More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_1545 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_1554  GGDEF domain-containing protein  48.22 
 
 		 729 aa  681    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00526113  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2655  diguanylate cyclase  48.15 
 
 		 744 aa  713    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.714483  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1467  diguanylate cyclase  45.53 
 
 		 722 aa  652    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1806  diguanylate cyclase  48.3 
 
 		 744 aa  716    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000621325 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2788  diguanylate cyclase  47.32 
 
 		 726 aa  671    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.282948  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1805  diguanylate cyclase  50.36 
 
 		 725 aa  729    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2435  diguanylate cyclase  47.52 
 
 		 726 aa  701    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.718837  normal  0.768568 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2540  diguanylate cyclase  48.15 
 
 		 744 aa  715    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1435  GGDEF domain-containing protein  53.49 
 
 		 733 aa  784    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1761  diguanylate cyclase  50.5 
 
 		 720 aa  732    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2243  diguanylate cyclase  47.43 
 
 		 726 aa  709    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0252509  normal  0.0700768 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2315  diguanylate cyclase  47.43 
 
 		 726 aa  709    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000640659 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2578  diguanylate cyclase  48.3 
 
 		 744 aa  717    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1545  diguanylate cyclase  100 
 
 		 701 aa  1445    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.58352  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4941  sensory box protein  34.07 
 
 		 633 aa  355  2e-96  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0651  diguanylate cyclase  25.73 
 
 		 574 aa  154  8e-36  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000777615  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0204  diguanylate cyclase  38.27 
 
 		 453 aa  141  4.999999999999999e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.209858  normal  0.343798 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1622  response regulator receiver protein  42.33 
 
 		 641 aa  138  4e-31  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.923164  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3939  response regulator receiver domain-containing protein  37.89 
 
 		 588 aa  137  6.0000000000000005e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.238688  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2999  diguanylate cyclase  30.98 
 
 		 548 aa  137  9e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 565 aa  136  9.999999999999999e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3671  putative signaling protein  41.94 
 
 		 480 aa  134  5e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2109  diguanylate cyclase  36.59 
 
 		 630 aa  134  7.999999999999999e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.843932  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1738  diguanylate cyclase  39.27 
 
 		 462 aa  132  2.0000000000000002e-29  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5250  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.91 
 
 		 360 aa  131  5.0000000000000004e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.395511  normal  0.949965 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4149  diguanylate cyclase  33.92 
 
 		 591 aa  130  6e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0015025  normal  0.169582 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4218  diguanylate cyclase  41.21 
 
 		 631 aa  130  6e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.38 
 
 		 843 aa  130  7.000000000000001e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1782  diguanylate cyclase  35.62 
 
 		 629 aa  130  7.000000000000001e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  36.82 
 
 		 339 aa  130  8.000000000000001e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1713  diguanylate cyclase  38.74 
 
 		 462 aa  130  8.000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0365  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.29 
 
 		 308 aa  130  1.0000000000000001e-28  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0095  putative sensory transduction system, regulatory protein  39.68 
 
 		 536 aa  130  1.0000000000000001e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.348008  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2820  response regulator  36.64 
 
 		 462 aa  130  1.0000000000000001e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.229785  normal  0.330149 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2495  diguanylate cyclase  35.2 
 
 		 422 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2600  diguanylate cyclase with beta propeller sensor  40.91 
 
 		 977 aa  130  1.0000000000000001e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3835  diguanylate cyclase  39.77 
 
 		 316 aa  130  1.0000000000000001e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3819  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.15 
 
 		 660 aa  129  1.0000000000000001e-28  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  35.05 
 
 		 631 aa  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3032  diguanylate cyclase  38.74 
 
 		 547 aa  129  2.0000000000000002e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4231  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.02 
 
 		 357 aa  129  2.0000000000000002e-28  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.113145  normal  0.678212 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3770  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.15 
 
 		 660 aa  129  2.0000000000000002e-28  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1174  GGDEF domain-containing protein  39.62 
 
 		 431 aa  128  5e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4030  diguanylate cyclase  38.51 
 
 		 498 aa  127  5e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3550  diguanylate cyclase  33.82 
 
 		 559 aa  127  7e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.953301  normal  0.354246 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  37.78 
 
 		 343 aa  127  7e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3360  diguanylate cyclase  36.27 
 
 		 392 aa  127  9e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.441275  normal  0.662685 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4681  GGDEF domain-containing protein  35.29 
 
 		 1034 aa  126  1e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3800  diguanylate cyclase  38.02 
 
 		 621 aa  127  1e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2588  response regulator receiver protein  38.36 
 
 		 568 aa  127  1e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.649054  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0828  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.95 
 
