyclase  38.37 
 
 		 578 aa  124  4e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  39.67 
 
 		 464 aa  123  5e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3704  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 460 aa  123  6e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3353  GGDEF family protein  40.22 
 
 		 626 aa  122  9e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.374674  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0895  GAF domain/GGDEF domain-containing protein  38.83 
 
 		 688 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0310961  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1109  diguanylate cyclase  37.44 
 
 		 532 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  38.26 
 
 		 485 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1813  diguanylate cyclase  35.29 
 
 		 386 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.730077 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0798  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.2 
 
 		 622 aa  121  3e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.131749 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2123  diguanylate cyclase  41.18 
 
 		 635 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00833547 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5454  diguanylate cyclase  38.6 
 
 		 510 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.488047  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3624  diguanylate cyclase  34.8 
 
 		 341 aa  120  4.9999999999999996e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.112804  normal  0.505096 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1391  diguanylate cyclase  26.76 
 
 		 353 aa  120  4.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.723857  hitchhiker  0.0000000000000157902 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3165  diguanylate cyclase  37.06 
 
 		 579 aa  120  6e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.624427  hitchhiker  0.00241131 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1025  diguanylate cyclase  42.16 
 
 		 492 aa  120  6e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3007  diguanylate cyclase  37.06 
 
 		 579 aa  120  6e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3022  diguanylate cyclase  37.06 
 
 		 579 aa  119  6e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.238574  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1099  response regulator receiver domain-containing protein  38.61 
 
 		 390 aa  119  7e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.076371  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1021  diguanylate cyclase  42.16 
 
 		 492 aa  119  7e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0128107  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  41.62 
 
 		 492 aa  119  7.999999999999999e-26  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4960  GGDEF  41.24 
 
 		 413 aa  119  9e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.806512  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2721  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.86 
 
 		 686 aa  119  9.999999999999999e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.53529  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1356  diguanylate cyclase  37.06 
 
 		 584 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.786537  unclonable  0.00000000000388708 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0794  diguanylate cyclase  37.62 
 
 		 394 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0349  diguanylate cyclase  34.02 
 
 		 523 aa  119  9.999999999999999e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.291431  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3973  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.8 
 
 		 362 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.415221  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4143  putative diguanylate cyclase  37.11 
 
 		 409 aa  118  1.9999999999999998e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000307242  normal  0.739273 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0831  diguanylate cyclase  31.09 
 
 		 351 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2194  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.57 
 
 		 636 aa  117  3e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0507  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.11 
 
 		 557 aa  117  3e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2281  GGDEF  40.8 
 
 		 555 aa  117  3e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000303682  normal  0.0271008 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2096  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.23 
 
 		 664 aa  117  3e-25  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.76184 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3460  GGDEF domain-containing protein  40.2 
 
 		 644 aa  117  3e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0284505  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3967  putative response regulator of a two-component system  39.3 
 
 		 335 aa  117  3e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000645274  normal  0.0110626 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2397  diguanylate cyclase  38.05 
 
 		 510 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3714  diguanylate cyclase  36.29 
 
 		 510 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.28391  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4649  diguanylate cyclase  36.29 
 
 		 510 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3807  diguanylate cyclase  35.89 
 
 		 510 aa  116  5e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.417307 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4680  diguanylate cyclase  37.91 
 
 		 405 aa  116  5e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3218  diguanylate cyclase  36.49 
 
 		 532 aa  117  5e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2671  diguanylate cyclase  37.06 
 
 		 578 aa  117  5e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00272144  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0797  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.64 
 
 		 374 aa  116  6e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1099  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.13 
 
 		 334 aa  116  6e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3310  diguanylate cyclase  29.43 
 
 		 396 aa  116  7.999999999999999e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1598  diguanylate cyclase  39.81 
 
 		 492 aa  116  8.999999999999998e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0273825  normal  0.888834 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2404  diguanylate cyclase  41.4 
 
 		 479 aa  115  8.999999999999998e-25  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00227226  normal  0.966476 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3334  GGDEF family protein  37.21 
 
 		 574 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2297  diguanylate cyclase  37.56 
 
 		 533 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.777078  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0028  diguanylate cyclase  37.17 
 
 		 527 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.789293 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6350  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.4 
 
 		 665 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5012  diguanylate cyclase  43.35 
 
 		 510 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4825  diguanylate cyclase  29.95 
 
 		 435 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.741722  normal  0.390136 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0619  response regulator receiver protein  34.09 
 
 		 378 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.171629 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2979  diguanylate cyclase  40.43 
 
 		 490 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0825  diguanylate cyclase  40.98 
 
 		 594 aa  114  2.0000000000000002e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00826  putative transmembrane protein  38.64 
 
 		 488 aa  115  2.0000000000000002e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.61367  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5323  diguanylate cyclase  30.97 
 
 		 422 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.666672  normal  0.745062 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1107  two component signal transduction response regulator  39.06 
 
 		 323 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.63 
 
 		 334 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2842  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.41 
 
 		 661 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.947946 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21320  diguanylate cyclase  35.03 
 
 		 510 aa  115  2.0000000000000002e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0095  putative sensory transduction system, regulatory protein  39.71 
 
 		 536 aa  114  3e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.348008  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5143  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.16 
 
 		 643 aa  114  3e-24  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.248831  normal  0.87155 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3753  diguanylate cyclase  36.4 
 
 		 485 aa  114  3e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.580016  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16500  two-component response regulator  38.19 
 
 		 347 aa  114  3e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.67066  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1782  diguanylate cyclase  38.07 
 
 		 629 aa  114  3e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1494  response regulator/GGDEF domain-containing protein  36.63 
 
 		 335 aa  114  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.799611 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3068  diguanylate cyclase  36.55 
 
 		 516 aa  114  4.0000000000000004e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.608977 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1485  diguanylate cyclase  40.21 
 
 		 490 aa  114  4.0000000000000004e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4944  diguanylate cyclase  36.73 
 
 		 520 aa  114  4.0000000000000004e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0582678 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3783  sensory transduction system, regulatory protein  35.68 
 
 		 546 aa  113  5e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3800  diguanylate cyclase  35.11 
 
 		 553 aa  113  5e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4535  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 345 aa  113  5e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0387275  normal  0.636684 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0995  diguanylate cyclase with GAF sensor  43.02 
 
 		 792 aa  113  6e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.37011  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1169  diguanylate cyclase with GAF sensor  42.69 
 
 		 596 aa  113  7.000000000000001e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0126253 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0021  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.08 
 
 		 668 aa  112  8.000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5389  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.2 
 
 		 372 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4046  diguanylate cyclase  33.02 
 
 		 370 aa  112  9e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.822209  normal  0.170449 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2492  diguanylate cyclase  37.79 
 
 		 474 aa  112  9e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.379327 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>