 		 324 aa  126  1e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1305  diguanylate cyclase  39.5 
 
 		 256 aa  126  1e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0793  diguanylate cyclase  30.04 
 
 		 305 aa  126  1e-27  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1211  diguanylate cyclase  36.46 
 
 		 578 aa  126  1e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0093  diguanylate cyclase  40.96 
 
 		 426 aa  126  1e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3178  diguanylate cyclase  38.42 
 
 		 452 aa  126  2e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0366604  hitchhiker  0.0000463802 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0799  diguanylate cyclase  36.9 
 
 		 538 aa  125  2e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0186826  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2096  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.7 
 
 		 664 aa  125  2e-27  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.76184 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2150  diguanylate cyclase  37.82 
 
 		 330 aa  125  2e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2253  diguanylate cyclase  26.01 
 
 		 545 aa  125  2e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.346813  normal  0.544502 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1282  diguanylate cyclase  36.46 
 
 		 578 aa  125  2e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01583  Response regulator containing a CheY-like receiver domain and a GGDEF domain  40.98 
 
 		 477 aa  125  3e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0437  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  33.94 
 
 		 628 aa  125  3e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0211155 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3141  diguanylate cyclase  36.17 
 
 		 542 aa  124  4e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.673343  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0411  diguanylate cyclase  33.94 
 
 		 628 aa  125  4e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0423  diguanylate cyclase  34.4 
 
 		 621 aa  124  5e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000679734 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3903  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  34.4 
 
 		 628 aa  124  5e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000121  response regulator  37.06 
 
 		 319 aa  124  6e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0601608  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2546  diguanylate cyclase  37.85 
 
 		 452 aa  124  6e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.192419  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3160  diguanylate cyclase  37.85 
 
 		 452 aa  124  6e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.413104  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0498  diguanylate cyclase  34.39 
 
 		 624 aa  123  9e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0953  diguanylate cyclase  38.1 
 
 		 494 aa  123  9e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003519  diguanylate cyclase (GGDEF domain) with PAS/PAC sensor  38.14 
 
 		 280 aa  123  9.999999999999999e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000133532  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3330  diguanylate cyclase  33.82 
 
 		 556 aa  123  9.999999999999999e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.702874 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1212  diguanylate cyclase  34.54 
 
 		 578 aa  123  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4204  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 310 aa  123  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2323  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.67 
 
 		 445 aa  122  1.9999999999999998e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.123075  unclonable  0.0000172862 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2880  GGDEF  31.46 
 
 		 410 aa  122  1.9999999999999998e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.16195  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4132  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40 
 
 		 310 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4666  diguanylate cyclase  34.26 
 
 		 501 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0421428  normal  0.479047 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1507  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.41 
 
 		 308 aa  122  1.9999999999999998e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.914031 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3210  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.84 
 
 		 337 aa  122  1.9999999999999998e-26  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.32327  normal  0.712325 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2835  response regulator receiver domain-containing protein  38.78 
 
 		 346 aa  122  1.9999999999999998e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.157532  normal  0.231861 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1528  diguanylate cyclase  38.55 
 
 		 1339 aa  122  1.9999999999999998e-26  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.646539  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3096  diguanylate cyclase  38.07 
 
 		 452 aa  122  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0200719  hitchhiker  0.00269086 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3165  diguanylate cyclase  35.37 
 
 		 579 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.624427  hitchhiker  0.00241131 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2730  diguanylate cyclase  37.56 
 
 		 638 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.814579  normal  0.595433 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0615  diguanylate cyclase  38.8 
 
 		 320 aa  121  3e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000794548 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0847  two component diguanylate cyclase  35.05 
 
 		 327 aa  122  3e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4321  diguanylate cyclase  41.04 
 
 		 534 aa  122  3e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3381  diguanylate cyclase  33.8 
 
 		 622 aa  121  3e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1456  diguanylate cyclase  35.91 
 
 		 636 aa  122  3e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02241  hypothetical protein  38.02 
 
 		 320 aa  122  3e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3523  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  34.62 
 
 		 1079 aa  122  3e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3007  diguanylate cyclase  35.37 
 
 		 579 aa  121  3.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1356  diguanylate cyclase  35.37 
 
 		 584 aa  121  3.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.786537  unclonable  0.00000000000388708 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3334  GGDEF family protein  38.92 
 
 		 574 aa  121  4.9999999999999996e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3022  diguanylate cyclase  35.37 
 
 		 579 aa  121  4.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.238574  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2740  diguanylate cyclase  39.38 
 
 		 555 aa  121  4.9999999999999996e-26  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0467  diguanylate cyclase  32.27 
 
 		 641 aa  121  6e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>